Venn diagram wil maar niet lukken

[gambieter]

Ik ben datasets aan het vergelijken (genen tussen twee bacterien), en wil een Venn-diagram maken met Venny. Alleen lukt het niet om het beeld wat ik mijn hoofd heb om te zetten in het Venn-diagram.

- Bacterie A (dataset A ) heeft 20 genen die een effect tonen (A1 - A20 hebben waarde 1, de rest heeft waarde 0)).
- Bacterie B (dataset B ) heeft 34 genen die hetzelfde effect tonen (B1 - B34 hebben waarde 1, de rest heeft waarde 0).

Nu wil ik laten zien hoe de datasets deels overlappen, deels niet.

Als je dataset A en B vergelijkt kun je de volgende dingen zien:
- A1-A4 en tegenhangers B1-B4 hebben beide waarde 1.
- A5-A15 heeft waarde 1, maar de tegenhangers in B hebben waarde 0.
- B5-B17 heeft waarde 1, maar de tegenhangers in A hebben waarde 0.
- A16-A20 hebben waarde 1, maar geen tegenhanger in B.
- B18-B34 hebben waarde 1, maar geen tegenhanger in A.

Je kunt je een pyramide voorstellen waar onderaan de niet-overlappende (non-tegenhangers) staan, in het midden de overlappende datasets met verschillende waarden (A=1,B=0 of A=0,B=1), en aan de top de (A=1=B).

code:

     4
  11   13
5         17

Iemand enig idee hoe dat in te voeren?

[pedorus]

Dit geeft een mooi lelijk plaatje, omdat je niet tegelijkertijd 1 in A en 0 in A kan hebben, net als bij B.

(7 situaties kunnen niet echt voorkomen, 3 situaties ontbreken)
Andere tool zoeken lijkt mij, of gewoon zelf even iets maken (3x3 tabel met 1 vakje weg?). Daarnaast zou ik liever de nummers van bijpassende genen gelijk willen hebben, en dan maar iets verder doornummeren bij B.
Oh ja, geproduceerd met:

code:

1 bij A 
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
a1
a2
a3
a4
a5
0 bij A
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
1 bij B
1
2
3
4
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
b1
b2
b3
b4
b5
b6
b7
b8
b9
b10
b11
b12
b13
b14
b15
b16
b17
0 bij B
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

[gambieter]

Thanks .

Ik ben het met je eens dat die 7 x 0 het te lelijk maakt, maar indien nodig kan ik het zelf maken. Het ging mij ook om hoe het in te voeren, dat lukte me inderdaad niet goed. Ik ga hier mee aan de slag

[pedorus]

gambieter schreef op woensdag 14 april 2010 @ 00:39:
Ik ben het met je eens dat die 7 x 0 het te lelijk maakt, maar indien nodig kan ik het zelf maken. Het ging mij ook om hoe het in te voeren, dat lukte me inderdaad niet goed. Ik ga hier mee aan de slag

Ik editte net dit er even bij: '3x3 tabel met 1 vakje weg?'. Dat lijkt me namelijk nog het makkelijkst te maken en misschien nog wel beter te begrijpen in dit specifieke geval (hoewel het minder fancy is).

[gambieter]

pedorus schreef op woensdag 14 april 2010 @ 00:49:
Ik editte net dit er even bij: '3x3 tabel met 1 vakje weg?'. Dat lijkt me namelijk nog het makkelijkst te maken en misschien nog wel beter te begrijpen in dit specifieke geval (hoewel het minder fancy is).

3x3 tabelletje werkt niet echt hier, denk ik.

Pogingkje:

code:

                                bacterie B
                          no leader     leader  absent
            no leader          4        11      5
bacterie A  leader          13      X   
            absent            17

Het leader en no leader is in dit geval het verschil tussen 0 en 1, vaktaal .