DPC Distributed Folding-hitparade van 16 juni

[Verwijderd]

bigbakkus schreef op 18 June 2003 @ 19:51:
wat ik niet begrijp is dat mijn output op een amd1700+ van 130000 per dag terugloopt naar nu 4700 per dag...
hoe verder in de generation (nu hoe langzamer, en hoe minder packets dat stomme foldit doet..... als dit zo doorgaat ben ik echt weg.... continue is hij aan het : 'quote' : en hij probeert een 'alternate conformation' ?
zie hierboven de posting....
ik begrijp het echt niet...

4700 structuren die stuk voor stuk beter zijn dan die 130000 die je met DF1 maakte.

Dit is een ander algoritme: het enige dat je nu upload is een 'geevolueerd' molecule, met een opeenstapeling van verbeteringen die je onderweg hebt berekend maar die verstopt zitten in de cryptische optimizer mededelingen (alternate conformations enzo).
Ik vind de folding score er nu veel minder beroerd uitzien dan vroeger (10 miljard pogingen voor een RMS van 10 was echt verschrikkelijk inefficient, gewoon blind prikken als je het mij vraagt)

[Mobster]

Klopt MrMr. Maar aangezien heel veel mensen zich vooral druk maken om stats en niet om medische resultaten heb ik dus even het volgende draadje geopend.

Het komt er in het kort gezegd op neer dat het aantal structures dat wij nu zien in GUI 2.2BETA3 niets te maken heeft met de stats, want die worden in points uitgedrukt.

Hoe werkt de puntentelling dan wel?
Generation 0 bestaat uit 10k structures (daarom is die voorspelling in het begin ook zo hoog) en levert je 50 stats points op.
Generation 1 bestaat uit maar 50 structures (score loopt hard terug, want je doet er langer over) en levert je 50x de wortel uit 1 = 50 punten op

Alle x generations hierna bestaan dus uit 50 structures en levert 50x (_{waar zit mijn wortelteken}wortel x) punten op.

Gen 0 = 50 pts
Gen 1 = 50 pts
Gen 2 = 70,71 pts (wordt wel zo geteld, maar niet weergegeven)
Gen 3 = 86,60 pts
Gen 4 = 100 pts

Helaas duren niet alle generations even lang dus gen 150 levert sowieso meer punten (50x wortel 150) op dan gen 13 (50x wortel 13), maar kan ook nog eens sneller afgerond zijn.

Hoeveel punten haalt mijn PC per dag dan?
Dat is niet te voorspellen

Wat moet ik dan nog met die Structures Per Day?
Ignore

[ Voor 6% gewijzigd door Mobster op 18-06-2003 21:19 ]

[Marcelloz]

Wat probeert Mobster nou te vertellen?
Dat het geen zak uitmaakt of je een p3-400 of een AMD3200+ draait

Maar die AMD3200+ is toch sneller?
Ja, maar in theorie kan die P3-400 meer punten genereren dan die AMD3200+

Maar waarom dan?
Omdat een Generation soms blijft 'hangen'. Je moet dus gewoon geluk hebben met je wu.

Dus als een Generation blijft 'hangen' moet ik snel een nieuwe ophalen?
Nee, want alle daarop volgende Generations gaan wellicht zonder 'hangen' door

Dus ik kan beter stoppen met DF want je weet nooit hoeveel punten je haalt?
Als je meer punten wilt halen, moet je gewoon ASSIMILEREN!!

Dus die PC van mijn tante kan ook DF draaien?
Ja

En die oude PC van mijn pa ook?
Yup

Cool! dan ga ik lekker DF'en en op mijn PS2 spelen!
FOUT! Die PS2 ga je ook assimileren!

Maar... maar...
Wie hoog wil staan moet pijn lijden!

/me Moraal van dit verhaal: Alles is goed, als je maar DF2 doet!


_{Nawoord:
Uiteraard doe je met een AMD3200+ meer dan met je ouwe P3, maar de client kan blijven hangen en ook op zo'n machine kan dat lang (uren) duren. Statistisch gezien zijn de wu's eerlijk verdeeld dus met een snelle bak moet je altijd sneller zijn dan iemand met een minder snelle bak.}

[ Voor 19% gewijzigd door Marcelloz op 18-06-2003 21:39 ]

[komkommer]

maar zijn er dan nog wel waardige stats?

[Marcelloz]

joukehofman schreef op 18 juni 2003 @ 21:35:
maar zijn er dan nog wel waardige stats?

