Ha. Ik ben nog wakker dankjewel Leo de Haas voor het posten van alweer een nieuwe terugblik op de weg, en er zijn verse stats beschikbaar. Nu in een vernieuwd format op roarnet om het posten ervan makkelijker te maken: automatisch opgehakt in stukken zodat het gelijk binnen de grenzen van het forum blijft.
Dan nog even een noot: de getallen zijn een beetje vertekend, omdat de stats eergisteren ineens niet meer werden geupdate. Die punten zijn er gisteren bijgekomen, dus het is wat aan de hoge kant.
Folding@Home hitparade van zondag 05 april 2020 flushers : 1515/7637 (20 %) Users daily
@MartineEekhof: Als ik een gok moet doen, beginnen de servers van F@H het weer een beetje bij te houden moet de hoeveelheid gebruikers die ze de afgelopen maand erbij hebben gekregen. Goed nieuws voor iedereen!
Wat mij overigens ook opviel:
flushers : 1515/7637 (20 %)
Dik 1500 DPC-ers tegelijk bij F@H echt een hele goede score, en het is niet eens het stampede-project.
krijg hier max 2 of 3 WU's voor m'n gpu per dag. Das helaas niet genoeg om hem de hele tijd bezig te houden. Zou denken dat ik er nog ongeveer 10 extra weg kan tikken.
Achja, we zien wel Alles helpt.
Pyrus schreef op maandag 6 april 2020 @ 11:38:
krijg hier max 2 of 3 WU's voor m'n gpu per dag. Das helaas niet genoeg om hem de hele tijd bezig te houden. Zou denken dat ik er nog ongeveer 10 extra weg kan tikken.
Achja, we zien wel Alles helpt.
Ik krijg sinds een paar dagen continu WU's voorgeschoteld voor mijn RTX 2070 Super. De ene is afgerond en hij gaat direct doorstampen met een nieuwe WU.
Alleen jammer dat je niet meer ziet van hoe het bij F@H achter de schermen gaat.
Linus zegt in die video ook dat het probleem inmiddels niet meer de servercapaciteit is, maar de snelheid waarmee ze werk toe kunnen voegen aan de wachtrij.
Als ik naar https://apps.foldingathome.org/serverstats kijk, dan zie ik dat de meeste servers met de assign-rate die ze hebben maar een paar uur werk op voorraad hebben. Ik denk dus dat alle jobs al een keer uitgegeven zijn en dat de servers erop wachten tot er resultaten terug komen, zodat een vervolg-job gemaakt kan worden of dat de time-out verstrijkt, zodat werk opnieuw uitgegeven kan worden?
Linus zegt in die video ook dat het probleem inmiddels niet meer de servercapaciteit is, maar de snelheid waarmee ze werk toe kunnen voegen aan de wachtrij.
...
Waar ik meer benieuwd naar was is hoe het werk tot stand komt, dat dan op de servers terecht komt, hoe de infra van F@H in hoofdlijnen in elkaar zit. Dat soort dingen. Hoef geen 'intieme details' van de infra te weten en heb ook al eea uit de forums kunnen halen, maar dit is gewoon een 'kijk eens wat voor beefy server we kunnen bouwen, firewall en bandbreedte limiter in kunnen stellen'-filmpje. Daar hebben ze genoeg van op hun YT kanaal staan en YT staat er ook vol mee.
Ik snap dat ze bij F@H zelf wel wat anders aan hun hoofd hebben dan dat soort dingen toe te lichten, maar filmpje van LTT is beetje meer van het hetzelfde.
Indrukwekkend wat THTVOUWEN eruit gooi. Met afstand #1 op dit moment. Maar als je dan realiseert dat hij slechts ~10% doet, dan merk je pas echt dat dit een teamprestatie is!
Ik lees de DPCH niet continue en heb net even gezocht op THTVOUWEN in deze en de vorige DPCH maar kreeg geen bericht over welk park deze output genereert. Waar kan ik dit vinden? Ben wel even nieuwsgierig.
Wat betreft het al dan niet kloppen van stats en het updaten daarvan: wat je ziet is wat ik binnen krijg van de projecten. Er loopt (normaal) ieder half uur een proces wat alle (of bijna alle, sommigen gaan eens per uur) projecten controleerd of er nieuwe statsbestanden zijn om op te halen, en verwerkt die indien zinvol. Als een project besluit op een ander moment hun gebruikelijke update van statsbestanden beschikbaar te maken, krijg je zo'n verspringing te zien in de stats. Valt verder weinig aan te doen.
Fan van: Unraid. Pi-hole, PlexMediaServer, OPNsense. Meer een gluurder dan een reaguurder.
Ik weet niet of er inmiddels meer werk is of dat het aan de instelling ligt, maar sinds ik next-unit-percentage op 95% heb gezet is mijn GPU praktisch non-stop aan het folden. Ik zie in de logs dat hij vaak nog wel 3-5x moet proberen om een WU op te halen, maar dat lukt nu veel vaker vlak voor of vlak na unit completion dan voorheen.
