Check alle échte Black Friday-deals Ook zo moe van nepaanbiedingen? Wij laten alleen échte deals zien

Highend Data Cruncher €10.000

Pagina: 1
Acties:

  • BoltYes
  • Registratie: Januari 2014
  • Laatst online: 22-11 19:49

BoltYes

This is the Way

Topicstarter
Wat wil je doen met je nieuwe systeem?
Het wordt een data cruncher, kristallografie data, refinement van 3D Xray structuren, computational chemistry. Software; Yasara, Desmond, Gold. Op waarschijnlijk een Ubuntu LTS server edition.

Wat mag het systeem gaan kosten?
Mag er €13.000 aan uitgeven,zijn echter gebonden aan een vaste leverancier waardoor onderdelen soms duurder uit kunnen vallen, wil daarom een marge aanhouden en binnen de €10k blijven

Zijn er componenten of randapparatuur die je al hebt en mee wil nemen naar je nieuwe systeem?
Nee, wellicht alleen een scherm/toetsenbord/muis

Wat denk je allemaal nodig te hebben?
Het is een werkstation die complexe berekeningen moet gaan uitvoeren met behulp van oa GPU's. Idee is om of twee keer een GTX 1080 Ti (750W voeding) of 4x een GTX 1070 (icm een 950W voeding) te gebruiken hiervoor. Advies was ook om met een i7 processor te gaan werken. De server waar we nu berekeningen op uitvoeren heeft twee keer een 12 core Xeon E5-2670v3 en we merken dat xeons echt voor serverwerk zijn en niet echt voor de berekeningen. We willen het met 1 cpu proberen, maar als er budget is voor meer, dan graag. De keuze staat nu op een Intel i7 5960X 16 threads (8cores) cpu. Ram geheugen maakt niet zoveel uit, maar in ieder geval 3 GB per core, meer is beter natuurlijk, beginnen met 64 GB PC4-1700. Harde schijven, 2x2TB SSD (mirror) en 2x 8 TB HDD voor het tijdelijk parkeren van grote datasets (Raw data)

Heb je nog bepaalde (merk)voorkeuren?
Hebben een HP Z640 station staan, mooi spul, dus iets in dezelfde lijn zou mooi zijn, indien de componenten te matchen zijn

Heb je nog bepaalde eisen/wensen?
Denk aan grootte, het te verwachten geluidsniveau, energieverbruik. Hoe meer informatie je geeft, hoe beter we je kunnen helpen.

Ga je overklokken?
Het moet uit de doos lekker werken, dus ga niet overklokken

Wat verwacht je van ons?
Omdat ik een redelijke leek ben in componenten wereld heb ik geen flauw idee welk moederbord de setup aan moet gaan sturen. De beste optie en eventueel een alternatieve optie om met twee CPU's te werken, met natuurlijk voldoende PCIe slots, meer dan twee. Case maakt ook niet heel veel uit. De voeding moet wel de GPUs aan kunnen sturen, dus voldoende aansluitingsmogelijkheden. Ook wil ik het budget graag helemaal vol maken, dus als er upgrades zijn in de processor, ram of GPU sta ik daar open voor.


#ProductPrijsSubtotaal
1Intel Core i7-5960X Boxed€ 1.049,-€ 1.049,-
2EVGA GeForce GTX 1080 Ti FTW3 GAMING€ 889,-€ 1.778,-
2Seagate Desktop HDD, 8TB€ 285,60€ 571,20
1Kingston HyperX Fury HX421C14FRK4/64€ 577,-€ 577,-
2WD Blue SSD 2,5" (3D v-nand (TLC)) 2TB€ 600,50€ 1.201,-
Bekijk collectie
Importeer producten
Totaal€ 5.176,20


Tot nu toe heb ik de helft van het budget vol gemaakt, het mobo, koeling en de case missen nog, maar dan nog is er ruimte voor bijvoorbeeld meer ram enzovoort. Het systeem moet zo snel mogelijk zijn, dus ik ben benieuwd.

¯\_(ツ)_/¯


  • .Maarten
  • Registratie: Januari 2011
  • Laatst online: 09:28
Als de software gpu acceleratie ondersteunt zou ik een goedkopere cpu halen en meer videokaarten.

  • Kuusj
  • Registratie: April 2012
  • Laatst online: 15:45

Kuusj

Ofwel varken in 't Limburgs

Zonder even de juiste Benchmarks bij de hand te hebben, is Threadripper beter in bepaalde berekeningen dan Intel CPU's. Precies weet ik dat ook niet meer, maar de CPU die je nu hebt gekozen zou ik sowieso niet nemen, want die is oud en duur.

pricewatch: AMD Ryzen Threadripper 1950X
16 cores, 32 threads, en goedkoper dan de CPU die jij nu in het lijstje hebt staan (die overigens ook maar 8 cores en 16 threads heeft).

