Ubuntu 22.04 Dependency Hell Probleem

[Chimichurri]

Mijn vraag

Weet iemand hoe deze dependency Hell is op te lossen?

De uitgevoerde commando's die het probleem beschrijven:

Een sudo aptitude full-upgrade, geeft de volgende foutmelding:

The following packages will be REMOVED:
libflashrom1{u} libftdi1-2{u}
The following packages will be upgraded:
alsa-ucm-conf binutils binutils-common binutils-x86-64-linux-gnu cpp-11 cpp-9 curl dbus dbus-user-session dbus-x11 distro-info-data fwupd g++-11 g++-9 gcc-11 gcc-11-base gcc-9 gcc-9-base gdb gdbserver gfortran-11 gfortran-9 google-chrome-stable libasan5 libasan6 libbinutils
libctf-nobfd0 libctf0 libcurl3-gnutls libcurl4 libcurl4-gnutls-dev libdbus-1-3 libdbus-1-dev libfwupd2 libfwupdplugin5 libgcc-11-dev libgcc-9-dev libgfortran-11-dev libgfortran-9-dev libmysqlclient21 libntfs-3g89 libnvidia-cfg1-495 libnvidia-cfg1-510 libnvidia-common-495
libnvidia-common-510 libnvidia-compute-495 libnvidia-compute-510 libnvidia-decode-495 libnvidia-decode-510 libnvidia-encode-495 libnvidia-encode-510 libnvidia-extra-495 libnvidia-extra-510 libnvidia-fbc1-495 libnvidia-fbc1-510 libnvidia-gl-495 libnvidia-gl-510 libpixman-1-0
libpixman-1-dev libpython3.10 libpython3.10-dev libpython3.10-minimal libpython3.10-stdlib libsqlite3-0 libsqlite3-dev libssl3 libstdc++-11-dev libstdc++-9-dev libtiff-dev libtiff5 libtiffxx5 libtsan0 linux-firmware ntfs-3g nvidia-compute-utils-495 nvidia-compute-utils-510
nvidia-dkms-495 nvidia-dkms-510 nvidia-driver-495 nvidia-driver-510 nvidia-kernel-common-495 nvidia-kernel-common-510 nvidia-kernel-source-495 nvidia-kernel-source-510 nvidia-utils-495 nvidia-utils-510 openjdk-11-doc openjdk-11-jdk openjdk-11-jdk-headless openjdk-11-jre
openjdk-11-jre-headless openssl python3.10 python3.10-dev python3.10-doc python3.10-minimal snapd tzdata ubuntu-advantage-tools xserver-common xserver-xorg-core xserver-xorg-legacy xserver-xorg-video-nvidia-495 xserver-xorg-video-nvidia-510
104 packages upgraded, 0 newly installed, 2 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 1,079 MB of archives. After unpacking 26.4 MB will be used.
The following packages have unmet dependencies:
libcrypt1:i386 : Depends: libc6:i386 (>= 2.25) which is a virtual package and is not provided by any available package

Unable to resolve dependencies! Giving up...
The following packages will be REMOVED:
libflashrom1{u} libftdi1-2{u}
The following packages will be upgraded:
alsa-ucm-conf binutils binutils-common binutils-x86-64-linux-gnu cpp-11 cpp-9 curl dbus dbus-user-session dbus-x11 distro-info-data fwupd g++-11 g++-9 gcc-11 gcc-11-base gcc-9 gcc-9-base gdb gdbserver gfortran-11 gfortran-9 google-chrome-stable libasan5 libasan6 libbinutils
libctf-nobfd0 libctf0 libcurl3-gnutls libcurl4 libcurl4-gnutls-dev libdbus-1-3 libdbus-1-dev libfwupd2 libfwupdplugin5 libgcc-11-dev libgcc-9-dev libgfortran-11-dev libgfortran-9-dev libmysqlclient21 libntfs-3g89 libnvidia-cfg1-495 libnvidia-cfg1-510 libnvidia-common-495
libnvidia-common-510 libnvidia-compute-495 libnvidia-compute-510 libnvidia-decode-495 libnvidia-decode-510 libnvidia-encode-495 libnvidia-encode-510 libnvidia-extra-495 libnvidia-extra-510 libnvidia-fbc1-495 libnvidia-fbc1-510 libnvidia-gl-495 libnvidia-gl-510 libpixman-1-0
libpixman-1-dev libpython3.10 libpython3.10-dev libpython3.10-minimal libpython3.10-stdlib libsqlite3-0 libsqlite3-dev libssl3 libstdc++-11-dev libstdc++-9-dev libtiff-dev libtiff5 libtiffxx5 libtsan0 linux-firmware ntfs-3g nvidia-compute-utils-495 nvidia-compute-utils-510
nvidia-dkms-495 nvidia-dkms-510 nvidia-driver-495 nvidia-driver-510 nvidia-kernel-common-495 nvidia-kernel-common-510 nvidia-kernel-source-495 nvidia-kernel-source-510 nvidia-utils-495 nvidia-utils-510 openjdk-11-doc openjdk-11-jdk openjdk-11-jdk-headless openjdk-11-jre
openjdk-11-jre-headless openssl python3.10 python3.10-dev python3.10-doc python3.10-minimal snapd tzdata ubuntu-advantage-tools xserver-common xserver-xorg-core xserver-xorg-legacy xserver-xorg-video-nvidia-495 xserver-xorg-video-nvidia-510
104 packages upgraded, 0 newly installed, 2 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 1,079 MB of archives. After unpacking 26.4 MB will be used.
aptitude failed to find a solution to these dependencies. You can solve them yourself by hand or type 'n' to quit.
The following packages have unmet dependencies:
libcrypt1:i386 : Depends: libc6:i386 (>= 2.25) which is a virtual package and is not provided by any available package