Ligt niet aan die instelling, die geeft alleen aan vanaf welk moment hij al mag gaan zoeken naar een nieuwe WU. Blijkbaar begint de bevoorrading van verse WU's op de servers beter te worden.
Standaard doet de client het zoeken op 99%. En standaard is het met een fatsoenlijke internetverbinding (lees: alles sneller dan ~5Mbit/s) ook prima om dat te laten staan. Tegen de tijd dat je WU dan klaar is, heeft 'ie ook alvast een nieuwe gedownload en kan er gelijk door worden gevouwen. Het is me de afgelopen week wel opgevallen dat het up- en downloaden een stuk minder snel gaat. Dat zal te maken hebben met de gruwlijke hoeveelheid dataverkeer die ze nu te verstouwen hebben, dat hun internetpijp vol zit en het dus wat minder snel gaat.
Dus om hem nu ietsje eerder te zetten kan zinvol zijn als je je pc niet enkele minuten wil laten idlen tussen WU's in, maar als het downloaden wel snel gaat is het alleen maar nadelig voor je bonuspunten: de teller begint te lopen zodra je de WU binnen hebt, dus als die er al een tijdje is voordat er aan wordt gerekend, krijg je minder bonuspunten omdat het 'langer' duurt voordat je hem af hebt.
Ik snap dat ze moeite hebben met nieuwe WU's e.d., en ik zie ook dat het nu al steeds beter gaat. Maar wat ik niet snap: ik had project altijd op Parkinson staan. Nu heb ik het op Any gezet, zodat (ook) covid gecrunched wordt. Als de WU's voor covid op zijn, waar blijven mijn parkinson WU's dan? Of zijn die nu ineens ook allemaal al berekend?
Dr.Roelski schreef op woensdag 8 april 2020 @ 21:12:
Ik snap dat ze moeite hebben met nieuwe WU's e.d., en ik zie ook dat het nu al steeds beter gaat. Maar wat ik niet snap: ik had project altijd op Parkinson staan. Nu heb ik het op Any gezet, zodat (ook) covid gecrunched wordt. Als de WU's voor covid op zijn, waar blijven mijn parkinson WU's dan? Of zijn die nu ineens ook allemaal al berekend?
zou het kunnen dat door de enorme toename aan nieuwe gebruikers en dus aan rekenkracht, meestal op "any", er gewoon niet zo veel meer is te berekenen, inclusief de Parkinson?
Toch 4 miners vandaag die de notabele grens van 10M hebben doorbroken. Zij en alle andere met een mijlpaal: GZ en keep up the work! Folding@Home hitparade van woensdag 08 april 2020 flushers : 1322/7716 (17 %) Users daily
Ik heb misschien een Google cloud instance aangezet met een Tesla p100 met mijn $300 gratis compute tegoed die je krijgt met een nieuw account. Ik zit nu op 1.7mil ppd.
Sinds een week weer aan het folden, eerst voor team default, sinds één dag voor DPC. Ik had gehoopt dat ik daarom vandaag in de statistieken van gisteren zou staan als nieuwe gebruiker. Helaas niet. Moet ik mijn folding userid/passkey nog ergens melden? Of wordt je pas zichtbaar na x dagen of punten?
elaan schreef op donderdag 9 april 2020 @ 21:37:
Sinds een week weer aan het folden, eerst voor team default, sinds één dag voor DPC. Ik had gehoopt dat ik daarom vandaag in de statistieken van gisteren zou staan als nieuwe gebruiker. Helaas niet. Moet ik mijn folding userid/passkey nog ergens melden? Of wordt je pas zichtbaar na x dagen of punten?
Passkey moet je absoluut nooit ergens melden!
Verder kom je automatisch in de statistieken van DPC terecht, maar niet eerder dan dat je punten hebt gekregen sinds je jou F@H account hebt aangesloten bij DPC (team 92). Daarnaast kan er mogelijk wat vertraging zijn voordat het pas in de stats terecht komt: eerder waren er ook al mensen die hun punten pas na een paar dagen terug zagen op de website van F@H. Heeft alles te maken met de enorme toestroom van mensen die nu ineens F@H zijn gaan doen (iets van 20x zoveel gebruikers als voorheen, als het inmiddels al niet nog veel meer dan dat is) en de servers die op hun grenzen van hun capaciteit lopen. Dus even geduld, dan komt het uiteindelijk vanzelf goed.
Passkey moet je absoluut nooit ergens melden!