Intel heeft ook een 16 core variant, maar de extra kosten (~70% duurder) voor soms minimaal betere prestaties zijn in mijn ogen op geen enkele manier goed te praten.
pricewatch: Intel Core i9-7960X Boxed

[ Voor 22% gewijzigd door Kuusj op 05-10-2017 13:17 ]

9800X3D - RX 6900XT - Volvo S40 T5 '10 - Kever '74


  • maratropa
  • Registratie: Maart 2000
  • Niet online
@BoltYes ik begrijp je verhaal nog niet helemaal; je zegt dat de berekeningen op een gpu lopen, maar ook dat een aanwezige dual xeon niet goed genoeg is. Loopt het nu op de xeons? Waar ligt daar het probleem, het schaalt niet lekker op NUMA? En jullie switchen naar gpu's? Of loopt het op beide tegelijk? Heb je een idee of ECC op de gpu's belangrijk is? Hoeveel gpu's kan het aan? Zou een goedkope basis met bijv. een GP100 zinvol zijn?

Kijk je ook naar bijvoorbeeld barebones voor dit doeleinde van bijv. supermicro? https://www.supermicro.nl...U/7049/SYS-7049GP-TRT.cfm

specs


  • BoltYes
  • Registratie: Januari 2014
  • Laatst online: 22-11 19:49

BoltYes

This is the Way

Topicstarter
@maratropa We hebben een gtx1080 in onze server gestoken en de benchmark van onze software is niet echt denderend. De persoon die met de software werkt noemde dat de i7's beter zijn in dergelijke berekeningen en kwam dus ook met de i7-5960X aan zetten. Er komt zeker wat 3D rendering bij kijken, echter het is het niet zo simpel om het systeem als een gaming computer te zien.

Ik zal de GP100 en barebone optie ook mee nemen. Kom erop terug :)

¯\_(ツ)_/¯


Verwijderd

En zou zoiets ook voldoen?

#ProductPrijsSubtotaal
1AMD Ryzen Threadripper 1950X€ 955,90€ 955,90
1Asus ROG Zenith Extreme€ 539,15€ 539,15
2Asus ROG-STRIX-GTX1080TI-O11G-GAMING€ 841,49€ 1.682,98
2Seagate Desktop HDD, 8TB€ 285,60€ 571,20
1be quiet! Dark Base Pro 900 (Zwart/Zilver)€ 218,22€ 218,22
1Noctua NH-U9 TR4-SP3€ 66,-€ 66,-
2Corsair Vengeance CMK64GX4M4C3000C15€ 702,74€ 1.405,48
1Corsair AX860i€ 201,95€ 201,95
2Samsung 850 EVO 2TB€ 651,02€ 1.302,04
Bekijk collectie
Importeer producten
Totaal€ 6.942,92

  • DeArmeStudent
  • Registratie: December 2003
  • Laatst online: 03-05-2024
"De server waar we nu berekeningen op uitvoeren heeft twee keer een 12 core Xeon E5-2670v3 en we merken dat xeons echt voor serverwerk zijn en niet echt voor de berekeningen."

Volgens mij is dit best een leuke basis...bevat deze server zelf geen mogelijkheid om er een paar gpu's bij te prikken?

  • Sissors
  • Registratie: Mei 2005
  • Niet online
kuusj98 schreef op donderdag 5 oktober 2017 @ 13:14:
Zonder even de juiste Benchmarks bij de hand te hebben, is Threadripper beter in bepaalde berekeningen dan Intel CPU's. Precies weet ik dat ook niet meer, maar de CPU die je nu hebt gekozen zou ik sowieso niet nemen, want die is oud en duur.

pricewatch: AMD Ryzen Threadripper 1950X
16 cores, 32 threads, en goedkoper dan de CPU die jij nu in het lijstje hebt staan (die overigens ook maar 8 cores en 16 threads heeft).

Intel heeft ook een 16 core variant, maar de extra kosten (~70% duurder) voor soms minimaal betere prestaties zijn in mijn ogen op geen enkele manier goed te praten.
pricewatch: Intel Core i9-7960X Boxed
Als je de Tweakers benchmarks bekijkt rent bij sommige benchmarks die Intel toch echt rondjes rond de Threadripper. Oké dat is overdreven, maar wel echt significant sneller. En dat voor +/- 10% op de totaalprijs lijkt me geen heel vreemd idee om te overwegen.

