Tadah was vannacht stuk toen ik nog even snel de stats wou posten, dus nu dan nog maar even.
Ik heb weer wat vordering gemaakt met het visualiseren van de 'protein' command output, ik kan de protein nu modeleren met
Open Babel en converteren naar
diverse formaten met diens
OBConversion class. Ik heb nu twee methoden om de WU data te converteren naar XYZ en PDB formaat, de eerste versie met de hand geschreven conversie tussen het PyON formaat van de FAHClient en het XYZ en PDB formaat. De tweede methode maakt gebruikt van Open Babel en is daardoor een stuk hipper, want het is niet gelimiteerd to conversie naar XYZ of PDB formaat, maar kan nog veel meer.
De kwaliteit van de conversies verschilt nog al. Mijn hand gegenereerde XYZ formaat kan door de FAHViewer gevisualiseerd worden, als ik dit door Open Babel laat doen verslikt de FAHViewer zich op het afwijkende formaat. Er is namelijk geen officiele XYZ specificatie, waardoor iedereen het net een beetje anders doen. Mijn handgeschreven conversie doet het op de FAH manier, Open Babel op een beetje van alles manier.
De conversie naar PDB formaat is weer net anders om. De door Open Babel geconverteerde data kan door RasMol wel goed gevisualiseerd worden, maar mijn handgeschreven conversie is nog steeds niet helemaal correct. Aangezien ik geen scheikunde gestudeerd heb is het mij niet duidelijk wat ik verkeerd doe, maar dat het niet klopt moge duidelijk zijn, check:
Links boven converteer ik de protein data zelf naar PDB wat RasMol kan visualiseren. Rechts boven converteer ik zelf gegenereerde XYZ file naar PDB met xyz2pdb van Dick Howell. Midden boven converteer ik de protein data naar PDB met behulp van Open Babel. Onder heb ik mijn zelf gegenereerde XYZ file door FAHViewer laten visualiseren.
Op mijn zelf gegenereerde PDB file na, ziet het er goed uit. Weer wat ge-reverse-engineerde data, waar de code er eerder is dan de documentatie aan de hand waarvan de code geschreven had moeten worden. Maar het ei was hier eerder dan de kip
We hebben wel weer even genoeg geouwehoerd, want zoals je op de screenshot kunt zien heb ik vannacht achter de PC zitten hacken ipv aan het bier in de kroeg. Dus dat laatste gaan we nu maar doen
DPC Folding@Home hitparade van 28 april 2011
Mijlpalen
Nieuwe Leden
Folding@Home Links
Folding@Home webpage
Folding@Home forum
DPCH Suggestiepagina
DPC FAQ
Bron
:strip_exif()/u/29503/chicken_small.gif?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/26367/bubbles2.jpg?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/34645/SkyWalkerTux.jpg?f=community)
/u/68265/tuxcool.png?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/93067/icon.jpg?f=community){kind=icon}
:strip_exif()/u/115469/shakyshake4sec.gif?f=community)
:strip_icc():strip_exif()/u/128684/Avatar.jpg?f=community){kind=avatar}
)
11)
2)
Ik heb in het verleden altijd fijn met Andrew samen gewerkt op FCF, de 
:strip_exif()/u/9676/12.gif?f=community)
/u/308138/cat-256x256.png?f=community)
