Begin maar eens met kijken of je het probleem ook in de veilige modus hebt -> zo nee dan komt het vermoedelijk door een proces wat alleen draait in de 'normale' modus
Kijk ook even bij de event viewer (eventvwr.msc) of je foutmeldingen etc ziet staan. Als je heel veel ziet staan is het handig om ze allemaal te verwijderen, te rebooten, wachten totdat het probleem weer optreedt en dan eens te kijken wat voor meldingen er allemaal bijgekomen zijn.
Kijk daarna eens met HijackThis en deze handleiding:
[rml][ Howto] Spyware scannen en opruimen[/rml] of er geen gekke dingen gestart worden. Probeer desnoods ook eens
alle dingen bij msconfig > opstarten uit te vinken om te kijken of er 1 van die processen is die problemen veroorzaakt. Let op: je virusscanner / firewall zet je dan dus ook uit dus trek even de netwerkkabel eruit voor de zekerheid. Als je hulp nodig hebt met je HijackThis log kan je die hier posten maar geef dan even aan welke dingen jij verdacht vindt
Als dat nog niet werkt zijn er tooltjes die kunnen kijken wat er allemaal voor schijfactiviteit / op welke files is. Hier zijn nuttige dingen te vinden:
http://www.sysinternals.com/ntw2k/utilities.shtml