[Rosetta@Home] hitparade van 23 augustus

[Kristof]

Neem ik een dagje (of 2) verlof, word ik 's morgens wakker, denk ik naar de stats te gaan kijken, blijkt dat deze er om 11u nog niet staan...

Het is nogtans een dag waarover veel te vertellen valt:
Burnhard doet weer een flush, en grijpt daarmee de daily #1. Daarenboven gaaét hij in de overall terug over Team ColdFusion heen. Benieuwd hoe dit nog gaat evolueren

Op teamniveau (daily) zien we dat DPC nog steeds onder Xtremeystems staat en FreeDC nog steeds onder ons, maar ook TeAm AnandTech verschijnt vlak achter ons, waarmee FreeDC een plaatsje zakt in de daily.

Nieuwe leden zijn er spijtig genoeg niet, maar wel... enkele mooie palen:
Cureseekers grijpt naar de (tussen)paal van 5.500.000,
Creative ID verovert de 250.000 paal
William en broekemaa behaalden de 5.000 punten
en last but not least:
Cad0 en Gerard Schutrups krijgen hun 2de paal op de schoorsteen: 2.000 punten!!


Ik heb in de DPCH van gisteren gezien dat er weer wat discussies over het nieuwe creditsysteem losgebarsten zijn.
Ik zal in een reactie onder de stats nog wat opheldering (proberen) te geven.

Verder is er ook nog wat projectnieuws, dat ik jullie uiteraard niet wil onthouden, maar ook onder de DPCH kunnen terugvinden

Maar nu eerst de stats van:
DPC Rosetta@Home hitparade van 23 augustus 2006

Daily Top 30
Flushers: 154 / 652 (23,6 %)
pos		daily	member	total
1.	(20)	15.534	BurnHard	1.717.314	(6)
2.	(1)	13.249	[DPC]FOKschaap	5.740.967	(1)
3.	(1)	12.620	Cureseekers	5.508.630	(2)
4.	(1)	9.617	[DPC] Team ColdFusion	1.712.070	(7)
5.	(1)	7.184	Grutte Pier [Wa Oars]	2.599.236	(4)
6.	(1)	6.416	Mbc	521.094	(17)
7.	()	4.862	Dutch Power Chicken	518.036	(18)
8.	(2)	4.726	Los Alcoholicos	3.683.179	(3)
9.	(2)	3.907	MetalMike	999.470	(10)
10.	(8)	3.577	Lmax	97.833	(63)
11.	(23)	3.355	Da_Bink	287.337	(26)
12.	(7)	3.245	Stonie -= BigBusy.net =-	56.712	(85)
13.	(2)	2.998	DPC_Schotse_Hooglanders	435.522	(21)
14.	(4)	2.979	[DPC]TeamHC	1.214.998	(8)
15.	(1)	2.549	Patman	443.816	(20)
16.	(2)	2.523	Tukkertje	564.396	(14)
17.	(8)	2.264	Chris	167.779	(41)
18.	(14)	2.249	RiXarD	38.564	(105)
19.	(7)	2.212	Team_Gaol	1.037.486	(9)
20.	(12)	2.090	borkescomputers	705.546	(13)
21.	(4)	1.986	TeamBVD	771.078	(11)
22.	(9)	1.813	[DPC]Division_Brabant	527.561	(16)
23.	(6)	1.813	Indy31	109.201	(57)
24.	(2)	1.792	Cosmic Cows	493.673	(19)
25.	()	1.738	William	6.634	(251)
26.	(13)	1.632	NoizyCows	535.624	(15)
27.	(12)	1.544	Basjes	260.370	(29)
28.	(4)	1.447	Team_Elteor_Borislavj	2.092.718	(5)
29.	(14)	1.274	Sybr_E-N	116.026	(56)
30.	(7)	1.173	MolAnO	348.798	(24)
	More...

