Stille maar krachtige Linux mini/barebone PC voor analyses

[gambieter]

Wat wil je doen met je nieuwe systeem?
Ik ben net gestopt bij mijn werkgever, maar wil gedurende mijn sabbatical en volgende baan de mogelijkheid hebben om thuis bioinformatische analyses te doen met bacteriele DNA-sequenties. Daar het bioinformatica-cluster gebeuren vaak achterloopt in binaries, dependencies etc, wil ik het thuis kunnen doen. Langzamer maar wel te doen. Ook wil ik dit soort analyses kunnen aanbieden via de consultancy.

Alles draait op Linux. meestal via de commandline via een shell. Op mijn werk had ik daar vorig jaar een server voor gekocht, met als componenten:
- Dual Intel Xeon Processor E5-2440 Six Core 2.40GHz
- ATX Motherboard, Intel C620 chipset (Support for up to 192GB)
- 64GB 1600MHz PC3-12800 DDR3 Memory
- 4 x 2TB ATA3 Drives
- NVIDIA Quadro K2000D 2GB
Dat grapje kostte zo'n £3300 inc BTW, zeg €4000. Dat ben ik dus zeker niet van plan uit te geven! Dit was een professionele server, ik wil het kleiner, fijner, goedkoper hebben en gewoon met consumentenhardware.

Ik heb dit soort dingen op virtuele PCs gedaan, maar dat werd wel wat traag. Liever een dedicated computertje.

Wat mag het systeem gaan kosten?
Puur voor de PC (geen monitor, toetsenbord, muis etc) tot aan €1000, maar liever goedkoper.

Zijn er componenten of randapparatuur die je al hebt en mee wil nemen naar je nieuwe systeem?
Nope.

Wat denk je allemaal nodig te hebben?
De analyses zijn soms processor/memory-intensief, en hebben behoorlijk wat diskruimte nodig. Dus goede koeling, juiste voeding. Verder kast/mobo/RAM/processor/harde schijven. SSD is niet nodig. Als ik een mini-PC zou kunnen kopen, dan zou dat mooi zijn. Het zal draaien op Ubuntu met BioLinux erover heen.

Heb je nog bepaalde (merk)voorkeuren?
Nope.

Heb je nog bepaalde eisen/wensen?
Stil & liefst klein.

Wat verwacht je van ons?[i]
Ik ben wel benieuwd naar een aantal dingen:

1) Xeon's etc zijn de professionele versie. Meerdere cores/threads zou fijn zijn, dual processor ook. Maar waarschijnlijk buiten mijn prijsklasse. In consumenten-processoren, een i7 zou dan de beste keuze zijn?
2) Zijn er van dit soort mini-PCs die goed 24/7 kunnen draaien en geconfigureerd kunnen worden?

Tips e.d. worden gewaardeerd

[johnkeates]

Voor 1000 euro kan je in elk geval wel in de Xeon E3 serie wat samenstellen. Ik weet niet hoe lang een simulatie duurt en hoe veel RAM er bij gebruikt wordt, maar stel dat je een model een paar uur of langer laat draaien is ECC RAM waarschijnlijk geen overbodige luxe.

Qua workstation moederborden zou ik wegblijven van de 'standaard' consumentenmerken, niet om dat ze niet kunnen werken, maar om dat ze een stuk minder 'bewezen' zijn in de WS en HPC wereld.

Qua formaat zal het zelfs met Mini-ITX wel lukken, en qua geluid zal je voornamelijk te maken krijgen met een goede koeler en als je een GPU wil gebruiken een custom GPU koeler.

Ik kan me voorstellen data data in-memory veel doet, maar on-disk een stuk minder actief is, dus qua opslag zal een SSD inderdaad weinig doen, bovendien is Linux best goed in het cachen van FS zaken, dus zolang je niet tien keer peer uur software opstart/afsluit gaat een SSD weinig opleveren.

Nu met lijstje:

#	Product	Prijs	Subtotaal
1	Intel Xeon E3-1225 v5 Boxed	€ 232,05	€ 232,05
1	Supermicro X11SSH-F	€ 245,-	€ 245,-
2	WD Blue WD10EZEX, 1TB	€ 46,95	€ 93,90
1	Thermaltake Core V21	€ 60,70	€ 60,70
2	Kingston ValueRAM KVR21E15D8/16	€ 75,02	€ 150,04
1	be quiet! System Power B8 450W	€ 39,90	€ 39,90
Bekijk collectie Importeer producten		Totaal	€ 821,59

[ Voor 55% gewijzigd door johnkeates op 23-06-2016 02:36 ]

[gambieter]

Dank. Xeon's zou mooi zijn, ECC RAM ook.

Wat ik een beetje mis zijn goede trefwoorden om te gaan zoeken naar bepaalde PCs. Al moet ik misschien gewoon eens contact opnemen met een computerboer, zien wat ze hebben

[johnkeates]

gambieter schreef op donderdag 23 juni 2016 @ 02:35:
Dank. Xeon's zou mooi zijn, ECC RAM ook.

