Webserver voor Linux / Windows

Goede morgen,

Ik heb een dualboot systeem met Windows XP Pro en Mandrake Linux 8.1. Onder beide OSen draait Apache met PHP en MySQL.
Momenteel is mijn site enkel bereikbaar onder XP.

Als ik nu de partitie van de site van NTFS omzet naar FAT32 en ik die partite (hdb1) mount m.b.v. /etc/fstab kan ik er naar schrijven. Met apache moet in in commonhttpd.conf de directory van de sites veranderen van /var/www/html naar /mnt/data/SITE .
PHP en Perl werken al onder Linux, alsook Apache.

Het probleem is MySQL: Ik heb MySQL voor Win32 gebruikt en ze bevat al een database voor mijn vBulletin forum.
Kan MySQL voor Linux de bestanden van de Win32 versie gebruiken en erop verder werken?

Hoe moet ik MySQL dan configureren zodat die de db op mijn FAT32 partitie gebruikt? Ik ben een Linux noob en vind die "test" en "mysql" database niet terug in /usr/share of /usr/local. Enig idee waar die configuratie bestanden staan.

Omdat ik een dynamisch IP heb, maak ik gebruik van dyndns voor een vaste domeinnaam te krijgen. Onder Windows is daar een kleine service voor. Voor Linux heb ik echter een klein perl script gevonden (addns.pl) dat ik in de console moet uitvoeren. Dit staat trouwens in /Root en is eigendom van root.
Hoe zorg ik ervoor dat dat script door iedereen kan uitgevoerd worden (moest dat nodig zijn) en dat het altijd bij startup uigevoerd wordt?

Alvast bedankt.