Laptop voor (medisch) onderzoek

[Pixeltje]

Mijn vriendin heeft een nieuwe laptop nodig, onder andere omdat de huidige Sony (6+ jaar oud) uit zijn scharnieren is gebroken. Omdat ze inmiddels de wondere wereld van medisch onderzoek in is gedoken vragen we ons af of er laptops zijn die wél portable blijven maar ook krachtig genoeg zijn om een aantal specifieke programma's te draaien.

Om dat verhaal een beetje te stroomlijnen heeft ze een paar wensen kenbaar gemaakt:

• Budget 'rond de 1000 euro'*
• Portable**
• Schermformaat minimaal 13", maximaal 15.6"
• Geschikt voor specifieke software

* Budget is een keuze, en een korte zoektocht leert dat 1000 euro waarschijnlijk onvoldoende is omdat de programma's die ze wil draaien kennelijk een serieuze machine vereisen. In dat licht is een meerprijs ook te verantwoorden, maar ze is niet van plan om meer dan 1300 euro uit te geven.
** Portable wil zeggen dat ze het ding elke dag mee naar werk sleept en met enige regelmaat ook in haar rugzak steekt als ze naar Nederland komt. Vandaar ook het schermformaat beperkt tot 15.6", bij voorkeur een kleinere laptop dan dat.

Relevante software
Van de gebruikte software zouden onderstaande programma's maatgevend zijn;

• uCT software
• IBM SPSS
• Graphpad Prism

Edit: De lijst met CT-software van Bruker:

• CTan
• CTvol
• NRecon
• Dataviewer

SPSS is een pakket voor analyse van statistische berekeningen/gegevens, Graphpad Prism is voor zover ik dat begrijp een alternatief pakket waar ook nog wat hippe visualisaties mee te maken zijn. De software die gebruikt wordt om beelden van de uCT te verwerken schijnt de zwaarste wissel op de hardware te trekken, de precieze systeemeisen probeer ik nog achter te komen.

Wat een beetje vervelend is, is dat voor deze pakketten op de website van de leveranciers geen systeemeisen worden aangegeven. Ik kan daarom weinig zinnigs zeggen over de specifieke eisen van de software, maar:

Een lab-technician heeft een laptop gekocht waar hij min of meer dezelfde programma's mee draait, en die voldoet kennelijk uitstekend. De laptop in kwestie is een MSI GE62 Apache Pro , deze uitvoering beschikt over een Core i7-6700HQ, 16GB DDR3L geheugen en een SSD+HDD combinatie. Kers op de taart is dan een GTX970m videokaart. Op zich een keurige configuratie maar niet bepaald een onopvallende laptop en met 2.4kg zeker niet eentje die je elke dag meeneemt.

Maar * Pixeltje , heb je zelf al gezocht?

Jazeker! In de Pricewatch heb ik me uitgeleefd met wat filters, en er zijn veel laptops beschikbaar die voldoen aan:

• 13-15" scherm
• 16GB geheugen
• Core i7 processor
• QWERTY toetsenbordindeling
• SSD

Drie voorbeelden:
Asus Zenbook Flip UX370
Deze laptop heeft een recente processor, is voorzien van een fHD 13.3"scherm en met 1.1 kg serieus licht in mijn ogen. Toch 16GB DDR4 geheugen erin en een 512Gb SSD. Nadeel is dat dit een 'flip' model is, wat niet perse noodzakelijk is. Ik ga er van uit dat het touchscreen gedeelte wel uit te schakelen is maar je betaald voor een functie die niet gebruikt wordt. Zonde toch? Daarnaast heeft deze laptop alleen USB-C aansluitingen en het zijn er maar 2. Tot slot kost het ding nog ruim 1600 euro ook, dus wat dat betreft ver boven budget.

Toshiba Tecra A40
Deze 14" laptop lijkt wat ouder, en is met bijna 2kg ook zwaarder. Voor 1423 euro krijg je wel een fHD scherm, 16GB (DDR3?) geheugen, een vorige-gen i7 processor en 256GB SSD. Komt wel met normale USB poorten.

