F.A.Q. Evolution@Home

Aangezien er de laatste weken het DC-project Evolution@Home voorbij is gekomen in dit forum en er volgens mij nogal wat onduidelijkheden over bestaan, heb ik het onderstaande overzicht gemaakt. Hierin staat (hopelijk) duidelijk beschreven waar het project over gaat, hoe je de client moet gebruiken en hoe je als member van team "Dutch Power Cows" aan dit project kunt mee doen.

Allereerst een korte uitleg over het project.

Het simulatie programma richt zich op het fenomeen: Muller's ratchet in asexuele populaties. Het beschrijft de stochastische accumulatie van mutaties in genomen over tijd, wat kan leiden tot het uitsterven van de soort. De resultaten van het
simulatie programma worden verzameld, waarmee uiteindelijk een database gevormd zal worden. Deze database zal biologen kunnen helpen om makkelijker de effecten van Muller's ratchet te schatten voor de organismen waar ze dagelijks mee werken. Voor meer informatie: Korte inleiding

Het simulatie programma.

Voor dit DC-project is het noodzakelijk een programma te downloaden waar de simulaties op gedraaid worden. Deze zijn te vinden op deze pagina: Simulator005 Er zijn verschillende versie's van het programma, echter er is nog GEEN Linux versie!!!!!

Naast het programma is het noodzakelijk een run.txt bestand aan te maken. Hierin komt een of meerdere run-commands te staan zodat het programma kan gaan simuleren. De verschillende run-commands zijn hier te vinden. Zoek het juiste command uit en plaats dit in een txt bestand genaamd run.txt en zet deze in dezelfde folder als het simulatie programma.

Na het aanmaken van de run.txt kun je het programma voor de eerste keer runnen. Hierbij moet je een aantal belangrijke dingen invullen zodat jou resultaten goed in de statistieken komen.

Hier onder staat een gegeven wat er in het programma aan je gevraagd wordt. Ik heb hierbij enige mogelijkheden toegevoegd zodat je weet wat ingevuld moet worden als je wilt deelnemen onder de groepnaam "Dutch Power Cows", dit is dus een mogelijkheid!


Public family or group name (Enter name with up to 55 characters or "anonymous". Will be published in highscores at http://www.evolutionary-research.net. If this name is not unique your results will be automatically added to the existing group with this name. ) :
**Dutch Power Cows **
(Als je onder een andere naam mee wil doen of onder geen enkele vul hier dan iets anders in! Maar let op, er wordt een onderscheid gemaakt tussen wel of geen hoofdletters!!)

Public personal or member name (Enter name with up to 55 characters or "anonymous". Will be published in highscores at http://www.evolutionary-research.net) :
**Jouw naam waar onder je mee wil doen.**

Not-published GroupNameCheckPIN (Enter "anonymous" or a code with up to 20 numbers or letters, that is not similar to any passwords you use on important occasions. This code is neither published with the highscores, nor especially encrypted while stored in the preferences file on your harddisk or transmitted by email. Please store it also in some other place in case you delete the preferences file.This string must not contain spaces or tabs and is used for identification when calculating the highscores: If you submit your first result, the NameCheckPIN in there is remembered. If you then submit other results after that, their NameCheckPIN is compared to the first one to make shure that you submitted these results with the URL they promote.) Now enter the code (up to 20 characters without space or tabs) :
**Wordt op dit moment niet gebruikt!**

Not-published PersonalNameCheckPIN (see explanation above for groupNameCheckPIN). This ID keeps other members of your group from adding to your highscores, as all results submitted under your group and personal name without this ID will be anonymized. Now enter the code (up to 20 characters without space or tabs) :
**Wordt op dit moment niet gebruikt!**

Public PromotedURL (Your email or homepage that shall be used as a link to allow people surfing the highscores, to be published at http://www.evolutionary-research.net to visit your website or email you. If your URL is not correct, people will not find you. The email account used to send your results to evolutionary-research will not be published whatsoever.) Use "anonymous" or meaningful URL with up to 90 characters :
**Een zelf in te vullen URL**
(Als je op meerdere computers onder dezelfde persoonlijke naam wil mee doen en in de stats terecht wil komen is het noodzakelijk dezelfde URL te gebruiken!!!!)

Nation (enter name or "anonymous", may be published in highscores at http://www.evolutionary-research.net) :
**Land van herkomst**

ANSI CPU information (automatic, don't correct manually) :
**wordt automatisch ingevuld!**

ANSI OS information (automatic, don't correct manually) :
**wordt automatisch ingevuld!**

Systemdetails known (unknown or details like CPU type+speed, Cache size+speed, RAM size+speed, up to 70 characters) :
**Jouw eigen systeem details**


Na dit te hebben ingevuld begint het programma met het inlezen van het run.txt bestand en te simuleren. Als alle simulatie's die in het run.txt bestand staan zijn afgerond veranderd de naam van het bestand run.txt in completed-run-file! Er is nu ook een results file aangemaakt. "S005_results.txt". Het programma wordt trouwens ook automatisch afgesloten. Om een nieuwe simulatie te draaien moet er nu eerst een nieuwe run.txt file aangemaakt worden, dit kan op dezelfde manier als hierboven is beschreven.

