Ehh.. ik neem aan dat je de 16bits per channel setting bedoelt? Daar WIL je niet je hele site in maken.. sterker nog.. dan werken de meeste van je tools niet meer. Dat is (voor zover ik weet) alleen voor nabewerking op een platte afbeelding.
Als je gewoon 8bit bedoelt dan ben je wel heel wazig bezig geweest (eerst geindexeerd of zitten editen in een GIFje ofzo

). Dan kun je hem gewoon op RGB zetten zonder problemen. Dan heb je dus al helemaal geen lagen (in indexed color kun je geen lagen behouden)...
Dusssehh... WAT bedoel je en WAT wil je nou precies en WAAROM...