Xetar (wie anders)
Ik reageer maar weer eens. Het kost me nu wel 2 dagen minimaal aangezien ik op de ene dag de discussie moet downloaden, dan 's avonds mijn reactie typen en die de volgende dag posten, maar goed. Nu jouw argumenten.
Argument 6a: De primitieve atmosfeer
eventjes niet zoveel kwoots uit jouw verhaal, sorry. Ik volg gewoon jouw verhaallijn. Je kan de opmerkingen zelf wel plaatsen. Waar nodig heb ik wel een kwootje aangevuld.
Maar wel eerst even deze:<BLOCKQUOTE><font size=1 face=Verdana, Arial, Helvetica>quote:</font><HR>Before the evolution of life, Earth’s mantle and crust released carbon dioxide, nitrogen, and other heavier gases. These gases were held by Earth’s gravitational field and gradually formed a new atmosphere. Earth accumulated an atmosphere consisting mostly of methane, hydrogen, nitrogen, and water vapour. Eventually Earth cooled enough that the water vapour escaping from inside the planet condensed to liquid water and formed the seas. Violent electrical storms battered Earth’s surface.
No free oxygen was present in this early atmosphere, because oxygen reacted with hydrogen to from water and with components of earth’s crust and atmosphere to form iron oxides, silicates, carbon dioxide, and carbon monoxide. For more than two billion years, all oxygen was bound up with other elements, and Earth existed as a reducing environment. As a setting for chemical reactions, early earth differed fundamentally from present-day Earth, which has an oxidising atmosphere with large amounts of oxygen.[/quote]life, 5th edition
1. NH3
Ammoniakgas. Zeker, dit lost op in water. Maar er ontstaat een evenwicht tussen de hoeveelheid NH3(aq) en de hoeveelheid NH3(g) en dus is er wel degelijk NH3(g). ook heb ik al eens uitgelegd dat dit niet de grote concentratie van Miller hoeft te zijn, een kleinere hoeveelheid remt de reacties wel af maar stopt ze niet.
Ammoniumgas valt uiteen onder invloed van UV-licht. Toch is dit niet erg. Want ammoniakgas ontstaat ook door de reactie 3H2+N2-->2NH3, waarvan het evenwicht misschien wel heel ver links ligt door de invloed van UV-licht. Maar er ontstaat gewoon een nieuw evenwicht. Er is dus nog steeds NH3 in de atmosfeer. En hieruit valt dus ook gelijk af te leiden waarom H2 de hoeveelheid NH3 beschermt. En H2 was er in de oeratmosfeer, lees het citaat boven maar.
2. Methaan
Wat ontstaat er bij de electrolyse van methaan? Juist: C(s)+2H2(g) En behalve dan dat dit dus de hoeveelheid H2 in de atmosfeer alleen maar opvoert, wat doen deze gassen nog meer? Juist, reageren! De reactie C(s)+2H2(g)-->CH4(g) is een endotherme reactie, die gewoon kan verlopen, zeker onder invloed van (UV)licht. Dus hoewel inderdaad CH4 vernietigd wordt, wordt deze ook weer snel bijgemaakt. Een nieuw evenwicht dus...
3. Zuurstof
UV zorgt voor zuurstof ja, maar de reactie 2H2+O2-->2H2O verloopt veel sneller dan de fotolyse van water. Grote hoeveelheden kunnen dit dus nooit geweest zijn, en dit ging ook niet ten koste van de hoeveelheid H2 gas, aangezien deze bij de fotolyse van water in dezelfde hoeveelheid ontstaat als waarin het weer reageert met zuurstof tot water.
Zuurstof reageert met H2 minstens even snel als met andere gassen, en aangezien er veel meer H2 was dan NH3, zal de zuurstof dus vooral weer gewoon water gerworden zijn. Dat er dan toch nog wat zuurstof in de atmosfeer was, komt doordat de fotolyse van water en de verbranding van waterstof met elkaar in evenwicht zijn. Dit kan echter nooit veel geweest zijn, aangezien de reactiesnelheid van 2H2+O2-->2H2O veel groter is dan de omgekeerde.
Even het volgende citaat samengevat: “Er zijn geoxydeerde rotsen aangetroffen in oude lagen.” Daar heb ik 2 weerleggingen tegen. Ten eerste, so what? Als er inderdaad een kleine hoeveelheid zuurstof was, is het alleen maar logisch dat deze ook met de rotsen reageerde. Deze waren toen immers nog niet geoxydeerd, dus de zuurstof kon makkelijk met het Fe reageren.
