Ten eerste klopt je volgorde niet helemaal.
Het moet zijn:
make clean
make menuconfig
make dep
make bzImage
make modules
make modules_install
Vervolgens de System.map naar /boot kopieren en bzImage in de dir arch/i386/boot naar /boot kopieren.
Overigens is het verstandig om de bestanden die je naar /boot kopieert te voorzien van een achtervoegsel bij de naam, die aangeeft om welke kernel het gaat.
bijvoorbeeld: System.map-2.4.2, bzImage-2.4.2
Vervolgens maak je symlinkjes naar die bestanden:
ln -s System.map-2.4.2 System.map
ln -s bzImage-2.4.2 bzImage
Let daarbij op dat de symlinkjes dus al niet bestaan
Overigens lijkt het mij verstandig om nu een keertje "make mrproper" te doen voordat je ermee gaat beginnen, deze maakt alles een stuk beter schoon dan "make clean" nadeel is wel dat je dus ook alle instellingen die je voorheen met "make menuconfig" gedaan hebt kwijt bent. Deze stap is dus ok alleen aan te bevelen als je echt een flinke stap zet in het kernel-versie nummer.
Oh ja vergeet natuurlijk ook niet /etc/lilo.conf aan te passen