Wetenschappelijke ontwikkelingen rond het Coronavirus

[biobak]

psychodude schreef op dinsdag 17 maart 2020 @ 20:12:

[...]


Het is geen oproep om ACE remmers niet te gebruiken, maar het is een oproep aan de medische wereld om het gebruik van ACE-remmers bij deze patiënten in kaart te brengen. Lees nemen deze patiënten trouw hun ACE remmers, zijn plasma spiegels "therapeutisch normaal", en kan er daarmee een relatie met de outcome in COVID-19 worden bevonden.

Een interessante video over het aangrijpingsmechanisme van het coronavirus op de ACE2 receptor en de rol die ACE-remmers en ARB's daarin mogelijk spelen.

[ Voor 25% gewijzigd door biobak op 21-03-2020 15:11 ]

[Falcon]

https://www.nu.nl/coronav...s.html#coral_talk_wrapper

Weet niet zo goed wat ik hiervan moet vinden, is dit ergens wetenschappelijk op gebaseerd.. wat denken jullie?

[ijdod]

Falcon schreef op woensdag 18 maart 2020 @ 08:32:
https://www.nu.nl/coronav...s.html#coral_talk_wrapper

Weet niet zo goed wat ik hiervan moet vinden, is dit ergens wetenschappelijk op gebaseerd.. wat denken jullie?

Dat antwoord staat gewoon in het nu.nl artikel: het gaat om een proef, om te kijken of dat effect heeft.Dat is de basis voor wetenschap. Dit gebeurt niet zo maar; het moet bv ook langs ethische commissies, dus het zal gebaseerd zijn op een onderbouwde hypothese, en low-risk zijn.

[simon]

Ik geloof dat deze hier nog niet gedeeld is;

Een in mijn ogen goed interview met een Italiaanse arts over hoe de behandeling daar nu loopt.

[beefstick]

Ik weet niet of deze hier al is langsgekomen, er valt zo veel te lezen en er is maar zo weinig tijd...

Een model dat Italie fit en daarna Frankrijk en Duitsland voorspeld heeft.
https://www.linkedin.com/...effects-matteo-meneghini/

In meer detail met extra wiskunde voor de liefhebbers.
https://www.researchgate....ainment_measures_in_Italy

[SvMp]

Dit kan interessant zijn.
https://assercourant.nl/a...ijk-ook-tegen-corona.html

[Batavia]

https://www.economist.com...-ahead-of-the-coronavirus

In recent days, China has started easing restrictions and is cautiously hailing at least a partial victory over the virus. But that may be premature, as a second wave of infections re-imported from abroad remains possible. Hong Kong, Singapore and Taiwan have this week seen renewed infections after apparently suppressing the virus’s spread.

Het lijkt er op dat de "lockdown" methode inderdaad een nieuwe piek tot gevolg heeft. Wat mooie onderbouwing zou zijn voor het nederlandse beleid.

[Verwijderd]

Batavia schreef op woensdag 18 maart 2020 @ 16:31:
https://www.economist.com...-ahead-of-the-coronavirus


[...]


Het lijkt er op dat de "lockdown" methode inderdaad een nieuwe piek tot gevolg heeft. Wat mooie onderbouwing zou zijn voor het nederlandse beleid.

He?

Totaal niet, de lockdown ging over flatten the curve, dat is gelukt.

[Holk]

Verwijderd schreef op woensdag 18 maart 2020 @ 17:46:
[...]


He?

Totaal niet, de lockdown ging over flatten the curve, dat is gelukt.

Mooie termologie maar wat het artikel zegt, in combinatie met die animaties die overal voorbij komen, is dat de methode van China waarbij de zieken werden geïsoleerd van de gezonde populatie een risico met zich mee brengt. Dat is de mogelijkheid tot hernieuwde infecties door of nieuwe (buitenlandse) bronnen of doordat de restricties te vroeg opgeheven worden, de tweede golf. De enorme piek had tot gevolg een lockdown maar deze methode heeft het negatieve bijeffect dat er daarna een Social distancing beleid moet plaatsvinden om de curve zoals je het al zei zo plat mogelijk wilt houden, zodat de belasting op het zorgsysteem tot een acceptabel niveau blijft

[cyclofosfamide]

Nu plots overal in nieuws: Corona kan dagen lang overleven.... zie bijvoorbeeld https://nos.nl/artikel/23...c-en-roestvrij-staal.html

Wetenschappelijke onderbouwing daarvoor is hier te vinden: https://www.nejm.org/doi/...2004973?articleTools=true

[cyclofosfamide]

ijdod schreef op woensdag 18 maart 2020 @ 09:16:
[...]

Dat antwoord staat gewoon in het nu.nl artikel: het gaat om een proef, om te kijken of dat effect heeft.Dat is de basis voor wetenschap. Dit gebeurt niet zo maar; het moet bv ook langs ethische commissies, dus het zal gebaseerd zijn op een onderbouwde hypothese, en low-risk zijn.

Rationale hier achter is een geboost immuunsysteem. Wel bijzonder dat de METC zo snel goedkeuring gegeven heeft. Komende dag krijgen we meer nieuws hier over en informatie hoe en of we hier aan deel mogen nemen.

Enige experimentele medicijnen die een rol zouden kunnen spelen bij de behandeling van een ernstig zieke patiënt die geïntubeerd en dus beademd wordt zijn nu chloroquine en het nieuwe, nooit in fase 1 geteste, remdesivir.
Dit middel kunnen we krijgen op compassionate use base en is aan te vragen via een website van het RIVM, https://lci.rivm.nl/remdesivir

[ Voor 25% gewijzigd door cyclofosfamide op 18-03-2020 20:24 ]

[NiGeLaToR]

Wat ik me nog afvraag is hoe de ontwikkeling van een virusinfectie verloopt. Bij een vaccinatie krijg je 'verzwakt' materiaal toegediend zodat je afweer alvast getraind is op het echte virus. Kan je bij mens-op-mens besmetting een afzwakking van het virus krijgen als je als besmet persoon al antistoffen maakt? Of kun je die antistoffen benutten (je leest wel eens over uitwisseling van antistoffen in speeksel bijvoorbeeld).

Probeer te begrijpen hoe het virus elke keer elk persoon helemaal opnieuw besmet en elk mens de afweer op eigen houtje moet opbouwen. Net als je denkt te begrijpen hoe dingen werken, krijg je alleen maar meer vragen.

[Tc-Chub]

terabyte schreef op dinsdag 17 maart 2020 @ 21:58:
Duitse viroloog ontdekt potentieel nieuw symptoom: verlies smaak/reukvermogen.
https://m.faz.net/aktuell...me-entdeckt-16681450.html


[...]

Interessant. Ik ben in een risico gebied geweest en heb samen met een aantal van mijn medereizigers al een aantal dagen geen smaak meer. Ik proef echt he-le-maal niets. Verder inderdaad niet erg fit en slaap veel. Af en toe wat hoesten. Begin het nu wel langzaam terug te krijgen.

Zijn er meerdere virussen die leiden tot dit soort (extreme) smaak en reukverlies?

[Holk]

NiGeLaToR schreef op woensdag 18 maart 2020 @ 21:03:
Wat ik me nog afvraag is hoe de ontwikkeling van een virusinfectie verloopt. Bij een vaccinatie krijg je 'verzwakt' materiaal toegediend zodat je afweer alvast getraind is op het echte virus. Kan je bij mens-op-mens besmetting een afzwakking van het virus krijgen als je als besmet persoon al antistoffen maakt? Of kun je die antistoffen benutten (je leest wel eens over uitwisseling van antistoffen in speeksel bijvoorbeeld).

Probeer te begrijpen hoe het virus elke keer elk persoon helemaal opnieuw besmet en elk mens de afweer op eigen houtje moet opbouwen. Net als je denkt te begrijpen hoe dingen werken, krijg je alleen maar meer vragen.

Ik begrijp je vraag niet helemaal. Mens op mens besmetting gaat via intacte virus deeltjes die je via hoesten of andere aerosolen die van besmettelijk persoon overslaan naar nieuwe gastheer. Deze kleine infectie gaat de cel in, neemt daar de boel over, maakt nieuwe deeltjes en scheid die uit naar de buurcellen. Na een tijdje is het zoveel dat er genoeg deeltjes vrij komen dat deze in hoest etc doorgegeven kan worden. Notendop.

Elk persoon moet een eigen immuun reactie krijgen om een eigen immuniteit op te bouwen. Vaccinatie werkt vaak door het inspuiten van delen of kapot gemaakte virus deeltjes waarna het lichaam op deze stukken een afweer reactie gaat opbouwen. Als een gevaccineerd persoon dan besmet raakt zal de immuun reactie snel genoeg zijn om niet ziek te worden. Ja, je raakt besmet maar je wordt niet ziek en dus niet meer besmettelijk voor een ander.

