[Folding@Home] hitparade van 10 december

[Spheroid]

Vandaag in het nieuws een waarheid als een koe:

Taking vitamin C or E does not reduce the risk of prostate cancers - or other forms of the disease, two large US studies suggest.

bron
Dat had ik zelf ook wel kunnen bedenken. Vitamine C slikken en van al je risico's af zijn klinkt te mooi om waar te zijn. Als iets te mooi klinkt om waar te zijn dan is het meestal ook zo.

Dat soort verhalen zijn ook te vertellen over VSM-medicaties. Het mooiste vind ik hun reclame-slogan:

Pure Lijfkracht!

Dat klopt ja, want in die kwakzalverij zit geen enkele stof met wetenschappelijk bewezen effect. Als je dus beter wordt na VSM medicijngebruik ligt dat inderdaad aan je eigen kracht en niet aan het medicijn!

Wij bij DPC weten wel beter. Wij bestrijden ziektes door onze computers noeste arbeid te laten verrichten. Hiermee wordt inzicht verkregen in de vorm en werkzaamheid van eiwitten. Ik vind het dus tijd voor een applaus voor onszelf, dappere strijders in de frontlinie van de geneeskunde die wij zijn!

Voor onze noeste arbeid krijgen wij gelukkig ook nog punten. Die zijn koel! Bij deze dus het overzicht van de gisteren verrichtte heldendaden!

3 mijlpalen zijn bereikt, namelijk door DPC_Fatal_Error_Group, Myrdraal (uit welk boek ken ik die naam ook alweer ) en Andreas_Wijting. Proficiat!

Ook hebben wij twee nieuwe leden die ons bij zullen gaan staan in onze nobele wetenschappelijke activiteiten: Inflexio en Wiethoofd (alhoewel, nieuw? Wiethoofd ben ik hier al ettelijke malen tegengekomen ) .

De dagelijkse hitparade wordt nog steeds gedomineerd door chelloo.com . Wát een flushgeweld! . Brobbel deed gisteren ook aan flushgeweld en stijgt daarmee maar liefst 70 plaatsen daily. Sjirafje stijgt 5 plaatsen minder, maar komt op plek 38 wel hoger uit dan Brobbel. Well done beiden! . Verder passen felicitaties aan Holy Cow, 43 plaatsen stijging in de daily, maar ook een plek in de overall hitparade. Sandstar wordt gepasseerd en Holy Cow staat nu 18e. Bravo!


DPC Folding@Home hitparade van 10 december 2008

Daily Top 30
Flushers: 102 / 3.343 (3,1 %)
pos		daily	member	total
1.	()	79.701	chelloo.com	11.733.552	(2)
2.	()	27.309	[DPC]_Fatal_Error_Group	8.815.352	(3)
3.	(1)	12.552	DeApen	1.652.164	(17)
4.	(2)	11.307	Pulp_Fiction	1.370.502	(23)
5.	(2)	9.981	Blord	496.033	(48)
6.	(1)	8.507	Schapie	3.909.440	(9)
7.	(4)	7.848	TEAM_JOE_BAR	7.460.827	(4)
8.	()	7.398	DPC_Team_Switch	1.994.981	(14)
9.	()	6.866	Bogaarts	3.043.785	(11)
10.	(7)	6.175	kiddyl	84.062	(209)
11.	(4)	5.733	[DPC]_Team_ColdFusion	14.530.494	(1)
12.	(7)	5.503	Big_Basje	979.588	(29)
13.	(1)	5.230	ziggo-gebruikers.nl	132.386	(147)
14.	(1)	4.701	[DPC]HellBringer	240.942	(86)
15.	(3)	4.540	nitro4u	1.054.939	(27)
16.	(3)	4.338	gowron	3.965.986	(8)
17.	(3)	4.267	halo	189.592	(106)
18.	(3)	3.934	[DPC]NGS	5.516.383	(6)
19.	(3)	3.840	Heidistein	237.008	(90)
20.	(15)	3.840	Jan	444.442	(50)
21.	(34)	3.812	Pietertje	589.045	(42)
22.	(21)	3.316	Marktm	613.853	(41)
23.	(41)	3.282	Kluis	328.821	(66)
24.	(14)	3.052	BPE	1.715.315	(16)
25.	(3)	2.911	racingfreak	27.286	(443)
26.	(43)	2.855	Holy_Cow!	1.617.403	(18)
27.	(4)	2.815	Iceheart	418.557	(54)
28.	(16)	2.781	[DPC]Jaac	389.703	(56)
29.	(1)	2.751	Oever77	443.378	(51)
30.	(5)	2.636	esoteric17	513.314	(46)
	More...