  • BoltYes
  • Registratie: Januari 2014
  • Laatst online: 22-11 19:49

BoltYes

This is the Way

Topicstarter
DeArmeStudent schreef op donderdag 5 oktober 2017 @ 15:03:
"De server waar we nu berekeningen op uitvoeren heeft twee keer een 12 core Xeon E5-2670v3 en we merken dat xeons echt voor serverwerk zijn en niet echt voor de berekeningen."

Volgens mij is dit best een leuke basis...bevat deze server zelf geen mogelijkheid om er een paar gpu's bij te prikken?
Hebben een beurs gekregen voor een nieuwe rekenpc, dus we laten de server lekker serveren, die rekenkracht is nodig voor een complex algoritme die samen met een aantal grote databases als backend een gespecialiseerde zoekmachine aan stuurt, specs daarvan zijn wellicht ook wel interessant;

F2D64AV HP Z640 Workstation
G8U66AV HP Single Unit Packaging
G8X22AV HP Z640 925W 90 Percent Efficient Chassis
G8W06AV HP Linux Installer Kit
J9N94AV Operating System Load to SATA/SAS
J6F30AV Intel Xeon E5-2670v3 2.3 2133 12C 1stCPU
J6F48AV Intel Xeon E5-2670v3 2.3 2133 12C 2ndCPU
G8X43AV 128GB DDR4-2133 (4x32GB) 2CPU Load Reduced Registered RAM
J1P92AV NVIDIA Quadro K420 1GB DL-DVI(I)+DP 1st No cables included Graphics
J3J84AV 1TB SATA 1st SSD
J3J99AV 4TB 7200 RPM SATA 2nd Hard Drive
J3K20AV 4TB 7200 RPM SATA 3rd Hard Drive
J3K40AV 4TB 7200 RPM SATA 4th Hard Drive

Ding is alweer twee jaar oud en hoewel ik qua rekenkracht veel had verwacht blijk je met de xeons toch een beetje achter de feiten aan te lopen 8)7
Sissors schreef op donderdag 5 oktober 2017 @ 15:46:
[...]

Als je de Tweakers benchmarks bekijkt rent bij sommige benchmarks die Intel toch echt rondjes rond de Threadripper. Oké dat is overdreven, maar wel echt significant sneller. En dat voor +/- 10% op de totaalprijs lijkt me geen heel vreemd idee om te overwegen.
Zekers! Ook deze cpu zal ik voorleggen :)

[ Voor 12% gewijzigd door BoltYes op 05-10-2017 17:35 ]

¯\_(ツ)_/¯


  • winandus
  • Registratie: December 2013
  • Laatst online: 27-11 10:44
BoltYes schreef op donderdag 5 oktober 2017 @ 16:57:
Ding is alweer twee jaar oud en hoewel ik qua rekenkracht veel had verwacht blijk je met de xeons toch een beetje achter de feiten aan te lopen 8)7
Correct me if I'm wrong, maar een Xeon heeft toch dezelfde cores als een core i*, alleen zit er geen IGP in?

  • DeArmeStudent
  • Registratie: December 2003
  • Laatst online: 03-05-2024
BoltYes schreef op donderdag 5 oktober 2017 @ 16:57:
[...]
Hebben een beurs gekregen voor een nieuwe rekenpc, dus we laten de server lekker serveren, die rekenkracht is nodig voor een complex algoritme die samen met een aantal grote databases als backend een gespecialiseerde zoekmachine aan stuurt, specs daarvan zijn wellicht ook wel interessant;
F2D64AV HP Z640 Workstation
J6F30AV Intel Xeon E5-2670v3 2.3 2133 12C 1stCPU
J6F48AV Intel Xeon E5-2670v3 2.3 2133 12C 2ndCPU
G8X43AV 128GB DDR4-2133 (4x32GB) 2CPU Load Reduced Registered RAM
J1P92AV NVIDIA Quadro K420 1GB DL-DVI(I)+DP 1st No cables included Graphics
J3J84AV 1TB SATA 1st SSD
J3J99AV 4TB 7200 RPM SATA 2nd Hard Drive
J3K20AV 4TB 7200 RPM SATA 3rd Hard Drive
J3K40AV 4TB 7200 RPM SATA 4th Hard Drive

Ding is alweer twee jaar oud en hoewel ik qua rekenkracht veel had verwacht blijk je met de xeons toch een beetje achter de feiten aan te lopen 8)7
Kijk, nu zien we waar de bottleneck in je rekenserver zit: de Quadro K420 1gb vertraagd je mooie server als dikke stront door een trechter!!!