Verder kom je automatisch in de statistieken van DPC terecht, maar niet eerder dan dat je punten hebt gekregen sinds je jou F@H account hebt aangesloten bij DPC (team 92). Daarnaast kan er mogelijk wat vertraging zijn voordat het pas in de stats terecht komt: eerder waren er ook al mensen die hun punten pas na een paar dagen terug zagen op de website van F@H. Heeft alles te maken met de enorme toestroom van mensen die nu ineens F@H zijn gaan doen (iets van 20x zoveel gebruikers als voorheen, als het inmiddels al niet nog veel meer dan dat is) en de servers die op hun grenzen van hun capaciteit lopen. Dus even geduld, dan komt het uiteindelijk vanzelf goed.
Bedankt Bubbles voor het antwoord. Even geduld dus, heb ik eerder gehoord. Schijnt niet mijn sterkste kant te zijn . Ik laat mijn 5 koetjes gewoon verder grazen en hou de stats in de gaten. Tnx!
Ik ben ermee gestopt. Vrijwel al m'n kaarten waren grotendeels idle. Luxe probleem voor F@H, maar dan zet ik m'n rig liever voor iets anders in voor nu. Tot de volgende keer
8 uur geweest en nog geen stats? Gauw wat aan doen dus!
THTVOUWEN gaat nog steeds kneitehard en vliegt daardoor ook rap omhoog door de overall users, vandaag weer twee plekjes winst binnen de top30. Rooieduvel weet daar trouwens ook een plekje te claimen, well done! Wat overigens ook mooi is om te zien, is dat de gehele top30 van vandaag minsten 1 miljoen punten scoort, iets van een maandje terug was de helft al zeker goed voor een top3 notering. Nice Dat betekend ook dat we, als DPC, plekje 12 mogen claimen in de teams daily, met een dagscore van ruim 200 miljoen, waarmee de vooruitzichten in de overall lijst er ook gunstig uitzien.
Vandaag mogen we 21 nieuwe koeien welkom heten en is er nog steeds een flink lange lijst van mijlpalen te verdelen. Enjoy!
Folding@Home hitparade van donderdag 09 april 2020 flushers : 1308/7737 (17 %) Users daily
Freekers schreef op vrijdag 10 april 2020 @ 08:13:
Ik ben ermee gestopt. Vrijwel al m'n kaarten waren grotendeels idle. Luxe probleem voor F@H, maar dan zet ik m'n rig liever voor iets anders in voor nu. Tot de volgende keer
Merk ik ook vandaag weer. Ik log in en al mijn koeien staan om zich heen te kijken.
Eentje heeft nu wat gras gevonden maar de andere 4 staan een beetje stil. De 2 grootste koeien lijken de hele dag al niets te doen, toch jammer. Maar goed, ze staan de hele maand nog in de wei, dus laat het gras maar komen!
Just a guy... who likes tech... who likes to write.... and test... and game... https://www.rooieduvel.nl Winner of the best userreviews 2021/2022
Merk ik ook vandaag weer. Ik log in en al mijn koeien staan om zich heen te kijken.
Eentje heeft nu wat gras gevonden maar de andere 4 staan een beetje stil. De 2 grootste koeien lijken de hele dag al niets te doen, toch jammer. Maar goed, ze staan de hele maand nog in de wei, dus laat het gras maar komen!
Ik heb 1 grote koe (m'n GPU) en die doet ook de helft van de tijd niets. Client opnieuw opstarten doet soms wonderen.
Zelfde hiero. Ik zou op dagbasis tegen een miljoen punten moeten aanzitten. Ik ben in vier dagen tijd van 900.000 punten gegaan terug naar 625.000. En ik krijg nu ook al uren lang niets meer binnen voor zowel GPU en CPU. Heb Boinc maar weer aangeslingerd.
Rosetta aangeslingerd. Heeft een update nodig van 400 MB. Download met 40kb/sec. Het loopt allemaal lekker stroef...
[Voor 26% gewijzigd door Robkazoe op 10-04-2020 10:02]
Hier nog weinig problemen met betrekking tot de WU's. De koe heeft alleen stabiliteitsproblemen. Af en toe een spontane herstart met een foutmelding van windows. Gek genoeg is het pas begonnen sinds de corona in Nederland is vastgesteld. Deze week geen last gehad tot gisteren. Blijkbaar heeft de buitentemperatuur toch invloed. Vind het wel gek omdat de fans niet eens voluit worden gezet. De GPU is 60 °C en de CPU 40 C met F@H en R@H tegelijk. Geen hoge waardes naar mijn weten.
Gisteren alleen de OC (3.6 ipv 3.5 GHz) van de CPU eraf gehaald. De koe heeft er 5 jaar zonder problemen mee gewerkt. Afwachten of dit beter gaat.