Asus VivoBook R55
Laat ik de eisen iets zakken (i7 inruilen voor een i5) dan komt deze Asus naar boven, processor, geheugen en zelfs dedicated GPU lijken in orde, maar met 2.3kg bepaald geen lichtgewicht.

Kortom; Is wat ik zoek voor mijn vriendin niet te realiseren of zie ik iets essentieels over het hoofd? Als de eisen die ze stelt niet te realiseren zijn binnen dit budget (incl. wat uitloop) kan ik dat aangeven en kijken of ze bereid is om nog wat harder aan haar bankpas te schudden. Alternatief is om voor 1000 euro 'gewoon' een vlotte 13,3" laptop te kopen met gezonde specs, maar ook in dat segment is met een i5 en 16gb geheugen niets te vinden, met uitzondering van een Toshiba Portégé van 1400 euro?

Suggesties zijn meer dan welkom

[ Voor 3% gewijzigd door Pixeltje op 29-09-2017 08:46 ]

[GrowMyHair]

Is statistiek wel zo intensief voor je processor? Ik neem aan dat het gaat om gemiddelde, variantie, p-waarde en dat soort berekeningen. Lijkt met niet zo super zwaar voor een moderne computer dat je daar een dikke processor en videokaart voor nodig hebt. Of zit ze steeds te rekenen met miljoenen data punten?

Op mijn bescheiden i5 4300u bereken ik in 0.2 seconden 100 keer een ttest over 100000 datapunten. Dat dit met een core i7 wellicht in 0.1 seconden gaat lijkt me niet zo van belang. Wellicht de moeite waard om tijdens intensief gebruik de task manager van de lab technician te bekijken om te bepalen of de machine inderdaad maximaal gebruikt wordt.

Ik zou focussen op stevigheid, mobiliteit, prettig scherm en toetsenbord. En eventueel de mogelijkheid RAM en SSD te upgraden.

[superduper]

Ik weet niet waar je vriendin werkt, maar het is geen goed idee om medische data te gaan verwerken op je (prive) laptop. Wordt het een werk laptop dan zal de werkgever types kunnen aanbieden die ze ook ondersteunen en managen zodat de data beschermt is.

Een beetje statistiek is goed te doen op algemene laptops. Werken met serieuze imaging data eigenlijk helemaal niet op laptops. Tenzij externe opslag en een heel goed scherm, en de meeste processing op een stevig workstation.

Ik denk dus dat je met alle drie de laptops prima uit de voeten zal kunnen. Je zal toch het meeste licht werk doen (statistiek, office, mail etc). Op het werk zal je de grotere taken uitvoeren op andere hardware (hoop ik).

[Pixeltje]

@superduper Ja, dat is helemaal waar, in dit geval gaat het om onderzoek waar geen persoonsgegevens bij betrokken zijn (lees: geen onderzoek op, met of van mensen). Omdat het haar eigen onderzoek is mag die data dus op haar privécomputer verwerkt worden. Worst-case scenario is dat iemand anders er met haar onderzoek vandoor gaat mocht er iets met die laptop gebeuren, maar dat geldt in basis ook voor de computer die op werk staat, in een 'vrij' toegankelijk kantoor.

@GrowMyHair
De data bestaat uit X-ray afbeeldingen uit een uCT scanner die een object ronddraait en daar heel veel x-rays van neemt. Die foto's worden vervolgens aan elkaar gebouwd tot een soort 3D x-ray. Dat is waar de load ook vandaan komt, want het programma om die te viewen is nogal resource heavy kennelijk.

In eerste instantie heeft ze het me verkeerd toegelicht, dat is waarom er vóór mijn edit stond dat de statistiekprogramma's zwaar zouden zijn, maar de software die bij de uCT hoor is kennelijk vrij heftig.