Met 2 xeons van 12 cores en totaal 48 threads, en 128 gb ram, kun je beter eerst de quadro K420 vervangen voor iets veel beters...ik neem aan dat je met een moederbord met 2 sockets ook minimaal 2x videokaartsloten hebt?

Mijn advies: koop voor het geld eerst eens (1 of 2) redelijke degelijke (quadro) kaarten voor de huidige server!!! :D
Het is echt geld wegsmijten om zoveel potentiële rekenkracht links te laten liggen. O-)

Wanneer je niet zoveel wil rommelen aan de server, kun je er bijvoorbeeld 1 of 2x een quadro P5000 of p6000 inzetten van ongeveer 2000 euro. Dit zijn servergrade gpu's die je server geen instabiliteit opleverde....alleen ff de drivers updaten en klaar...

Dan hou je nog 10000 euro over voor een rekenmachine ernaast...

[ Voor 4% gewijzigd door DeArmeStudent op 05-10-2017 21:28 ]


  • BoltYes
  • Registratie: Januari 2014
  • Laatst online: 22-11 19:49

BoltYes

This is the Way

Topicstarter
@DeArmeStudent Die Quadro was inderdaad een foutje en hebben we vervangen met een EVGA GTX 1080. Twee kaarten was door de geringe ruimte ondanks een beschikbare PCIe slot niet mogelijk.

De case voor de build moet dus wel voldoende ruimte hebben om de kaarten te kunnen plaatsen :Y

¯\_(ツ)_/¯


  • DeArmeStudent
  • Registratie: December 2003
  • Laatst online: 03-05-2024
BoltYes schreef op donderdag 5 oktober 2017 @ 21:31:
@DeArmeStudent Die Quadro was inderdaad een foutje en hebben we vervangen met een EVGA GTX 1080. Twee kaarten was door de geringe ruimte ondanks een beschikbare PCIe slot niet mogelijk.

De case voor de build moet dus wel voldoende ruimte hebben om de kaarten te kunnen plaatsen :Y
Dan had ik eerder voor een andere server gpu (quadro) gekozen, voor stabiliteit en virtualisatie, maar ok.

Bekijk dit eens:

https://www.google.nl/url...Vaw1KVAKwI-oLINlt_zc1IG9y
http://www.yasara.org/benchmarks.htm
http://www.yasara.org/gpu.htm

Hieruit blijkt dat een hogere kloksnelheid meer oplevert... en de 5960 heeft ook geen hoge baseclock terwijl je niet wil gaan overklokken....

kijk ook even naar dit filmpje:
YouTube: $300 CPU Beats $4000 CPU?? - Cores vs clockspeed for video encoding

Hoewel het over videoencoding gaat, is meer cores niet altijd beter...maar is virtualisatie niet wat voor je oudere server?
Sissors schreef op donderdag 5 oktober 2017 @ 15:46:
[...]

Als je de Tweakers benchmarks bekijkt rent bij sommige benchmarks die Intel toch echt rondjes rond de Threadripper. Oké dat is overdreven, maar wel echt significant sneller. En dat voor +/- 10% op de totaalprijs lijkt me geen heel vreemd idee om te overwegen.
Maar voor de topicposter is de i9 die jij noemt, met een lage basisclock ook niet zo geschikt...

Om een lang verhaal kort te maken: hoe kritiek in de data waarmee je werkt? Mogen er foutjes in zitten?

[ Voor 47% gewijzigd door DeArmeStudent op 05-10-2017 23:55 ]


  • maratropa
  • Registratie: Maart 2000
  • Niet online
@BoltYes dus de softeware schaalt niet superlekker op veel cores; maar kun je wat zeggen over waar de grens ligt? Er is zo veel keuze in cpu's op dit moment, zoals @DeArmeStudent zegt, als het liever een beperkt aantal cores heeft en zo veel mogelijk mhz dan hoeft die genoemde i7 niet meteen de beste keuze te zijn, los van dat je hier toch wel aan ecc denkt..

xeon w2135 6 core 3,7ghz allcore
xeon w2145 8 core 3,7ghz allcore

zijn interessante single socket xeons en

xeon gold 6134 8 core 3,7ghz allcore
xeon gold 6136 12 core 3,6ghz allcore
xeon gold 6144 8 core 4,1ghz allcore
xeon gold 6146 12 core 3,9ghz allcore
xeon gold 6154 18 core 3,7ghz allcore

zijn ook interessant. (qua hoge allcore turbo dus. met avx mogelijk lager)

Maar de nieuwste i9's hebben ook redelijk hoge baseclocks: Wikipedia: List of Intel Core i9 microprocessors

i9 7800x 10 core doet allcore 4ghz

Threadripper 1950x is allround ook een prima cpu, relatief goedkoop én schijnt ecc aan te kunnen. Maarja als je niet test dan weet je niet hoe de software op de amd cores draait..