Vroeger kreeg ik honger van 7083170, nu draait het beeld
Ik krijg ineens een foutmelding op mijn GPU na het uploaden:
code:
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
WU02:FS01:Sending unit results: id:02 state:SEND error:NO_ERROR project:11749 run:0 clone:3377 gen:18 core:0x22 unit:0x000000248ca304e75e6a800e5d75001f
09:43:57:WU02:FS01:Uploading 12.56MiB to 140.163.4.231
09:43:57:WU02:FS01:Connecting to 140.163.4.231:8080
09:44:40:WU00:FS01:Connecting to 65.254.110.245:8080
09:44:40:WARNING:WU00:FS01:Failed to get assignment from '65.254.110.245:8080': No WUs available for this configuration
09:44:40:WU00:FS01:Connecting to 18.218.241.186:80
09:44:41:WARNING:WU00:FS01:Failed to get assignment from '18.218.241.186:80': No WUs available for this configuration
09:44:41:ERROR:WU00:FS01:Exception: Could not get an assignment
09:44:55:WU02:FS01:Upload 0.99%
09:45:01:WU02:FS01:Upload 22.38%
09:45:07:WU02:FS01:Upload 47.75%
09:45:13:WU02:FS01:Upload 62.18%
09:45:19:WU02:FS01:Upload 95.50%
09:45:19:WU01:FS00:0xa7:Completed 175000 out of 250000 steps (70%)
09:45:20:WU02:FS01:Upload complete
09:45:20:WU02:FS01:Server responded WORK_QUIT (404)
09:45:20:WARNING:WU02:FS01:Server did not like results, dumping
Robkazoe schreef op vrijdag 10 april 2020 @ 09:59:
Zelfde hiero. Ik zou op dagbasis tegen een miljoen punten moeten aanzitten. Ik ben in vier dagen tijd van 900.000 punten gegaan terug naar 625.000. En ik krijg nu ook al uren lang niets meer binnen voor zowel GPU en CPU. Heb Boinc maar weer aangeslingerd.
Rosetta aangeslingerd. Heeft een update nodig van 400 MB. Download met 40kb/sec. Het loopt allemaal lekker stroef...
Ging net voor de Stampede downloaden... 1.7 KB/s... was ook niet leuk.
En ik zou op dagbasis > 4.5 moeten doen... als je dan om 13.15 maar 1M hebt..
Just a guy... who likes tech... who likes to write.... and test... and game... https://www.rooieduvel.nl Winner of the best userreviews 2021/2022
Heb deze fout ook gehad. Was ongeveer een week geleden. Gelukkig tot nu toe bij deze ene gebleven (waar is m'n houten plankje).
Wellicht was de door jullie geproduceerde WU niet meer nodig (dubbele WU van dezelfde proteïne/molecuul)
Hoop dat jullie 'm niet meer krijgen!
Bij deze in ieder geval hele fijne Paasdagen gewenst aan iedereen
heel leuk dat je ook meedoet . Er is toch vanalle hardware waar het op loopt!
Wel een vraagje : geraak je dan eigenlijk wel op tijd af? voor de Timeout? (of zelf voor de Expiration)
Bij mij is typisch de Timeout 1 dag (24u), na start.
My computer has 5.86 days to complete this work unit.
tijd zat nog
Punten blijven ook gewoon binnenkomen, al is die +/- 4K per dag nou niet echt veel vergeleken wat ik hier voorbij zie komen. ik zie ook geen problemen in de logboeken, loopt rustig door zo..
Fan van: Unraid. Pi-hole, PlexMediaServer, OPNsense. Meer een gluurder dan een reaguurder.
menzo schreef op zaterdag 11 april 2020 @ 19:00:
Mijn P100 in de cloud heeft geen problemen gehad vandaag. Ik laat het bij 90% als een nieuwe WU ophalen en dat lukt meestal wel in de 10min.
ik heb de tutorial gelezen, maar ik vraag me af waarom ze een dual-core aanraden - is toch voor niets nodig (als je vooral de GPU wilt gebruiken) ?
ik heb de tutorial gelezen, maar ik vraag me af waarom ze een dual-core aanraden - is toch voor niets nodig (als je vooral de GPU wilt gebruiken) ?
Ik weet het ook niet zeker, maar de hoeveelheid ram neemt evenredig met het aantal cores toe, ik heb na een latere post in dat topic zelfs de 4core genomen omdat er WUs zijn die best veel RAM gebruiken. Qua prijs is het een paar cent per uur.
In de grafiek van de statistieken is ook goed te zien dat de snelheid de afgelopen dagen weer wat afloopt. Lijkt er op dat er weer meer problemen zijn met het aanleveren van work units.
Hier zelf staat mijn GPU weer veel tijd niets te doen na een paar dagen bijna non stop bezig.
You see things; and you say, "Why?" But I dream things that never were; and I say, "Why not?"
Zo, na behoorlijk veel moeite heb ik nu ook de Vega64 zichtbaar in FaH (iets met FaH op Linux en AMD drivers en de bekende reset bug)
nu wachten op een WU zodat ik zeker weet dat ie naar behoren werkt...
Fan van: Unraid. Pi-hole, PlexMediaServer, OPNsense. Meer een gluurder dan een reaguurder.
