Je haalt een aantal dingen door elkaar

X264 is een encoder welke video omzet naar H.264/MPEG-4 AVC. MKV is een container formaat, waar van alles in kan zitten qua audio, video en andere sporen (tracks): bijvoorbeeld een H.264 stream die is gecodeerd met x264

. ISO is een sector-op-sector kopie van een optische schijf.
Welk formaat 'het beste' is, hangt af van hoeveel tijd, opslagruimte en hoe je de informatie weer wilt afspelen. ISO is het meest puristisch formaat, aangezien je een 1-op-1 kopie hebt. Hierbij verlies je geen kwaliteit, maar wel een hoop opslagruimte. Daarnaast moet je afspeler ook begrijpen hoe je een DVD of een Blu-ray in ISO kan afspelen.
Plex bijvoorbeeld kan dat niet.
MKV is zoals gezegd een containerformaat, maar wel eentje waar je de sporen (tracks) van je DVD 1-op-1 in op kunt slaan. Je zou bijvoorbeeld alleen de hoofdfilm, met de DTS audiotrack en Nederlandse ondertiteling kunnen rippen. Dat kan wat schelen in opslagruimte.
MakeMKV vind ik daar handige software voor. MKV's worden door meer afspelers ondersteund (mits ze de audio/video track ook kunnen decoderen).
Als je film hebt geript in MKV, kun je ervoor kiezen om ze te hercoderen. Je ruilt beeld- en geluidskwaliteit in voor opslagruimte. Afhankelijk van hoe kieskeurig je bent, en van welke van de (honderden) parameters je tweakt kun je hier fors aan opslagruimte winnen, zonder al teveel in kwaliteit af te doen. Wat ik hier handige software voor vindt is
Handbrake. Deze heeft een aantal zinnige profielen (afhankelijk van het apparaat waar je het op wilt afspelen), zonder dat je de juiste parameters hoeft te kiezen. Afhankelijk van hoe snel je computer is, duurt het vaak 1-2x de duur van de film om deze te hercoderen, voor ongeveer 1/8 van de opslagruimte.
offtopic:
spuit 11, maar mijn reactie is langer

“You know what I've noticed Hobbes? Things don't bug you if you don't think about them. So from now on, I simply won't think about anything I don't like, and I'll be happy all the time!” | 宇多田ヒカル \o/