[ Voor 5% gewijzigd door maratropa op 06-10-2017 11:20 ]

specs


  • Navi
  • Registratie: Maart 2007
  • Niet online
Excuus maar vind het maar een beetje vreemd verhaal, een leek zoals jij gaat 13K uitgeven aan een systeem terwijl je totaal geen kaas hebt gegeten van hardware?

Die Xeons die je hebt zijn beesten van CPU's (en juist uitermate geschikt) en dan kom je zelf met een mindere end of life cpu aan (5960x)?

Ook de rest van je build, zelfbouw gebaseerd op consumenten hardware? Dit is echt gedoemd een enorm fiasco te worden.

Als je een stabiel snel systeem wilt wat niet bij de eerste 10 min crunchen oververhit raakt, schaf gewoon een fatsoenlijke dell/hp workstation aan met intel scalable cpus, ecc ram en quadro cpus. ( eventueel consumenten gpus is soms nog acceptabel, wel blower koelers nemen)

De nieuwe dell precision 7920 is volgens mij ideaal voor jouw toepassing, zijn net released. Vergelijkbare machine van HPE is de Z8, maar die is pas in november bestelbaar.

Zeker met zo'n budget is dat echt de beste optie.

[ Voor 14% gewijzigd door Navi op 06-10-2017 22:01 ]


  • Megamind
  • Registratie: Augustus 2002
  • Laatst online: 10-09 22:45
Voordat je zoveel geld gaat uitgeven aan theoretisch beter systeem misschien even met de leverancier van software kortsluiten, die kunnen vast wel vertellen wat de beste componenten zijn.

  • BoltYes
  • Registratie: Januari 2014
  • Laatst online: 22-11 19:49

BoltYes

This is the Way

Topicstarter
Ja, dat had ik ook al in gedachten. Het zal waarschijnlijk wel een compromis gaan worden, aangezien er meerdere types software gebruikt gaan worden en alleen yasara zich bezig houdt met benchmarks en aanbevelingen geeft mbt cpu, gpu combinaties voor een proces wat we in mindere mate gaan gebruiken.

Helaas is de collega die veel kennis heeft over de combinatie van processen die we willen gebruiken op de machine in augustus vertrokken en mailverkeer verloopt wat minder vlot dan ik zou willen.

De enige geluiden die ik hoor vanuit m'n afdeling is veel ram en hoge kloksnelheid :+

@Navi De reden dat ik een topic zoals deze open is voor reactie's zoals die van jou. De algehele teneur is wat ik hoor van de mensen die met het systeem gaan werken, en hun wensen wat inderdaad neer komt op consumenten componenten.

Het vorige systeem heb ik met alleen de eisen 24 cores en 128 gb ram met een 1 TB ssd bij de leverancier neergelegd waarmee we op de Z640 zijn uitgekomen. Het enige punt was de GPU, maar het initiële gebruik voor de server was ook niet gebaseerd op de werkzaamheden die we langzamerhand wel op deze server zijn gaan uitvoeren. Zodoende heb ik er op verzoek een GTX1080 ingezet om zo toch het werk met bijvoorbeeld yasara te kunnen faciliteren. We hebben nu geld voor een dedicated systeem die dus niet de server functie zal krijgen en vandaar het iets andere wensenlijstje.

Dus de vraag is, welke intel cpu's en welke quadro kaarten?? Als ik namelijk in de publicaties duik dan kom je vaker uit op onderzoeksgroepen die primair gericht zijn computational chemistry en systemen met 4x NVIDIA Tesla K80's hebben staan. Budgettechnisch is een dergelijke setup niet haalbaar, bovendien willen we een systeem wat meerdere taken en niet mega gespecialiseerd is.

De refinement van kristallografiedatasets is bijvoorbeeld één van de taken die we momenteel her en der op iMac pro's uitvoeren en willen verplaatsen naar de cruncher, zodat we remote een proces kunnen inzetten vanaf de vele goedkope desktops die hier voornamelijk gebruikt worden.

¯\_(ツ)_/¯


  • maratropa
  • Registratie: Maart 2000
  • Niet online
Het probleem met bijv die 2670's is dat ze allcore op 2,6ghz lopen, het komt op mij over dat de software weinig baat heeft bij erg veel cores en iig ook erg gevoelig is voor mhz.