Ik weet het ook niet zeker, maar de hoeveelheid ram neemt evenredig met het aantal cores toe, ik heb na een latere post in dat topic zelfs de 4core genomen omdat er WUs zijn die best veel RAM gebruiken. Qua prijs is het een paar cent per uur.
ik ga proberen met een Nvidia Tesla T4 en single core, zien wat het geeft, die zijn spotgoedkoop (<0.3$/uur)
Die vraag had ik ook. Volgens mij verbruikt F@H tientallen zo niet honderden MW aan extra stroom. Dat kost veel geld (in NL ~€220/MWh) en heeft een substantiele milieu-impact. Is dat proportioneel? Ik heb me daarom een beetje proberen te verdiepen.
Ik zal proberen voor je samen te vatten wat ik begrijp van wat F@H doet m.b.t. COVID-19.
Eerst een beetje achtergrond:
F@H zet zich vooral in om een anti-viraal medicijn te vinden. Dit is dus iets wat kan helpen om zieke mensen beter te maken en niet om mensen preventief te beschermen zoals een vaccin. Het voordeel is dat een medicijn, als het wordt gevonden, veel sneller te gebruiken is dan een vaccin wat volgens de kenners minstens een jaar op zich laat wachten. Een vaccin ga je aan heel veel gezonde mensen geven, dus dat moet extreem veilig zijn en je moet het testen op gezonde mensen dus daar moet je ook heel voorzichtig mee zijn. Een medicijn kun je testen op heel zieke mensen die weinig andere hoop meer hebben en als dat goed gaat kun je het breder inzetten, etc.
Een medicijn is molecuul en de hoop is om een relatief eenvoudig molecuul te vinden zodat het snel en gemakkelijk op grote schaal gesynthetiseerd kan worden (scheikundig). Dit in tegenstelling tot een biological, welke je moet groeien in een bio-reactor. Een relatief simpel molecul vinden welke COVID-19 kan remmen is een long-shot, maar als het lukt heeft het dus heel grote voordelen omdat het veel sneller toepasbaar is. Er zijn momenteel twee "projecten" waar aan gewerkt wordt met F@H om dit te bereiken. De ene draait op de GPU en de ander op de CPU.
Op de GPU wordt het vouwen van COVID-19 spike eiwit gesimuleerd. Dit is het eiwit wat je op de mooie gerenderde plaatjes van het virus ziet als die van die kleine uitstekende "toeters" op het oppervlak van de bol. Deze noemen ze de 'spikes' en zijn heel kenmerkend voor Corona virussen. Het is ook cruciaal onderdeel in het ziekteproces. De spikes maken namelijk de verbinding met de ACE2 receptoren die op het oppervlak van menselijke cellen zitten (o.a. longcellen). Hierdoor kan het virus zich in menselijke cellen injecteren en cellen kapen om meer virus deeltjes te produceren. Normaal laten cellen geen vreemde deeltjes binnen, daarvoor moet je met een receptor verbinden. Zie het als een soort sleutelgat waar alleen heel specifieke eiwitten op passen. Als je dus de het verbinden van de spikes aan de ACE2 receptoren kunt verhinderen dan kan het virus zich niet meer vermeerderen en stopt de uitbreiding in het lichaam van een patiënt.
Om een molecuul te vinden dat het binden van de COVID-19 spike met de ACE2 receptor verhinderd willen farmaceutische scheikundigen een beeld hebben van het oppervlak van eiwit. Ze willen dus weten welke atomen naast elkaar zitten en in precies welke vorm. Dan kunnen ze namelijk kijken welke stukken van het oppervlak te gebruiken zijn om een ander molecuul mee te laten verbinden. Dat zijn de zogenaamde "drugable sites". Vervolgens kan men proberen te bedenken welk molecuul zich "aangetrokken voelt" tot die druggable sites en eraan zou kunnen binden.
De Diamond cyclotron in het Verenigd Koninkrijk heeft met behulp van Röntgenkristallografie een nauwkeurig beeld gemaakt van het spike eiwit. Dit is echter een beeld van het eiwit in stilstand, want om het te kunnen scannen bevriezen ze het op cryogene temperaturen. In het menselijk lichaam bewegen eiwitten. Alle moleculen trillen en daardoor veranderen ze van vorm. Dat is het vouwen waar het hele Folding @ Home om draait. Doordat het (spike) eiwit van vorm veranderd komen er andere structuren aan het oppervlak en zijn er meer drugable sites te identificeren. Meer drugable sites betekend meer kans dat er een molecuul gevonden kan worden wat goed genoeg bind om het virus onschadelijk te maken (of minder schadelijk waarschijnlijk).
Dat is wat er op de GPU's draait. Het andere deel van het werk draait op de CPU en borduurt hierop verder. Het Diamond cyclotron heeft de eerste drugable sites op de buitenkant van het eiwit gevonden en F@H werkt nu om er nog meer te vinden. Het Diamond cyclotron wil men nu in gaan zetten om moleculen te gaan screenen. Men wil moleculen die ze hoopvol achten daadwerkelijk gaan synthetiseren en bij het COVID-10 eiwit mengen en vervolgens opnieuw scannen om te kijken of ze aan elkaar zijn gebonden.
