/u/386858/crop55b3a998c7cdc_cropped.png?f=community)
Achtergrond
Ik zit nu in mijn 2e Master Scheikunde aan de Universiteit Antwerpen. Voor mijn masterthesis en waarschijnlijk daaropvolgende doctoraatsstudie zal ik een studie doen naar chirale sulfoxides, die frequent voorkomen in geneesmiddelen zoals omeprazol. Voor deze studie zal gebruikt gemaakt worden van een resem chirale spectroscopische technieken zoals Vibrational Circular Dichroïsm, Raman Optical Activity en UV Circular Dichroïsm. Als deze technieken worden begeleid door kwantummechanische (Quantum Mechanical - QM) berekeningen om de spectra te voorspellen, die op zijn zachtst uitgedrukt niet licht zijn en een stevige workload met zich mee brengen. Om die reden gebeuren veel van de berekeningen op de CalcUA van de UA, maar omdat die door allerlei onderzoeksgroepen en departementen gedeeld wordt, is het interessant om ook zelf behoorlijk te kunnen rekenen.
Hoewel het systeem dus, zoals eerder aangegeven, nog niet direct zal aangeschaft worden, leek het mij een leuke denkoefening en mogelijk ook een goede inspiratiebron voor anderen, die op zoek zijn naar een soortgelijk systeem, om al eens na te denken over de configuratie.
Praktisch
Het betreft dus een workstation voor intensief rekenwerk. Er zullen verschillende QM-pakketten gebruikt worden, waaronder Gaussian, TURBOMOLE en Dalton. De parallellisatie hangt af van het rekenpakket, alsook de opties waarmee de berekeningen worden uitgevoerd. In de regel wordt er weinig gebruik gemaakt van GPGPU, al kan dit in de toekomst nog veranderen.
Als budget wordt er uitgegaan van €1500, dit inclusief randapparatuur. Het budget is echter vrij rekbaar indien er een grote toegevoegde waarde is.
Er zijn verder geen speciale eisen aan de apparatuur, maar stilte is wel een pluspunt. De PC zal vlak naast me op de bureau staan en heel de tijd een stofzuiger naast je hoofd is niet echt aangenaam. Bovendien zitten er nog andere mensen ook op de bureau, dus die worden liefst ook zo weinig mogelijk gestoord in hun werk.
Het wenslijstje
De onderdelen
Ik zit nu in mijn 2e Master Scheikunde aan de Universiteit Antwerpen. Voor mijn masterthesis en waarschijnlijk daaropvolgende doctoraatsstudie zal ik een studie doen naar chirale sulfoxides, die frequent voorkomen in geneesmiddelen zoals omeprazol. Voor deze studie zal gebruikt gemaakt worden van een resem chirale spectroscopische technieken zoals Vibrational Circular Dichroïsm, Raman Optical Activity en UV Circular Dichroïsm. Als deze technieken worden begeleid door kwantummechanische (Quantum Mechanical - QM) berekeningen om de spectra te voorspellen, die op zijn zachtst uitgedrukt niet licht zijn en een stevige workload met zich mee brengen. Om die reden gebeuren veel van de berekeningen op de CalcUA van de UA, maar omdat die door allerlei onderzoeksgroepen en departementen gedeeld wordt, is het interessant om ook zelf behoorlijk te kunnen rekenen.
Hoewel het systeem dus, zoals eerder aangegeven, nog niet direct zal aangeschaft worden, leek het mij een leuke denkoefening en mogelijk ook een goede inspiratiebron voor anderen, die op zoek zijn naar een soortgelijk systeem, om al eens na te denken over de configuratie.
Praktisch
Het betreft dus een workstation voor intensief rekenwerk. Er zullen verschillende QM-pakketten gebruikt worden, waaronder Gaussian, TURBOMOLE en Dalton. De parallellisatie hangt af van het rekenpakket, alsook de opties waarmee de berekeningen worden uitgevoerd. In de regel wordt er weinig gebruik gemaakt van GPGPU, al kan dit in de toekomst nog veranderen.
Als budget wordt er uitgegaan van €1500, dit inclusief randapparatuur. Het budget is echter vrij rekbaar indien er een grote toegevoegde waarde is.