Er is op zich helemaal niks mis met het rekenen op een i7, mits goed geconfigureerd en gekoeld. Door de hoge clocks, overclockbaarheid en bijv hogere geheugen snelheid kan het zelfs heel veel voordeel hebben.

Alleen zit je met het gebrek aan ECC, als de berekeningen langer worden en het ram gebruik groter is de kans op bit-flips ook groter en dat lijkt me mogelijk onwenselijk? Ik zie dus niet in waarom je niet voor een gechikte xeon met ecc zou gaan.

Punt is dat zolang jij niet goed weet waar het optimum qua cores ligt, het lastig kiezen is..keuze genoeg, zolang je maar iets pakt met een beetje mhz op alle cores.

Bij gpu's heb je hetzelfde issue, game gpu's missen ECC wat mogelijk bij zwaardere langere berekeingen issues kan geven. Maar als je al goeie ervaringen hebt met een 1080 zou ik daar mee beginnen. De meerprijzen voor een p5000 of een p6000 (ecc op vram) zijn gigantisch, dat moet het wel waard zijn. gp100 (ecc op dram en vram) lijkt me wat uit balans met dit budget..

Xeon W's hebben 4 kanelen ram, de gold's etc 6 kanelen, mogelijk kan dat voor berekeningen ook van invloed zijn.

Echt veel 3647 mobo's (voor de gold xeons) staan er nog niet in de pricewatch maar bijv. zo'n supermicro zou geschikt zijn: pricewatch: Supermicro X11SPL-F

specs


  • init6
  • Registratie: Mei 2012
  • Niet online
Waarom ga je niet naar een rekencentrum met je workload?

  • DeArmeStudent
  • Registratie: December 2003
  • Laatst online: 03-05-2024
Er zijn heel veel vragen die nog niet beantwoord zijn en voor een groot budget van 10000+ euro, zijn er veel vragen:

Het wordt dus geen server, maar wel een dedicated 'reken'machine...voor mogelijk meerdere taken...

Hoeveel mensen gaan er gebruik van maken en hoe gaan ze dit aansturen?

Heb je plannen om in de toekomst om de workload te verdelen door virtual machines erop te draaien?

Zo niet:
Hoe goed schaalt deze software op met multiple gpu? Folding@home schaalt ook bijvoorbeeld goed...is het een idee om dit een keer te testen? Ook op AMD kaarten? Ff een medetwerker vragen of je ff een test mag draaien op een miner-machine?

Want er zijn nu nog zoveel mogelijkheden dat het moeilijk is om een goed advies te geven.

Verder: de informatie op de websites is al oud...

Waarom ga je geen rondje bellen naar de makers van yasara en desmond software makers...

[ Voor 6% gewijzigd door DeArmeStudent op 07-10-2017 13:36 ]


  • Navi
  • Registratie: Maart 2007
  • Niet online
Mocht je overigens toch zelf willen bouwen, of meer vrijheid qua keuze van componenten, doe het dan op zijn minst op basis van een barebone. (kast, voeding, koeling, mobo)

Dit is bv een mooi workstation geschikt voor meerdere GPU's:
https://www.supermicro.nl...U/7049/SYS-7049GP-TRT.cfm

Prijs is rond de 2100 ex, daarna zelf 1 of 2 cpu's, RAM (let op compatibility lijst), storage en GPU's (blower style koeling nemen) toevoegen naar wens.

Dan weet je in ieder geval dat de basis goed is!

[ Voor 16% gewijzigd door Navi op 07-10-2017 13:43 ]


  • Rrob
  • Registratie: Augustus 2005
  • Laatst online: 16:52
YASARA uses the GPU to calculate the non-bonded interactions (Van der Waals and real-space Coulomb forces), all the rest (PME, bonded intraactions, NMR restraints…) is done by the CPU. This approach has a few advantages:

The CPU's power is not wasted by letting it run idle, especially since some tasks are better handled by the CPU (the GPU architecture is quite different).
Complicated algorithms developed over the past decades don't have to be rewritten for the GPU and are immediately available (knowledge- based force fields for protein refinement, NMR restraints…)
Macros that interact with the simulation (steered MD etc.) work unchanged.

The only real disadvantage is that you cannot upgrade an old computer by inserting a top graphics card. Instead, the power of the CPU must match the GPU - but having a fast CPU for everyday work is not really a disadvantage at all.