Dat klinkt simpel, maar dat is best een boel werk en er zijn letterlijk oneindig veel moleculen te verzinnen. Ze hebben dus een website opgezet waar ze alle onderzoekers en mensen met verstand van molecuulontwerp oproepen om hun beste ontwerpen voor een molecuul in te dienen waarvan ze denken dat het sterk aan de COVID-19 spike bind en vooral ook waarom ze dat denken. Toen ik erop keek hadden ze ~1700 voorstellen. Dat is veel teveel om allemaal te testen op korte termijn dus ze proberen dat slim aan te pakken. Moleculen die makkelijk aan te komen zijn en die het meeste potentie hebben komen bovenaan. Maar de vraag is welke moleculen het meeste potentie hebben. Hierbij helpt F@H door te simuleren hoe sterk de voorgestelde moleculen aangetrokken zijn tot de COVID-19 spike. Ze berekenen daarvoor de 'lowest energy state' en op basis daarvan kunnen ze een goed deel van de moleculen uitsluiten omdat ze elkaar maar heel zwak aantrekken en dus waarschijnlijk nooit binden. Dit werk zijn de talloze CPU projecten die ze de afgelopen weken steeds toevoegen.
Nu moet ik er weer vandoor, maar ik hoop dat dit een beetje helpt voor de mensen die zich eveneens afgevraagd hebben waar we in vredesnaam mee bezig zijn.
Die vraag had ik ook. Volgens mij verbruikt F@H tientallen zo niet honderden MW aan extra stroom. Dat kost veel geld (in NL ~€220/MWh) en heeft een substantiele milieu-impact. Is dat proportioneel? Ik heb me daarom een beetje proberen te verdiepen.
Ik zal proberen voor je samen te vatten wat ik begrijp van wat F@H doet m.b.t. COVID-19.
Eerst een beetje achtergrond:
F@H zet zich vooral in om een anti-viraal medicijn te vinden. Dit is dus iets wat kan helpen om zieke mensen beter te maken en niet om mensen preventief te beschermen zoals een vaccin. Het voordeel is dat een medicijn, als het wordt gevonden, veel sneller te gebruiken is dan een vaccin wat volgens de kenners minstens een jaar op zich laat wachten. Een vaccin ga je aan heel veel gezonde mensen geven, dus dat moet extreem veilig zijn en je moet het testen op gezonde mensen dus daar moet je ook heel voorzichtig mee zijn. Een medicijn kun je testen op heel zieke mensen die weinig andere hoop meer hebben en als dat goed gaat kun je het breder inzetten, etc.
Een medicijn is molecuul en de hoop is om een relatief eenvoudig molecuul te vinden zodat het snel en gemakkelijk op grote schaal gesynthetiseerd kan worden (scheikundig). Dit in tegenstelling tot een biological, welke je moet groeien in een bio-reactor. Een relatief simpel molecul vinden welke COVID-19 kan remmen is een long-shot, maar als het lukt heeft het dus heel grote voordelen omdat het veel sneller toepasbaar is. Er zijn momenteel twee "projecten" waar aan gewerkt wordt met F@H om dit te bereiken. De ene draait op de GPU en de ander op de CPU.
Op de GPU wordt het vouwen van COVID-19 spike eiwit gesimuleerd. Dit is het eiwit wat je op de mooie gerenderde plaatjes van het virus ziet als die van die kleine uitstekende "toeters" op het oppervlak van de bol. Deze noemen ze de 'spikes' en zijn heel kenmerkend voor Corona virussen. Het is ook cruciaal onderdeel in het ziekteproces. De spikes maken namelijk de verbinding met de ACE2 receptoren die op het oppervlak van menselijke cellen zitten (o.a. longcellen). Hierdoor kan het virus zich in menselijke cellen injecteren en cellen kapen om meer virus deeltjes te produceren. Normaal laten cellen geen vreemde deeltjes binnen, daarvoor moet je met een receptor verbinden. Zie het als een soort sleutelgat waar alleen heel specifieke eiwitten op passen. Als je dus de het verbinden van de spikes aan de ACE2 receptoren kunt verhinderen dan kan het virus zich niet meer vermeerderen en stopt de uitbreiding in het lichaam van een patiënt.
[Afbeelding]
Om een molecuul te vinden dat het binden van de COVID-19 spike met de ACE2 receptor verhinderd willen farmaceutische scheikundigen een beeld hebben van het oppervlak van eiwit. Ze willen dus weten welke atomen naast elkaar zitten en in precies welke vorm. Dan kunnen ze namelijk kijken welke stukken van het oppervlak te gebruiken zijn om een ander molecuul mee te laten verbinden. Dat zijn de zogenaamde "drugable sites". Vervolgens kan men proberen te bedenken welk molecuul zich "aangetrokken voelt" tot die druggable sites en eraan zou kunnen binden.