Er zijn verder geen speciale eisen aan de apparatuur, maar stilte is wel een pluspunt. De PC zal vlak naast me op de bureau staan en heel de tijd een stofzuiger naast je hoofd is niet echt aangenaam. Bovendien zitten er nog andere mensen ook op de bureau, dus die worden liefst ook zo weinig mogelijk gestoord in hun werk.
Het wenslijstje
| # | Product | Prijs | Subtotaal |
| 1 | Intel Core i7 4930K Boxed | € 498,90 | € 498,90 |
| 1 | Asus P9-X79 | € 209,- | € 209,- |
| 1 | Asus EN210 SILENT/DI/1GD3/V2(LP) | € 24,99 | € 24,99 |
| 1 | Seagate Barracuda 7200.14 ST2000DM001, 2TB | € 73,50 | € 73,50 |
| 1 | Fractal Design Define R4 Arctic White | € 89,30 | € 89,30 |
| 1 | Dell Ultrasharp U2312HM Zwart | € 175,- | € 175,- |
| 1 | Microsoft Windows 8 NL OEM 32/64 bit | € 85,84 | € 85,84 |
| 1 | Corsair Hydro H80i | € 81,40 | € 81,40 |
| 1 | Logitech K200 Media Keyboard | € 18,50 | € 18,50 |
| 2 | Crucial Ballistix Sport BLS2C8G3D1609ES2LX0CEU | € 130,70 | € 261,40 |
| 1 | Samsung SH-224BB Zwart | € 14,90 | € 14,90 |
| 1 | Seasonic M12II 520W | € 55,- | € 55,- |
| 1 | Crucial 2.5" M500 240GB | € 134,- | € 134,- |
| Bekijk collectie Importeer producten | Totaal | € 1.721,73 | |
De onderdelen
- CPU: Het X79-platform leek me het meest geschikt gezien de zes cores en de overclockbaarheid van deze beest van een CPU. Ik twijfel echter of een Xeon van dezelfde lijn geschikter is i.v.m. de combinatie met ECC geheugen, al verlies ik dan wel de OC-mogelijkheden.
- CPU-koeler: mijn grootste punt van onzekerheid. De Ivy Bridge-E's willen graag lekker koel gehouden worden, wat denk ik wel gaat met deze koeler. Ik weet echter niet of vb. een Noctua DH-14 een betere keuze is qua koeling/geluid.
- Moederbord: Mooi bord zonder teveel boe of ba, maar met alle features die je kan nodig hebben.
- GPU: Aangezien deze alleen maar voor beeld gebruikt gaat worden en de Ivy Bridge-E's geen beschikking hebben tot een IGP, was dit basiskaartje een mooi exemplaar gezien het aantal aansluitingen (VGA, DVI en HDMI). Of zou ik toch ook DP moeten hebben?
- Behuizing: De R4 is een logische keuze voor zowat elk systeem, al heb ik als alternatieven al de Nanoxia Deep Silence en kasten van de Corsair Obsidian- en Carbide-lijn gezien
- HDD: standaard opslag voor de grotere bestanden
- SSD: 240GB laat het budget wel toe. Bovendien is de M500 voorzien van supercondensators, wat wel zo aangenaam is
- Voeding: efficiënte, kwaliteitsvolle voeding. Ik weet alleen niet of deze een overclock ook nog gaat trekken, al hangt er natuurlijk (nog) geen noemenswaardige GPU aan.
- Monitor: één U2312Hm is al fijn, maar fijner zou natuurlijk een 27" of 29" zijn om op te werken, of twee 23" monitoren. Hier ben ik ook nog niet echt uit
- RAM: Het Crucialsetje had een mooie €/GB. We beginnen met 32GB, mogelijk later uit te breiden naar 64GB indien nodig
- Toetsenbord en optisch station spreken voor zich, realiseer me net wel dat ik nog een muis vergeten ben
- OS zal Windows 8 of 7 worden, afhankelijk van wat de onderzoeksgroep of dat moment heeft. Waarschijnlijk zal ook een Linuxdistro gebruikt worden, maar dan in VirtualBox
Desktop: Intel i5 6600K | Asus Maximus Ranger VIII | MSI GTX980Ti | 16GB Kingston HyperX Fury | Corsair 450D | NZXT Kraken X61 | Seasonic M12II Evo 520W | Dell U3415W
Laptop: ASUS Zenbook Prime (UX31A-R4003H)
/u/4501/crop5bdb35c450e89.png?f=community)