Is dat een antwoord op je vraag?

[NiGeLaToR]

@Holkers ja deels wel - het kan dus niet zo zijn dat het verschil in reactie per mens ook kan komen doordat je geinfecteerd wordt door een 'verzwakt' virus. Bijvoorbeeld omdat de persoon die je besmet z'n afweer al in de weer is om het virus te bestrijden? Tis een alles-of-niets situatie: of je wordt besmet, of niet.

Vind het typisch dat het verschil in symptomen zo enorm is en vroeg me in ene af of dat beïnvloed kan worden door een 'zwakker' virus, net als bij een vaccinatie.

[Holk]

NiGeLaToR schreef op woensdag 18 maart 2020 @ 21:21:
@Holkers ja deels wel - het kan dus niet zo zijn dat het verschil in reactie per mens ook kan komen doordat je geinfecteerd wordt door een 'verzwakt' virus. Bijvoorbeeld omdat de persoon die je besmet z'n afweer al in de weer is om het virus te bestrijden? Tis een alles-of-niets situatie: of je wordt besmet, of niet.

Vind het typisch dat het verschil in symptomen zo enorm is en vroeg me in ene af of dat beïnvloed kan worden door een 'zwakker' virus, net als bij een vaccinatie.

Iedere infectie is anders. Iedere immuun reactie is anders. De hoeveelheid deeltjes waarmee je besmet wordt schijnt een invloed te hebben, maar ook je eigen gesteldheid zal ook een invloed hebben op de snelheid en mate van reactie. Ook zijn er versies beschreven van dit virus die een minder sterk ziektebeeld geven (de S en de L variant, link moet ik je even schuldig blijven). Al met al veel variaties waardoor je per persoon een andere reactie krijgt

[NiGeLaToR]

Holkers schreef op woensdag 18 maart 2020 @ 21:26:
[...]


Iedere infectie is anders. Iedere immuun reactie is anders. De hoeveelheid deeltjes waarmee je besmet wordt schijnt een invloed te hebben, maar ook je eigen gesteldheid zal ook een invloed hebben op de snelheid en mate van reactie. Ook zijn er versies beschreven van dit virus die een minder sterk ziektebeeld geven (de S en de L variant, link moet ik je even schuldig blijven). Al met al veel variaties waardoor je per persoon een andere reactie krijgt

Dank voor je reactie. Merk dat ik soms beetje zoekende ben naar dingen die we eigenlijk nog lang niet weten.

[RoD]

cyclofosfamide schreef op woensdag 18 maart 2020 @ 20:15:
[...]


Rationale hier achter is een geboost immuunsysteem. Wel bijzonder dat de METC zo snel goedkeuring gegeven heeft. Komende dag krijgen we meer nieuws hier over en informatie hoe en of we hier aan deel mogen nemen.

Waarom is dat bijzonder? Natuurlijk is een METC normaal gesproken niet bijzonder snel, maar ik kan me zo voorstellen dat ze voor deze studie alles aan de kant hebben geschoven?

Enige experimentele medicijnen die een rol zouden kunnen spelen bij de behandeling van een ernstig zieke patiënt die geïntubeerd en dus beademd wordt zijn nu chloroquine en het nieuwe, nooit in fase 1 geteste, remdesivir.
Dit middel kunnen we krijgen op compassionate use base en is aan te vragen via een website van het RIVM, https://lci.rivm.nl/remdesivir

Dit middel wordt momenteel ook in allerlei studies getest. Op CT.gov kan ik er alleen al 6 vinden.

[LightPhoenix]

NiGeLaToR schreef op woensdag 18 maart 2020 @ 21:26:
[...]


Dank voor je reactie. Merk dat ik soms beetje zoekende ben naar dingen die we eigenlijk nog lang niet weten.

We weten over het algemeen heel veel over hoe dit soort infecties gaan, het gaat er alleen om dat er zo ontzettend veel parameters zijn die invloed hebben dat lastig te zeggen is waarom persoon A hevigere symptomen heeft dan persoon B. Kan aan verschil in genen liggen, of in hoe die genen tot expressie komen, of aan welke dingen persoon A toen hij 3 was is blootgesteld en persoon B pas bij 5 jaar, .... Kan zijn dat het net gaat om hoe uitgerust persoon A is t.o.v. persoon B (en dit heeft dan weer uitwerking op welke hormonen op aanwezig zijn op 'het' moment van infectie). Ik kan nog wel even doorgaan met parameters opnoemen... We weten dat het allemaal invloed heeft.

[cyclofosfamide]

RoD schreef op woensdag 18 maart 2020 @ 21:38:
[...]

Waarom is dat bijzonder? Natuurlijk is een METC normaal gesproken niet bijzonder snel, maar ik kan me zo voorstellen dat ze voor deze studie alles aan de kant hebben geschoven?


[...]

Dit middel wordt momenteel ook in allerlei studies getest. Op CT.gov kan ik er alleen al 6 vinden.

Bijzonder inderdaad dat het zo snel gaat; lees maar eens wat de normale doorlooptijden zijn van de METC bij dit type onderzoek.

Het middel remdesivir wordt inderaad getest in studies; het wordt nu voor het eerst toegepast op compassionate use basis ipv binnen een studie. Hoe vaak maken we dit mee dat er nog geen fatsoenlijke fase 1 studie gedaan is en het toch toegepast wordt in de praktijk omdat we met de rug tegen de muur staan? Ik kan me zo'n vroege toelating niet heugen.

[RoD]

cyclofosfamide schreef op woensdag 18 maart 2020 @ 21:50:
[...]


Bijzonder inderdaad dat het zo snel gaat; lees maar eens wat de normale doorlooptijden zijn van de METC bij dit type onderzoek.

Het middel remdesivir wordt inderaad getest in studies; het wordt nu voor het eerst toegepast op compassionate use basis ipv binnen een studie. Hoe vaak maken we dit mee dat er nog geen fatsoenlijke fase 1 studie gedaan is en het toch toegepast wordt in de praktijk omdat we met de rug tegen de muur staan? Ik kan me zo'n vroege toelating niet heugen.

Ja, eens

Wat betreft die doorlooptijden, daar weet ik alles van ivm mijn dagelijks werk Maar de normale regels gelden niet meer. Ik postte dit eerder al eens in dit topic. Wat normaal in maanden wordt gedaan, wordt nu in dagen gedaan. Er wordt door alle betrokken partijen een bizarre hoeveelheid werk verzet.

[pedorus]

NiGeLaToR schreef op woensdag 18 maart 2020 @ 21:21:
@Holkers ja deels wel - het kan dus niet zo zijn dat het verschil in reactie per mens ook kan komen doordat je geinfecteerd wordt door een 'verzwakt' virus. Bijvoorbeeld omdat de persoon die je besmet z'n afweer al in de weer is om het virus te bestrijden? Tis een alles-of-niets situatie: of je wordt besmet, of niet.

Aangezien een virus redelijk 1-op-1 kopietjes maakt is de kans op een verzwakt virus niet zo groot. Ongeveer 79% van de bekende gevallen kwam in een studie vanwege een onbekend geval (bron: Science artikel). Dus mensen die niet ziek genoeg waren om bekend te raken, waren prima in staat om het virus te verspreiden en bijvoorbeeld ziekenhuisopnames te veroorzaken. Ze waren iets minder besmettelijk (~55%), maar kwamen veel vaker voor. Dat zou ook kunnen verklaren waarom de verspreiding nu zo al wereldwijd zo groot is: de meeste verspreiders weten niet dat ze het hebben.

Vind het typisch dat het verschil in symptomen zo enorm is en vroeg me in ene af of dat beïnvloed kan worden door een 'zwakker' virus, net als bij een vaccinatie.

Ik gok toch dat dit vooral komt door de toestand van het immuunsysteem (Youtube: voorbeelden bekende oorzaken) en andere condities die we veelal nog niet weten en specifiek zijn voor dit virus. Niet zozeer dat je minder of ander virus krijgt van iemand die weinig last heeft. Bijvoorbeeld in Zuid-Korea lijkt het virus minder dodelijk, maar daar testen ze vaker en lees net in Science dat de besmette kerk vooral bezocht werd door jongeren, en het is bekend dat vooral ouderen sterven.

Edit: Ander voorbeeld: In Italie zijn relatief veel doden, maar 99% van de doden had ook een andere aandoening, en 74% zelf meerdere. italiaans rapport.

