Optimalisatie matlab berekeningen

[Tano]

Ik ben een systeem aan het samenstellen dat puur dient als rekenmonster met voornamelijk Matlab en wellicht later wanneer de code klaar is C++. Het enigste doel is dat de berekeningen zo snel mogelijk worden uitgevoerd. Het is de bedoeling om met dit systeem te gaan handelen op de beurs.

Mijn vraag betreft de keuze voor processor icm geheugen.

Het samengestelde systeem:

#	Product	Prijs	Subtotaal
2	Samsung Spinpoint F3 HD103SJ, 1TB	€ 56,-	€ 112,-
1	Samsung Syncmaster P2370	€ 172,20	€ 172,20
1	Sony Optiarc AD-7241S Zwart	€ 22,30	€ 22,30
1	Antec Three Hundred	€ 49,-	€ 49,-
1	Scythe Mugen 2 Rev. B	€ 31,99	€ 31,99
1	Nexus Real Silent D12SL-12, 120mm	€ 4,94	€ 4,94
1	Logitech UltraX Premium Keyboard (Qwerty)	€ 14,73	€ 14,73
1	Logitech Wheel Mouse Optical	€ 7,-	€ 7,-
1	Intel Core i7 920	€ 234,90	€ 234,90
1	Antec TruePower TP-550	€ 70,28	€ 70,28
1	OCZ Gold Low-Voltage OCZ3G1333LV6GK	€ 142,90	€ 142,90
1	Asrock X58 Extreme3	€ 168,47	€ 168,47
1	Sapphire HD 5450 512MB DDR3 PCIE DP	€ 29,75	€ 29,75
Bekijk collectie Importeer producten		Totaal	€ 1.060,46

De voeding kan overigens natuurlijk wel wat minder, Corsair 400W ofzo.

Nu staat in diverse reviews hier op tweakers en hardware info en http://www.cpubenchmark.n...l+Core+i7+870+%40+2.93GHz dat the i7 860 wat sneller is (in combinatie met Gigabyte GA-P55M-UD2). Daarnaast profiteert deze van een turbo-techniek waardoor single-core activiteiten (hetgeen matlab vaak is) sneller draaien (http://www.hardware.info/...ore_i5i7_Lynnfield_test/4).

Helaas is het geheugen dat bij deze processor hoort wel weer iets trager (athans, dual-channel vs triple-channel).

Ik ben zelf helaas niet zo thuis in computers dat ik hier de juiste keuzes in kan maken. ga ik de verschillen uberhaupt echt merken...
Graag dus jullie advies. Overige opmerkingen over het systeem zijn uiteraard ook meer dan welkom!

@mods: ik hoop dat dit topic hier hoort ipv in systemen!

[MaximusTG]

Ik denk dat je met de meeste huidige processoren/systemen wel uit de voeten moet kunnen; Over wat voor complexe berekeningen hebben we het? Bedenk wel dat je je code zo zult moeten uitvoeren dat je optimaal gebruikt maakt van je multi-core processor.

[Tano]

MaximusTG schreef op woensdag 21 juli 2010 @ 17:19:
Ik denk dat je met de meeste huidige processoren/systemen wel uit de voeten moet kunnen; Over wat voor complexe berekeningen hebben we het? Bedenk wel dat je je code zo zult moeten uitvoeren dat je optimaal gebruikt maakt van je multi-core processor.

Waar zei ik complexe berekeningen ;-)? Het zijn simpel gezegd optimalisaties van regressievergelijkingen, allemaal niet zo gek ingewikkeld.

Het juist invoeren van de code heb ik met Matlab niet zo gek veel controle over. In C++ wel natuurlijk.

[susscorfa]

Het is wel belangrijk daar goed over te denken. Hoe je de code over de cores te verdelen, ik moet zeggen dat ik voor mijn simulaties er wel tijd aan moet besteden hoe het beste kan.

je zou bijvoorbeeld verschillende modelen of replicates in verschillend cores kunnen doen

[Vinnienerd]

Als jij hier geld mee gaat verdienen op de beurs, waarom koop je dan niet een serversysteem of dikke workstation van Dell/HP/IBM? Is veel betrouwbaarder lijkt me.

[Mr_gadget]

Een beetje pc kan matlab wel goed draaien. Ik denk dat er idd meer te behalen valt met het optimaliseren van je berekeningen. Je kan met matlab overigens ook code compileren naar c++ en compilen. Dat kan je ook weer aanroepen in matlab tijdens je berekening. Dat scheelt waarschijnlijk een hoop. Matlab zelf is overigens java based.