Resolve these dependencies by hand? [N/+/-/_/:/?]

sudo apt-cache policy libc6:i386 geeft als resultaat:

libc6:i386:
Installed: (none)
Candidate: (none)
Version table:

sudo aptitude install libc6-i386 geeft als resultaat:

libc6-i386 is already installed at the requested version (2.35-0ubuntu3.1)
libc6-i386 is already installed at the requested version (2.35-0ubuntu3.1)
No packages will be installed, upgraded, or removed.
0 packages upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 104 not upgraded.
Need to get 0 B of archives. After unpacking 0 B will be used.
The following packages have unmet dependencies:
libcrypt1:i386 : Depends: libc6:i386 (>= 2.25) which is a virtual package and is not provided by any available package

Unable to resolve dependencies! Giving up...
No packages will be installed, upgraded, or removed.
0 packages upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 104 not upgraded.
Need to get 0 B of archives. After unpacking 0 B will be used.
The following ESSENTIAL packages will be BROKEN by this action:
libcrypt1:i386 : Depends: libc6:i386 (>= 2.25) which is a virtual package and is not provided by any available package


WARNING: Performing this action will probably cause your system to break!
Do NOT continue unless you know EXACTLY what you are doing!
To continue, type the phrase "I am aware that this is a very bad idea":

sudo apt-get -u dist-upgrade geeft als resultaat:

Reading package lists... Done
Building dependency tree... Done
Reading state information... Done
You might want to run 'apt --fix-broken install' to correct these.
The following packages have unmet dependencies:
libcrypt1:i386 : Depends: libc6:i386 (>= 2.25) but it is not installable
E: Unmet dependencies. Try 'apt --fix-broken install' with no packages (or specify a solution).


Relevante software en hardware die ik gebruik:

Kubuntu 22.04

Wat ik al gevonden of geprobeerd heb

De volgende commando's heb ik gebruikt om het proberen te fixen, helaas zonder resultaat:

sudo dpkg --force depends -P libc6:i386
sudo dpkg --force depends -P libcrypt1:i386
sudo apt-get install -f
sudo apt install -y libc6:i386
sudo apt --fix-broken install

Tot dusverre helaas geen gewenst resultaat.

Komt iemand dit probleem voor en is er een oplossing voor, want alles opnieuw installeren zou erg veel werk zijn en verder draait het systeem stabiel, alleen is updaten niet mogelijk.

[Douweegbertje]

https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/glibc/+bug/1926918

m.a.w. een aantal packages downgraden. Overigens ook vrijwel eerste hit in google als je zoekt op je error.

[Hero of Time]

In deze gevallen is het ook handig om te melden of je aanpassingen hebt gedaan aan je sources.list, of dat je extra repo's hebt toegevoegd van externen (zoals een PPA), etc.

Standaard heeft een Ubuntu installatie dacht ik geen i386 architectuur packages geïnstalleerd, of wel? Hoe dan ook, libc6-i386 is een ander package dan libc6:i386. Het verschilt waar welke bestanden worden geplaatst, wat bepaald waar het voor nodig is.