[Spanky79]

Medische beeldverwerking is volgens mij aardig pittig, maar wat er exact voor nodig is weet ik niet. Kan me voorstellen dat er ook wel wat renderwerk in zit, als de software van zeg 1000 losse foto's een 3d model moet bouwen en interpoleren. Dus ik zou nog even de website van de leverancier van die software bezoeken en eens vragen bij hun support waar je op moet letten. kan zijn dat ze een rendering videokaart aanraden (quadro oid) of juist zo veel mogelijk ram.

Voor statistiek, ook zwaardere bewerkingen zoals het bouwen modellen is een standaard laptop voldoende. Je wacht hoogstens een paar seconden. Dus daar hoef je het niet voor te doen.

[Tommie12]

Kijk zeker naar draagbaarheid!
Groter dan 14' mag je zeker niet gaan.

Ik heb een Lenovo X1 Carbon van de baas. Je vraag je regelmatig af of die wel in je zak zit.
Topmachine voor de rest, maar misschien iets boven je budget.

[KDL]

over CT-verwerkingssoftware,
niet alle codes zijn zo geschreven dat je GPU al het rekenwerk doet, sommige zijn juist zwaarder voor CPU, wat je als ICTer niet zou verwachten, misschien heeft het te maken dat de simpele desktops alsnog ook wel met igp het kunnen oplossen..

Heb je meer info over de CT software die je uCT noemt? microCT denk ik. fabrikant etc..

[Pixeltje]

@KDL Jazeker, inmiddels weet ik dat de software die gebruikt wordt voor de microCT van Bruker is:
- CTan
- CTvol
- NRecon
- Dataviewer

Dus ik heb de website van Bruker uitgeplozen, handleiding gelezen en overal gezocht waar ik op kon komen, maar geen system requirements. Het enige dat ik kon vinden is dat de programma's hongerig naar geheugen zijn, dus dat zonder meer een 64bit systeem met meer dan 12GB geheugen wordt aangeraden. Nu was ik dat toch al van plan, dus eigenlijk helpt me dat niet zo veel verder.

[Spanky79]

Pixeltje schreef op vrijdag 29 september 2017 @ 08:45:
@KDL Jazeker, inmiddels weet ik dat de software die gebruikt wordt voor de microCT van Bruker is:
- CTan
- CTvol
- NRecon
- Dataviewer

Dus ik heb de website van Bruker uitgeplozen, handleiding gelezen en overal gezocht waar ik op kon komen, maar geen system requirements. Het enige dat ik kon vinden is dat de programma's hongerig naar geheugen zijn, dus dat zonder meer een 64bit systeem met meer dan 12GB geheugen wordt aangeraden. Nu was ik dat toch al van plan, dus eigenlijk helpt me dat niet zo veel verder.

Ze hebben een supportafdeling. Mailen dus. Ik vermoed dat enige rendering en vermogen daartoe handig zijn.

[KDL]

Pixeltje schreef op vrijdag 29 september 2017 @ 08:45:
@KDL Jazeker, inmiddels weet ik dat de software die gebruikt wordt voor de microCT van Bruker is:

Volgens mij gebruikten ze dat destijds bij unige, zal eens een mail eruit gooien naar iemand waarvan ik wel weet dat hij de specificaties opgevraagd zou hebben.. wat je dus ook zelf kunt doen eventueel is mailen naar bruker info

[Pixeltje]

Dat zou super zijn. De mail naar Bruker is ongeveer gelijk met het maken van dit topic verzonden maar so far geen reactie.

[Pixeltje]

Hmm, Quest ended i guess, ik heb contact gehad met Bruker en daar te woord gestaan door een vriendelijke jongenman die me kon vertellen dat voornamelijk het programma om van 6000 afbeeldingen één 3D model te maken nogal zwaar op de hardware leunt. Hij geeft aan dat in principe elke laptop dit moet kunnen, het duurt alleen langer. Vereiste is dan wel dat er een Nvidia grafische kaart in zit, bij voorkeur eentje uit de Quadro serie.