Er zit een zekere geluksfactor in tegenwoordig, maar dat maakt het wel spannender!!!

[Mr.CeeJay]

Mobster

komt hier nog een mooie FAQ over ?

[Marcelloz]

dyyryath stats zijn weer up!

[Verwijderd]

Marcelloz schreef op 18 June 2003 @ 21:37:
[...]

Er zit een zekere geluksfactor in tegenwoordig, maar dat maakt het wel spannender!!!

Ja, 't is net echte evolutie: zelfs de stomste ouders hebben nog wel eens een verstandig kind

[Verwijderd]

Mobster schreef op 18 juni 2003 @ 21:17:

Hoe werkt de puntentelling dan wel?
Generation 0 bestaat uit 10k structures (daarom is die voorspelling in het begin ook zo hoog) en levert je 50 stats points op.
Generation 1 bestaat uit maar 50 structures (score loopt hard terug, want je doet er langer over) en levert je 50x de wortel uit 1 = 50 punten op

Alle x generations hierna bestaan dus uit 50 structures en levert 50x (_{waar zit mijn wortelteken}wortel x) punten op.

Dat wordt lachen: met een serieuze uptime geeft generatie 1000000 me 50000 punten per minuut ofzo. Of stoptie na een aantal generaties om een nieuwe gen-0 te maken?

[zzzBedmanzzz]

59ste gen racete ie in 6 minuten doorheen
* zzzBedmanzzz likes DF2

[Marcelloz]

Verwijderd schreef op 18 June 2003 @ 22:00:
[...]

Dat wordt lachen: met een serieuze uptime geeft generatie 1000000 me 50000 punten per minuut ofzo. Of stoptie na een aantal generaties om een nieuwe gen-0 te maken?

na 250 generaties begint de client standaard weer bij 0. Maar dit is geloof ik in te stellen..
( in dfGUI staat immers een Generations veld... )

[MarcyDarcy]

Ik was ff een middagje en avond niet aanwezig en ben dankzij bovenstaande posts weer helemaal bijgepraat. Goed bezig

[Verwijderd]

gaaf, de snails staan onder inactievelingen terwijl het project nog geen dag bezig is

[Marcelloz]

wachten jullie totdat er 40 flushers voor jullie staan??

MrMr is "on the roll", nog een paar puntjes en we staan in de Top10

En ik zit hier met 1 PC in een kuil ruim 1 uur per Generatie

[ Voor 25% gewijzigd door Marcelloz op 18-06-2003 23:00 ]

[Mr.CeeJay]

MrMr on top

edit: en DPC op #10 overall !!

[ Voor 54% gewijzigd door Mr.CeeJay op 18-06-2003 23:07 ]

[komkommer]

idd, hoe doet hij dat toch echt,

ik heb ff twee vrienden geregeld die ook meedoen (niet dat ze hoge output hebben magoed, wie het kleine niet eert, is het grote niet....) dus daarom ff namechange gedaan

[Mr.CeeJay]

joukehofman schreef op 18 juni 2003 @ 23:07:
idd, hoe doet hij dat toch echt,

zoek maar eens naar de term 'lysje'

[bigbakkus]

zie ook :
http://specs.tweak.to/3850
moeehoee

[Mr.CeeJay]

500Mhz met een 6000 watt voeding

[komkommer]

nou wordt me veel duidelijk

* komkommer wilt ook zo'n systeem thuis

later als ik groot ben...

[Mobster]

Mijn client zit nu al zo lang vast, dat ik me serieus afvraag of hij niet hangt??

Alle tijden lopen daar, maar daar is dan ook alles mee gezegd

[MarcyDarcy]

Mede met behulp van jullie reacties ben ik begonnen om de bestaande faq van Distributed Folding om te bouwen naar eentje die voor deze 2^e fase geldt. Sommige stukjes heb ik bijna letterlijk gecopy-paste. Bedankt voor het lenen, het is voor een goed doel

Morgen weer vroeg op, dus ik hoop er van de week mee verder te gaan.
Aanvullingen of verzoeken voor de faq kunnen natuurlijk in een DF hitparade worden gesteld of anders via email/icq (zie profiel).