Hoe en waneer nu de results doorsturen??

Om je results in de statistieken te krijgen moet je het S005_RESULTS.txt bestand doorsturen als attachment via een email naar simulator005@evolution-at-home.net. Heb je dat gedaan, delete dan je S005_RESULTS.txt bestand en ga daarna pas verder met simuleren. Je hoeft niet na elke simulatie je results door te sturen, je kunt het ook een aantal weken opsparen. Denk er echter aan dat het S005_RESULTS.txt bestand dan wel groot kan worden >1MB.

De results zijn te vinden op de statistiek pagina van de E@Home homepage: hier
Let erop dat de statistiek pagina maar ongeveer 1 keer per 2 WEKEN !!!! wordt geupdate.

Kan ik zien hoe ver simulatie gevorderd is?

Ja dat kun je zien. Open het bestand eProgress.txt. Hierin staan onderandere gegevens over de berekende % van de geschatte tijdsduur en het berekende % van de het aantal clicks van de Ratchet die zijn geobserveerd.

Voorbeeld

Estimated progress:
99.0594 % of
0.0232978 Days computing time

Other progress:
431 clicks of the Ratchet have been observed, =
86.2 % of
500 total clicks until simulation stops

Is het mogelijk twee teams samen te voegen tot 1 team?

Nee, dit is op dit moment niet mogelijk. Om er voor te zorgen dat je de resultaten van 2 of meer computers/personen onder dezelfde teamnaam (Group) terecht komen moet de Groupname excact hetzelfde zijn. Veranderingen van groupname en andere informatie zijn aan te passen in het S005_Preferences.txt bestand.

Is er ook een forum waar ik vragen kan stellen?

Ja, er is een onofficeel forum waar je vragen kunt stellen.


Ik hoop dat dit je een beetje opweg helpt als je overweegt het programma uit te proberen.

Voor meer informatie kijk dan op de site van Evolution@home:
General FAQ
Simulater FAQ

[ Voor 22% gewijzigd door Verwijderd op 21-01-2003 22:06 ]

Niet zoals bij de grote DC-projecten, waar ik mag aannemen dat er een heel team achter het ontwerp zit, zit er achter dit project 1 man. Net zoals bij Muon bv. Vandaar dat alles (nog) niet helemaal geautomatiseerd is. Een voordeel van je wu's op deze manier opsturen is wel dat je dus op systemen die niet op het internet zijn aangesloten gewoon deze client kunt draaien.

MarkB schreef op 21 januari 2003 @ 18:57:

[...]


Dus beslis jij dat maar

????????????????
Ik beslis toch helemaal niets? Iedereen is toch gewoon vrij om zich bij een team aan te sluiten tenzij een team dat niet zou willen?

MarcyDarcy schreef op 21 januari 2003 @ 19:18:
[...]
MarkB, niet vaak ben ik het met je eens maar dit keer wel.

Ik heb voor de gein een 1/2 dagje meegedaan aan E@H maar wat een bagger client, bagger site, slechte communicatie etc. Zo te zien heb jij er nog korter aan meegedaan. Klinkt niet echt vriendelijk maar ik vind dit niet echt gewenst

"bagger client": valt best mee imho, is alleen wat bewerkelijker.
"bagger site": ja flitsend is ie niet nee, maar alles wat je moet weten om mee te doen staat er heel duidelijk uitgelegd.
"slechte communicatie": totaal niet mee eens, had de volgende dag al een mail terug met duidelijke uitleg op mijn vragen.

Ok net zoals bij muon is het uiterlijk van de site niet zo mooi, de client niet newbie vriendelijk en alles wat bewerkelijker. Maar wat voor mij telt is dat ik het onderzoek waar het project zich mee bezig houdt een stuk interessanter is dan de meeste DC-projecten die over het algemeen alleen maar gaan om zoveel mogelijk sleuteltjes uit te rekenen. Maar ja dat is natuurlijk mijn persoonlijke mening.

KoW schreef op 21 januari 2003 @ 19:46:
hmmz

kpostuma, op zich valt het erg te waarderen dat je je wilt inzetten voor DPC, maar ik denk dat het wel goed is om eerst eens goed een project te beoordelen voordat je er als DPC team je kostbare CPU cycles aan gaat geven.
Starten met een FAQ, hoe goed bedoeld dan ook is dan niet de juiste manier.

Uiteraard is iedereen vrij te doen wat ie wil, maar het is vast niet de bedoeling om overal een DPC sticker op te plakken.

Laatste verdediging.

Ok DPC team bestond al en ben gewoon meegaan doen onder dezelfde naam van het Team. Verder heb ik idd het project goed beoordeeld en ben voor mijzelf tot de conclusie gekomen dat ik mijn cpu cycles er graag aan wil geven. Verder lees ik de laatste tijd vragen en opmerkingen over E@H, vandaar deze FAQ. Wat ik hier mee wil bereiken is dat mensen een beeld krijgen van het project. Of zij hun tijd aan dit project willen geven is totaal hun eigen beslissing. Ik heb hetzelfde trouwens ook meegemaakt bij Muon, waar mensen in het begin ook heel sceptisch waren, omdat ze volgens mij niet het totale beeld hadden hoe het project precies in elkaar zat.