[Chimichurri]

Hartelijk dank voor de reacties. ik denk dat het te maken heeft met het volgende:

sudo apt install libc6=2.35-0ubuntu3
Reading package lists... Done
Building dependency tree... Done
Reading state information... Done
You might want to run 'apt --fix-broken install' to correct these.
The following packages have unmet dependencies:
libc6-dbg : Depends: libc6 (= 2.35-0ubuntu3.1) but 2.35-0ubuntu3 is to be installed
libc6-dev : Depends: libc6 (= 2.35-0ubuntu3.1) but 2.35-0ubuntu3 is to be installed
libc6-i386 : Depends: libc6 (= 2.35-0ubuntu3.1) but 2.35-0ubuntu3 is to be installed
libc6-prof : Depends: libc6 (= 2.35-0ubuntu3.1) but 2.35-0ubuntu3 is to be installed
libc6-x32 : Depends: libc6 (= 2.35-0ubuntu3.1) but 2.35-0ubuntu3 is to be installed
libcrypt1:i386 : Depends: libc6:i386 (>= 2.25) but it is not installable
E: Unmet dependencies. Try 'apt --fix-broken install' with no packages (or specify a solution).

De installatie heeft tot voor kort goed gedraaid, het lijkt wel of een jammy update van = 2.35-0ubuntu3) naar 2.35-0ubuntu3.1 de problemen heeft veroorzaakt

Mijn sources.list is:

##--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------##
## Kubuntu Installation Media
##--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------##
# deb cdrom:[Kubuntu 22.04.x.x LTS _Focal Fossa_ - Release amd64 (20221508.1)]/ jammy main multiverse restricted universe

##--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------##
## Official Kubuntu 20.04 Repositories:
##--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------##
deb [arch=amd64] http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ jammy main restricted ## Ubuntu Main
deb [arch=amd64] http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ jammy-updates main restricted ## Ubuntu Updates
deb [arch=amd64] http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ jammy universe ## Ubuntu Unsupported
deb [arch=amd64] http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ jammy-updates universe ## Ubuntu Unsupported
deb [arch=amd64] http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ jammy multiverse ## Ubuntu Unsupported
deb [arch=amd64] http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ jammy-updates multiverse ## Ubuntu Unsupported
deb [arch=amd64] http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ jammy-backports main restricted universe multiverse ## Ubuntu Backports
deb [arch=amd64] http://security.ubuntu.com/ubuntu jammy-security main restricted ## Conanical Security
deb [arch=amd64] http://security.ubuntu.com/ubuntu jammy-security universe ## Conanical Security
deb [arch=amd64] http://security.ubuntu.com/ubuntu jammy-security multiverse ## Conanical Security

##--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------##
## Various Repositories:
##--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------##
deb [arch=amd64] http://dl.google.com/linux/chrome/deb/ stable main ## Google Chrome
deb [arch=amd64] http://ppa.launchpad.net/team-xbmc/ppa/ubuntu jammy main ## Kodi Stable

Dit zijn de officieele repos aangevuld met de Kodi en Google Chrome Repo

Maar omdat het tot voor kort wel probleemloos werkte heb ik het vermoeden dat het mogelijk met de libc6 versie update van 3 naar 3.1 te maken heeft

Maar ik probeer packages te downgraden, maar tot nu toe zit ik in een visueuze cirkel

[True]

offtopic:
Dit soort blokken zijn m.i. een stuk beter leesbaar binnen [code][/] tags.

[SVMartin]

Wat als je de Chrome en kodi pakketten verwijderd en uit je sources haalt (je kunt alles na de upgrade weer toevoegen); kun je ook alle :386 paketten verwijderen?

[Chimichurri]

Ontzettend bedankt voor het meedenken, de apt foutmeldingen en waarschuwingen waren in bepaalde gevallen waren wat verwarrend, waardoor ik dacht dat ik de oplossing moest zoeken in het downgraden van packages, Uiteindelijk bleek de oplossing om de problematische packages simultaan en forced te laten verwijderen, waarbij de protected status werd genegeerd.

Na lang zoeken heb ik met het onderstaande simpele commando, het probleem kunnen oplossen:

dpkg --purge --force-remove-protected {gcc-12-base,libc6,libcrypt1,libgcc-s1}:i386

Hierna heb ik een apt-get update en aptitude full-upgrade gedaan en alle packages probleemloos kunnen updaten.

[Hero of Time]

Zoals ik eerder zei, je zou geen i386 architectuur packages moeten hebben na een standaard installatie. Vraag is welke er nog meer op je systeem staan.