Overall Top 30
pos		total	member	daily
1.	()	5.740.967	[DPC]FOKschaap	13.249	(2)
2.	()	5.508.630	Cureseekers	12.620	(3)
3.	()	3.683.179	Los Alcoholicos	4.726	(8)
4.	()	2.599.236	Grutte Pier [Wa Oars]	7.184	(5)
5.	()	2.092.718	Team_Elteor_Borislavj	1.447	(28)
6.	(1)	1.717.314	BurnHard	15.534	(1)
7.	(1)	1.712.070	[DPC] Team ColdFusion	9.617	(4)
8.	()	1.214.998	[DPC]TeamHC	2.979	(14)
9.	()	1.037.486	Team_Gaol	2.212	(19)
10.	()	999.470	MetalMike	3.907	(9)
11.	()	771.078	TeamBVD	1.986	(21)
12.	()	758.877	[DPC]Team Switch	35	(129)
13.	()	705.546	borkescomputers	2.090	(20)
14.	()	564.396	Tukkertje	2.523	(16)
15.	()	535.624	NoizyCows	1.632	(26)
16.	()	527.561	[DPC]Division_Brabant	1.813	(22)
17.	()	521.094	Mbc	6.416	(6)
18.	()	518.036	Dutch Power Chicken	4.862	(7)
19.	()	493.673	Cosmic Cows	1.792	(24)
20.	()	443.816	Patman	2.549	(15)
21.	()	435.522	DPC_Schotse_Hooglanders	2.998	(13)
22.	()	384.514	AJSL	122	(93)
23.	()	371.754	JZ-power	652	(41)
24.	()	348.798	MolAnO	1.173	(30)
25.	()	334.564	M_P_G	315	(62)
26.	()	287.337	Da_Bink	3.355	(11)
27.	()	264.800	trenza	373	(56)
28.	()	261.787	[DPC]NGS	0	(-)
29.	()	260.370	Basjes	1.544	(27)
30.	()	250.930	Creative ID	1.107	(32)
	More...

Teams Daily Top 15
pos		daily	team	total
1.	()	243.103	XtremeSystems	72.892.508	(1)
2.	()	151.296	Dutch Power Cows	46.080.474	(3)
3.	(1)	102.757	TeAm AnandTech	24.248.366	(4)
4.	(1)	88.633	Free-DC	51.530.954	(2)
5.	(2)	70.861	Canada	9.954.979	(6)
6.	(8)	44.793	University of Wisconsin - Madison	149.941	(194)
7.	(2)	41.234	Team MacNN	7.682.983	(9)
8.	(2)	40.820	Czech National Team	5.841.161	(15)
9.	(3)	36.690	L'Alliance Francophone	5.591.938	(16)
10.	(1)	35.522	Ars Technica	8.908.971	(7)
11.	(2)	34.577	BOINC Synergy	6.911.859	(12)
12.	(1)	33.578	XPC	14.942.088	(5)
13.	(5)	33.215	US-Distributed	8.497.858	(8)
14.	(2)	32.760	SETI.USA	7.491.768	(10)
15.	(1)	32.594	Team-SciFi	2.274.038	(29)
	More...

Teams Overall Top 15
pos		total	team	daily
1.	()	72.892.508	XtremeSystems	243.103	(1)
2.	()	51.530.954	Free-DC	88.633	(4)
3.	()	46.080.474	Dutch Power Cows	151.296	(2)
4.	()	24.248.366	TeAm AnandTech	102.757	(3)
5.	()	14.942.088	XPC	33.578	(12)
6.	()	9.954.979	Canada	70.861	(5)
7.	()	8.908.971	Ars Technica	35.522	(10)
8.	()	8.497.858	US-Distributed	33.215	(13)
9.	()	7.682.983	Team MacNN	41.234	(7)
10.	()	7.491.768	SETI.USA	32.760	(14)
11.	()	6.948.345	Phoenix Rising	21.713	(18)
12.	()	6.911.859	BOINC Synergy	34.577	(11)
13.	()	6.281.211	Housing and Food Services	21.075	(19)
14.	()	5.990.568	Teddies	6.929	(60)
15.	()	5.841.161	Czech National Team	40.820	(8)
	More...

Megaflush Top 5
pos	Team	Flush	Date
1.	[DPC]TeamHC	282.430	06-07-2006
2.	Grutte Pier [Wa Oars]	190.439	28-06-2006
3.	[DPC]FOKschaap	162.925	09-05-2006
4.	Cureseekers	137.426	16-12-2005
5.	Los Alcoholicos	128.163	11-05-2006
More...

Mijlpalen

Cureseekers	5.500.000
Creative ID	250.000
William	5.000
broekemaa	5.000
Cad0	2.000
Gerard Schutrups	2.000

When do you get them

Team	Average	Days
Free-DC	119.369	123

Rosetta@Home Links
Rosetta@Home webpage
Rosetta@Home forum
DPCH Suggestiepagina
Bron

[Kristof]

Zoals aangekondigd, eerst wat nieuws van David Baker:

Today was an exciting day for the group! In our vaccine design and enzyme design calculations, the end result is an amino acid sequence for a protein predicted to be a good vaccine or catalyst of a chemical reaction. The next step is to make a gene--a piece of DNA--that codes for the amino acid sequence. Due to advances in technology, rather than having to laboriously synthesize each gene in the lab, we can buy genes for any amino acid sequence for not to much from DNA synthesis companies, and we are lucky to be collaborating with a startup company in Boston called Codon who can make them for us quite cheaply. Today we ordered genes for 16 potential HIV vaccines, 15 potential new enzymes, and 4 potential new protien-protein complexes. I say potential above because our design calculations are not perfect, and we won't really know if these proteins act as designed until after we get the genes back in a month or so. Then we take advantage of modern molecular biology techniques to put the genes into bacteria where they direct the cells to make large amounts of the designed proteins. We can then separate the designed proteins from the rest of the stuff in the bacteria using a special tag we include in each of them that provides a good handle. Once we have the purified designed proteins, we can see whether they bind the desired antibodies in the case of the vaccine designs or catalyze the desired reactions in the case of the enzymes. In this way, we will learn about both the strengths and weaknesses of the rosetta design methodology, and hopefully have crated proteins that can have a very positive effect on the world!

