Dat heeft eenvoudig weg te maken met het protocol dat je gebruikt.
Met POP3 is het mogelijk om de berichten van de server op te halen. Je kunt de software die de berichten moet ophalen instrueren om een kopie op de mailserver te laten staan (of een kopie van het bericht op te halen

), maar of een bericht wel of niet op de server laat staan, is dus geheel afhankelijk van de instellingen van je mailclient.
Voor de oplossing van je probleem zul dus moeten zoeken naar software die standaard een kopie van het bericht op de server laat staan (zul je denk ik niet vinden, want het is eigenlijk niet de bedoeling van POP3).
Tweede mogelijkheid is overstappen op een ander (server oriented) protocol, die ontworpen is om de berichten in beginsel op de server te laten staan. Webmail is een optie (hoewel erg inflexibel), maar IMAP (zoals door ZeRoXcOoL als is aangeraden) is een erg goed protocol voor het lezen van berichten met veel mogelijkheden. Zo kun je bijvoorbeeld ook submappen etc aanmaken (het geen met POP3 niet kan).
Zelfs als je een Exchange server draait zul je bij het ophalen van je mail op POP basis de berichten van de server trekken.
Kortom: Het kan niet met "automatisch" met POP3. Sorry

Mocht je op zoek zijn naar een goede (betaalbare) mailserver... Kerio (
http://www.kerio.com) maakt een hele goede, met POP3, Webmail, LDAP en IMAP ondersteuning. Je kunt dan de POP3 service uitschakelen, kunnen de gebruikers zich niet "toevallig" vergissen