Goeiedag
Ik ben momenteel bezig met verscheidene BioInformatica programmas werkend te krijgen op een Ubuntu 11.04.
Op een lokale server heb ik TomCat 5.5 geinstalleerd, met daarop het programma Opal2.
Nu wil ik graag een programma genaamd Emboss "deployen" in Opal2 zodat het van daaruit aanroepbaar is.
Het probleem waar ik bij aanloop is dat ik niet compleet zeker ben hoe dit moet.
Via een tutorial powerpoint heb ik geprobeerd om de OpenBabel service toe te voegen aan opal en dit is ook grotendeels gelukt. Ik zie de service in het overzicht verschijnen (zie hieronder).
Echter, wanneer ik dit programma wil gebruiken vanaf een andere computer, dan geeft hij permission denied foutmeldingen. Ik heb de ROOT map 777 permissies gegeven, maar omdat de host localhost is, zal dit waarschijnlijk de foutmelding veroorzaken.
Ik heb geprobeerd de host te veranderen dmv een alias in server.xml en toen dat niet lukte een tweede host aangemaakt en de DefaultHost ingesteld op het IP van deze computer, maar dat werkte ook niet. Ik kon wel naar http://ip:port surfen, maar van zodra ik dan naar de Opal2 directory ging en daar de Babel applicatie wou openen, dan zag ik dat hij nog steeds naar http://localhost:8080 linkte.
Ik heb de hele computer afgezocht naar configuratiefiles waar naar localhost gelinked wordt, talloze regels veranderd, maar toch wilt het niet werken.
Dus: Iemand enig idee waar mijn fout zit bij het installeren van Babel?
Bijkomend: Om de één of andere reden zat babel al in configs/babel_config.xml.
Het programma dat ik wil installeren, emboss, zit daar niet in.
Het lijkt me sterk dat nog niemand dit heeft gevraagd op het internet, maar ik lijkt het maar niet te vinden.
Heeft iemand hier misschien weet van?
Voor ikzelf ga beginnen prutsen met die configs, kunnen jullie me misschien verder helpen
Alvast bedankt
Speedzor
Ik ben momenteel bezig met verscheidene BioInformatica programmas werkend te krijgen op een Ubuntu 11.04.
Op een lokale server heb ik TomCat 5.5 geinstalleerd, met daarop het programma Opal2.
Nu wil ik graag een programma genaamd Emboss "deployen" in Opal2 zodat het van daaruit aanroepbaar is.
Het probleem waar ik bij aanloop is dat ik niet compleet zeker ben hoe dit moet.
Via een tutorial powerpoint heb ik geprobeerd om de OpenBabel service toe te voegen aan opal en dit is ook grotendeels gelukt. Ik zie de service in het overzicht verschijnen (zie hieronder).
code:
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
| And now... Some Services * AdminService (wsdl) o AdminService * BabelServicePort (wsdl) o getAppMetadata o getAppConfig o getSystemInfo o launchJob o launchJobBlocking o queryStatus o getJobStatistics o getOutputs o getOutputAsBase64ByName o destroy * Version (wsdl) o getVersion |
Echter, wanneer ik dit programma wil gebruiken vanaf een andere computer, dan geeft hij permission denied foutmeldingen. Ik heb de ROOT map 777 permissies gegeven, maar omdat de host localhost is, zal dit waarschijnlijk de foutmelding veroorzaken.
Ik heb geprobeerd de host te veranderen dmv een alias in server.xml en toen dat niet lukte een tweede host aangemaakt en de DefaultHost ingesteld op het IP van deze computer, maar dat werkte ook niet. Ik kon wel naar http://ip:port surfen, maar van zodra ik dan naar de Opal2 directory ging en daar de Babel applicatie wou openen, dan zag ik dat hij nog steeds naar http://localhost:8080 linkte.
Ik heb de hele computer afgezocht naar configuratiefiles waar naar localhost gelinked wordt, talloze regels veranderd, maar toch wilt het niet werken.
Dus: Iemand enig idee waar mijn fout zit bij het installeren van Babel?
Bijkomend: Om de één of andere reden zat babel al in configs/babel_config.xml.
Het programma dat ik wil installeren, emboss, zit daar niet in.
Het lijkt me sterk dat nog niemand dit heeft gevraagd op het internet, maar ik lijkt het maar niet te vinden.
Heeft iemand hier misschien weet van?
Voor ikzelf ga beginnen prutsen met die configs, kunnen jullie me misschien verder helpen

Alvast bedankt
Speedzor