Overall Top 30
pos		total	member	daily
1.	()	14.530.494	[DPC]_Team_ColdFusion	5.733	(11)
2.	()	11.733.552	chelloo.com	79.701	(1)
3.	()	8.815.352	[DPC]_Fatal_Error_Group	27.309	(2)
4.	()	7.460.827	TEAM_JOE_BAR	7.848	(7)
5.	()	6.910.796	Team4Fun.nl	119	(99)
6.	()	5.516.383	[DPC]NGS	3.934	(18)
7.	()	4.135.293	Team_Pastis_51	2.091	(33)
8.	()	3.965.986	gowron	4.338	(16)
9.	()	3.909.440	Schapie	8.507	(6)
10.	()	3.633.522	Team_Elteor_Borislavj	47	(102)
11.	()	3.043.785	Bogaarts	6.866	(9)
12.	()	2.407.672	[DPC]Clan_Delft	0	(-)
13.	()	2.006.116	DPC_Los_Alcoholicos	0	(-)
14.	()	1.994.981	DPC_Team_Switch	7.398	(8)
15.	()	1.738.695	www.onweer-online.nl	0	(-)
16.	()	1.715.315	BPE	3.052	(24)
17.	()	1.652.164	DeApen	12.552	(3)
18.	(1)	1.617.403	Holy_Cow!	2.855	(26)
19.	(1)	1.616.856	SandStar	0	(-)
20.	()	1.561.182	DPC_Division_Brabant	0	(-)
21.	()	1.444.435	Forza_Mucca	124	(98)
22.	()	1.402.650	PS3	621	(63)
23.	()	1.370.502	Pulp_Fiction	11.307	(4)
24.	()	1.204.014	PeaceNlove	728	(61)
25.	()	1.198.289	BananaTeam	0	(-)
26.	()	1.098.443	RdamRobin	450	(66)
27.	()	1.054.939	nitro4u	4.540	(15)
28.	()	1.046.909	silentsnake	1.355	(43)
29.	()	979.588	Big_Basje	5.503	(12)
30.	()	935.741	Waddenteam	0	(-)
	More...

Teams Daily Top 15
pos		daily	team	total
	More...

Teams Overall Top 15
pos		total	team	daily
	More...

Megaflush Top 5
pos	Team	Flush	Date
1.	Team4Fun.nl	202.700	05-12-2005
2.	markvanmook	116.996	31-10-2006
3.	[DPC]_Team_ColdFusion	89.749	27-01-2008
4.	chelloo.com	88.307	07-12-2008
5.	silentsnake	53.639	26-10-2008
More...

Mijlpalen

[DPC]_Fatal_Error_Group	8.800.000
Myrdraal	50.000
Andreas_Wijting	5.000

Nieuwe Leden

Inflexio	168
Wiethoofd	960

Folding@Home Links
Folding@Home webpage
Folding@Home forum
DPCH Suggestiepagina
DPC FAQ
Bron

[ Voor 7% gewijzigd door Spheroid op 11-12-2008 11:54 ]

[Phreak]

Feli Holy_Cow! met het plaatsje winst.
< Vandaag met de kerstmuts.
Mooie output van ons, 12k. Kijken of we dat kunnen volhouden.

