Dit heeft waarschijnlijk niets met je floppy te maken maar met een verkeerde bootsector op je harde schijf.
Win98 en XP zijn zeker op dezelfde partitie geinstalleerd ? (dat wordt meestal afgeraden)
Het is wel op te lossen maar alles op eigen risico. Ik zou zeker eerst een ghost of backup maken van je harddisk.
Hier dan wat tips om e.e.a. op te lossen:
Boot vanaf een Win98 boot diskette met MS-Dos 7.x en type dan sys c: om de systeembestanden naar c: te kopiëren.
Nu start windows 98 weer vanaf de harddisk, maar XP waarschijnlijk niet meer.
Daarvoor booten vanaf de WinXP installatie CD-Rom en dan naar de herstel console gaan (dus niet XP installeren maar herstellen kiezen en dan naar de console) en daar het fixboot commando geven.
Ik zou eerst proberen of je wel in de herstel console kunt komen vanaf de CD (je hebt je administrator password nodig) en daar fixboot ziet staan bij de commando's (type help in de console voor een lijst met commando's). Zoniet, niet aan beginnen.