Holkers schreef op woensdag 18 maart 2020 @ 21:26:
(de S en de L variant, link moet ik je even schuldig blijven).

Linkje over S en L strains: YouTube: COVID-19 Mutation and Evolution

[ Voor 7% gewijzigd door pedorus op 19-03-2020 00:30 ]

[MikeyMan]

Ik zat zo eens te zoeken naar de correlatie tussen lengte en Covid gevallen. Maar daar kan ik nog niet echt iets over terug vinden. Mijn gedachte was; er is samenhang tussen lengte en bloeddruk, en lengte en obesitas. Beiden zijn gekenmerkt als zaken die bijdragen aan het risico op overlijden aan Covid.

Gezien we hier overmatig lang zijn, dacht ik daar eens naar te zoeken.
Kan wel iets vinden over lengte en bloeddruk:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5815765/

Maar in combinatie met covid nog niet gelukt.

[I-King]

Stuk over het gebrek aan data en of we nu niet teveel in paniek raken. Misschien maken we meer kapot met de huidige maatregelen dan dat we oplossen.

https://www.statnews.com/...eaoRoSOcdUzAv_qlRrWbx885A

[MikeyMan]

I-King schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 11:18:
Stuk over het gebrek aan data en of we nu niet teveel in paniek raken. Misschien maken we meer kapot met de huidige maatregelen dan dat we oplossen.

https://www.statnews.com/...eaoRoSOcdUzAv_qlRrWbx885A

Helemaal te volgen dit artikel, maar dit zegt natuurlijk nog niet dat de zorg niet overbelast raakt, wat wel degelijk een grote impact heeft op het sterftecijfer.

[LightPhoenix]

MikeyMan schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 11:24:
[...]


Helemaal te volgen dit artikel, maar dit zegt natuurlijk nog niet dat de zorg niet overbelast raakt, wat wel degelijk een grote impact heeft op het sterftecijfer.

Dat wordt toch juist onderkent in het artikel?

Het grootste probleem is echt dat we geen inzicht in de werkelijke data hebben en het daardoor zo goed als onmogelijk is om beleid te maken wat gebaseerd is op goed te staven argumenten. Educated guesses at best.

[MikeyMan]

LightPhoenix schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 11:32:
[...]


Dat wordt toch juist onderkent in het artikel?

Het grootste probleem is echt dat we geen inzicht in de werkelijke data hebben en het daardoor zo goed als onmogelijk is om beleid te maken wat gebaseerd is op goed te staven argumenten. Educated guesses at best.

Misschien lees ik er overheen, maar dat haal ik er niet uit. Welke passage doel je op?

Dit is nog wel een leuke uit dat artikel:

It’s like an elephant being attacked by a house cat. Frustrated and trying to avoid the cat, the elephant accidentally jumps off a cliff and dies.

[TorpedoX_88]

MikeyMan schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 11:24:
[...]


Helemaal te volgen dit artikel, maar dit zegt natuurlijk nog niet dat de zorg niet overbelast raakt, wat wel degelijk een grote impact heeft op het sterftecijfer.

Dat is inderdaad het punt, waarom loopt het in bv Italie zo uit de hand terwijl dat met de seizoensgriep bv niet gebeurd?

[MikeyMan]

TorpedoX_88 schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 11:40:
[...]

Dat is inderdaad het punt, waarom loopt het in bv Italie zo uit de hand terwijl dat met de seizoensgriep bv niet gebeurd?

Nouja, daar zijn inmiddels wel de nodige inzichten in:
- relatief oude bevolking
- toch te laat begonnen met enige maatregelen, zoals Social distancing
- 99% had minimaal 1 andere aandoening
- te laat beginnen met kiezen wie te behandelen

En mag het wat meer zijn. Hoeveel ruimte er in NL wellicht nog is om meer afstand te houden, we doen het m.i. sneller een stuk beter dan in Italië. Wat dat betreft dienen ze als mooi voorbeeld. Hoe cru ook.

[LightPhoenix]

MikeyMan schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 11:38:
[...]


Misschien lees ik er overheen, maar dat haal ik er niet uit. Welke passage doel je op?

Dit is nog wel een leuke uit dat artikel:


[...]

Wellicht begrijp ik je niet goed, waarvoor dan mijn excuses, maar ik doel op dit stuk:

Flattening the curve to avoid overwhelming the health system is conceptually sound — in theory. A visual that has become viral in media and social media shows how flattening the curve reduces the volume of the epidemic that is above the threshold of what the health system can handle at any moment.
Related:

Yet if the health system does become overwhelmed, the majority of the extra deaths may not be due to coronavirus but to other common diseases and conditions such as heart attacks, strokes, trauma, bleeding, and the like that are not adequately treated. If the level of the epidemic does overwhelm the health system and extreme measures have only modest effectiveness, then flattening the curve may make things worse: Instead of being overwhelmed during a short, acute phase, the health system will remain overwhelmed for a more protracted period. That’s another reason we need data about the exact level of the epidemic activity.

En dan dus vooral de door mij vet gemaakte zin. De auteur lijkt er, wederom in mijn optiek, rekening mee te houden dat het wel degelijk kan gebeuren, maar gaat dan meer in op het feit dat je de extra doden dan niet zeker aan het virus toe kan schrijven, maar meer aan de gevolgen van het missen van extra capaciteit voor 'normale' ernstige zaken. Wederom, misschien begrijp ik je insteek verkeerd.

[MikeyMan]

@LightPhoenix daar had ik inderdaad overheen gelezen

Maargoed, zonder corona of willekeurig andere oorzaak van plotseling over aanbod zou dat natuurlijk niet gebeurd zijn. Lijkt mij alsnog de root cause dan.

[TorpedoX_88]

MikeyMan schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 11:43:
[...]


Nouja, daar zijn inmiddels wel de nodige inzichten in:
- relatief oude bevolking
- toch te laat begonnen met enige maatregelen, zoals Social distancing
- 99% had minimaal 1 andere aandoening
- te laat beginnen met kiezen wie te behandelen

En mag het wat meer zijn. Hoeveel ruimte er in NL wellicht nog is om meer afstand te houden, we doen het m.i. sneller een stuk beter dan in Italië. Wat dat betreft dienen ze als mooi voorbeeld. Hoe cru ook.

Dit kan idd het verschil tussen NL en Italie verklaren, maar waarom zou dit met een variant van de seizoensgriep van een paar jaar geleden (waar 10.000 mensen in NL aan overleden als ik me niet vergis) anders zijn dan?

[MikeyMan]

TorpedoX_88 schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 11:49:
[...]

Dit kan idd het verschil tussen NL en Italie verklaren, maar waarom zou dit met een variant van de seizoensgriep van een paar jaar geleden (waar 10.000 mensen in NL aan overleden als ik me niet vergis) anders zijn dan?

- we weten dat het griep is, want er was geen corona
- er is groepsimmuniteit door mensen die het al gehad hebben
- de ziektegevallen spreiden over een langere periode

[LightPhoenix]

@MikeyMan: Root cause is dan natuurlijk dat er een epidemie heerst, maar voor de statistieken kun je die doden niet op het conto van het virus schuiven. Die doden zijn niet dood gegaan aan het virus of zelfs maar aan de gevolgen van het virus. Dus mag je ze niet meenemen in cijfers die gaan over hoe dodelijk het virus zelf is.
Ik snap dat dit natuurlijk een wetenschappelijke discussie is, het zal iedereen een worst zijn als er een naaste sterft of dat nu door het virus was of door capaciteit problemen door het virus, maar voor de feiten over hoe dodelijk het virus zelf nu is wel weer belangrijk. (Ik probeer niet de koude wetenschapper uit te hangen is alles wat ik wil zeggen )

[TorpedoX_88]

MikeyMan schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 11:52:
[...]


- we weten dat het griep is, want er was geen corona
- er is groepsimmuniteit door mensen die het al gehad hebben
- de ziektegevallen spreiden over een langere periode

Goede punten, vooral de laatste 2 tellen zwaar waarschijnlijk, mede door de beschikbaarheid van een vaccin en waarschijnlijk een lagere R0 voor de seizoensgriep. Maar mocht corona uiteindelijk een lager mortaliteitspercentage blijken te hebben dan is het maar de vraag of het "erger" is dan de seizoensgriep, en dat is precies waar het artikel op doelt.

[MikeyMan]

@LightPhoenix das toch waar dit topic voor is

[Brent]

LightPhoenix schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 11:32:
[...]


Dat wordt toch juist onderkent in het artikel?