Ten tweede, de datering. De oudste prokaryotische fossielen zijn ongeveer 3.5 miljard jaar oud. Dus
nog voor de eerste van jouw afzettingen waren er al bacterieachtige organismen. Het leven is dus al voor 3.5 miljard jaar geleden ontstaan. Dat er daarna zuurstof was, is alleen maar logisch aangezien een van de “bijproducten” van fotosynthese zuurstof is. Het eerste leven is dan ook ontstaan onder anaerobe condities.<BLOCKQUOTE><font size=1 face=Verdana, Arial, Helvetica>quote:</font><HR>Daarnaast zou er ook geochemisch bewijs moeten zijn dat er vroeger zulke (enorme) hoeveelheden ammonia en methaan in de atmosfeer hebben gezeten. Dat ontbreekt echter volkomen. [/quote]O ja? Deze gassen reageren anders niet met de stoffen in de bodem. Beide waren immers reducerend! En 2 reductors reageren niet zo lekker...<BLOCKQUOTE><font size=1 face=Verdana, Arial, Helvetica>quote:</font><HR>Jouw tegenwerping was dat dit kwam omdat ze niet lang genoeg hadden gekeken. In die miljard(en)
jaren zou dat zeker wel voorkomen. Dit resultaat hield echter wel in dat niet bij iedere bliksemflits
aminozuren ontstaan. De productie (als die er al was) zou dus flink zijn beperkt.
Hetgeen wat zou zijn geproduceerd moest als de wiedeweerga richting oeroceaan, voordat het een
O2-molecuultje tegenkwam. (of voordat het uiteenviel door een slecht gerichte UV-straal )[/quote]Bij iedere ontlading ontstaan natuurlijk wel aminozuren en andere organische verbindingen. Alleen heb je best wel veel aminozuren nodig voordat deze ook detecteerbaar zijn.
De productie zal inderdaad niet erg hoog geweest zijn, maar dat geeft niet. Waar het om gaat, is dat er productie was! En een aminozuur dat dicht bij het wateroppervlak is geproduceerd, overleeft wel... En die straal werd niet gericht hoor, wie zou dat immers moeten doen als er geen god is? Is het nou echt zo moeilijk om je een wereld zonder god voor te stellen? :)<BLOCKQUOTE><font size=1 face=Verdana, Arial, Helvetica>quote:</font><HR>Dat vorige argument was natuurlijk al voldoende om het hele oersoep-paradigma naar de prullenbak
te verwijzen, maar goed, wat extra argumenten kunnen nooit kwaad. Jullie zijn nogal lastig te
overtuigen namelijk .[/quote]Dat van dat lastig te overtuigen klopt. Wij herkennen namelijk drogredenen en zwakke argumenten als we ze zien

En van jou krijgen we niet anders. Met dat vorige argument is het niet anders, zoals ik net heb laten zien.
Argument 6b: De concentraties zijn te klein.
1. Waarom heb ik toch het gevoel dat ik het hier al eens over gehad heb... Zou wel eens kunnen zijn omdat ik dit al een keertje behandeld heb :)Doe ik dus niet nog een keer. reactiesnelheden enzo, gaat er een lichtje branden?
2. “Als die soep zou hebben bestaan zou die natuurlijk wel z’n sporen nalaten op onze planeet. Wordt
dat ook gevonden?”
Nee, natuurlijk niet. De “oersoep” is geen moeras, zoals wij nu steenkoollagen zien als resten van moerassen! Nee, de oersoep is eerder een over het algemeen sterk verdunde oplossing van wat organische componenten. Op sommige plaatsen zal deze door indamping wat geconcentreerder geweest zijn, wat ook gelijk uitlegt waarom er toch genoeg stikstof in de atmosfeer is. En dus vinden we geen grote neerslag van organische componenten. En verder, de afwezigheid van iets is geen argument om te bewijzen dat het er nooit geweest is. Dat we de ark van Noach nooit hebben gevonden is ten slotte ook geen bewijs dat de zondvloed er nooit geweest is, om maar eens een voorbeeld uit jouw belevingswereld aan te halen. Dat argument zou jij niet accepteren, en dus kunnen wij jouw argument ook niet accepteren.
Argument 6c: aminozuur-> enzymen<BLOCKQUOTE><font size=1 face=Verdana, Arial, Helvetica>quote:</font><HR>De binding van aminozuren tot polypeptiden gaat niet zo gemakkelijk Polypeptiden vervallen namelijk
vooral in een wateromgeving (en vooral in een hete wateromgeving). De tegenovergestelde reactie
(vorming) verloopt dus zeer slecht.[/quote]Wat zeker waar is voor een reageerbuisje met daarin opgelost alleen wat aminozuren. Maar in de werkelijkheid was er een katalysator, klei, en werden de reacties bovendien ook nog eens versneld door nucleinezuren. Zoals je waarschijnlijk wel weet is het oppervlak van klei geschikt om diverse polymerisatie te katalyseren, waaronder die van nucleïnezuren en polypeptiden. Bovendien waren peptiden waarschijnlijk in het begin niet zo belangrijk. Er zijn namelijk sterke aanwijzingen dat het leven begonnen is met nucleïnezuren. Deze hebben namelijk soms autokatalytische activiteit. Pas veel later zijn eiwitten daarbij gekomen. Deze hebben toen de ribozymen vervangen. Polypeptiden zijn immers veel veelzijdiger dan nucleïnezuren.
En over de concentraties van aminozuren hoeven we het dus niet te hebben. Door de katalysatoren is de concentratie van de aminozuren niet zo belangrijk, evenals die van de RNA-strengen.