Wat ik een beetje mis zijn goede trefwoorden om te gaan zoeken naar bepaalde PCs. Al moet ik misschien gewoon eens contact opnemen met een computerboer, zien wat ze hebben

Ik heb een lijstje gemaakt. Het draait in dit geval vooral om het moederbord, het RAM en de CPU. De rest is meer 'bijzaak' om dat het aan de kern van de performance weinig zal toevoegen. Er is met het lijstje nog ruimte om een GPU toe te voegen als daar van geprofiteerd kan worden, maar dat hangt dan weer van van welke GPGPU technologie het beste ondersteund wordt, voor CUDA moet je bij Nvidia zijn, voor OpenCL is AMD ook een optie.

Het bord wordt goed ondersteund in Linux, de CPU heeft een goede turbo snelheid voor het geval niet alle cores benut worden, maar ik denk dat de software wel genoeg threads zal maken. Zo niet, dan profiteer je dus van extra Mhz'en, bijna een win-win situatie. De behuizing is misschien niet de goedkoopste of mooiste, maar alles past er in en hij is klein. Ik heb twee random HDD's van WD in het lijstje gestopt gezien het eigenlijk weinig scheelt om voor kleinere modellen te gaan (tenzij je voor zuinigere 2.5" schijven kan gaan), en RAID1 is wel prettig om te hebben, behalve als je een NAS o.i.d. hebt om je data naartoe te schrijven. RAID1 kost qua geld, qua stroom en qua performance niet veel, bovendien start Linux daar moeiteloos van af op. Heeft ook geen hardware lock-ins dus je kan je array op elke random Linux doos uitlezen mocht je resterende hardware overlijden.

Wat er dus nog aan verbeterd zou kunnen worden:

- van 32GB RAM naar 64GB RAM
- GPU toevoegen
- Andere behuizing (groter heeft als voordeel dat je hem stiller kan maken gezien niet alles op elkaar staat te trillen en er ruimte is voor schuimblokjes)

Er zitten trouwens 2 LAN aansluitingen op, een is voor de iKVM zodat je hem op afstand kan opstarten, uitzetten, via VNC kan benaderen enz. ook als het OS uit staat of gecrasht is.

[gambieter]

Dank!

Ik had intussen voor de gein eens snel even bij Dell wat opgezet, gebaseerd op hun standaard configuratie:

PowerEdge T130 Server, TPM 1.2 FIPS
Chassis with up to 4, 3.5” Cabled Hard Drives and Embedded SATA
Intel® Xeon® E3-1220 v5 3.0GHz, 8M cache, 4C/4T, turbo (80W)
32GB UDIMM, 2133MT/s, ECC
RAID Controller: Embedded SATA
2x 2TB 7.2K RPM SATA 6Gbps 3.5in Cabled Hard Drive
On-Board LOM 1GBE Dual Port (BCM5720 GbE LOM)
DVD+/-RW, SATA, Internal DVDRW
1Yr Basic Warranty - Next Business Day - Minimum Warranty

En dan kom ik op £868.32 ex VAT uit. Is geen mini-PC, maar even voor het uitproberen. Stuk duurder dus

En nu naar bed, ik ga de volgende dagen eens rustig kijken

[ Voor 7% gewijzigd door gambieter op 23-06-2016 03:07 ]

[johnkeates]

gambieter schreef op donderdag 23 juni 2016 @ 03:05:
Dank!

Ik heb voor de gein eens snel even bij Dell wat opgezet, gebaseerd op hun standaard configuratie:

[...]

En dan kom ik op £868.32 ex VAT uit. Is geen mini-PC, maar even voor het uitproberen.

Lijkt er ongeveer wel op ja. Verschil is in het workstation segment en hoger minder makkelijk te vinden om dat er minder op gimmicks en gebakken lucht/kleuren/verlichting in je kast/stoere logo's gespeeld wordt en meer op performance en duurzaamheid gericht wordt.

Volgens mij is 868.32 GBP + VAT iets van 1040 GBP, in Euro's is dat ongeveer 1350 EUR.

Wat je wel hebt is een wat eenvoudigere garantie en support optie, het ding is in z'n geheel als 'apparaat' gegarandeerd en er zal ook wel on-site 1 day support zijn. Dat heb je bij custom builds dan weer niet. Het is dan wel weer een verschil van ongeveer 530 euro, dus dan is de vraag of je dat het waard vind voor wat je krijgt.

[Rolfie]

De vraag is een beetje wat sneller werkt, een snelle CPU (veel GHz + TurboBoost) of meer cores?

Ik heb dit jaar een aantal workstations voor Solidworks neergezet, en daar hebben we specifiek een I7 voor gekozen en geen XEON. 4 core icm met 4GHz (turboboost) was toen de snelst leverbare CPU.

De vraag is een beetje wat voor jouw applicatie het beste werkt.

[johnkeates]

Rolfie schreef op donderdag 23 juni 2016 @ 04:23:
De vraag is een beetje wat sneller werkt, een snelle CPU (veel GHz + TurboBoost) of meer cores?