Het grootste probleem is echt dat we geen inzicht in de werkelijke data hebben en het daardoor zo goed als onmogelijk is om beleid te maken wat gebaseerd is op goed te staven argumenten. Educated guesses at best.

Des te meer reden een wat conservatiever aanpak te nemen, dwz. hetgeen WHO voorschrijft? Dat levert wat economische schade op, maar dat is beter dan menselijke schade.

Overigens is er veel te leren uit SEA, lessen die helaas nog onvoldoende zijn doorgedrongen in het Westen. Zij hebben bij de vorige SARS een veel snellere reactie-systeem ontwikkelt, en dat lijkt vruchten af te werpen. Dat model volgen, dat is geen paniek zaaien, dat is gewoon heel verstandig.

[LightPhoenix]

Brent schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 12:29:
[...]

Des te meer reden een wat conservatiever aanpak te nemen, dwz. hetgeen WHO voorschrijft? Dat levert wat economische schade op, maar dat is beter dan menselijke schade.

Overigens is er veel te leren uit SEA, lessen die helaas nog onvoldoende zijn doorgedrongen in het Westen. Zij hebben bij de vorige SARS een veel snellere reactie-systeem ontwikkelt, en dat lijkt vruchten af te werpen. Dat model volgen, dat is geen paniek zaaien, dat is gewoon heel verstandig.

Nee dit artikel geeft juist aan dat er niet voldoende data is om te zeggen dat er juist conservatiever aangepakt moet worden. Het artikel pleit dan ook niet voor de ene aanpak boven de andere, het wil alleen aangeven dat er niet genoeg betrouwbare data is om beleid op te baseren. Dat wil dit artikel duidelijk maken. Juist de reflex om dan 'op zeker te spelen' en dus grote maatregelen te nemen kan de verkeerde aanpak zijn, omdat er geen 'zeker' is, die data is er gewoon niet.

[Brent]

LightPhoenix schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 12:38:
[...]

het wil alleen aangeven dat er niet genoeg betrouwbare data is om beleid op te baseren. [...]

Maar dat is inherent aan vroeg ingrijpen bij epidemieën. Je moet niet naar de data van deze epidemie kijken, maar van epidemieën die al voltooid zijn. SARS in 2002/3 in SEA is de goto natuurlijk. De data die we daarvoor hebben biedt wel data om beleid op te baseren.

Het lijkt een variant van de McNamara Fallacy: door enkel te kijken naar data die je hebt (en evt onvolledig vind), kun je soms vergeten te kijken naar data die je wel hebt (en misschien vollediger is), of je beseffen dat ook niet-data relevante info kan zijn (de Quantification Bias).

[LightPhoenix]

Brent schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 12:44:
[...]

Maar dat is inherent aan vroeg ingrijpen bij epidemieën. Je moet niet naar de data van deze epidemie kijken, maar van epidemieën die al voltooid zijn. SARS in 2002/3 in SEA is de goto natuurlijk. De data die we daarvoor hebben biedt wel data om beleid op te baseren.

Het lijkt een variant van de McNamara Fallacy: door enkel te kijken naar data die je hebt (en evt onvolledig vind), kun je soms vergeten te kijken naar data die je wel hebt (en misschien vollediger is), of je beseffen dat ook niet-data relevante info kan zijn (de Quantification Bias).

Het spijt me wel, maar heb je het artikel gelezen? Wat aan het artikel bevalt je wetenschappelijk gezien niet? Kun je de passages aanhalen welke je met jouw bronnen wilt weerleggen? Alleen op die manier kunnen we een nuttige discussie hebben over dit artikel.

[Brent]

LightPhoenix schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 12:48:
[...]


Het spijt me wel, maar heb je het artikel gelezen? Wat aan het artikel bevalt je wetenschappelijk gezien niet? Kun je de passages aanhalen welke je met jouw bronnen wilt weerleggen? Alleen op die manier kunnen we een nuttige discussie hebben over dit artikel.

Het gaat fout bij de hypothese, niet het verdere verloop van het artikel. Die hypothese is dat we de luxe (kunnen) hebben om eerder meer data te verzamelen voor we acteren. Dat is niet zo. Hij hedged verder ook veel in de laatste paragrafen. Gelukkig sluit hij open af: we hebben wel data uit SEA, die wordt in de VS en de rest van het Westen alleen helaas nog te weinig bekeken.

[LightPhoenix]

Brent schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 12:56:
[...]

Het gaat fout bij de hypothese, niet het verdere verloop van het artikel. Die hypothese is dat we de luxe (kunnen) hebben om eerder meer data te verzamelen voor we acteren. Dat is niet zo. Hij hedged verder ook veel in de laatste paragrafen. Gelukkig sluit hij open af: we hebben wel data uit SEA, die wordt in de VS en de rest van het Westen alleen helaas nog te weinig bekeken.

Zou je voor mij de paragraaf willen quoten waar hij zijn hypothese uiteenzet/dan wel waar jij de hypothese vindt? En wat is die hypothese dan precies volgens jou?

En waar (in welke paragraaf) gaat hij in op die data uit SEA? Ik zie dat niet, maar dat kan heel goed aan mij liggen.

Alleen als we allemaal over hetzelfde praten dan heeft het zin om echt te discussiëren.

[Brent]

LightPhoenix schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 13:07:
[...]


Zou je voor mij de paragraaf willen quoten waar hij zijn hypothese uiteenzet/dan wel waar jij de hypothese vindt? En wat is die hypothese dan precies volgens jou?

Die maakt hij niet expliciet, maar hij lijkt data als voorwaarde voor actie (wat die dan ook is) te zien. Dat is de aanname.

En waar (in welke paragraaf) gaat hij in op die data uit SEA? Ik zie dat niet, maar dat kan heel goed aan mij liggen.

Dat doe hij dus ook niet, en dat is opmerkelijk, want dat zou evt data kunnen zijn waarop hij wel (net zoals WHO) acties kan stoelen.

[MikeyMan]

Zat de persco van de WHO van gisteren te bekijken.

Er wordt nogal een uitspraak gedaan hier.
Komt erop neer dat enerzijds europese landen druk doende zijn om op te schalen, maar vervolgens dat er geen gebrek aan test kits had hoeven zijn. Vind dat nogal wat; gezien volgens mij letterlijk alle landen aangeven dat ze niet zomaar even op kunnen schalen.

Vraag "Is er een gebrek aan test capaciteit" wordt gesteld op:
YouTube: Live from WHO Headquarters - COVID-19 daily press briefing 18MAR2020

Wil hier geen discussie starten over welke strategie beter en de haalbaarheid van de strategie an sich, waar ik ook nog wel mijn bedenkingen bij heb. Maar volgens mij wordt er nogal een grote broek aan getrokken.

Tevens wel de opmerking dat er geautomatiseerd getest kan worden met '5000 tegelijk'.

[ Voor 7% gewijzigd door MikeyMan op 19-03-2020 13:20 ]

[LightPhoenix]

Brent schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 13:17:
[...]

Die maakt hij niet expliciet, maar hij lijkt data als voorwaarde voor actie (wat die dan ook is) te zien. Dat is de aanname.

Oke, dus geen hypothese in de tekst. Kun je dan aangeven waar die 'data als voorwaarde voor actie' geclaimd wordt? Of is dat jouw eigen interpretatie van de tekst?

[...]

Dat doe hij dus ook niet, en dat is opmerkelijk, want dat zou evt data kunnen zijn waarop hij wel (net zoals WHO) acties kan stoelen.

Maar... je gaf net zelf nog aan dat hij dat wel deed in de tekst:

Brent schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 12:56:
[...]

Het gaat fout bij de hypothese, niet het verdere verloop van het artikel. Die hypothese is dat we de luxe (kunnen) hebben om eerder meer data te verzamelen voor we acteren. Dat is niet zo. Hij hedged verder ook veel in de laatste paragrafen. Gelukkig sluit hij open af: we hebben wel data uit SEA, die wordt in de VS en de rest van het Westen alleen helaas nog te weinig bekeken.

Wat is het nu? Heeft hij het er wel over, of niet?

Kan het misschien zijn dat je graag jouw standpunt hier in wil laten horen en dit artikel alleen als aangrijpingspunt gebruikt Laat zulke verwijten achterwege aub

[ Voor 3% gewijzigd door tweakduke op 19-03-2020 20:51 ]

[Holk]

MikeyMan schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 13:19:
Zat de persco van de WHO van gisteren te bekijken.

Er wordt nogal een uitspraak gedaan hier.
Komt erop neer dat enerzijds europese landen druk doende zijn om op te schalen, maar vervolgens dat er geen gebrek aan test kits had hoeven zijn. Vind dat nogal wat; gezien volgens mij letterlijk alle landen aangeven dat ze niet zomaar even op kunnen schalen.

