[Nieuwe hardware] Simulaties

[Punkie]

Op zoek naar een systeem dat zal ingezet worden op een onderzoeksproject waarin er simulaties gedraait worden. De machine moet dus numbercrunching doen die tot op heden over verschillende (oude) desktops werden verspreid (en dus te 'bezet' werden).

kenmerken simulatie
parallel goed schaalbaar (>>100)
schaalt lineair in berekeningen en geheugen: bij dubbele grote, verdubbelt het nodige geheugen en verdubbelt de berekeningen.
De grootste simulaties worden geschat op max 16GB geheugen.
zwaar op berekeningen, minder op geheugen: De desktops misten vooral snelheid waardoor grotere simulaties niet mogelijk waren.
output schrijven (naar disk) gebeurt frequent maar met kleine hoeveelheden.
de veelgebruikte instructies zijn mult en add op scalars maar vooral vector met scalar.

Wat soort configuratie zou hier het beste voor zijn? Is de L2,3 chache belangrijk? Wat met FSB snelheid? ...
Een oplossing mag (ruwweg) tot zo'n 4000 euro gaan. Indien minder kan er misschien later nog wat upgrades worden verricht.

[AlexanderB]

is het mogenlijk om die simulaties te doen op de gpu? (gpgpu/cuda dus)
parallelberekeningen zijn gpu's bijzonder goed in, en als je de software hebt, kan een enkele pckast met 4 dikke (dual) gpu's dr in, het werk van vele tientallen processoren verrichten

[McKaamos]

Linear opschalen van hardware is nogal lastig te realiseren.
Je kan wel een dikke bak kopen met een dualcore CPU en later upgraden naar een quadcore of meer, maar je hebt dan wel de beperking van de bussnelheid. Die zal voor een quad wel iets hoger zijn maar echt niet dat je dubbel de bandbreedte krijgt.
Linear opschalen wordt dus een probleem.

Anyway, als het 1 machine moet zijn zou ik voor een DualCPU Quadcore machine gaan. Mooi moederbordje van Tyan of Supermicro, twee Xeon Q series CPU's, slootje DDR2 of DDR3 RAM (4x4GB?) en een SSD voor het snel wegschrijven van kleine datablokjes. Traditionele schijven zijn imho wat aan de langzame kant wat dat betreft, en als je veel kleine blokjes achter elkaar wegschrijft is een normale HDD simpelweg een bottleneck.

edit:
Even snel een bakkie in elkaar gedraait...
http://www.salland.eu/fas...213114,140140,75113,75113

Ander idee is het aanleggen van een rekenfarm. Mits je applicatie daarvoor geschikt is natuurlijk...
Dan neem je een aantal goedkope, snelle dualcore's met b.v. 4GB RAM, een klein SSDtje voor temporary storage en twee of meer gigabit netwerkkaarten (PCIe kaartjes wel te verstaan ivm bandbreedte).
De netwerkkaarten teamen (ookwel trunking, aggregaten, etc) en zorgen voor een managed switch die dat ook ondersteund zodat je per machine 2 of meer Gbits beschikbaar hebt voor communicatie.
De machines kunnen dan samen werken aan een opdracht en dan de resultaten via LAN naar de master node sturen.

Laatste optie, ook weer indien ondersteund door je applicatie, is wat AlexB zegt. Een paar dikke videokaarten op een triple of quad SLI bord zetten (ivm genoeg PCIe x16 slots) en dan met GPGPU of CUDA je berekeningen door de videokaarten laten doen.
Videokaarten zijn erg goed in bepaalde soorten berekeningen. O.a. doen ze het erg goed met physics, bruteforce code decoderen en graphics.

[ Voor 4% gewijzigd door McKaamos op 30-09-2009 10:18 ]

[Punkie]

Mijns inziens is het inzetten van GPU's potentieel veel krachtiger voor dit geval maar ik maak de simulaties niet noch beslis in deze materie. Daarom bekijk ik nu de optie om "gewone" processoren te gebruiken.

Ik veronderstel dat ECC of buffered geheugen niet hoeft? Dat scheelt hem ook wat in prijs.

M.b.t. de nic's: alle towerservers aanbiedingen hebben er standaard al 2.
Ik bekijk nog even het outputprofiel of een SSD echt zin heeft want bij zware simulaties zou de frequentie wel eens een duik kunnen nemen. Bedankt voor de suggestie!

De bestelling zou bij dell moeten gebeuren vermits de uni daar alles besteld.
Met voorgenoemde PowerEdge T710 tower server kan ik voor 4070 (excl btw) een systeem hebben met 2 L5520 Xeon's. Twee X5550 cpus zijn al 900 euro duurder en staan dus lager in prestatie/prijs verhouding.

[McKaamos]

Punkie schreef op woensdag 30 september 2009 @ 11:34:
Mijns inziens is het inzetten van GPU's potentieel veel krachtiger voor dit geval maar ik maak de simulaties niet noch beslis in deze materie. Daarom bekijk ik nu de optie om "gewone" processoren te gebruiken.

Ik veronderstel dat ECC of buffered geheugen niet hoeft? Dat scheelt hem ook wat in prijs.

M.b.t. de nic's: alle towerservers aanbiedingen hebben er standaard al 2.
Ik bekijk nog even het outputprofiel of een SSD echt zin heeft want bij zware simulaties zou de frequentie wel eens een duik kunnen nemen. Bedankt voor de suggestie!

De bestelling zou bij dell moeten gebeuren vermits de uni daar alles besteld.
Met voorgenoemde PowerEdge T710 tower server kan ik voor 4070 (excl btw) een systeem hebben met 2 L5520 Xeon's. Twee X5550 cpus zijn al 900 euro duurder en staan dus lager in prestatie/prijs verhouding.

Ik zou er echt geen server voor kopen, maar juist een pittige workstation.
Servers zit je met redundant uitvoering van bepaalde delen e.d. wat het allemaal veel duurder maakt dan nodig. Geld wat je beter kan besteden aan vette performance.
In high end workstations vind je namelijk ook met grote regelmaat serverchipsets en ondersteuning voor meerdere CPU's terwijl de redundantie weggelaten wordt.

Probeer eens een workstation te configureren bij Dell waar je een dual Socket771 moederbord kwijt kan met twee quadcores en een bulk RAM.

ECC/REG is idd niet perse nodig, maar serverborden vereisen het nog wel eens, vandaar dat ik het erbij gekozen had.

[ Voor 4% gewijzigd door McKaamos op 30-09-2009 12:25 ]

[Punkie]

Een cluster van 3 machines met Xeon X3450 met 8GB DDR3, 1333Mhz bus = 3* 1460 Euro.

6 machines quad Q9400 ,FSB 1333 4GB ddr2 (800Mhz) = 6 * 653 = 3900 euro

quad Q9550 met 8GB DDR3 1066Mzh -> 1100 euro

[ Voor 12% gewijzigd door Punkie op 30-09-2009 12:46 ]