Zo en nu snel weer aan het werk.

[JohFraEl]

Toch denk ik dat een supplement ascorbinezuur (E300) oftewel Vitamine C een hoop ellende kan voorkomen, zoals bijvoorbeeld scheurbuik, bovendien rook ik (nog steeds) en dat blijkt vitamine C af te breken. Niet te veel natuurlijk wan dat schijnt zelfs schadelijk te zijn.


Leuke kerstmuts NC_Phreak, is ook beter voor je toetsenbord lijkt me

Holy_Cow! feli met de plaats winst
FEG, Myrdraal & Andreas_Wijting proficiat met de behaalde mijlpalen

Myrdraal (uit welk boek ken ik die naam ook alweer)

>>Wheel of Time series by Robert Jordan...?

Welkom Inflexio & WietError in de DPC vouwstal!

[Spheroid]

JohFraEl schreef op donderdag 11 december 2008 @ 12:33:
Toch denk ik dat een supplement ascorbinezuur (E300) oftewel Vitamine C een hoop ellende kan voorkomen, zoals bijvoorbeeld scheurbuik, bovendien rook ik (nog steeds) en dat blijkt vitamine C af te breken.

Dat is natuurlijk waar.

* Spheroid drinkt iedere ochtend trouw een glas jus.

>>Wheel of Time series by Robert Jordan...?

Dat is hem ja! Ik kon er maar niet op komen.

[Anoniem: 63996]

NC_Phreak schreef op donderdag 11 december 2008 @ 11:58:

Zo en nu snel weer aan het werk.

hij overdrijf hoor

09:20 < Henk> welnee de dag dat Phreak-Werk gaat werken valt alles om <--

[smoking2000]

Spheroid schreef op donderdag 11 december 2008 @ 11:01:
Wij bij DPC weten wel beter. Wij bestrijden ziektes door onze computers noeste arbeid te laten verrichten. Hiermee wordt inzicht verkregen in de vorm en werkzaamheid van eiwitten. Ik vind het dus tijd voor een applaus voor onszelf, dappere strijders in de frontlinie van de geneeskunde die wij zijn!

Idd, dankzij ons kan Pandegroup weer nieuwe papers schrijven

quote: http://folding.typepad.co...2/new-paper-ribosome.html

New paper #59: Ribosome gate

We have another paper (paper #59 at http://folding.stanford.edu/English/Papers)

code:

Side-chain recognition and gating in the ribosome exit tunnel
by Paula M. Petrone, Christopher D. Snow, Del Lucent, and Vijay S. Pande.
Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 2008

which recently was published, representing a major step for FAH.

This one deals with the ribosome. The ribosome is a fascinating molecular machine, responsible for the synthesis of proteins. For this reason it is of fundamental importance to protein folding (as the last step in the central dogma of biology) as well as to human health (since the ribosome is the target of a very large fraction of antibiotics). One of the questions revolving around ribosome function is why is there a large tunnel inside the ribosome, through which proteins exit after being synthesized. In this paper, we used "bigWU" classic clients (clients which allow larger systems to run) since the ribosome is so huge that it would not run on regular classic clients.

The primary goal of this paper was to analyze the surface of the ribosome tunnel. Understanding the nature of this surface would be useful for both understanding the fundamental nature of protein synthesis as well as how key antibiotics interact with the ribosome. An interesting related discovery was the identification of a potential "ribosome gate" which can open and close selectively, based on what is interacting with the gate. This suggests novel hypotheses for several aspects of ribosome function as well as interesting new directions for work on studying the ribosome and for new routes for antibiotics.

[xahmol]

Ben binnenkort (lees nog voor de kerst) van plan een nieuwe PC te kopen met Intel Core i7 i-920 en een NVidia GTX280 kaart.