Daar vervolgens naar gaan zoeken, maar in 13 of 14" is dat nauwelijks te krijgen, de laptops die er zijn werken dan vervolgens op last-gen hardware (intel 6000 serie bijvoorbeeld) en zijn erg duur. Dat is op zich logisch, want zoveel punch in een klein verpakking is niet goedkoop.

Voor nu maar even besloten dat we een laptop uitzoeken die vooral vlug en portable is, en het grafische werk van de uCT lekker uitbesteden aan de workstation die in het lab staat. (Dat is overigens een machine met een 6-core Xeon en 64Gb RAM heb ik van het weekend gezien, dus daar zit wel wat serieuze power in).

Bedankt voor jullie input!

[koentjuh1987]

voldoet een microsoft surface niet voor jouw vriendin? heeft ze toch de gemakken van een tablet maar de kracht van een laptop?
zeker die nieuwe surface pro 4 (wellicht nog ergens aan te schaffen met studentenkorting en dan heb je een mooie degelijk apparaat voor een prima prijs)

[Pixeltje]

koentjuh1987 schreef op dinsdag 3 oktober 2017 @ 07:30:
voldoet een microsoft surface niet voor jouw vriendin? heeft ze toch de gemakken van een tablet maar de kracht van een laptop?
zeker die nieuwe surface pro 4 (wellicht nog ergens aan te schaffen met studentenkorting en dan heb je een mooie degelijk apparaat voor een prima prijs)

Ja, we hebben die ook zien staan in een winkel en qua uiterlijk was ze vlug verkocht. Ik ben wat huiverig voor de constructie van die laptop want als er ooit iets mee is, kun je er zelf niets mee. Dat stoffen bovendeel is gelijmd en moet je dus helemaal kapot trekken voor je ergens bij kunt.

Nu we afgestapt zijn van het idee van een mobiel werkpaard is het mogelijk weer een optie, maar die repairability van 0 steekt mij nog wel.

[Spanky79]

Pixeltje schreef op dinsdag 3 oktober 2017 @ 07:27:
Hmm, Quest ended i guess, ik heb contact gehad met Bruker en daar te woord gestaan door een vriendelijke jongenman die me kon vertellen dat voornamelijk het programma om van 6000 afbeeldingen één 3D model te maken nogal zwaar op de hardware leunt. Hij geeft aan dat in principe elke laptop dit moet kunnen, het duurt alleen langer. Vereiste is dan wel dat er een Nvidia grafische kaart in zit, bij voorkeur eentje uit de Quadro serie.

Daar vervolgens naar gaan zoeken, maar in 13 of 14" is dat nauwelijks te krijgen, de laptops die er zijn werken dan vervolgens op last-gen hardware (intel 6000 serie bijvoorbeeld) en zijn erg duur. Dat is op zich logisch, want zoveel punch in een klein verpakking is niet goedkoop.

Voor nu maar even besloten dat we een laptop uitzoeken die vooral vlug en portable is, en het grafische werk van de uCT lekker uitbesteden aan de workstation die in het lab staat. (Dat is overigens een machine met een 6-core Xeon en 64Gb RAM heb ik van het weekend gezien, dus daar zit wel wat serieuze power in).

Bedankt voor jullie input!

Nou, dan is het makkelijker. Mij advies, koop gewoon en midrange laptopje. Het geld wt je uitspaart daarvan koop je volgende keer nog zo'n bakkie. Kun je hem 2x zo snel vervangen als het nodig is (ook fijn met schade) en ben je met wat mazzel goedkoper uit als zo'n laptop langer meegaat.

Voor wat surfen, typen en mailen is er eigenlijk niets bijzonders nodig. Ik heb laatst voor mijn vrouw een laptopje gekocht van 600 euro, voor dat geld is zij 4 jaar zoet.

[kdekker]

Pixeltje schreef op dinsdag 3 oktober 2017 @ 07:39:
[...]