Wat mij hierboven ook opviel, is dat je allerlei overbodige libc6 packages erop hebt staan, zoals -dbg en -dev. Geen idee wat de -prof en -x32 doen. Ik heb met Debian de -prof helemaal niet en -x32 is alleen van toepassing als je met multilib dingen doet. Je zou voor huis-tuin-en-game werk geen x32 ABI libraries nodig moeten hebben.


Oh, en wat hierboven ook al even werd gezegd, zet de nodige zaken even in code-tags zodat het beter leesbaar wordt.

[ Voor 11% gewijzigd door Hero of Time op 13-11-2022 13:56 ]

[Chimichurri]

@Hero of Time:
Helemaal terugredeneren van de packages kan ik helaas niet omdat ik meerdere release upgrades heb gedaan, in het verleden heb ik wel enkele Compilers en IDE's geinstalleerd, dat zou kunnen verklaren dat er dev en debug programmatuur op het systeem is gekomen. Ook heb ik tijdens mijn zoektocht zijdelings opgevangen dat de i386 archecture in de recentere releases niet meer ondersteund wordt (vanuit de officieele repos) dat zou kunnen verklaren dat de i386 en de cross compiler programmatuur niet op jouw systeem voorkomen. Ik realiseer me dat een nieuwe install bij nieuwe releases het beste is, maar het systeem en configs zijn in de loop der jaren erg omvangrijk / complex geworden, vandaar dat ik enkele release upgrades heb gedaan en tot voor kort werkte dat goed (en nu ook weer na bovenstaande oplossing.

De code zal ik voortaan tussen de daarvoor bestemde tags plaatsen.

[SVMartin]

Fijn dat je het hebt kunnen oplossen! Ik installeer regelmatig opnieuw (eens per 1-2 jaar), eigenlijk omdat ik gewoon eens een nieuwe distro wil proberen. Zit nu op opensuse, bevalt prima overigens.

Anyway, ik zou je toch adviseren om eens een schone installatie te doen. Je zou van home en etc prima een backup kunnen maken voor het geval je nog iets nodig hebt. Documenteer ook je customizations, dat scheelt uiteindelijk tijd. Met een herinstallatie wordt de toekomst makkelijker. Je zou het technical depth kunnen noemen, een term die je vooral vind in software ontwikkeling.

[Chimichurri]

@SVMartin: Ja je hebt helemaal gelijk, dat zou het beste zijn, want ik denk dat er nu pakketten op mijn systeem zijn blijven staan, die niet meer in de officieele repos beschikbaar zijn en dat daardoor deze update deadlock is ontstaan, ik maak wel regelmatig backups en images van de configuratie, maar dit vervangt helaas niet het een keer in de zoveel tijd schoon installeren vanhet systeem:-) Voor het opnieuw schoon installeren moet ik wat tijd voor vrijmaken en ik zie er een beetje tegenop om alles weer goed te configureren, ik heb ook wel eens aan Proxmox als primair systeem gedacht, dan wordt het clonen van complete configs wat makkelijker, een andere optie die ik nog overweeg is om over te stappen naar NixOS (Nix Packagemanager) waarbij een soort van versiebeheer op packages en config niveau mogelijk is. verder probeer ik PPA's zoveel mogelijk te vermijden, ik weet dat veel mensen niet zo dol zijn op Snaps maar vanuit oogpunt van onderhoudbaarheid verkies ik snaps boven het gebruik van allerhande PPA's, want ook PPA's hebben bij release upgrades regelmatig voor grote problemen gezorgd, voor al als het java of Python frameworks betrof die middels PPA's waren geinstalleerd. Onder Proxmox heb ik nu op een servertje meerdere instanties draaien van Kubuntu, elk met een eigen zeer specifieke functie, 1 instantie bijvoorbeeld voor dagelijks werk (Office / Mailen / Internet) en een instanties voor het programmeren (Waar het risico op package deadlocks wat groter is, door de verschillende architectuur frameworks en compilers etc. en verder heb ik nog wat instanties draaien voor specifieke taken zoals Datarecovery en tools voor het flashen van allerhande devices. op deze manier heb ik soort van config versiebeheer voor verschillende configuraties.

[_JGC_]

Verouderde pakketjes kan apt-show-versions je mee helpen. Die geeft aan welke pakketjes niet meer in een repository staan.
Ik gebruik die tool eigenlijk altijd na een dist-upgrade.

[SVMartin]

Ja, ppa's is soms handig, maar vaak ook ellende. Google Chrome gaat wel, maar kodi en alle multimedia dependencies.. opsplitsen in vm's of bootable partities is zeker handig om problemen te isoleren.

