De kiemsurveillance van 22 juni
Varianten:
*
UK / Alpha variant is veruit dominant en redelijk stabiel.
Wekenlang stond deze rond de 96%. Pas nu de Delta variant duidelijk groter begint te worden, zien we de Alpha variant voor het eerst significant dalen: 93%.
* We hebben een aantal varianten die een stabiel maar kleinschalig bestaan hebben opgebouwd. Dat zijn:
- P1 (Brazilie): stabiel aandeel ~2%
- Alpha + E484K: stabiel aandeel ~0.3%
- 621 (Colommbia): stabiel aandeel ~0.2%
* Dan hebben we een aantal varianten die aan het uitsterven zijn of inmiddels verdwenen: SA, Kappa, Eta (triple mutant), Epsilon en Theta.
* Dan de
Delta variant
Deze is nu echt aan het stijgen:
Aandeel week 15 t/m 22: 0.1, 0.1, 0.3, 0.1, 0.4, 0.6, 1.2, en nu
2.8%
Gemiddelde positieve tests per dag:
* week 15 (12-4 t/m 18-4): 7596
* week 16 (19-4 t/m 25-4) 8186
* week 17 (26-4 t/m 2-5) 6639
* week 18 (3-5 t/m 9-5) 7487
* week 19 (10-5 t/m 16-5) 5449
* week 20 (17-5 t/m 23-5) 4009
* week 21 (24-5 t/m 30-5): 3026
* week 22 (31-5 t/m 6-6): 2233
Ik ga met deze getallen projecteren hoeveel van de dagelijkse positieve tests de Gamma variant zouden betreffen. Dat geeft de volgende getallen in week15…22: 5, 5, 20, 5, 21, 21, 35, 62.
Niet alleen in aandeel, maar ook in absolute aantallen neemt de delta variant toe.
Analyses:
* De geobserveerde stijging van de delta variant is iets boven een eerdere prognose van vorige week. Toen ging ik uit van een extra besmettelijkheid van 35% en voorzag ik dat de delta variant gedurende 2 weken (week 21 ... 23) zou kunnen verdubbelen van 35 naar 70 casussen per dag (om daarna te stabiliseren en uiteindelijk weer te dalen. Nu lijkt het wel aan de bovenkant van deze schatting te zitten. We zitten na 1 week niet rond de 49 maar al rond 62 casussen. We lijkten dus
meer dan 35% extra besmettelijkheid te zien.
* De getallen worden iets groter en daardoor iets significanter. Ik kan van de laatste 4 weken (19 ... 22) de wekelijkse groei schatten en daaruit de R-waarde. Dat ziet er als volgt uit:
* R-waarde totaal: stabiel in de range 0.83 ... 0.85 (in lijn met wat RIVM gemiddeld voor de betreffende periode 16-5 tot 6-6 rapporteert).
* R-waarde delta variant: gemiddeld 1.23. Met een forse stdev van 0.15. (het zijn nog steeds kleine aantallen samples die per stuk ook niet zo groot zijn, dat verklaart de relatief grote spreiding).
* Relatieve besmettelijkheid:
1.46 (stdev 0.18). Dus 46% extra besmettelijkheid, inclusief het effect van minder effectieve vaccins.
Dat laatste getal is aardig in lijn met het realistische scenario dat ik gisteren berekende:
t_captain in "Het Coronavirus in Nederland en België - deel 7"
* Ik heb ook opnieuw de verdringingscurve gefit met de nieuwe samples van de kiemsurveillance. Ik voorzie nu dat de delta variant op 10 juli dominant zal worden (vorige week dacht ik aan 20-7). Ik kan deze curve ook vergelijken met de verdringingscurve die ik in het oude "derde golf" model heb gefit: nu lijkt is de verdringings-snelheid (alpha --> delta) 22% hoger dan toen (Europese variant --> alpha).
Toen was de uiteindelijke consensus dat de alpha variant ~33% extra besmettelijk was. Dus R-waarde alpha/wild type = 1.32 a 1.35. Met die factor 1.22 eroverheen kom ik op een extra besmettelijkheid van
62%, wederom inclusief de verminderde effectiviteit van vaccins.
Bij het fitten van de verdringingscurve op de kiemsurveillance neigt het laatste datapunt (2.8%) wel naar een plekje boven de gefitte curve (2.4%). Dat geeft hoop dat er een positieve random factor in zit en het in werkelijkheid een tikje minder snel gaat. De uitkomst van 62% extra besmettelijkheid zit ook hoog in de range van verschillende schattingen die ik heb gemaakt.
* De meest recente R-waarde die ik nu kan observeren is 11 juni: 0.78 (0.78 trendmatig +-0.00 incidenteel).
In Op die datum voorzie ik een aandeel van 8.0% delta variant, met als gevolg een contributie van ongeveer +0.03 a +0.04 op de R-waarde. Dus R[alpha]=0.74 a 0.75
Prognoses:
* als ik het
realistische scenario opnieuw nareken met de nieuwste getallen erin, dan voorzie ik geen vierde golf. R-waarde zet een bodem rond 0.73 omstreeks 1-7 en stijgt daarna geleidelijk naar 0.85. Er is dus enige ruimte voor versoepelingen (+0.05, extraplatie van eeerdere versoepelingen) en najaarsweer (+0.10, inschatting RIVM).
* als ik een
conservatief scenario nareken met de extra besmettelijkheid op gemiddelde + 1x stdev (65% extra besmettelijkheid), dan past het allemaal net wel / net niet. Met de contriibuties van +0.05 en +0.10 erbij, komen we nipt boven 1. Maar de vaxccinatiebereidheid is wat gestegen en dat kan het gat precies dichten.
* met een
zeer pessimistisch scenario (gemiddelde + 2x stdev = 83% extra besmettelijkheid en extra lage inschatting voor effectiviteit vaccins), dan past het eigenlijk niet. De R-waarde gaat dan richting de 1.15. Eind augustus zou het dal in de nieuwe besmettingen worden gezet (omstreeks 40 per dag); tegen Kerst zouden dat er alweer 1500 per dag zijn. Niet direct het einde van de wereld, maar niet OK.
Overigens, voor dat meest pessimistische scenario zou een booster shot de R-waarde net terug onder 1 brengen. De toenemende vaccinatiebereidheid en de optie om tieners te prikken zijn dan nog niet gebruikt.
Conclusie:
We zitten niet zo comfortabel zoals we enkele weken geleden dachten, maar het lijkt wel goed te komen.