As Hugo pointed out, we have not quite gotten the design methodology to the point we can run it on rosetta@home, but this should be coming in not too long as several people in my group are now focusing on this. Before this, look for protein-protein docking calculations where we are trying to predict the structures of the complexes between proteins which mediate much of the basic processes important to life. Chu Wang, a graduate student in the group, is close to having his docking methodology compatible with distributed computing, and we anticipate breakthroughs in this importnat problem as it also seems largely limited by cpu power.

Currently running on rosetta@home are the last of the casp tests on protein structure refinement (see the casp7 website) and tests of a general approach for estimating how much compute power is necessary to find the lowest energy structure for a sequence. I will describe the basic idea behind this approach in one of my next posts.

[Kristof]

Zoals gezegd is het nieuwe creditsystem in werking getreden.
Enkele dingen om te verduidelijken:

1/ We krijgen minder credit dan vroeger:
=> Klopt! Mensen die vroeger een optimized client gebruikte, zullen nu minder punten toegekend worden. Echter dit is voor iedereen zo, dus evenredig gezien blijft het hetzelfde
Daar tegenover staat dat het eerlijker wordt. Vroeger was er een groot verschil (of kon zijn) tussen linux en windows, maar ook tussen AMD en Intel.

2/ Het zal langer duren eer we FreeDC inhalen?
=> Uiteraard niet! Ook zij krijgen minder punten (ze gebruikten ook de optimized client), dus evenredig gezien blijft dit ook hetzelfde.
Idem voor XtremeSystems!

3/ Het kan zijn dat er hier en daar nog een foutje in het creditsysteem gevonden wordt.Geef het nog even tijd vooraleer je begint te roepen, of het project afsluit! Elke overgang kent zijn problemen.

Hier staat nog wat extra info
http://boinc.bakerlab.org..._thread.php?id=2194#24612

[ Voor 99% gewijzigd door Kristof op 24-08-2006 11:12 ]

[Verwijderd]

Woei! Mijlpaal.

[ Voor 7% gewijzigd door Verwijderd op 24-08-2006 11:04 ]

[OldButNotSoWise]

het nieuwe credit syteem sucks a big time
Het is compleet willekeurig.
Als je pech hebt krijgt jouw E6800 veel minder punten als een P3-1000Mhz, en er is niets wat je er tegen kunt doen.

[BurnHard]

Kristof schreef op donderdag 24 augustus 2006 @ 10:59:
Zoals gezegd is het nieuwe creditsystem in werking getreden.
Enkele dingen om te verduidelijken:

1/ We krijgen minder credit dan vroeger:
=> Klopt! Mensen die vroeger een optimized client gebruikte, zullen nu minder punten toegekend worden. Echter dit is voor iedereen zo, dus evenredig gezien blijft het hetzelfde
Daar tegenover staat dat het eerlijker wordt. Vroeger was er een groot verschil (of kon zijn) tussen linux en windows, maar ook tussen AMD en Intel.

2/ Het zal langer duren eer we FreeDC inhalen?
=> Uiteraard niet! Ook zij krijgen minder punten (ze gebruikten ook de optimized client), dus evenredig gezien blijft dit ook hetzelfde.
Idem voor XtremeSystems!

3/ Het kan zijn dat er hier en daar nog een foutje in het creditsysteem gevonden wordt.Geef het nog even tijd vooraleer je begint te roepen, of het project afsluit! Elke overgang kent zijn problemen.

Hier staat nog wat extra info
http://boinc.bakerlab.org..._thread.php?id=2194#24612

Natuurlijk duurt het langer, of je 100k inloopt per dag of nog maar 100k gaat doen in totaal maakt wel degelijk uit

[Kristof]

klopt, maar FreeDC gaat nu ook minder output hebben, dus dat scheelt dan ook weer.
Ach ja, we halen ze wel in, dat is het belangrijkste

[Verwijderd]

Je ziet nu wel dat vrijwel HEEL XS de optimized clients gebruikte (groot gelijk). Hun daily is gewoon ruim 2x zo weinig, terwijl wij er slechts 1/4 op achteruit gaan. Ben benieuwd hoe het zal gaan verlopen met het nieuwe puntensysteem.. ik vind het iig een heel stuk eerlijker.
Ben benieuwd wanneer ik nu mn 1 meloen paaltje binnenhaal

[trenza]

Kristof schreef op donderdag 24 augustus 2006 @ 10:58:
Neem ik een dagje (of 2) verlof, word ik 's morgens wakker, denk ik naar de stats te gaan kijken, blijkt dat deze er om 11u nog niet staan...