[Tano]

susscorfa schreef op woensdag 21 juli 2010 @ 17:46:
Het is wel belangrijk daar goed over te denken. Hoe je de code over de cores te verdelen, ik moet zeggen dat ik voor mijn simulaties er wel tijd aan moet besteden hoe het beste kan.

je zou bijvoorbeeld verschillende modelen of replicates in verschillend cores kunnen doen

Vinnienerd schreef op woensdag 21 juli 2010 @ 17:50:
Als jij hier geld mee gaat verdienen op de beurs, waarom koop je dan niet een serversysteem of dikke workstation van Dell/HP/IBM? Is veel betrouwbaarder lijkt me.

Eigenlijk is het antwoord op beide hetzelfde. Ik heb nu iets wat vermoedelijk wel werkt, maar het testen gaat gewoon te traag op mijn huidige systeem (Intel Core Duo E5200, 4 gb intern). Wanneer ik klaar ben met de strategie en erg serieus geld mee wil gaan verdienen dan komt er uiteraard een echt serversysteem waar de cores goed uitgebalanceerd zijn met een goede verbinding naar broker/exchange etc. Dit kan ik echter niet zelf, dus daar zal ik dan iemand voor inhuren.

Dit systeem is dus voor de tussenstap voor het snel kunnen uitvoeren van historische testen en met een klein bedrag trades te kunnen uitvoeren.

[ Voor 4% gewijzigd door Tano op 21-07-2010 17:57 ]

[rapture]

Ik zou de triple channel of socket 1366 laten vallen. 3*1066*64/8 = 25,6 GB/s versus 2*1333*64/8 = 21,3 GB/s. Triple channel is slechts +20% sneller dan dual channel. Socket 1156 heeft door snellere on-die geheugencontrollers socket 1366 overbodig gemaakt en socket 1366 is meer statussymbool of psychologisch effect geworden. Enig nut van triple channel is 6 latjes op een bordje kunnen steken.

Pak een "full blown" socket 1156 processor, eentje die nog niet gecastreerd is. Core i7 860 of 870 zijn goede kandidaten.

Op het moederbord zou ik zoveel mogelijk besparen. Er is weinig variatie in de implementaties van het referentie-ontwerp van het gebruik van een bepaalde chipset. Ergens tussen 83 en 100 euro vind je een P55 bordje.

Hoeveel geheugen gebruik je nu en hoeveel ga je nog meer te gebruiken?

Matlab functies en multithreading: http://www.mathworks.com/...4PG4AN/?solution=1-4PG4AN

[Tano]

rapture schreef op woensdag 21 juli 2010 @ 19:04:
Ik zou de triple channel of socket 1366 laten vallen. 3*1066*64/8 = 25,6 GB/s versus 2*1333*64/8 = 21,3 GB/s. Triple channel is slechts +20% sneller dan dual channel. Socket 1156 heeft door snellere on-die geheugencontrollers socket 1366 overbodig gemaakt en socket 1366 is meer statussymbool of psychologisch effect geworden. Enig nut van triple channel is 6 latjes op een bordje kunnen steken.

Pak een "full blown" socket 1156 processor, eentje die nog niet gecastreerd is. Core i7 860 of 870 zijn goede kandidaten.

Op het moederbord zou ik zoveel mogelijk besparen. Er is weinig variatie in de implementaties van het referentie-ontwerp van het gebruik van een bepaalde chipset. Ergens tussen 83 en 100 euro vind je een P55 bordje.

Hoeveel geheugen gebruik je nu en hoeveel ga je nog meer te gebruiken?

Matlab functies en multithreading: http://www.mathworks.com/...4PG4AN/?solution=1-4PG4AN

voor de reactie, precies wat ik zocht!

Ik gebruik per sessie 900 mb dedicated. Ik draai tot 3 sessie tegelijkertijd, dus 4gb zou genoeg moeten zijn.

Moederbord is het genoemde Gigabyte kaartje, rond de 90 euro inderdaad.

[nedernakker]

rapture schreef op woensdag 21 juli 2010 @ 19:04:
Ik zou de triple channel of socket 1366 laten vallen. 3*1066*64/8 = 25,6 GB/s versus 2*1333*64/8 = 21,3 GB/s. Triple channel is slechts +20% sneller dan dual channel. Socket 1156 heeft door snellere on-die geheugencontrollers socket 1366 overbodig gemaakt en socket 1366 is meer statussymbool of psychologisch effect geworden. Enig nut van triple channel is 6 latjes op een bordje kunnen steken.

mooie rekensom, maar dan moet je wel met gelijke maten meten. s1366 ondersteunt ook 1333 MHz geheugen, dus dan kom je op bijna 32 GB/s, als TS 3 sessies a 900 MB gebruikt en het systeem reserveert ook nog eens resources, dan loopt het ram knap vol en bestaat de kans dat het systeem gaat swappen.. daar gaat je performance.

ook al kost het iets meer, is een core i7 920 imho een betere keuze en je hebt dus 2 GB extra..