Vraag "Is er een gebrek aan test capaciteit" wordt gesteld op:
YouTube: Live from WHO Headquarters - COVID-19 daily press briefing 18MAR2020

Wil hier geen discussie starten over welke strategie beter en de haalbaarheid van de strategie an sich, waar ik ook nog wel mijn bedenkingen bij heb. Maar volgens mij wordt er nogal een grote broek aan getrokken.

Tevens wel de opmerking dat er geautomatiseerd getest kan worden met '5000 tegelijk'.

Enige zinnige wat ik daar over kan zeggen is dat wij geen specifieke PCR kits meer konden bestellen omdat deze werden gebruikt voor de Cov2 detectie. In heel europa waren er nog 10 kits (reagentia) beschikbaar, dat is voor een test of 10.000 (monoplo)

[MikeyMan]

Holkers schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 13:26:
[...]


Enige zinnige wat ik daar over kan zeggen is dat wij geen specifieke PCR kits meer konden bestellen omdat deze werden gebruikt voor de Cov2 detectie. In heel europa waren er nog 10 kits (reagentia) beschikbaar, dat is voor een test of 10.000 (monoplo)

Ja maar deze meneer zegt dat je even een apparaat uit het schap kan trekken dat 5000 tests tegelijk doet...

[Holk]

MikeyMan schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 13:28:
[...]


Ja maar deze meneer zegt dat je even een apparaat uit het schap kan trekken dat 5000 tests tegelijk doet...

Apparaat (niet dat ik er een ken die het kan) uit de la trekken is 1 ding, het laden met samples het andere. Ik denk dat de man wil dat we gaan NGS sequencen of old school Sanger doen, maar de Q en ddPCR assays zijn veel betrouwbaarder (maar onderhevig aan schaarste)

[Henkie_NtA]

Holkers schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 13:32:
[...]


Apparaat (niet dat ik er een ken die het kan) uit de la trekken is 1 ding, het laden met samples het andere. Ik denk dat de man wil dat we gaan NGS sequencen of old school Sanger doen, maar de Q en ddPCR assays zijn veel betrouwbaarder (maar onderhevig aan schaarste)

Waarom vind je NGS minder betrouwbaar?
Los van dat ik NGS minder geschikt vind qua snelheid en schaal voor diagnostisch testen van patienten.

[Holk]

Henkie_NtA schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 13:52:
[...]


Waarom vind je NGS minder betrouwbaar?
Los van dat ik NGS minder geschikt vind qua snelheid en schaal voor diagnostisch testen van patienten.

Vaak zoek je een speld in een hooiberg als je NGS op deze manier toepast. Daarbij wil je iedere patiënt een eigen barcode meegeven zodat je weet welke patiënt positief is. Als laatste wil je het pair-wise doen om fout positieve of negatieve uit te sluiten. Tel je dan alles op is de throughput te laag, de complexiteit te groot (erg bewerkzaam) en de foutmarge te hoog.

[codex]

Wat betreft Italië, opvallend is dat sowieso met griep er veel sterfte is tov andere landen in Europa:
https://www.sciencedirect...cle/pii/S1201971219303285

[Henkie_NtA]

Holkers schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 14:13:
[...]


Vaak zoek je een speld in een hooiberg als je NGS op deze manier toepast. Daarbij wil je iedere patiënt een eigen barcode meegeven zodat je weet welke patiënt positief is. Als laatste wil je het pair-wise doen om fout positieve of negatieve uit te sluiten. Tel je dan alles op is de throughput te laag, de complexiteit te groot (erg bewerkzaam) en de foutmarge te hoog.

Met NGS testen op corona is vaak shotgun seqeuncen inderdaad, niet helemaal speld in hooiberg, maar inderdaad niet heel specifiek.
Ben het verder met je eens hoor, maar het is meer dat NGS in deze context (dus het grootschalig testen van patienten) niet praktisch is en, zoals ik al eens eerder aangaf, meer gebruikt wordt voor dieper kijken naar ontwikkelingen in het virusgenoom.

[Holk]

We hebben in het verleden een MiSeq toegepast om mutaties te zoeken (soort van SNP detectie). Als je dan de chip vol laad met allemaal dezelfde templates met hier en daar een plek waar een puntmutatie zit, dan gaat het apparaat redelijk op hol. Plat gezegd kan de machine geen onderscheid maken tussen de clusters en ziet alleen maar 1 kleur voorbij komen. De foutmarge met deze methode kregen wij niet onder de 10%. Overgestapt op kwantitatieve PCR methodes die 0.01% foutmarge hebben.

[Henkie_NtA]

Holkers schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 14:24:
We hebben in het verleden een MiSeq toegepast om mutaties te zoeken (soort van SNP detectie). Als je dan de chip vol laad met allemaal dezelfde templates met hier en daar een plek waar een puntmutatie zit, dan gaat het apparaat redelijk op hol. Plat gezegd kan de machine geen onderscheid maken tussen de clusters en ziet alleen maar 1 kleur voorbij komen. De foutmarge met deze methode kregen wij niet onder de 10%. Overgestapt op kwantitatieve PCR methodes die 0.01% foutmarge hebben.

Dan was je diversiteit inderdaad niet hoog genoeg, houdt een MiSeq niet van.

[Juup]

In het programma "Op1" gisteren, zei Ernst Kuipers, voorzitter Erasmus MC:

We testen medewerkers heel laagdrempelig, ook bij lichte klachten.
We hebben in de afgelopen dagen 936 medewerkers getest en daarvan waren er 50 positief.
Door stamtypering konden we zien dat niemand de besmetting heeft opgelopen in het Erasmus MC.

https://www.npostart.nl/op1/18-03-2020/POW_04596616 vanaf 1h00

Mag je uit deze data extrapoleren dat ongeveer 50 van de 1000 werkende Rotterdammers (met dezelfde leeftijdsverdeling) ook Corona positief is?

[Batavia]

Juup schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 14:51:
In het programma "Op1" gisteren, zei Ernst Kuipers, voorzitter Erasmus MC:

[...]

https://www.npostart.nl/op1/18-03-2020/POW_04596616 vanaf 1h00

Mag je uit deze data extrapoleren dat ongeveer 50 van de 1000 werkende Rotterdammers (met dezelfde leeftijdsverdeling) ook Corona positief is?

Nee omdat mensen in de zorg een veel hoger dan gemiddeld risico hebben om in contact te komen met allerlei ziektes. Het is dus niet onwaarschijnlijk dat zij ook veel eerder besmet raken nu.

[ Voor 6% gewijzigd door Batavia op 19-03-2020 14:59 ]

[Juup]

Je bedoelt dat ze privé een hoger dan gemiddeld risico hebben?
Want ze hebben het iig niet in het Erasmus opgelopen.

[LightPhoenix]

Batavia schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 14:58:
[...]


Nee omdat mensen in de zorg een veel hoger dan gemiddeld risico hebben om in contact te komen met allerlei ziektes

Ga je er dan vanuit dat hun contact met andere ziektes hen meer vatbaar maakt voor iets buiten het ziekenhuis? Want er wordt expliciet bijgezegd dat het dus buiten het ziekenhuis is opgedaan. Probleem is wel weer dat hij zegt 'Medewerkers' zijn dat handen aan het bed? Of zijn dat de managers/receptionisten etc etc? Want de vraag is of juist verplegend personeel en doktoren niet meer (of gewoon beter) de hygiëne regels in acht nemen. Jammer dat hier door de interviewers niet op doorgegaan is.

Edit: Jaaap was me voor

[Batavia]

Juup schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 15:02:
Je bedoelt dat ze privé een hoger dan gemiddeld risico hebben?
Want ze hebben het iig niet in het Erasmus opgelopen.

Ja dat ook omdat hun kinderen nog naar de dagopvang gaan. Omdat ze meer reizen (met bijvoorbeeld ov). Ze zijn gemiddeld iets minder social gedistanced

edit: En ondanks alle maatregelen die je op je werk neemt. Ze lopen gewoon een hogere kans dat ze op de parkeerplaats langs iemand lopen die hoest en corona heeft.
Hun hele patroon van leven is gevoeliger dan iemand die nu 24/7 thuis zit en alleen op vrijdag ochtend boodschappen gaan doen.