Recommended CPUs:

To keep the GPU busy, a fast CPU is required. Depending on your budget, we recommend the Intel Core i7 6700K, 7700K (socket 1151), 7800X, 7820X or 7900X (socket 2066) (ordered from slowest to fastest). The processors are unlocked, you can easily clock them higher in the BIOS. Intel's giant Xeons with huge caches and up to 20 cores are less attractive, because they combine a significantly higher price tag with a low clock frequency, that is even throttled further down when using high performance AVX code (like YASARA does). AMD has recently released the new Ryzen CPUs, which look very promising. We are currently waiting for the 16 core Ryzen Threadripper to test this CPU ourselves and post a recommendation.
OMG die site is echt uit 1998 :) http://www.yasara.org/gpu.htm

TL DR:

De software voert sommige berekeningen uit op de gpu en sommige op de cpu en kloksnelheid is belangrijker dan cores, maar niet helemaal want een 7900X is beter dan een 7700K.

Ze zeggen zelf dat een 7900X de beste processor is en je heb zat budget dus kies een 7900X zou ik zeggen!

Desmond draait op GPu's dus hang er 4x 1080Ti (desnoods met 2 voedingen)

van gold kon ik de system requirements niet vinden

dit moederbord heeft plaats voor 4 dubbel slots gpu's pricewatch: MSI X299 XPower Gaming AC

Je moet alleen even goed uitzoeken hoe het met de turbo van deze processoren zit (op hoeveel cores de turbo werkt) want mogelijk is een 7820x beter dan een 7900x ivm de hogere (basis) kloksnelheid

  • BoltYes
  • Registratie: Januari 2014
  • Laatst online: 22-11 19:49

BoltYes

This is the Way

Topicstarter
Bedankt allemaal voor het meedenken, heb nu redelijk voor ogen hoe ik de computer ga samenstellen. Ik laat een offerte samen stellen door onze leverancier en zal later de voorlopige setup hier posten. :)

De basis zal in ieder geval een professioneel platform worden ;)

[ Voor 14% gewijzigd door BoltYes op 08-10-2017 22:56 ]

¯\_(ツ)_/¯


  • BoltYes
  • Registratie: Januari 2014
  • Laatst online: 22-11 19:49

BoltYes

This is the Way

Topicstarter
Zo na even wat stilte de kast samen gesteld met de volgende onderdelen:

#ProductPrijsSubtotaal
1Intel Core i9-7900X (Boxed)€ 929,-€ 929,-
1Asus Prime X299-A€ 270,50€ 270,50
2Gigabyte Aorus GeForce GTX 1080 Ti Waterforce Xtreme Edition€ 939,-€ 1.878,-
2WD Black (2016, SATA-600), 6TB€ 345,-€ 690,-
1Lian Li PC-A75X€ 195,-€ 195,-
1Intel Liquid Cooling Solution TS13X€ 75,50€ 75,50
8Samsung M378A2K43CB1-CRC€ 164,51€ 1.316,08
1FSP Aurum PT 1200W€ 222,49€ 222,49
2Samsung 960 Pro 2TB€ 1.074,-€ 2.148,-
Bekijk collectie
Importeer producten
Totaal€ 7.724,57


Niet volledig alles naar eigen wens, maar ivm certificering van de onderdelen toch wat concessies moeten doen. De GPU's vielen daar ook buiten en hebben we apart besteld. Twee dikke kaarten, waarvan er één tegen de andere blaast, dat leek ons niet een goed idee, dus hebben we met een AIO koeler oplossing besteld. Dat drie keer een AIO ruimte technisch in een kast niet top is, dat hebben we geweten, maar na de HDD kooi voorzien te hebben van wat extra gaten hebben we ze daar aan vast gezet.

Let op dit is een foto voordat we kabelmanagement hebben gedaan, maar om een beetje een idee te krijgen.
Afbeeldingslocatie: https://i.imgur.com/nEiDawS.jpg

Vandaag voor het eerst gestart en een poging gedaan om een linux distributie erop te krijgen. Erg leuk als de nouveau drivers de GPU's niet ondersteunen en je geen onboard graphics hebt. Inmiddels wat wijzer en weten we hoe je dit kunt omzeilen, maar middels een andere GPU die wel ondersteund werd toch linux kunnen installeren. Morgen CUDA en de NVIDIA drivers installeren en dan gaan we kijken hoe de temperatuur oploopt onder hoge belasting. Kunnen nog 3 fans monteren in het systeem om de warmte de kast uit te krijgen. Als alles ruim binnen de marges valt dan is overklokken zeker iets wat we willen gaan doen.

Bij het opstarten komt een hele kerstboom aan kleuren je tegemoet, geinig, maar het is een dichte case :+

Meer foto's volgen later...