De faq is op de normale pagina van SID te vinden --> http://145.94.192.103/sid/faq.cfm?project=8

[edit]
DPC staat trouwens al 10e

[ Voor 17% gewijzigd door MarcyDarcy op 19-06-2003 00:20 ]

[komkommer]

ziet er goed uit, alleen bij organisatie staat dat de tweede versie er nog aan moet komen

en 10e GOED! zo zien ze ons teminste overal staan

dikke sjit die MrMr

* komkommer moet ook maar een paar crays erbij kopen...

[Mobster]

Client is gelukkig verder gegaan nu. Heb nu die 3 balkjes rechts op 20%, 25% en 4% staan.
Morgen maar eens uitzoeken wat dat betekent

[komkommer]

lekker spannend zo, elke keer zo rond die tiende plaats

[MarcyDarcy]

Mobster schreef op 19 June 2003 @ 00:48:
Client is gelukkig verder gegaan nu. Heb nu die 3 balkjes rechts op 20%, 25% en 4% staan.
Morgen maar eens uitzoeken wat dat betekent

Dat zijn de Structure Laxness Levels

<sub>Digital Parasite wrote:
a) GUI has 3 bar graph displays for the current structure laxness level. If a protein gets stuck 3 times it will increase the laxness level for that generation and this value will be shown in the 3 graphs. If the graph reads 0% that means it has not relaxed any of the parameters.

b) Taken from the Howard's readme:

If it repeatedly gets stuck, it will automatically increase what we term 'laxness' parameters. This is a set of three numbers which affect the tradeoff between structural
integrity and building speed. Thus when laxness is low, structures have good geometry and few if any atomic overlaps, but could get stuck a lot.

When laxness is high, structures are able to avoid getting stuck by permitting a few geometry violations or atomic overlap. Obviously the goal is to keep laxness as low as possible while still avoiding getting permanently stuck. Laxness will keep increasing until the protein eventually gets unstuck. Laxness will decrease slightly at the start of each new generation, but otherwise once increased, will retain the new value for future structures as well to avoid further delays.

There are 3 values used for laxness. They all start at 0 and slowly increase as the structures get stuck too often. The percentage is just a way to visualize the numbers. When the value gets to 100% it doesn't actually mean that is the highest it can go (I don't think there is an actual max value) but 100% represents values that Howard suggest would be quite lax.

Its just there to show you that laxness values are changing but the actual values themselves don't really mean anything useful to the user.</sub>

[MarcyDarcy]

Division Brabant met een namechange?

code:

#3. DPC Vast Alcoholicos

[Mobster]

Ze worden verstandig en willen mergen denk ik Welkom DB bij ons gezellige clubje. Eerste rondje is voor ons. Zo zijn we dan ook wel weer.

Mijn client lijkt soms te hangen?! Is dat erg?
Helemaal niet. In Fase I gebeurde het vouwen van de structures geheel random (in setjes van 5000 structures, weet je nog). Gevolg was dat er geen 'goede' resultaten geboekt werden.
In Fase II begint de client weer met 10000 structures (Gen 0) en van die structures pakt hij diegene met de laagte energy en die gaat ie verder 'tweaken' om de energy nog lager (=beter) te krijgen.

Voordeel schijnt te zijn dat wanneer een Gen 'vast' zit, het 'laxness-niveau' omhoog wordt gebracht waardoor de volgende 3 of 4 Gens voorbij vliegen.


Niet allemaal even duidelijk, maar ik wilde het toch even met jullie delen.

[Marcelloz]

Net geleerd en het werkt nog ook:
Je kan de progress-update frequentie van de client verhogen. Deze staat standaard op 50 en dat is precies het aantal stappen dat hij over 1 generatie doet. In dfGUI zie je dus nooit een indicatie van hoe snel je generatie loopt.
als je -g # toevoegd aan je startup commandline OF progress=# dan kan je de update frequentie beinvloeden. Zet deze gewoon op 1 en je ziet een hele nette progress update bar en zie je dat een Generatie wel vooruit kruipt maar niet blijft 'hangen'

[ Voor 8% gewijzigd door Marcelloz op 19-06-2003 09:00 ]

[Mobster]

Hoe zou je dat in de GUI? Ik zie wel Progress Update staan, maar dit staat standaard op 5 bij mij. Of heb jij het over iets anders...

