[Misc] DNA computing, hoe werkt het?

[Verwijderd]

Op slashdot stond een artikel over DNA computing. Er is een DNA computer gebruikt om een complex vraagstuk op te lossen met een zeer grote oplossingen ruimte oid.

Kan iemand uitleggen hoe dit ongeveer werkt? Wat denken jullie dat de toekomst perspectieven zijn van deze soort "computing"? En hoe kan dit worden geintegreerd in de hedendaagse computers? En vooral: hoe programmeer je dit??

[Janoz]

_{disclaimer:ff enorm versimpelde voorstelling van zaken, en ik zal in dit verhaaltje behoorlijk vaak 'kort door de bocht' gaan.}

Een probleem zou je kunnen voorstellen als een enorme puzzel. Waneer je dit probleem bijvoorbeeld bruteforce wil oplossen laat je de computer elke mogenlijke configuratie van die stukjes bij langs gaan om te kijken of ze passen. Dit duurd natuurlijk behoorlijk lang, en vaak weet je pas of alles past als je het laatste stukje hebt neergelegd. Er zijn voor veel problemen ook wel andere aanpakken bedacht waardoor dat veel sneller kan, maar er blijft een groep problemen (de NPC) waarbij dit niet mogenlijk is.

Bij DNA computing wordt elk stukje op een speciale manier gecodeerd in een stukje DNA. Vervolgens laten ze alle molecullen los, en deze gaan zich aan elkaar binden. De moleculen proberen de meest 'makkelijke' verbinding te maken. Dit klu je bijvoorbeeld vergelijken met kristallen. Daar willen de moleculen het liefst in een bepaald patroon zitten waardoor je die regelmatige patronen krijgt.

Het uiteindelijke product is tenslotte een weergave van de oplossing. Deze is dan weer met speciale apperatuur uit te lezen.

[Verwijderd]

Dit lijkt een beetje op genetic programming om een oplossing te vinden. Beetje chaos gebaseerd als ik het goed begrijp? Ik dacht eerst dat ze een NP probleem hadden opgelost in P maar dat was helaas niet zo. Toch bevat deze technologie mogelijk de sleutel tot het "kraken" van dit soort problemen.

Iig bedankt voor de uitleg.

[Alarmnummer]

Bij genetic programming veranderd de werking van het programma na verloop van tijd. Eigelijk wordt het programma naar verloop van tijd steeds meer gevormd.

Als je het reageren van het dna gaat ziet als een basis programma dan is er dus geen sprake van een wijziging van het programma. Daarom denk ik niet dat je het genetic programming kan noemen.

Trouwens wel grappig dat je het kwantiteit van cellen kan gebruiken als rekenkracht

[edit] ik was te vroeg met mijn reactie.. dus ff bij geschaaft.

[Juup]

Op zaterdag 16 maart 2002 18:16 schreef Alarmnummer het volgende:
Bij genentic programming veranderd de werking van het programma na verloop van tijd. Eigelijk wordt het programma naar verloop van tijd steeds meer gevormd.

Nee dat hoeft niet perse. Bij genetic programming maak je i.i.g. wel gebruik van een zeer slechte oplossing die je dmv recombinatie en willekeurige veranderingen probeert te verbeteren. Een goed algoritme zorgt dat betere oplossingen een hogere kans op 'voortplanting' hebben. De code voor dit algoritme kan constant blijven.

[Alarmnummer]

Maar dat is dan je 'meta' programma die je programma aanpast. Je meta programma die blijft constant maar je programma die veranderd.

[Alarmnummer]

en als je die string ziet als data die op een hele leuke manier met elkaar gecombineerd kunnen worden (het algoritme) dan is er hier dus geen sprake van een verandering van het algoritme. Alleen de snelheid van het rekenen kan gigantische vormen aannemen door de exponentiele groei van cellen.

[edit] typo

[Juup]

Tja het is maar hoe je het bekijkt
Het is iig zeker een interressant onderwerp. Heeft iemand eigen genetisch-algoritme code? Ik heb er ooit wat mee zitten spelen maar nooit iets concreets gemaakt.

[Alarmnummer]

Nope... maar als ik alle schimmel culturen in de borden kan gebruiken als rekenkracht dan bevat mijn kamer de meest krachtige computer ter wereld