Rosetta@BOINC FAQ
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/
=======================================
BOINC?
=======================================
'Berkeley Open Infrastructure for Network Computing' is een opensource platform waarop verschillende projecten (kunnen) draaien.
Denken we bijvoorbeeld ook aan het andere DPC project, namelijk SETI dat er ook op draait.
BOINC draait officieel op Windows, MacOSX, Linux en Solaris/SPARC.
Daar het opensource is, kan je voor de andere OSen zelf je code compileren, of via 3rd-party de voorgecompileerde codes downloaden (
http://boinc.berkeley.edu/download_other.php)
Naast het feit dat het opensource is, zijn er nog andere voordelen van BOINC:
* Het framework wordt steeds doorontwikkeld
* Verschillende projecten maken er gebruik van, dus de kans dat er geen support meer voor geleverd zal worden, is bijna nihil
* Je kan gemakkelijk van project verwisselen, of zelfs meerdere projecten tegelijkertijd draaien (tegelijkertijd as in om de beurt (een) job(s) van de verschillende projecten)
Meer info op:
http://boinc.berkeley.edu/
=======================================
WAT is Rosetta?
=======================================
Rosetta is ook een medisch onderzoeksproject dat proteïne structuren probeert te voorspellen en ontwerpen, en de interactie tussen proteïnes onderzoekt. Dit uiteraard met het oog op zo medicijnen en/of genezingsmethodes te ontwikkelen tegen ziektes zoals onder andere kanker, SARS, HIV/AIDS, malaria, ...
Op (
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_research.php) vind je meer uitleg over de precieze werking.
Al deze onderzoeken gebeuren in samenwerking met de University of Washington.
Rosetta is een relatief nieuw project, maar heeft al wel iets opgeleverd. De core van het programma (die de voorspellingen en het ontwerp van de proteïne doet) wordt momenteel gebruikt in Robetta (
http://robetta.bakerlab.org/). Dit is een publiekelijk beschikbare 'Protein Structure Prediction Server', welke momenteel gratis gebruikt wordt door enkele 100den academische onderzoekers verspreid over de wereld.
Meer info op:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_about.php
=======================================
Client
=======================================
De systeem vereisten zijn:
* Minstens 500 MHz
* 200 MB vrije HD ruimte (deze zal echter niet zoveel in gebruik nemen)
* 512 MB ram geheugen
* Internet connectie
De BOINC client kan gedownload worden op
http://boinc.berkeley.edu/download.php
Screenshot van de client:
Uitleg over de verschillende tabs en schermen, vind je hier:
http://boinc.berkeley.edu/manager.php
=======================================
Registratie/installatie
=======================================
Een account aanmaken kan op:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/create_account_form.php
waar je een naam kan ingeven, en waar je je uiteraard ook als team "Dutch Power Cows" invult.
Of nog sneller via de rechtstreekse url:
http://boinc.bakerlab.org...ccount_form.php?teamid=78
waar je je ineens opgeeft voor het team DPC.
Zie ook de naamgeving voor leden van subteams.
Via de webinterface op
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/home.php kan je de meeste configuraties afhandelen. (wanneer online, wanneer de client mag draaien etc)
Je hebt hier:
* Eerst de algemene settings
* Setting specifiek voor Rosetta project
* Binnen deze settings kan je dan ook nog profielen maken voor gebruik op laptop, thuis-pc, werk...
Dan de installatie:
1/ Eerst dient de algemene BOINC client geïnstalleerd te worden:
Tijdens de installatie heb je 3 opties:
* Single-user installation: De client zal enkel draaien als de user (die het geïnstalleerd heeft) ingelogd is. Als andere gebruikers van die pc inloggen, zal de client niet draaien.
* Shared installation: De client zal draaien als eender welke gebruiker ingelogd is.
* Service Installation: Zegt genoeg, denk ik. Als je de checkbox "run on startup" aanvinkt, zal de client starten, zelfs als er geen user ingelogd is. Je hebt hier ook de mogelijkheid om volledig verborgen te draaien, of om de manager toch op te laten starten.
Er zijn nog andere (geavanceerde) manieren, zoals via Active Directory laten installeren, maar daar deze doorgaans niet van toepassing zijn op de doorsnee gebruiker, verwijzen we u door naar:
http://boinc.berkeley.edu/win_install.php
2/ Na het installeren van de BOINC client, moet je nog wel opgeven dat je voor Rosetta zal crunchen.
Dit doe je door in het menu "Projects" op "ATTACH" te klikken, waarna hij de project url vraagt.
Voor Rosetta is deze:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/
Daarna wordt je gebruikersnaam en passwoord gevraagd.
Indien je al een account hebt aangemaakt, kies je voor de 2de optie.
Nog even op next klikken, en je client is geïnstalleerd.
=======================================
Punten, Sparen en MegaFlushen
=======================================
Punten worden berekend aan de hand van de tijd die benodigd was om een job te berekenen, en een score die je processor krijgt.
Zie ook
http://boinc.berkeley.edu/credit.php
De mogelijkheden van Sparen en MegaFlushen is bij BOINC projecten maar zeer beperkt aanwezig.
Jobs van Rosetta hebben (op dit moment) een geldigheidsperiode van 28 dagen.
Voorlopig meer info op:
APClll in "BOINC client vragen/antwoorden"
=======================================
Offline gebruiken
=======================================
Het is spijtig genoeg niet mogelijk om BOINC op computers te draaien zonder internet verbinding. Dit komt doordat de jobs niet te inporteren en te exporteren zijn via bv. een usb stick.
=======================================
Statistieken
=======================================
Officiële statistieken:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/stats.php
DPC stats op:
http://stats.wilc0.com/
http://www.dutchpowercows.org/~dpch/dpch.pl?project=rosetta
Zoals bij de meeste DC-projecten, bestaan er ook bij BOINC geen subteams. Deze moeten dus door de statsbakkers verzorgd worden. Als je dus tot een subteam behoort, dien je je naam via een bepaalde regel op te stellen.
Uw naam wordt dan: subteam~nickname
Dus bijvoorbeeld: Cureseekers~Kristof
Op deze basis kan een statsbakker dan de subteams en hun respectievelijke leden eruithalen.
=======================================
Client Monitoren en andere tools
=======================================
Er zijn al enkele tooltjes ontwikkeld om de clients te monitoren
http://boinc.berkeley.edu/download_network.php
Maar ook weer doordat het opensource is, kan je zelf je tools ontwikkelen.
Alle informatie over je account/client wordt weggeschreven in xml-files, welke je kan uitlezen. Alle informatie (en beschrijving/lay-out) van deze files, kan je op de BOINC pagina (
http://boinc.berkeley.edu/index.php) vinden.
=======================================
Problemen en Hints/tips
=======================================
1/ Melding 'Not enough free disk space' terwijl er nog genoeg vrij is:
Rosetta troubles...
2/ ...
[
Voor 14% gewijzigd door
Kristof op 11-11-2005 12:58
]
"You can get more with a kind word and a gun than you can with a kind word alone." - Al Capone