Ik heb dit jaar een aantal workstations voor Solidworks neergezet, en daar hebben we specifiek een I7 voor gekozen en geen XEON. 4 core icm met 4GHz (turboboost) was toen de snelst leverbare CPU.

De vraag is een beetje wat voor jouw applicatie het beste werkt.

Een i7 doet niet 'meer' dan een Xeon. Stel dat je een Xeon E3 hebt die 4Ghz doet gaat een i7 die ook 4Ghz doet geen verschil maken. Als ze allebei even veel cores hebben, zelfde turbo boost en zelfde threads is er eigenlijk alleen maar verschil in de extra's zoals RAM, platform support en thermal design.

Eigenlijk zou je ook moeten weten of de software meer profijt heeft van meer CUDA / OpenCL cores of snellere CPU cores (of.. meer CPU cores ). Je kan in principe ook dual Xeon gaan, en dan heb je gewoon veel meer cores/threads. In principe kan dat ook nog wel binnen het budget. Dat, of een GPU dus.

Edit: een snelle zoektocht levert op dat een single Xeon-E5 systeem met 8 Cores goedkoper is dan een dual-quadcore systeem met een verschil van c.a. 400 euro.

E5 Xeon versie dus (8 Cores):

#	Product	Prijs	Subtotaal
1	Intel Xeon E5-2620 v4	€ 443,45	€ 443,45
1	Supermicro X10SRL-F (Bulk Pack)	€ 293,82	€ 293,82
2	WD Blue WD10EZEX, 1TB	€ 46,95	€ 93,90
1	Thermaltake Core V21	€ 60,70	€ 60,70
2	Kingston ValueRAM KVR21E15D8/16	€ 75,02	€ 150,04
1	be quiet! System Power B8 450W	€ 39,90	€ 39,90
Bekijk collectie Importeer producten		Totaal	€ 1.081,81

[ Voor 54% gewijzigd door johnkeates op 23-06-2016 04:51 ]

[McFastFood]

Enige puntje wat ik zie is dat de gekozen voeding van slechte en matige kwaliteit is.
Het interne kwaliteit is niet geweldig en deze voedingen beschikken ook niet over individuele spanningsregulatie en zijn dus niet C6 en C7 compatibel. Zie dit topic voor meer informatie Voeding advies en informatie topic - Deel 32
Ik zou de pricewatch: Seasonic G-series 360 watt of pricewatch: be quiet! Straight Power 10 400W aanraden.

[johnkeates]

Ik bedenk me net dat de software misschien wel ondersteuning voor de Xeon Phi heeft! Dat zou leuk zijn.

[gambieter]

De software is een mixed bag. Meeste is niet echt optimised voor multicore etc, maar is meestal niet zo'n ramp omdat ik meerdere kopieen van de software parallel run. Dus geen ramp

Ik ga eens rustig naar de voorstellen kijken, ziet er interessant uit, dank

[gambieter]

Beter laat dan nooit (teveel reizen), ik ben deze niet vergeten en ga nu eens op zoek naar de componenten in het VK. Zeker het moederbord is moeilijk te vinden

Met de Brexit is dit een slechte tijd voor de prijzen, ik kom zo al bijk ruim £900 uit voor de eerste configuratie met 2x2 TB (niet 2x1 Tb). Ben ook nog eens bij Dell gaan sleutelen, en krijg dan:

Dell PowerEdge T130
Intel® Xeon® E3-1230 v5 3.4GHz, 8M cache, 4C/8T, turbo (80W)
2X16GB UDIMM, 2133MT/s, ECC
No RAID
7.2K RPM SATA 6Gbps 3.5in Cabled Hard Drive, 1x1TB6CB
Inclusief 3 yr NBD garantie en bezorging £854

Heeft als voordeel dat er niet gesleuteld hoeft te worden, heb ik vroeger al zat gedaan

Edit: besteld

[ Voor 70% gewijzigd door gambieter op 14-07-2016 13:27 ]

[gambieter]

Nog even afronden: besteld, ontvangen en het ding staat lekker te draaien met Biolinux8, gebaseerd op Ubuntu 14.04 LTS. Werkt verder goed en snel, dus tevreden.

Voor mensen die dit topic nog vinden, de onboard Matrox videokaart wordt niet goed geinstalleerd in Linux. Ipv de VESA driver wordt een heel langzame MGA-driver geladen, waardoor window-refresh en slepen van windows heel traag gaat.

Oplossing: http://askubuntu.com/ques...14-04-lts-server-with-gui

1. Switch to console mode (TTY1) met Alt+Ctrl+F1
2. Kill lightdm service: sudo service lightdm stop
3. Generate new xorg.conf.new file in the current directory: sudo X -configure
4. Move and rename the file: sudo mv xorg.conf.new /etc/X11/xorg.conf
5. Edit file: sudo nano /etc/X11/xorg.conf, replace the graphic driver mga with vesa, Ctrl-W, Ctrl-X
6. Return to GUI: sudo start lightdm

Nu nog een keertje wat extra HDD en RAM, maar voorlopig voldoet dit