De Diamond cyclotron in het Verenigd Koninkrijk heeft met behulp van Röntgenkristallografie een nauwkeurig beeld gemaakt van het spike eiwit. Dit is echter een beeld van het eiwit in stilstand, want om het te kunnen scannen bevriezen ze het op cryogene temperaturen. In het menselijk lichaam bewegen eiwitten. Alle moleculen trillen en daardoor veranderen ze van vorm. Dat is het vouwen waar het hele Folding @ Home om draait. Doordat het (spike) eiwit van vorm veranderd komen er andere structuren aan het oppervlak en zijn er meer drugable sites te identificeren. Meer drugable sites betekend meer kans dat er een molecuul gevonden kan worden wat goed genoeg bind om het virus onschadelijk te maken (of minder schadelijk waarschijnlijk).
Dat is wat er op de GPU's draait. Het andere deel van het werk draait op de CPU en borduurt hierop verder. Het Diamond cyclotron heeft de eerste drugable sites op de buitenkant van het eiwit gevonden en F@H werkt nu om er nog meer te vinden. Het Diamond cyclotron wil men nu in gaan zetten om moleculen te gaan screenen. Men wil moleculen die ze hoopvol achten daadwerkelijk gaan synthetiseren en bij het COVID-10 eiwit mengen en vervolgens opnieuw scannen om te kijken of ze aan elkaar zijn gebonden.
Dat klinkt simpel, maar dat is best een boel werk en er zijn letterlijk oneindig veel moleculen te verzinnen. Ze hebben dus een website opgezet waar ze alle onderzoekers en mensen met verstand van molecuulontwerp oproepen om hun beste ontwerpen voor een molecuul in te dienen waarvan ze denken dat het sterk aan de COVID-19 spike bind en vooral ook waarom ze dat denken. Toen ik erop keek hadden ze ~1700 voorstellen. Dat is veel teveel om allemaal te testen op korte termijn dus ze proberen dat slim aan te pakken. Moleculen die makkelijk aan te komen zijn en die het meeste potentie hebben komen bovenaan. Maar de vraag is welke moleculen het meeste potentie hebben. Hierbij helpt F@H door te simuleren hoe sterk de voorgestelde moleculen aangetrokken zijn tot de COVID-19 spike. Ze berekenen daarvoor de 'lowest energy state' en op basis daarvan kunnen ze een goed deel van de moleculen uitsluiten omdat ze elkaar maar heel zwak aantrekken en dus waarschijnlijk nooit binden. Dit werk zijn de talloze CPU projecten die ze de afgelopen weken steeds toevoegen.
Nu moet ik er weer vandoor, maar ik hoop dat dit een beetje helpt voor de mensen die zich eveneens afgevraagd hebben waar we in vredesnaam mee bezig zijn.
Dank je wel voor de uitleg, ik kan best wel wat engels maar niet zoals het op die site staat met de linkjes van een paar post terug .
Ik heb een mailtje gestuurd naar nieuwsuur over het Folding@home project en wat oa tweakers (maar nog vele duizende op de wereld ) doen. Met de vraag hier eens wat aandacht aan te besteden. Misschien dat meerdere tweakers ook eens een mailtje moeten sturen om dit mooie project onder de aandacht te brengen !
Mail sturen kan naar nieuwsuur@nieuwsuur.nl (email adres verkregen via nos) .
Het zou mooi zijn als het een onderwerp wordt en ik heb ook aangeraden om contact op te nemen met Tweakers.
geenwindows schreef op zondag 12 april 2020 @ 13:22:
Zo, na behoorlijk veel moeite heb ik nu ook de Vega64 zichtbaar in FaH (iets met FaH op Linux en AMD drivers en de bekende reset bug)
nu wachten op een WU zodat ik zeker weet dat ie naar behoren werkt...
Na een tijdje geprobeerd mijn linux systeem ook werkend te krijgen, heb ik het opgegeven, maar ik had nog niet gehoord over de bekende reset bug Dus...wat bedoel je?
Na een tijdje geprobeerd mijn linux systeem ook werkend te krijgen, heb ik het opgegeven, maar ik had nog niet gehoord over de bekende reset bug Dus...wat bedoel je?
offtopic: reset bug krijg je vooral mee te maken wanneer je hem met virtualisatie gebruikt, kaart wordt niet meer vrijgegeven bij het afsluiten van de VM. soms kan je er ook te maken mee krijgen met het installatie van drivers, kaart valt dan gewoon uit het systeem. (zoek maar eens op "AMD reset bug"
ik kijk het even aan, tot nu toe heb ik nog geen werk ervoor gekregen...
Fan van: Unraid. Pi-hole, PlexMediaServer, OPNsense. Meer een gluurder dan een reaguurder.