Dat wilt niet zeggen dat er geen andere mensen besmet zijn, maar wel dat zij gewoon een hoger dan gemiddeld risico lopen

[ Voor 43% gewijzigd door Batavia op 19-03-2020 15:28 ]

[MikeyMan]

Zou dit niet een wat onzorgvuldige formulering zijn?
Dat ze bedoelden "niet door onderlinge besmetting in het EMC"?

edit; na 17x door die verschrikkelijke NPO site te hebben geklikt met elke keer opnieuw twee keer reclame.
Hij zegt zelfs dat ze het niet hebben opgelopen van patiënten.

Dus inderdaad letterlijk buiten het ziekenhuis.
Dit zou inderdaad een indicatie van een veel verdere verspreiding kunnen zijn, en verbaast me eigenlijk niets.

Dit waren overigens wel mensen met 'lichte klachten'.

[ Voor 68% gewijzigd door MikeyMan op 19-03-2020 15:27 ]

[Brent]

LightPhoenix schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 13:25:
[...]


Wat is het nu? Heeft hij het er wel over, of niet?

Ik zie de verwarring: dat SEA zette ikzelf in lijn van de open afsluiting, maar hij idd niet.

Kan het misschien zijn dat je graag jouw standpunt hier in wil laten horen en dit artikel alleen als aangrijpingspunt gebruikt knip

Op de man laten we achterwege, ook als jullie er niet uit komen

[ Voor 18% gewijzigd door tweakduke op 19-03-2020 20:53 ]

[Juup]

MikeyMan schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 15:16:
Dit waren overigens wel mensen met 'lichte klachten'.

Ah ja dat is wel een belangrijk verschil.

[LightPhoenix]

Brent schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 15:30:
[...]

Ik zie de verwarring: dat SEA zette ikzelf in lijn van de open afsluiting, maar hij idd niet.

[...]
Kan het zijn dat jij de pedantie-medaille vandaag wil winnen?

Ik vind het jammer dat je nog steeds geen antwoord geeft op de vragen die ik je in mijn vorige post stel. Ik vind zeker niet dat mijn mening boven die van anderen verheven is en mocht je een goed punt maken dan zal ik je dat zeker geven. Maar tot nu toe heb ik je nog nergens direct in zien gaan op de tekst van het artikel zelf, zelfs niet als je daar specifiek om vraag. Dan word ik wat argwanend over je motieven, dat mag je zeker weten.

[Brent]

LightPhoenix schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 15:41:
[...]


Ik vind het jammer dat je nog steeds geen antwoord geeft op de vragen die ik je in mijn vorige post stel.

Volgens mij doe ik dat hier:

Brent in "Wetenschappelijke ontwikkelingen rond het Coronavirus"
Brent in "Wetenschappelijke ontwikkelingen rond het Coronavirus"
Brent in "Wetenschappelijke ontwikkelingen rond het Coronavirus"

Maar tot nu toe heb ik je nog nergens direct in zien gaan op de tekst van het artikel zelf, zelfs niet als je daar specifiek om vraag.

Misschien refereer je hier aan wat ik de impliciete hypothese noem? Daar kan ik verder niets op kwoten, maar wat volg je van mijn argument niet dan? Ik zie je hier alleen maar herhalen 'dat ik niet op het artikel inga', terwijl ik nu al een aantal posts het over de stelling 'eerst data dan actie' heb, die ik erin meen te lezen. Reageer daar zelf eens inhoudelijk op, we zijn nog geen stap eerder sinds je eerste klacht.

Dan word ik wat argwanend over je motieven, dat mag je zeker weten.

Idem!

[psychodude]

Juup schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 15:02:
Je bedoelt dat ze privé een hoger dan gemiddeld risico hebben?
Want ze hebben het iig niet in het Erasmus opgelopen.

Ten dele mogelijk wel, dit door de geografische verdeling van het virus binnen Europa. Artsen in het bijzonder gaan toch vaker op wintersport dan bijv. de doorsnee Rotterdammer. Iets dat achteraf gezien in dit kader een risico is gebleken in het kader van deze uitbraak.

Een tweede rol die meespeelt op dit moment is dat ondanks alle insteek op thuiswerken, dit binnen de gezondheidszorg aanzienlijk lastiger wordt. Ook is risicoverhogend. En met niet in het Erasmus MC opgelopen weet ik niet goed of ze enkel bedoelen, niet opgelopen van een patiënt of ook niet opgelopen via een collega.

[Eli3l]

Leesvoer

these genomic comparisons suggest that the SARS-Cov-2 virus is the result of a recombination between two different viruses, one close to RaTG13 and the other closer to the pangolin virus. In other words, it is a chimera between two pre-existing viruses.

https://theconversation.c...-may-have-combined-134059

[henkyyyyyyy]

Ik vond dit stukje.
Klinkt hoopvol, maar moet nog wel getest worden.

https://www.ukrant.nl/mag...ijn-bestaat-misschien-al/

[Freee!!]

henkyyyyyyy schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 22:57:
Ik vond dit stukje.
Klinkt hoopvol, maar moet nog wel getest worden.

https://www.ukrant.nl/mag...ijn-bestaat-misschien-al/

Het klinkt (bijna) te mooi om waar te zijn.

[bvbal79]

henkyyyyyyy schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 22:57:
Ik vond dit stukje.
Klinkt hoopvol, maar moet nog wel getest worden.

https://www.ukrant.nl/mag...ijn-bestaat-misschien-al/

Voor op IC zou dit geweldig zijn, maar de vraag is of chloroquine dezelfde werking heeft als je het als aerosool toedient...

[Freee!!]

bvbal79 schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 23:48:
[...]
Voor op IC zou dit geweldig zijn, maar de vraag is of chloroquine dezelfde werking heeft als je het als aerosool toedient...

Dat is dus precies wat nu nog onderzocht moet worden. Als dit werkt, heeft het het grote voordeel, dat je met veel lagere doses kunt volstaan, waardoor ongewenste bij-effecten een stuk minder optreden.

[kwakzalver]

Handboek voor hulpverlening uit China in het Engels voor de geïnteresseerden.

Handboek of Covid-19 Prevention and Treatment.
https://s.docworkspace.com/d/AP-pPn7zlrohorm3qeumFA

[klaaas]

MikeyMan schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 15:16:
Hij zegt zelfs dat ze het niet hebben opgelopen van patiënten.

Correct me if I'm wrong, maar dat kun je toch alleen zeggen als je alle patiënten getest hebt? Of iig alle patiënten waarmee de betreffende personen in aanraking zijn gekomen?

[paradoXical]

Batavia schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 14:58:
[...]


Nee omdat mensen in de zorg een veel hoger dan gemiddeld risico hebben om in contact te komen met allerlei ziektes. Het is dus niet onwaarschijnlijk dat zij ook veel eerder besmet raken nu.

Uit zeer recent onderzoek in NL (sorry kan geen bron geven aangezien de bron, webinar arsten, privé is gezet) blijkt dat er geen of bijna geen besmettingen van patiënt op zorgmedewerker hebben plaatsengevonden binnen de NL populatie. De gevallen betroffen introducties van buitenaf.

Dragen van beschermende kleding en goede hygiëne lijken dus effectief te zijn. Ik heb geen idee over de hoeveelheid verzamelde data.

[Speed24]

paradoXical schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 00:41:
[...]


Uit zeer recent onderzoek in NL (sorry kan geen bron geven aangezien de bron, webinar arsten, privé is gezet) blijkt dat er geen of bijna geen besmettingen van patiënt op zorgmedewerker hebben plaatsengevonden binnen de NL populatie. De gevallen betroffen introducties van buitenaf.

Dragen van beschermende kleding en goede hygiëne lijken dus effectief te zijn. Ik heb geen idee over de hoeveelheid verzamelde data.

Toch niet die webinar voor huisartsen van woensdag? Ik hoop niet dat dat het niveau van huisartsen is, want dat viel me toch heel erg tegen.

In het ziekenhuis waar ik het van weet zijn genoeg zorgmedewerkers besmet door (met name) één patient. Maar daarna is weinig contactonderzoek gedaan en zijn de coronatests bij medewerkers zelfs gestaakt...
Dus de statistieken zullen wel vetroebeld zijn. Op papier kan het er inderdaad goed uit zien.

[Holk]

Kan iemand mij een link geven naar een database of site waar ik de meest up to date sequentie data kan vinden van dit virus? Ik zoek het hele genoom inclusief 5’ en 3’ riegios

[MikeyMan]

klaaas schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 00:36:
[...]


Correct me if I'm wrong, maar dat kun je toch alleen zeggen als je alle patiënten getest hebt? Of iig alle patiënten waarmee de betreffende personen in aanraking zijn gekomen?

Ja goed punt... Of op basis van dat DNA (heet dat zo?) onderzoek wat ook wordt uitgevoerd misschien?