Argument 6d: Begin van leven RNA-wereld?
Ik ga dit stukje toch maar behandelen, ook al heb ik er eigenlijk niet heel veel zin in. Nou ja, waarom ook niet. Er staat el heel wat meer onzin in dan zo op het eerste gezicht lijkt...
Postulaat 1: Er was een poel met beta-D-ribonucleotides.
Postulaat 1 is dus sowieso al fout, of op zijn minst achterhaald. Want niemand met enige kennis van zaken neemt aan dat RNA zoals wij dat nu kennen de basis was. Dat zou ook helemaal niet kunnen vanwege de slechte stabiliteit van ribose in een natuurlijke omgeving. De eerste nucleïnezuren waren verbindingen van (stikstofhoudende) basen, fosfaat, en triosen en tetrosen. Dit maakt verder niet echt uit aangezien ook deze RNA-moleculen autokatalytische activiteit kunnen vertonen, behalve dan dat alle ribose "argumenten" zo de prullenbak in kunnen, maar het zegt al wel wat over de schrijver van dit stukje... Hij wil duidelijk dat er iets uitkomt dat de evolutietheorie niet ondersteunt. Wat ook blijkt uit de andere argumenten. Ik behandel ze nu wel even:<BLOCKQUOTE><font size=1 face=Verdana, Arial, Helvetica>quote:</font><HR>Furthermore, as Stanley Miller and his colleagues recently
reported, "ribose and other sugars have suprisingly short half-lives for decomposition at
neutral pH, making it very unlikely that sugars were available as prebiotic reagents." [/quote]Dit geldt alleen voor de pentosen, hexosen, en heptosen. Triosen en tetrosen zijn veel stabieler.
Postulate 2: Beta-D ribonucleotides spontaneously form polymers linked together by 3',5'-phosphodiester linkages (i.e., they link to form molecules of RNA).<BLOCKQUOTE><font size=1 face=Verdana, Arial, Helvetica>quote:</font><HR>Joyce and Orgel discuss candidly the problems with this postulate. They note that
nucleotides do not link unless there is some type of activation of the phosphate group.
The only effective activating groups for the nucleotide phosphate group (imidazolides,
etc.), however, are those that are totally implausible in any prebiotic scenario. In living
organisms today, adenosine-5'-triphosphate (ATP) is used for activation of nucleoside
phosphate groups, but ATP would not be available for prebiotic syntheses.[/quote]fosfaat kan geactiveerd worden door UV-straling. En bovendien, als AMP-achtige stoffen (andere suikers misschien, maar veel maakt dat niet uit) voorkwam in nucleinezuren, waarom dan geen ADP-achtige stoffen en ATP-achtige stoffen?
Postulate 3: A polyribonucleotide (i.e. RNA molecule), once formed, would have the
catalytic activity to replicate itself, and a population of such self-replicating molecules could arise.
Een heel verhaal, maar alles is opgehangen aan dit ene zinnetje…<BLOCKQUOTE><font size=1 face=Verdana, Arial, Helvetica>quote:</font><HR>"Unless the molecule can literally copy itself," Joyce and Orgel note, "that is, act
simultaneously as both template and catalyst[/quote]Waarom is het zo onmogelijk dan dat er een streng bestaat die zichzelf kan repliceren. Er zijn al RNA-strengen gevonden die zichzelf kunnen veranderen, dus dat is niet zo lastig. Ik zie echt niet in waarom er geen nucleinezuur zou kunnen bestaan die zichzelf niet kan repliceren.
Postulate 4: Self-replicating RNA molecules wouild have all of the catalytic activities necessary to sustain a ribo-organism.
Wat niet zo is. Een heleboel reacties hoeft het ribozym niet vanaf het begin zelf te doen: Er zijn immers bouwstenen in de omgeving. En een ribozym dat een reactie “bijleert” is weer evolutionair fitter dan eentje die dit niet kan, en zo kunnen ribozymen geleidelijk complexer worden.
Argument 6e: Link/rechtsdraaiend
<BLOCKQUOTE><font size=1 face=Verdana, Arial, Helvetica>quote:</font><HR>Ik neem aan dat je het zo wel snapt, (aminozuren allemaal op zelfde manier optisch actief, dus geen
racemisch mengsel). Is niet echt logisch als aminozuren vanzelf ontstonden door bliksem, etc. [/quote]Ik snap het inderdaad wel, maar jij nog niet
Want hoewel in de oersoep andersom draaiende aminozuren ook aanwezig waren, konden ribozymen daar niets mee. Een gewoon enzym kan helemaal niets met een verkeerd draaiend aminozuur: dat past niet in het actieve centrum van dat enzym, en heeft dus gewoon geen functie. Waarom zou hetzelfde niet gelden voor aminozuren die gebruikt worden door ribozymen? Waarom zouden ribozymen niet alleen de goede aminozuren gebruiken? De rest zou gewoon in de oersoep blijven en ooit wel weer eens vervallen.
Dat was ook het laatste argument... Nu eens afwachten wat Xetar nu weer voor ons heeft bedacht...
Jouw beurt, Xetar!