Ik zou beginnen met zoeken op: Ledger Nano S synchronization error. Blijkbaar gaat er daar iets mis en zijn de ETH's gewoon netjes verzonden naar je adres en staan ze daar ook, nu moet de Ledger alleen even syncen zodat je ze daar ook ziet.
Je zou voor de zekerheid via MEW (MyEtherWallet) kunnen kijken of ze daar wel te zien zijn. Anders even via etherscan of de transactie al confirmed is.