[Verwijderd]

Freee!! schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 23:20:
[...]

Het klinkt (bijna) te mooi om waar te zijn.

Dat is het waarschijnlijk ook. Op dit moment roept iedereen het ei van columbus te hebben in de hoop voor een smak geld voor onderzoek. Nieuwe medicijnen (hooguit bestaande) en vaccins zijn nog een tijdje weg, daarvoor moet je echt naar de vrewachting van farmaceuten kijken.. die hebben er kijk op. Niet die ene hoogleraar die fondsen binnen moet halen.

[paradoXical]

Speed24 schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 06:32:
[...]
Toch niet die webinar voor huisartsen van woensdag? Ik hoop niet dat dat het niveau van huisartsen is, want dat viel me toch heel erg tegen.

In het ziekenhuis waar ik het van weet zijn genoeg zorgmedewerkers besmet door (met name) één patient. Maar daarna is weinig contactonderzoek gedaan en zijn de coronatests bij medewerkers zelfs gestaakt...
Dus de statistieken zullen wel vetroebeld zijn. Op papier kan het er inderdaad goed uit zien.

Ja die inderdaad. Ik neem aan dat je op de chat doelt? Ik zag ook vragen als 'helpt vitamine C' - je kunt er van uit gaan dat dat random mensen waren en zeker geen artsen

[DR!5EQ]

Freee!! schreef op donderdag 19 maart 2020 @ 23:20:
[...]

Het klinkt (bijna) te mooi om waar te zijn.

Dit is oud en worden in tabletvorm al proeven mee gedaan (ook in China). Het begrip medicijn en vaccin moeten niet door elkaar gehaald worden want dat zijn 2 verschillende dingen.

https://nos.nl/artikel/23...gevolgen-coronavirus.html

[Freee!!]

DR!5EQ schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 08:53:
[...]
Dit is oud en worden in tabletvorm al proeven mee gedaan (ook in China). Het begrip medicijn en vaccin moeten niet door elkaar gehaald worden want dat zijn 2 verschillende dingen.

https://nos.nl/artikel/23...gevolgen-coronavirus.html

Mijn commentaar ging over de nieuwe toedieningsvorm van dit oude medicijn.

[LightPhoenix]

Holkers schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 07:33:
Kan iemand mij een link geven naar een database of site waar ik de meest up to date sequentie data kan vinden van dit virus? Ik zoek het hele genoom inclusief 5’ en 3’ riegios

Is dit niet de meest recente? Bijbehorende publicatie staat hier. Vond hem via dit artikel.

[ Voor 20% gewijzigd door LightPhoenix op 20-03-2020 09:29 . Reden: Excuus, linkte naar het verkeerde artikel ]

[MikeyMan]

DR!5EQ schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 08:53:
[...]

Dit is oud en worden in tabletvorm al proeven mee gedaan (ook in China). Het begrip medicijn en vaccin moeten niet door elkaar gehaald worden want dat zijn 2 verschillende dingen.

https://nos.nl/artikel/23...gevolgen-coronavirus.html

Is er nog een verschil in 'mate van resistentie' te verwachten tussen:
- mensen die zelf uitgeziekt zijn
- mensen die met een medicijn uitgeziekt zijn
- mensen die gevaccineerd zijn

Vroeg me dit af o.b.v. het verschil tussen medicijn en vaccinatie...

[Freee!!]

MikeyMan schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 09:25:
[...]
Is er nog een verschil in 'mate van resistentie' te verwachten tussen:
- mensen die zelf uitgeziekt zijn
- mensen die met een medicijn uitgeziekt zijn
- mensen die gevaccineerd zijn

Vroeg me dit af o.b.v. het verschil tussen medicijn en vaccinatie...

Als er al een verschil is, is dit niet voldoende voor een meetbaar verschil in de reactie op een tweede besmetting.

NB: Bovenstaande geldt voornamelijk voor virusziektes, bacteriële besmettingen die met antibiotica zijn genezen verschillen wel.

[ Voor 11% gewijzigd door Freee!! op 20-03-2020 09:33 ]

[Family Guy]

Ik vroeg me af sinds wanneer we nu eigenlijk echt serieuze maatregelen hebben genomen, dat blijkt afgelopen vrijdag te zijn geweest (en zondag).

Is het misschien een idee om een topic(start) aan te maken met daarin een maatregelen-tijdlijn voor NL en evt. andere tijdlijnen zodat het effect van die maatregelen (wellicht) zichtbaar wordt?

[ehtweak]

Nu is er een wereldwijde vraag naar desinfecteermiddelen.
En wat blijkt, met water, zout, oftewel N_aC_l, en elektriciteit (elektrolyse) kun je heel goedkoop en redelijk simpel een prima desinfecteermiddel maken!

https://tirol.orf.at/stories/3039906/
https://www.rainews.it/tg...6b-a289-05f24f3ea63b.html
https://en.elixirion-waters.com/anolixir-anolyt
https://www.radicalwaters.com/anolyte-as-a-disinfectant/

---

Freee!! schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 09:32:
[...]
... bacteriële besmettingen die met antibiotica zijn genezen verschillen wel.

Nog wel een kanttekening hierbij. Mensen die een uitgebreide antibiotica kuur hebben ondergaan, zijn weliswaar verlost van de 'foute' bacteriën, maar vele goede bacteriën zijn meestal ook weggevaagd.
En dan kan het nog geruime tijd duren voordat je hele spijsvertering weer op orde is. M.a.w. je was al verzwakt door de bacteriële aanval, maar je blijft nog geruime tijd daarna ook veel vatbaarder omdat je hele gestel moeilijker allerlei belangrijke voedingstoffen kan opnemen.

Heb ik helaas aan den lijve ondervonden (mezelf en familieleden).

https://www.mlds.nl/gezon...ijsvertering/darmflora-2/
https://www.micropia.nl/n...e-impact-van-antibiotica/

En bij sommigen kan het maanden duren (of zelfs nog langer) voordat de darmflora weer floreert.

[ Voor 50% gewijzigd door ehtweak op 20-03-2020 09:55 ]

[Holk]

LightPhoenix schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 09:22:
[...]


Is dit niet de meest recente? Bijbehorende publicatie staat hier. Vond hem via dit artikel.

Thanks. Had die eerste gevonden maar wilde zeker zijn dat dit de meest recente was.

[LightPhoenix]

Holkers schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 10:47:
[...]


Thanks. Had die eerste gevonden maar wilde zeker zijn dat dit de meest recente was.

Np... ik heb nog geen recentere kunnen vinden iig

[MikeyMan]

Weet niet of ik dit als wetenschappelijk mag aanmerken, maar in IJsland doen ze heel uitgebreid testen.
Er is een lokaal bedrijf dat voor de tests kan zorgen. De resultaten daarvan zijn interessant:

https://www.buzzfeed.com/...ronavirus-testing-iceland

enkele punten:

The number of individuals tested by the country’s health authorities and the biotechnology firm deCode Genetics — 3,787 — roughly translates to 10,405 per million, which compares to about 5,203 in South Korea, 2478 in Italy, and 764 in the UK.

Of 3,787 individuals tested in the country, a total of 218 positive cases have been identified so far. "At least half of those infected contracted the virus while travelling abroad, mostly in high-risk areas in the European Alps (at least 90),"

"Early results from deCode Genetics indicate that a low proportion of the general population has contracted the virus and that about half of those who tested positive are non-symptomatic,” said Guðnason. “The other half displays very moderate cold-like symptoms."
“This data can also become a valuable resource for scientific studies of the virus in the future,” he added.

The actual number of cases in the UK was estimated on Monday to be between 35,000 and 50,000, with this number expected to grow rapidly in the coming weeks

.

[ Voor 78% gewijzigd door MikeyMan op 20-03-2020 11:02 ]

[Holk]

LightPhoenix schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 10:49:
[...]


Np... ik heb nog geen recentere kunnen vinden iig

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/

Deze geeft wel een aantal sequenties weer. Verbazingwekkende is dat de eerste (die jij linkte) en de laatste in deze database bijna 100% gelijk zijn

[klaaas]

MikeyMan schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 07:38:
[...]


Ja goed punt... Of op basis van dat DNA (heet dat zo?) onderzoek wat ook wordt uitgevoerd misschien?

Op basis van DNA/RNA kun je niet bepalen of je het virus in de supermarkt of in het zkh hebt opgelopen. Je kunt enkel materiaal van het personeel vergelijken met dat van patiënten en daar conclusies uit trekken. Maar ik heb het idee dat voorbij gegaan wordt aan de mogelijkheid dat de besmetting in het zkh is opgelopen via een patiënt met geen of weinig symptomen (aanwezig vanwege andere redenen), die dan ook niet getest is. In die zin moet je m.i. ook voorzichtig zijn met het extrapoleren van aantallen onder zkh personeel naar de gehele bevolking.

