Toon posts:

Emboss in Opal2 deployen

Pagina: 1
Acties:

Onderwerpen


  • speedzor
  • Registratie: Maart 2008
  • Laatst online: 01-02-2014
Goeiedag

Ik ben momenteel bezig met verscheidene BioInformatica programmas werkend te krijgen op een Ubuntu 11.04.
Op een lokale server heb ik TomCat 5.5 geinstalleerd, met daarop het programma Opal2.
Nu wil ik graag een programma genaamd Emboss "deployen" in Opal2 zodat het van daaruit aanroepbaar is.

Het probleem waar ik bij aanloop is dat ik niet compleet zeker ben hoe dit moet.
Via een tutorial powerpoint heb ik geprobeerd om de OpenBabel service toe te voegen aan opal en dit is ook grotendeels gelukt. Ik zie de service in het overzicht verschijnen (zie hieronder).

code:
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
And now... Some Services

    * AdminService (wsdl)
          o AdminService 
    * BabelServicePort (wsdl)
          o getAppMetadata
          o getAppConfig
          o getSystemInfo
          o launchJob
          o launchJobBlocking
          o queryStatus
          o getJobStatistics
          o getOutputs
          o getOutputAsBase64ByName
          o destroy 
    * Version (wsdl)
          o getVersion


Echter, wanneer ik dit programma wil gebruiken vanaf een andere computer, dan geeft hij permission denied foutmeldingen. Ik heb de ROOT map 777 permissies gegeven, maar omdat de host localhost is, zal dit waarschijnlijk de foutmelding veroorzaken.
Ik heb geprobeerd de host te veranderen dmv een alias in server.xml en toen dat niet lukte een tweede host aangemaakt en de DefaultHost ingesteld op het IP van deze computer, maar dat werkte ook niet. Ik kon wel naar http://ip:port surfen, maar van zodra ik dan naar de Opal2 directory ging en daar de Babel applicatie wou openen, dan zag ik dat hij nog steeds naar http://localhost:8080 linkte.
Ik heb de hele computer afgezocht naar configuratiefiles waar naar localhost gelinked wordt, talloze regels veranderd, maar toch wilt het niet werken.

Dus: Iemand enig idee waar mijn fout zit bij het installeren van Babel?
Bijkomend: Om de één of andere reden zat babel al in configs/babel_config.xml.
Het programma dat ik wil installeren, emboss, zit daar niet in.
Het lijkt me sterk dat nog niemand dit heeft gevraagd op het internet, maar ik lijkt het maar niet te vinden.
Heeft iemand hier misschien weet van?
Voor ikzelf ga beginnen prutsen met die configs, kunnen jullie me misschien verder helpen :)

Alvast bedankt
Speedzor

Streaming History


  • CAPSLOCK2000
  • Registratie: Februari 2003
  • Laatst online: 27-05 13:25

CAPSLOCK2000

zie teletekst pagina 888

Ik ben totaal niet bekend met Opal2 dus daar kan ik je niet mee helpen.
Wel kan ik je vertellen dat die 777 permissies zeker niet het probleem zijn. 777 is gevaarlijk, doe het niet, het is eigenlijk nooit nodig.

Kun je een beetje uitweiden over die foutmeldingen die je krijgt. Waar zie je die? In je browser? In je logs? Welke? Wat is de foutmelding _precies_?

los idee: staat de hostname + ip van je server in /etc/hosts (op die server zelf)?

This post is warranted for the full amount you paid me for it.


  • speedzor
  • Registratie: Maart 2008
  • Laatst online: 01-02-2014
Bedankt voor de reactie, maar de plek waar ik momenteel werk (vakantiejob) heeft me een andere taak gegeven enkele dagen geleden waardoor ik dit topic even vergeten was :)

Ik heb het probleem niet kunnen oplossen maar goed, het was ook geen enorme noodzakelijkheid voor hen.

Toch bedankt voor de poging!

Streaming History



Tweakers maakt gebruik van cookies

Tweakers plaatst functionele en analytische cookies voor het functioneren van de website en het verbeteren van de website-ervaring. Deze cookies zijn noodzakelijk. Om op Tweakers relevantere advertenties te tonen en om ingesloten content van derden te tonen (bijvoorbeeld video's), vragen we je toestemming. Via ingesloten content kunnen derde partijen diensten leveren en verbeteren, bezoekersstatistieken bijhouden, gepersonaliseerde content tonen, gerichte advertenties tonen en gebruikersprofielen opbouwen. Hiervoor worden apparaatgegevens, IP-adres, geolocatie en surfgedrag vastgelegd.

Meer informatie vind je in ons cookiebeleid.

Sluiten

Toestemming beheren

Hieronder kun je per doeleinde of partij toestemming geven of intrekken. Meer informatie vind je in ons cookiebeleid.

Functioneel en analytisch

Deze cookies zijn noodzakelijk voor het functioneren van de website en het verbeteren van de website-ervaring. Klik op het informatie-icoon voor meer informatie. Meer details

janee

    Relevantere advertenties

    Dit beperkt het aantal keer dat dezelfde advertentie getoond wordt (frequency capping) en maakt het mogelijk om binnen Tweakers contextuele advertenties te tonen op basis van pagina's die je hebt bezocht. Meer details

    Tweakers genereert een willekeurige unieke code als identifier. Deze data wordt niet gedeeld met adverteerders of andere derde partijen en je kunt niet buiten Tweakers gevolgd worden. Indien je bent ingelogd, wordt deze identifier gekoppeld aan je account. Indien je niet bent ingelogd, wordt deze identifier gekoppeld aan je sessie die maximaal 4 maanden actief blijft. Je kunt deze toestemming te allen tijde intrekken.

    Ingesloten content van derden

    Deze cookies kunnen door derde partijen geplaatst worden via ingesloten content. Klik op het informatie-icoon voor meer informatie over de verwerkingsdoeleinden. Meer details

    janee