[Hero of Time]

@Chimichurri

Ook heb ik tijdens mijn zoektocht zijdelings opgevangen dat de i386 archecture in de recentere releases niet meer ondersteund wordt (vanuit de officieele repos) dat zou kunnen verklaren dat de i386 en de cross compiler programmatuur niet op jouw systeem voorkomen.

Dat waren berichten van vroeger en zijn niet meer van toepassing, omdat ze anders een groot probleem zouden hebben met Valve aangezien Steam alleen maar 32 bit is. Iets wat voor velen ook een doorn in het oog is.

De reden dat ik die zut niet heb die jij wel hebt, is omdat ik Debian draai ipv Ubuntu. Heb wel Steam, dus ook de i386 architectuur beschikbaar. Maar die dependencies zijn niet zo uitgebreid. En Steam heeft zeker geen cross-compiler nodig.

[Limhes]

Fijn dat je het opgelost hebt inderdaad. Ik had dit soort "hells" vroeger regelmatig, en volgens mij kwam dat omdat ik teveel niet-standaard software wilde installeren, waarbij ik dan door allemaal hoepels heen moest springen en uiteindelijk mijn systeem kapot maakte...

Tegenwoordig vraag ik mezelf eerst meerdere keren af of ik deze of gene software écht nodig heb, en zo ja of ik wil riskeren dat ik m'n installatie er mee sloop. Meestal blijf ik er dan vanaf en heb ik aan de standaard packages eigenlijk wel genoeg.

(Die "hells" zijn bij mij ook erg afgenomen toen ik van Ubuntu naar Arch/Manjaro overstapte, maar dat kan toeval zijn.)

[Chimichurri]

@Limhes: Ja klopt helemaal, ik denk dat het bij mij in de loop der jaren van release naar release upgraden ook zo gekomen is, omdat ik enkele releases geleden erg enthousiast was met het gebruik van PPAs, dat heb ik in de loop der jaren afgebouwd en nu gebruik ik alleen PPAs voor Kodi en Google Chrome, verder heb ik het verleden het programmaatje apt-tracer gebruikt, om niet standaard versies van software te achterhalen en deze heb ik handmatig verwijderd. Ik heb in het verleden ook intensief geprogrammeerden hiervoor allerhande compilers en IDEs geinstalleerd, ik denk dat dit de hoofdoorzaak van de problemen is geweest. Ik geloof ook dat Arch based distro's een minder groot risico hebben voor een dependency hell omdat het aantal packages in de repositories die door arch ondersteund worden fors hoger ligt, waardoor de kans dat er externe repos aangesproken moeten worden voor specifieke software een stuk lager ligt. De reden dat ik Ubuntu-based distro's gebruikt, gaat terug naar 2004, toen ik in aanraking kwam met Ubuntu 4.10 en de keuze hiervoor was dat er veel info te vinden was over Ubuntu en er een grote community was / is die ik als Linux Noob goed kon gebruiken om de overstap te maken van Windows en in al die jaren Ubuntu-based distro's gebruikt te hebben altijd erg tevreden geweest en nog steeds, natuurlijk waren er de bekende problemen van gebrekkige audioondersteuning van Ubuntu in de begintijd (een hoop gelungel met de software audiomixer om meerdere audiobronnen tegelijkertijd te kunnen afspelen / horen. Verder natuur het geklungel met de Resolutieinstelllingen met xorg.conf en zo waren er nog wat beruchte problemen onder Ubuntu vroeger. maar al met al was daar goed mee te leven en wogen de voordelen van Linux voor mij persoonlijk altijd ruimschoots op tegen de nadelen. Ik realiseer me dat snaps niet erg populair zijn onder veel Linux gebruikers, maar qua config en onderhoudbaarheid geef ik de voorkeur aan snaps (of flatpaks) ipv PPAs, maar zo heeft ieder zijn eigen prioriteiten en voorkeuren, mijn mening is, voor waar ik de computer en linux voor gebruik (Programmeren, Audio / video verwerking, Home automation, Server doeleinden), Linux met afstand superieur is qua stabiliteit, veiligheid en schaalbaarheid aan windows, maar ook ik moet toegeven dat een DDL hell onder windows veel makkelijker is op te lossen dan een dependecy hell onder Linux (Bij windows is het simpelweg een kwestie van de juiste versie van een DDL in de programma map kopieeren om het probleem op te lossen.) dat waar dat bij Linux soms een breinbreker kan blijken te zijn.