MySql is een verzameling gegevens zonder relaties, controles, ed. Jij als programeur bent dus verantwoordelijk voor alle controles, en waar mensen werken worden fouten gemaakt, dus je kan makkelijk per ongeluk een klant deleten die nog voor 2 miljoen aan openstaand posten heeft.
MSSQL kun je relaties leggen tussen tabellen (heck zelfs in Access kan dat), zodat je die klant _niet_ kan verwijderen.
't Is maar een simpel (praktijk) voorbeeldje, maar kijk eens naar topix. Als MySql transacties en foreign keys zou ondersteunen, zou je bv geen brakke topics meer tegen komen.
Voor je website waarmee je makkelijk via een cms de contents wil wijzigen, is het prima om mee te werken. Maar ik zou m'n administratie niet aan een MySql db willen toe vertrouwen.
[edit]
en dan vergeet ik nog mijn geliefde speeltjes van MSSQL: triggers en stored procedures

Maja dat zijn features die de het leven een stuk handiger (kunnen) maken maar dat vind ik op zich niet zo'n groot gemis. Foreign keys wel...