Ik zou zeggen dat dit gewoon moet kunnen.
In je bios stel je namelijk in van welke disk (of raid array) geboot wordt, daarna wordt de raid array door het moederbord "geactiveerd" dus alle schijven zouden dan zichtbaar moeten zijn.
Stel je raid array met windows noemen we disk #1, en je apparte schijf waar je ubuntu op wilt installeren #2. Dan zou ik proberen om eerst ubuntu te installeren met de grub bootloader op schijf #2. Dan je bios in gaan en schijf #2 als eerste laten booten. De grub bootloader zal dan verschijnen en ubuntu opstarten.
Daarna in ubuntu naar /etc/grub/grub.cfg gaan en je bootloader aanpassen zodat in het bootmenu ook windows komt te staan. Je voegt dus disk #1 toe in je bootloader. Hier zit echter waarschijnlijk je probleem; ik weet niet of grub jou RAID array gelijk herkend. (met een beetje geluk wel en staat windows er al vrolijk bij).
Zo niet zul je eerst ervoor moeten zorgen dat je je raid array onder ubuntu aan de gang krijgt en het pad naar je array disks weet. (staat in de map /dev maar de precieze naam is afhankelijk van je RAID controller).
Met een beetje google werk moet er wel uit te komen zijn neem ik aan..

Voor zover mijn kijk op het geheel, maar ik moet zeggen ik heb meer ervaring met Debian + fluxbox / gnome