Ja, we hebben die ook zien staan in een winkel en qua uiterlijk was ze vlug verkocht. Ik ben wat huiverig voor de constructie van die laptop want als er ooit iets mee is, kun je er zelf niets mee. Dat stoffen bovendeel is gelijmd en moet je dus helemaal kapot trekken voor je ergens bij kunt.

Nu we afgestapt zijn van het idee van een mobiel werkpaard is het mogelijk weer een optie, maar die repairability van 0 steekt mij nog wel.

En Surface Book (die heeft volgens mij een stoffen deel) is wat anders dan een Surface pro (die volgens mij geen stoffen deel heeft). De eerste is een laptop, de 2e een mix tussen tablet en laptop. Daardoor wel lekker klein, maar (mijn mening) (te) duur.

[Carnoustie]

Pixeltje schreef op dinsdag 3 oktober 2017 @ 07:27:
Voor nu maar even besloten dat we een laptop uitzoeken die vooral vlug en portable is, en het grafische werk van de uCT lekker uitbesteden aan de workstation die in het lab staat. (Dat is overigens een machine met een 6-core Xeon en 64Gb RAM heb ik van het weekend gezien, dus daar zit wel wat serieuze power in).

Dit dus, en dat is bij mijn weten ook "de standaard manier" bij onderzoek met veel/intensieve data. Je maakt dan voor visualisatie gewoon een filmpje van het "model" in een of ander simpel formaat en stopt dat in je presentaties op je laptop.

[begintmeta]

Pixeltje schreef op dinsdag 3 oktober 2017 @ 07:27:
...
Voor nu maar even besloten dat we een laptop uitzoeken die vooral vlug en portable is, en het grafische werk van de uCT lekker uitbesteden aan de workstation die in het lab staat. ...

Dat is inderdaad de gangbare aanpak, als het nodig is is altijd wel ergens serieuze rekenkracht beschikbaar, in een Laptop is dat en niet zinvol en vaak nieteens te realiseren.

Ik vind de 3:2 beeldverhouding van Surface-apparaten erg prettig.

[kdekker]

begintmeta schreef op woensdag 4 oktober 2017 @ 21:55:
[...]

Dat is inderdaad de gangbare aanpak, als het nodig is is altijd wel ergens serieuze rekenkracht beschikbaar, in een Laptop is dat en niet zinvol en vaak nieteens te realiseren.

Ik vind de 3:2 beeldverhouding van Surface-apparaten erg prettig.

Ik gok dat de leeftijd een rol speelt :-). Als je echt jong bent, dan weet je niet meer wat 3:2 was
Persoonlijk kan ik je prima volgen. Dat steeds maar breder en minder hoog is niet ideaal. De meeste mensen zijn toch meer verticaal dan horizontaal georiënteerd voor lezen (wellicht omdat je het papieren boek tijdperk nog hebt meegemaakt)?

[begintmeta]

kdekker schreef op donderdag 5 oktober 2017 @ 10:09:
[...]

Ik gok dat de leeftijd een rol speelt :-). Als je echt jong bent, dan weet je niet meer wat 3:2 was
Persoonlijk kan ik je prima volgen. Dat steeds maar breder en minder hoog is niet ideaal. De meeste mensen zijn toch meer verticaal dan horizontaal georiënteerd voor lezen (wellicht omdat je het papieren boek tijdperk nog hebt meegemaakt)?

Zou kunnen inderdaad, ik ben met 4:3-schermen opgegroeid... . Dat vind ik echter ook niet optimaal.

16:10 is ook nog steeds beter dan 16:9 (of nog breder) (tenminste voor mijn gebruik, en ik denk voor 'medisch onderzoeksgebruik in het algemeen'). Op de desktop heb ik 16:10. En bij een Surface Pro (of bij mijn desktopmonitoren) heb ik als het zinvol is ook de optie er eenvoudig 2:3 of 10:16 van te maken

[ Voor 5% gewijzigd door begintmeta op 05-10-2017 10:24 ]