Dus wij zijn het slachtoffer van jou uitslaappraktijken. Je had natuurlijk eerder op kunnen staan zodat wij eerder van de stats hadden kunnen genieten. (En natuurlijk had ook iemand anders al kunnen posten.)
Bedankt voor je openingspost en de aanvullende informatie en geniet van je vrije dagen.

[Megaflix]

Wat mij opvalt is dat Team Anandtech weinig is gezakt (lijkt wel of het stijgt bij hun)

[rvec]

Verwijderd schreef op donderdag 24 augustus 2006 @ 13:00:
Je ziet nu wel dat vrijwel HEEL XS de optimized clients gebruikte (groot gelijk). Hun daily is gewoon ruim 2x zo weinig, terwijl wij er slechts 1/4 op achteruit gaan. Ben benieuwd hoe het zal gaan verlopen met het nieuwe puntensysteem.. ik vind het iig een heel stuk eerlijker.
Ben benieuwd wanneer ik nu mn 1 meloen paaltje binnenhaal

Een gedeelte van XS is toch ook gestopt?
Dat zou het ook verklaren.

[Kristof]

Er is een nieuwsupdate:

August, 24th, 11h23 UTC
Currently all results returned are not granted credit but are set to "pending". This is obviously due to the fact that it has been suggested to wait with the credit granting until enough results have been returned to determine a stable credit/model-ratio.

Dus opnieuw wat meer uitleg:
* Hetgeen sommige mensen al gezegd hebben: De punten die toegekend worden, hangen af van de punten die toegekend werden bij mensen die een vergelijkbare job hadden ingeleverd voor jou. Daar er dus veel afhing van de eerste persoon die een job inleverde van een bepaald type WU, is eer beslist dat er eerst een aantal mensen dat type WU moeten ingeleverd hebben ipv 1 persoon.
* Dus momenteel kan het zijn dat je voor ingeleverde resultaten niet onmiddellijk punten zal krijgen, maar pas binnen een paar uur. Dus geen paniek dat je score van vandaag wat lager zal uitvallen!! Het komt goed

[Verwijderd]

Kristof schreef op donderdag 24 augustus 2006 @ 16:20:
Er is een nieuwsupdate:

[...]

Dus opnieuw wat meer uitleg:
* Hetgeen sommige mensen al gezegd hebben: De punten die toegekend worden, hangen af van de punten die toegekend werden bij mensen die een vergelijkbare job hadden ingeleverd voor jou. Daar er dus veel afhing van de eerste persoon die een job inleverde van een bepaald type WU, is eer beslist dat er eerst een aantal mensen dat type WU moeten ingeleverd hebben ipv 1 persoon.

Hier ben ik dus niet zo blij mee. Ik heb liever dat ze het behaalde resultaat van een WU toekennen ipv. een gemiddelde. Ze geven zelf al aan dat eenzelfde WU verschillende resultaten kan opleveren. Waarom dan dezelfde credits aan een verschillend resultaat hangen?

[m_p_g]

We zullen met mekaar eerst de spreekwoordelijke "koe uit de stal" moeten kijken.
Ieder kan dan voor zichzelf de balans opmaken over het nieuwe puntensysteem.

[devzero642]

Ik ga tijdelijk even wat schaapjes overbrengen naar mijn d2ol weide; de vooruitzichten op een 1ste plaats voor dpc beginnen daar heel langzaam in zicht te komen. Maar als de nood hoog is, zal ik fokschaap hier wel weer bijstaan om de cureseekers opnieuw in te halen

[priens]

rvec schreef op donderdag 24 augustus 2006 @ 16:04:
[...]

Een gedeelte van XS is toch ook gestopt?
Dat zou het ook verklaren.

Inderdaad, volgens mij gaat DDTUNG ( ) stoppen bij Rosetta en zich richten op D2OL, hij zorgde in z'n ééntje al voor een output van dik 180.000 punten per dag!

[OldButNotSoWise]

devzero schreef op donderdag 24 augustus 2006 @ 17:22:
Ik ga tijdelijk even wat schaapjes overbrengen naar mijn d2ol weide; de vooruitzichten op een 1ste plaats voor dpc beginnen daar heel langzaam in zicht te komen. Maar als de nood hoog is, zal ik fokschaap hier wel weer bijstaan om de cureseekers opnieuw in te halen

heb ik ook gedaan

[mcB]

Jeeeehh... een mijlpaal voor ons . Aangezien onze dagscore nu ongeveer gehalveerd is zal het wel een tijdje duren voordat deze van de schoorsteenmantel af mag.