¯\_(ツ)_/¯


  • franssie
  • Registratie: Februari 2000
  • Nu online

franssie

Save the albatross

Wel een mooi beest! Kan je wel leuke simulaties mee draaien.

franssie.bsky.social | 🎸 Niets is zo permanent als een tijdelijke oplossing | Een goed probleem komt nooit alleen | Gibson guitar Fender Guitar God Damn Guitar


  • Sweatleek
  • Registratie: Maart 2016
  • Laatst online: 24-11 17:18

Sweatleek

404: Member Not Found

BoltYes schreef op woensdag 29 november 2017 @ 23:38:
Zo na even wat stilte de kast samen gesteld met de volgende onderdelen:
Let op dit is een foto voordat we kabelmanagement hebben gedaan, maar om een beetje een idee te krijgen.
[afbeelding]
Meer foto's zijn altijd welkom :9

[ Voor 15% gewijzigd door Sweatleek op 30-11-2017 14:35 ]

confused reality


  • BoltYes
  • Registratie: Januari 2014
  • Laatst online: 22-11 19:49

BoltYes

This is the Way

Topicstarter
U vraagt, wij draaien :)

Het systeem klaar voor gebruik.
Afbeeldingslocatie: https://i.imgur.com/uDMmIGK.jpg

Met de Quadro aan de slag linux aan de praat te krijgen. Afbeeldingslocatie: https://i.imgur.com/3JN0Pmk.jpg

Helaas niet de manier en of het nou aan de kaart lag, of aan dat de GTX kaarten nog geïnstalleerd waren, maar de boel verwijderd en linux kunnen installeren middels een simpele GT kaart.
Afbeeldingslocatie: https://i.imgur.com/a3iiBqd.jpg

Vandaag CUDA en de juiste NVIDIA drivers kunnen installeren. We gaan nu het systeem eerst inrichten voor de gebruikers, dan benchmarken/stresstests doen om te kijken of alles lekker werkt :)

¯\_(ツ)_/¯


  • Blue-eagle
  • Registratie: September 2000
  • Niet online
Heb je met zoveel data niet heel veel baat bij SSD's? Met zo'n budget zou je een flink aantal 1TB SSD's erin kunnen hangen. Data lezen en schrijven gaat dan zoveel sneller. Mogelijk minder interessant bij grote bestanden ;)

Maar mooi systeem zo, zeg. Meer foto's zijn altijd leuk :D

  • The Eagle
  • Registratie: Januari 2002
  • Laatst online: 18:23

The Eagle

I wear my sunglasses at night

Ik snap serieus niet waarom bij dit soort business cases niet aan cloud oplossingen wordt gedacht. Schaalt als een dolle en voor dat budget kun je een hoop doen :)
Verder heeft Amazon ook gewoon GPU servertjes in het aanbod zitten, dus ook daar zie ik het issue niet zo.

Is dat uberhaupt overwogen? Of zat je dan met een uplink naar de backend te kijken?

Al is het nieuws nog zo slecht, het wordt leuker als je het op zijn Brabants zegt :)


  • Bonsaiboom
  • Registratie: December 2009
  • Laatst online: 10-10 21:51
Dat kan de kleinschaligheidsinvesteringsaftrek zijn, het feit dat je een eigen omgeving hebt waar je geen variabele kosten bij hebt en dus wat losser kan proberen om zaken te leren, dat het fijn kan zijn om een kleinere afstand te hebben tussen hardware en jouw software...

Maar ja, vaak zijn cloud oplossingen kosteneffectiever

  • BoltYes
  • Registratie: Januari 2014
  • Laatst online: 22-11 19:49

BoltYes

This is the Way

Topicstarter
De datasets die erin gaan zijn tot 30 gb groot. Gaat prima op de 2TB SSD's die direct via m.2 op het moederbord zitten. Kort parkeren van de data doen we op de machine zelf op de 6TB HDD's en langere opslag gaat plaats vinden op het netwerk.

We hebben centraal wel toegang tot meer geavanceerdere apparatuur, alleen kan je sudo rechten wel vergeten en laat da nou net handig zijn om de software goed te integreren(compileren) in linux zodat het lekker werkt.

¯\_(ツ)_/¯


  • The Eagle
  • Registratie: Januari 2002
  • Laatst online: 18:23

The Eagle

I wear my sunglasses at night

Ah, dit is gewoon een de entrale testbench en geen productie. Dan snap ik idd het lokale karakter wat beter :)

Al is het nieuws nog zo slecht, het wordt leuker als je het op zijn Brabants zegt :)

Pagina: 1