Je kan het Outlook met regels doen en dan een custom script laten uitvoeren (VBA) en in dat script voer je een ander script of programma uit waarin de instructies staan voor je andere programma.
Als je andere programma ook mogelijkheden biedt voor scripts, dan kun je ook kijken of je daarmee de mailserver benaderen kunt waar de speciale berichten in staan. Een job wat elke zoveel minuten/uur in de mailbox kijkt is ook een oplossingen.
Je probleemstelling is echt te generiek om een direct antwoord te kunnen geven op je vraag. Veel hangt af van wat dan dat andere programma is, welke mogelijkheiden het biedt voor eigen oplossingen en aanpassingen en natuurlijk je eigen programmeer kennis.
Aangezien je het eigenlijk ook niet via Outlook wilt doen, is dit forum waarschijnlijk ook niet het beste forum om in te posten. In principe zoek je code (in welke programmeer taal?) om verbinding te maken met een mail server (welke en welk type account?) en mails uit te lezen en code (voor welk programma?) om daar een speciale actie (welke?) in uit te voeren.
Wat meer details en aangeven waar precies je vast loopt kan handig zijn