[Marcelloz]

je moet je client opstarten met een "-g 1"vlag
OF
je moet "progress=1" in je service.cfg zetten

ik draai hier overigens de dfGUI v2.33Beta.
De getallen voor Structures Complete en Structures Remaining laten dan ook normalere waardes zien. Het is dus niet de progress update van dfGUI volgens mij... die stond bij mij al tijden op 1 en dat deed dus geen f*(@#ker

[Hakke]

MarcyDarcy schreef op 19 juni 2003 @ 06:52:
Division Brabant met een namechange?

code:

#3. DPC Vast Alcoholicos

ROFLOL
Maar daar kan ik als geheelonthouder natuurlijk niet meer aan meedoen

[Verwijderd]

MarcyDarcy schreef op 19 June 2003 @ 06:52:
Division Brabant met een namechange?

code:

#3. DPC Vast Alcoholicos

whahahahhaa

[Mr.CeeJay]

Vast Alcoholicos ? Dit kun je niet menen

[Witlof]

Hakke schreef op 19 June 2003 @ 09:33:
[...]

ROFLOL
Maar daar kan ik als geheelonthouder natuurlijk niet meer aan meedoen

Was Non Alcoholicos toch beter geweest

[Verwijderd]

Witlof schreef op 19 June 2003 @ 12:48:
[...]

Was Non Alcoholicos toch beter geweest

Vast losers?

[Ercewee]

Verwijderd schreef op 19 June 2003 @ 13:24:
[...]
Vast losers?

Nee....... Lost Alcoholicos

[Hakke]

Ercewee schreef op 19 June 2003 @ 13:38:
[...]


Nee....... Lost Alcoholicos

.... een combinatie van Los en Vast...... Zit wel iets in

[Mr.CeeJay]

dfGUI v3.01 verkrijgbaar @ http://gilchrist.ca/jeff/dfGUI/

• Fixed locale bug where anyone using an International setting in Windows to change the decimal seperator to something other than a period (.) would have dfGUI report that values were not floating point numbers and exit. This should work without any errors now.
• Graphing code does not like 10M energy values in some cases and can cause dfGUI to crash. 10M values are now coverted to 1000 for the graph display (they are still stored as 10M in dfGUI.gen file).
• Fixed bug in Config where changing DF Client Directory folder would not immediately take effect.

[ Voor 84% gewijzigd door Mr.CeeJay op 19-06-2003 14:47 ]

[Mobster]

Iemand al getest?

[Mr.CeeJay]

* testing right now *

beetje moeilijk als ie pas een half uur uit is
maar vooralsnog lijken de bugs te zijn opgelost.

[ Voor 72% gewijzigd door Mr.CeeJay op 19-06-2003 15:15 . Reden: edit = 1337 ]

[MarcyDarcy]

Witlof schreef op 19 June 2003 @ 12:48:
[...]

Was Non Alcoholicos toch beter geweest

Die is niet orrigineel
Een subteamlid van ons heeft dat al een een paar maanden als ondertitel (zie [Verwijderde gebruiker])

Maareh DB vanwaar die namechange?

[edit]
Stats (en server) zijn weer online. DPC still #6
En MrMr is reeds #7 overall

[ Voor 15% gewijzigd door MarcyDarcy op 19-06-2003 18:01 ]

[Witlof]

MarcyDarcy schreef op 19 June 2003 @ 17:58:
[...]
Die is niet orrigineel
Een subteamlid van ons heeft dat al een een paar maanden als ondertitel (zie [Verwijderde gebruiker])

Maareh DB vanwaar die namechange?

Ahaa, die had ik nog nooit gezien

Maar uh, waarom die namechange? Geen flauw idee. Das Smokie's idee geweest

[MarcyDarcy]

Witlof schreef op 19 June 2003 @ 17:59:
[...]
Ahaa, die had ik nog nooit gezien

Maar uh, waarom die namechange? Geen flauw idee. Das Smokie's idee geweest

Eerst al inbreuk op ons intelectuele eigendom en nu ook nog eens onze subteamnaam misbruiken. Erg aardig zijn jullie daar bij Division Brabant niet

[ Voor 4% gewijzigd door MarcyDarcy op 19-06-2003 18:03 ]

[Witlof]

MarcyDarcy schreef op 19 juni 2003 @ 18:02:
[...]
Eerst al inbreuk op ons intelectuele eigendom en nu ook nog eens een onze subteamnaam misbruiken. Erg aardig zijn jullie daar bij DB niet

Ach ja, kleinigheidje blijf je houden

[Verwijderd]

ok ik verander hem wel weer terug

[Tielemans]

MAWEK power! feli man dit is alleen van je laptoppie??