Bennnie schreef op zondag 3 januari 2021 @ 13:03:
Waarom is het vervangen van de laatste delen van colon's naar G's en C's zo effectief, maar bevat SARS-CoV-2 deeltje dit niet (heel veel)? Je zou toch zeggen dat een dit virus weer gemuteerd is van een andere virus en dat dat virus met C's en G's aan het einde ook weer veel effectiever was geweest? Je zou toch verwachten dat zo'n (ik denk?) simpele mutatie de overhand gaat krijgen?
Is het virus dat in Engeland ontdekt is een versie met meer C's en G's op het einde van de colon?
Is het feit dat het virus relatief weinig C's en G's op het einde heeft bewijs dat het virus oorspronkelijk van een andere diersoort komt omdat deze diersoorten een andere voorkeur heeft voor een bepaalde soort colon's? Of hebben alle organisme's die DNA gebruiken deze voorkeur?
oooooh, codon optimalisatie.. smullen zei de nerd
Allereerst moeten we dan weten wat een codon is en waar deze voor wordt gebruikt, plus wat de verschillen zijn in de wobbles die we in het DNA/RNA hebben. Een codon is een combinatie van 3 nucleotiden opgemaakt uit een C, G, A of een U (in RNA, vaak wordt een sequentie weergegeven als DNA vorm met de T). Als je alle combinaties mogelijk neemt kom je op 4x4x4 uit; 64 opties. Elk van deze combinaties staat voor een animozuur. Daarvan zijn er 4 die 'vast' staan; ATG, TGA, TAG, TAA. De eerste is de startcodon waar elk eiwit mee begint, de laatste 3 zijn stopcodons, daar stopt de eiwit productie. Alles wat er tussen zit is onderdeel van het eiwit. Maar er zijn geen 60 andere aminozuren, er zijn er in totaal maar 20. Een stopcodon is geen aminozuur, dus hou je er 19 over naast de Metheioine van de ATG. Een ATG kan overigens ook verderop voorkomen en is dan geen start maar een onderdeel van dit eiwit
Hoe kom je dan van 60 naar 20; door de wobbel, het derde nucleotide. Zoals in de lijst hieronder te zien is, heb je vaak hetzelfde aminozuur voor deze wobbel. Dus een CUU geeft een Leucine, maar een CUC of CUG of CUA ook. Deze aminozuren worden door middel van tRNA aangeboden in het ribosoom.
:strip_exif()/f/image/08wkOnN8dLFQrMYG4jzn5sYK.jpg?f=fotoalbum_large)
Wat is dan codon optimalisatie? Dit komt voort uit het feit dat elk organisme een eigen hoeveelheid hoeveelheid tRNA per cel heeft. Wil je nu een gen tot expressie brengen wat niet uit een mens komt, dan kun je een probleem hebben met de beschikbaarheid van de anti-codon, de tRNA. Hieronder een lijst van de frequentie van een bepaald anti-codon per cel in een mens:
/f/image/mNbn2QY117HgiD9wAmoLuPsm.png?f=fotoalbum_large)
Nemen we weer de CUU/CUA/CUG/CUC versie van hierboven, dan is de 'beste' (lees; meest voorkomende) CUG. Mocht een sequentie nu een CUU hebben, dan kun je die veranderen in een CUG waardoor je de aminozuur sequentie in takt laat en sneller een eiwit kan maken. Want het gaat om de snelheid waarop je een eiwit kan maken. Heb je een sequentie met allemaal codons die niet veel voorkomen, dan zul je langer over de synthese van een eiwit doen dan als je er veel van hebt. Zie het als een huis bouwen met een stapel stenen naast je of een groot stuk steen waar je nog de bakstenen uit moet hakken.
Kan dit kwaad? nu komt de nerd boven namelijk; voor dit eiwit waarschijnlijk is het een goed idee. Het is een eiwit wat een makkelijke conformatie heeft, geen rare vouwingen en dus snel en veel geproduceerd kan worden. In andere gevallen, maar dan hebben we het over complexere eiwitten is de snelheid van translatie een onderdeel van de vouwing van het eiwit. Ga je te snel een eiwit maken, zonder pauzes, dan heb je een grotere kans op een 'misfolded protein' die daarna gelijk de prullenbak in gaat. Neem bijvoorbeeld CFTR, een eiwit wat bij mensen met taaislijmziekte defect is. Dit eiwit heeft plekken tijdens de productie die voor een codon staan die we bijna niet hebben. De translatie staat even stil, het eiwit wat al gevormd is kan goed vouwen en de translatie gaat verder.
Long story nerdlike short; codon optimalisatie zorgt voor een snellere translatie van je mRNA naar eiwit en is in vele gevallen goed voor de productie. Tevens zorgt het ervoor dat de CG content 'beter' wordt waardoor deze stabieler is en minder snel als 'vreemd' wordt herkent (immers, als we zelf een GC content van 50+% hebben, dan is die rare van 30% GC wel vreemd') /nerd-out
:strip_icc():strip_exif()/u/123426/anti-ipod-.jpg?f=community)
/u/406249/crop5f58874cb665d_cropped.png?f=community)
/u/354554/crop59254ef661a81_cropped.png?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/23872/Y2.jpg?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/109539/avatar_kerst_still.jpg?f=community){kind=avatar}
:strip_exif()/u/127195/Naamloos-1.gif?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/1075249/crop6257cdcf4ad75_cropped.jpg?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/57196/apple_logo_rainbow.jpg?f=community){kind=logo}
/u/13471/karnemelk.png?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/147640/van_hitomi_small_1_noborder.jpg?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/78991/Image2.jpg?f=community)
:strip_exif()/u/185685/walking_boxes_s.gif?f=community)
EMA mag imho wel kritisch kijken naar de dosering, liever even een paar weken de juiste dosering afwachten dan uiteindelijk met een matig werkend vaccin komen te zitten. Als je met een paar weken goed uitzoekwerk 20% efficientie kan pakken zou ik het sowieso doen./u/1906/crop5dfd46928e003.png?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/65843/chef60x60.jpg?f=community)
Kan gewoon als onderdeel van het vaccinatieprogramma, lijkt me.
:strip_icc():strip_exif()/u/2919/kevlar_cone.jpg?f=community)
bedankt voor de uitleg
:strip_icc():strip_exif()/u/15144/delta2_60x60.jpg?f=community)
:no_upscale():strip_icc():fill(white):strip_exif()/f/image/08wkOnN8dLFQrMYG4jzn5sYK.jpg?f=user_large)
:fill(white):strip_exif()/f/image/mNbn2QY117HgiD9wAmoLuPsm.png?f=user_large)
:strip_icc():strip_exif()/u/16567/my_avatar2.jpg?f=community){kind=avatar}
/u/147751/avatar455992_1.gif.png?f=community){kind=avatar}
:strip_exif()/u/106968/belkar2.gif?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/75091/cgl213_rage_face.jpg?f=community)