Uiteraard komt die mogelijkheid te vervallen als alle patiënten waarmee de betreffende werknemers in aanraking geweest zijn getest zijn, ongeacht hun symptomen.

[Sir_Lion]

MikeyMan schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 10:53:
Weet niet of ik dit als wetenschappelijk mag aanmerken, maar in IJsland doen ze heel uitgebreid testen.
Er is een lokaal bedrijf dat voor de tests kan zorgen. De resultaten daarvan zijn interessant:

https://www.buzzfeed.com/...ronavirus-testing-iceland

enkele punten:

[...]


[...]


[...]

Zijn er ook andere bronnen dan Buzzfeed? Ze staan erom bekend te draaien om sensatie.

[LightPhoenix]

Holkers schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 10:53:
[...]


https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/

Deze geeft wel een aantal sequenties weer. Verbazingwekkende is dat de eerste (die jij linkte) en de laatste in deze database bijna 100% gelijk zijn

Hoe bedoel je verbazingwekkend? Ik heb nu even een complete uit de USA genomen (MT192765) en die met de Refseq (NC_045512) aligned en daar zie ik idd maar 2 mismatches (C -> T voor beide) en wat missende nucleotiden aan het UTR kanten. Mooi dat het nog steeds 1 virus lijkt toch? Of snap ik je verkeerd?

[MikeyMan]

Sir_Lion schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 11:01:
[...]


Zijn er ook andere bronnen dan Buzzfeed? Ze staan erom bekend te draaien om sensatie.

Lijkt me niet echt een sensatie artikel, maar ik was ook al aan het zoeken....

Vind wel de data van de overheid daar:

https://www.gov.ie/en/pub...esday-17-march-350-cases/

Artikel van de overheid dat gisteren is geupdate:
https://www.government.is...tion-in-Iceland-underway/

• Iceland has tested a higher proportion of citizens than most other countries yielding valuable insights into the behavior of the virus
• Iceland has tested 7 833 individuals, which translates to 21 519 per million, compared with 5 965 in South Korea, 9 904 in Bahrain and 2 737 in Italy
• A total of 330 cases identified since first case on 28 February, no deaths and 3 hospitalizations
• 33 cases identified from 4590 samples taken among generally non-symptomatic general population since Friday

Hier worden zelfs nog hogere aantallen genoemd.

_{kom er nu achter dat ik mijn eindscriptie schrijven toch eigenlijk best leuk vond... Bronnenonderzoek etc}

[ Voor 71% gewijzigd door MikeyMan op 20-03-2020 11:08 ]

[Holk]

LightPhoenix schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 11:02:
[...]


Hoe bedoel je verbazingwekkend? Ik heb nu even een complete uit de USA genomen (MT192765) en die met de Refseq (NC_045512) aligned en daar zie ik idd maar 2 mismatches (C -> T voor beide) en wat missende nucleotiden aan het UTR kanten. Mooi dat het nog steeds 1 virus lijkt toch? Of snap ik je verkeerd?

Ik bedoelde inderdaad dat de diverse genomen zo weinig mutaties bevatten.

[LightPhoenix]

Om daar nog even op verder te gaan @Holkers , ik heb even een multiple alignment gedaan met een aantal complete sequenties uit de USA, Vietnam, Zweden en Brazilië. Deze zijn ook over een redelijke periode verspreid van elkaar gesequenced (al is er geen info over de infectie zelf natuurlijk, maar neem aan dat ze hem weken op de plank hebben laten liggen).

code:

Refseq.ape from 1 to 29903
Alignment to
MT192765 - USA CA.ape--  Matches:29824; Mismatches:5; Gaps:74; Unattempted:0
MT192772 - Vietnam.ape--  Matches:29890; Mismatches:1; Gaps:12; Unattempted:0
MT093571 - Sweden.ape--  Matches:29879; Mismatches:7; Gaps:17; Unattempted:0
MT126808 - Brazil.ape--  Matches:29872; Mismatches:4; Gaps:27; Unattempted:0

Gaps zijn allemaal in de UTRs en alleen die uit Zweden heeft één mismatch met 2 nucleotiden achter elkaar die veranderd zijn (CT -> GC). Geen frameshifts of andere dingen. Kan helaas de APE output niet opslaan en beschikbaar maken met de mismatches nog steeds gekleurd... maakt kijken altijd wat makkelijker.

[MikeyMan]

@Holkers @LightPhoenix Machtig interessant; maar voor de normale stervelingen onder ons; waar kijken we hier naar?

[Holk]

MikeyMan schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 11:38:
@Holkers @LightPhoenix Machtig interessant; maar voor de normale stervelingen onder ons; waar kijken we hier naar?

Dit is het vergelijken van de diverse genomen die gesequenced zijn. Dus als er in China een Cov-2 wordt gesequenced dan komt die in een algemene database. Zelfde voor andere pogingen, wereldwijd. Die sequenties kun je vergelijken met elkaar (alignment) en als je dan een hele berg van die sequenties naast elkaar zet heb je een multiple sequence alignment

[MikeyMan]

Holkers schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 11:46:
[...]


Dit is het vergelijken van de diverse genomen die gesequenced zijn. Dus als er in China een Cov-2 wordt gesequenced dan komt die in een algemene database. Zelfde voor andere pogingen, wereldwijd. Die sequenties kun je vergelijken met elkaar (alignment) en als je dan een hele berg van die sequenties naast elkaar zet heb je een multiple sequence alignment

Ok, en de mate van overeenkomst zegt dan iets over hoe snel het virus muteert? Of alleen hoe ver je van de bron verwijderd zit?

[Freee!!]

MikeyMan schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 11:47:
[...]
Ok, en de mate van overeenkomst zegt dan iets over hoe snel het virus muteert? Of alleen hoe ver je van de bron verwijderd zit?

Die mutaties geven een indicatie over hoe ver je van de bron zit door (inderdaad) de mutatiesnelheid. Maar als ik dit zo lees, wordt de mutatiesnelheid nogal beperkt door gebrek aan levensvatbaarheid en/of besmettelijkheid van verschillende mutaties.

[LightPhoenix]

MikeyMan schreef op vrijdag 20 maart 2020 @ 11:47:
[...]


Ok, en de mate van overeenkomst zegt dan iets over hoe snel het virus muteert? Of alleen hoe ver je van de bron verwijderd zit?

Je kunt iig zien of en waar er mutaties zijn. Het lijkt er dus op dat er maar weinig mutaties plaats hebben gevonden (en dan ook nog rekening houden met eventuele fouten in de sequenceren, dus we weten best zeker bij dit soort sequenties dat het klopt, maar er kan altijd een nucleotiden 'verkeerd' gezien worden).

Wat je dus in de door mij vergeleken DNA codes ziet (sequenties) is dat er in de berg van duizenden 'letters' DNA (A, C, G, T), maar een paar verschillen op verschillende plekken. Mocht ik hier nu ineens in die van Brazilië en in de van Zweden bijvoorbeeld op dezelfde plek een andere letter zien dan de 'referentie' (waarvan dus gezegd wordt 'dit is hoe de genetische code van het virus is') dan kan het zijn dat dat een mutatie is die een echt andere versie van het virus oplevert (of dat invloed heeft op hoe het virus werkt staat dan nog niet vast). Maar daar lijkt het uit deze niet representatieve steekproef dus niet op.
Wat de nu door mij aangegeven verschillen/mutaties in de code precies betekenen, geen idee. Nogmaals, zeker is niet of het een technische fout is of dat er echt een andere letter daar zit. Mocht het zo zijn, dan kan het zijn dat de code net even anders vertaald wordt, maar dit hoeft (en heeft ook meestel) niets bijzonders te zijn. Wij mensen hebben heel veel van dit soort kleine veranderingen in ons genoom waarbij we van sommige weten dat het weinig/geen verschil maakt.

Hecht er niet teveel waarde aan. Het is een leuke oefening om te doen en mocht er echt nieuws zijn op dat gebied dan zal dat niet op het Tweakers forum ontdekt worden Dit soort dingen zijn standaard om te doen bij 'echt' onderzoek. Het is vooral een indicatie voor nu.

En wij (ik iig ) zijn ook gewonen stervelingen, dat wij nu net kennis hiervan hebben is even mooi meegenomen. Maar vraag me aub niet om in C# iets te programmeren ofzo... language of the gods (bij wijze van spreken) voor mij