Dus dan is de p100 als hij altijd een WU heeft het kosten effectiefst toch?
ik denk het niet:
- P100 kost: 1.1$/uur, 1.7M PPD -> M PPD/$ : 1.55
- T4 kost: 0.3$/uur, 0.8-0.9M PPD -> M PPD/$ : 2.66 (zelf 3 bij 0.9M)
(sorry ik had vorige keer voor T4 0.8 gezegd, maar het is echt 0.3 [zelf eronder met single-core 0.281, zo loopt die bij mij]). Ik zou hem in theorie 40 dagen kunnen lopen zo.
die T4 had ik verwacht beter te zijn: ze zijn een generatie nieuwer (zoals de RTX), en die T4 verbruikt max 70W.
ik denk het niet:
- P100 kost: 1.1$/uur, 1.7M PPD -> M PPD/$ : 1.55
- T4 kost: 0.3$/uur, 0.8-0.9M PPD -> M PPD/$ : 2.66 (zelf 3 bij 0.9M)
(sorry ik had vorige keer voor T4 0.8 gezegd, maar het is echt 0.3 [zelf eronder met single-core 0.281, zo loopt die bij mij]). Ik zou hem in theorie 40 dagen kunnen lopen zo.
die T4 had ik verwacht beter te zijn: ze zijn een generatie nieuwer (zoals de RTX), en die T4 verbruikt max 70W.
Tweakers plaatst functionele en analytische cookies voor het functioneren van de website en het verbeteren van de website-ervaring. Deze cookies zijn noodzakelijk. Om op Tweakers relevantere advertenties te tonen en om ingesloten content van derden te tonen (bijvoorbeeld video's), vragen we je toestemming. Via ingesloten content kunnen derde partijen diensten leveren en verbeteren, bezoekersstatistieken bijhouden, gepersonaliseerde content tonen, gerichte advertenties tonen en gebruikersprofielen opbouwen. Hiervoor worden apparaatgegevens, IP-adres, geolocatie en surfgedrag vastgelegd.
Hieronder kun je per doeleinde of partij toestemming geven of intrekken. Meer informatie vind je in ons cookiebeleid.
Functioneel en analytisch
Deze cookies zijn noodzakelijk voor het functioneren van de website en het verbeteren van de website-ervaring. Klik op het informatie-icoon voor meer informatie.
Meer details
janee
Relevantere advertenties
Dit beperkt het aantal keer dat dezelfde advertentie getoond wordt (frequency capping) en maakt het mogelijk om binnen Tweakers contextuele advertenties te tonen op basis van pagina's die je hebt bezocht.
Meer details
Tweakers genereert een willekeurige unieke code als identifier. Deze data wordt niet gedeeld met adverteerders of andere derde partijen en je kunt niet buiten Tweakers gevolgd worden. Indien je bent ingelogd, wordt deze identifier gekoppeld aan je account. Indien je niet bent ingelogd, wordt deze identifier gekoppeld aan je sessie die maximaal 4 maanden actief blijft. Je kunt deze toestemming te allen tijde intrekken.
Ingesloten content van derden
Deze cookies kunnen door derde partijen geplaatst worden via ingesloten content. Klik op het informatie-icoon voor meer informatie over de verwerkingsdoeleinden.
Meer details
Distributed computing
Folding@home/u/21440/palm-tree-on-beach_60.png?f=community)
/u/8555/Shadow_60x60.png?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/26367/bubbles2.jpg?f=community)
:strip_exif()/u/29503/chicken_small.gif?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/128684/Avatar.jpg?f=community){kind=avatar}
)
1)
2)
)
:strip_exif()/u/40972/combadge.gif?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/44176/gir.jpg?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/35604/tietje.jpg?f=community)
/u/58600/got_icoon.png?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/73041/Naamloos.jpg?f=community)
/u/27193/zwart.png?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/87978/crop566e036cc3e24_cropped.jpeg?f=community)
/u/85925/crop5ec5a1f7ceba9_cropped.png?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/45165/crop5867ca3777fb4_cropped.jpeg?f=community)
/u/503905/crop5fb2f8a0df890_cropped.png?f=community)
:strip_exif()/u/26517/gigi.gif?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/237295/crop5673286891206_cropped.jpeg?f=community)
/u/492533/logo80.png?f=community){kind=logo}
:strip_icc():strip_exif()/u/1369676/crop5e8f7a0269415_cropped.jpeg?f=community)
. Ik laat mijn 5 koetjes gewoon verder grazen en hou de stats in de gaten. Tnx!:strip_icc():strip_exif()/u/298667/crop564da5f628b8b_cropped.jpeg?f=community)
:strip_exif()/u/9179/crop586dff9d475a6_cropped.gif?f=community)
Ons koeien zullen maar paaseitjes moeten eten 
(geforce GT710) hoeft geen paaseitjes te eten, die heeft minstens 3 dagen nodig voor 1 taak, huidige taak duurt nog ruim 1 dag 