[manzonderdas]

Ondersteunt matlab geen CUDA? Ik dacht van wel, moet je een keer nakijken. Indien ja, neem dan een nvidia graka. (en liefst hoger dan een 260 GTX)

[Tano]

manzonderdas schreef op donderdag 22 juli 2010 @ 11:15:
Ondersteunt matlab geen CUDA? Ik dacht van wel, moet je een keer nakijken. Indien ja, neem dan een nvidia graka. (en liefst hoger dan een 260 GTX)

Ja klopt (wist ik overigens niet): http://developer.nvidia.com/object/matlab_cuda.html.
Daar zal ik nog eens goed naar kijken, dat kan natuurlijk een behoorlijke boost opleveren.

[rapture]

nedernakker schreef op woensdag 21 juli 2010 @ 21:36:
mooie rekensom, maar dan moet je wel met gelijke maten meten. s1366 ondersteunt ook 1333 MHz geheugen, dus dan kom je op bijna 32 GB/s, als TS 3 sessies a 900 MB gebruikt en het systeem reserveert ook nog eens resources, dan loopt het ram knap vol en bestaat de kans dat het systeem gaat swappen.. daar gaat je performance.

Er is tot nu toe nog geen enkele on-die geheugencontroller die triple channel 1333 MHz ondersteunt, tenzij als je het gaat overklokken. bv Core i7 920 gaat tot 1066 MHz, zelfs de Core i7 980X hexacore gaat niet verder dan 1066 MHz.

2x 2GB of 2x 4GB kan je met dual channel kiezen. Met 8GB is het niet meer zo krap, maar je bespaart wel op het moederbord.

[Croga]

Tano schreef op donderdag 22 juli 2010 @ 12:38:
Ja klopt (wist ik overigens niet): http://developer.nvidia.com/object/matlab_cuda.html.
Daar zal ik nog eens goed naar kijken, dat kan natuurlijk een behoorlijke boost opleveren.

Nog sterker: Als je inderdaad gebruik kunt maken van CUDA dan is enige discussie over welke CPU sneller is meteen overbodig geworden. Een GPU kan dit soort berekeningen oneindig veel sneller (zolang het paralleliseerbaar is) dan een CPU.

[nedernakker]

rapture schreef op donderdag 22 juli 2010 @ 13:01:
[...]
Er is tot nu toe nog geen enkele on-die geheugencontroller die triple channel 1333 MHz ondersteunt, tenzij als je het gaat overklokken. bv Core i7 920 gaat tot 1066 MHz, zelfs de Core i7 980X hexacore gaat niet verder dan 1066 MHz.

2x 2GB of 2x 4GB kan je met dual channel kiezen. Met 8GB is het niet meer zo krap, maar je bespaart wel op het moederbord.

ga je nu richting 2000 MHz met het geheugen dan ga je overklokken ja, maar 1333 of 1600 mhz doet s1366 gewoon out of the box. enkel het geheugen instellen en gaan.

mijn punt was simpel bedoeld, s1156 voor je budget, s1366 voor de performance

[analog_]

Croga schreef op donderdag 22 juli 2010 @ 13:06:
[...]

Nog sterker: Als je inderdaad gebruik kunt maken van CUDA dan is enige discussie over welke CPU sneller is meteen overbodig geworden. Een GPU kan dit soort berekeningen oneindig veel sneller (zolang het paralleliseerbaar is) dan een CPU.

Matlab gebruikt geen cuda voor alle types berekeningen, bepaalde dingen worden geoptimaliseerd andere niet, en vermoedelijk als hij met zijn beurskoersjes komt blijft er geen spaan heel van cuda wegens floating point.

edit: mislezen of onthouden, my bad. Heb de cijfers van opencl erop nagekeken en desondanks dat bepaalde instructies zoals / en sqrt in SSE hardwired zitten draaien ze sneller op de gpu.

[ Voor 14% gewijzigd door analog_ op 28-07-2010 17:47 ]

[Klunssmurf]

analog_ schreef op woensdag 28 juli 2010 @ 17:17:
[...]

Matlab gebruikt geen cuda voor alle types berekeningen, bepaalde dingen worden geoptimaliseerd andere niet, en vermoedelijk als hij met zijn beurskoersjes komt blijft er geen spaan heel van cuda wegens floating point.

Uhh....met GPGPU computing maak je juist gebruik van floating point??