Iemand al ervaring wat zo'n machine qua punten moet kunnen flushen per dag en hoe ik qua punten hier het meeste uit ga krijgen qua F@H client settings?

[jeronimo]

xahmol schreef op donderdag 11 december 2008 @ 16:59:
Ben binnenkort (lees nog voor de kerst) van plan een nieuwe PC te kopen met Intel Core i7 i-920 en een NVidia GTX280 kaart.

Iemand al ervaring wat zo'n machine qua punten moet kunnen flushen per dag en hoe ik qua punten hier het meeste uit ga krijgen qua F@H client settings?

Ik lees op het folding forum over gebruikers die tot ruim 8K halen met een overklokte GTX280 icm met een overklokte Q6600. Als je daarnaast ook nog een SMP client draait schat ik in dat je zo rond de 10K per dag uit zou komen.

[Wiethoofd]

Een Q6600 staat in geen verhouding tot een i7 920 processor, deze heeft 8 threads om clients op te draaien, waar de Q6600 4 cores heeft, en ze schijnen ook nog lekker over te clocken (al dan niet per core) dus daar moet je helemaal punten mee kunnen gaan pakken. 7 threads voor een SMP client en 1 voor je GPU.

En ik heet mezelf als nieuw lid voor het team FEG waar ik af en toe ook een eiwi(e)tje bij zal dragen.

Volgens mij had iemand in FEG een progsel waarmee je makkelijk van username kon switchen en dus voor andere users vouwen, linkje?

[Pulp Fiction]

Als je een Nvidia kaart gebruikt met driver 180.70 of hoger dan hoef je geen CPU-Core te reserveren voor de GPU.

Met de 180.70 driver is de CPU belasting zo goed als 0,01 %.

[Wiethoofd]

Pulp Fiction schreef op donderdag 11 december 2008 @ 22:25:
Als je een Nvidia kaart gebruikt met driver 180.70 of hoger dan hoef je geen CPU-Core te reserveren voor de GPU.

rephrase: 8 threads voor je SMP-clients en dan op een X58 chipset kan je sowieso 3 kaarten prikken dus mocht je een toereikend budget een toereikende voeding hebben

[smoking2000]

Wiethoofd schreef op donderdag 11 december 2008 @ 22:03:
Volgens mij had iemand in FEG een progsel waarmee je makkelijk van username kon switchen en dus voor andere users vouwen, linkje?

Dat was ik, met mijn random-folder.pl script.

Zie ook het topic: [Folding@Home] Announce: random-folder.pl

Dit script draait alleen op Mac OS X, Linux, FreeBSD & OpenBSD en is niet voorzien van support voor de Windows clients.

[Wiethoofd]

smoking2000 schreef op donderdag 11 december 2008 @ 22:43:
en is niet voorzien van support voor de Windows clients.

Fix dat dan eens even dat is namelijk het enige waarin ik m'n clients draai. 1 desktop waar ik ook nog gewoon op kan internetten tijdens het vouwen.

xahmol schreef op donderdag 11 december 2008 @ 16:59:
Ben binnenkort (lees nog voor de kerst) van plan een nieuwe PC te kopen met Intel Core i7 i-920 en een NVidia GTX280 kaart.

Ik kan hem niet laten :

Zal ook wel zo'n gevalletje worden, je bruutte bak staat te folden en jij speelt flashgames op je P4

[ Voor 39% gewijzigd door Wiethoofd op 11-12-2008 23:19 ]

[Wiethoofd]

oeps

[ Voor 95% gewijzigd door Wiethoofd op 11-12-2008 23:19 . Reden: dubbel :o ]

[Jejking]

Pulp Fiction schreef op donderdag 11 december 2008 @ 22:25:
Als je een Nvidia kaart gebruikt met driver 180.70 of hoger dan hoef je geen CPU-Core te reserveren voor de GPU.

Met de 180.70 driver is de CPU belasting zo goed als 0,01 %.

Wacht even. Die snap ik niet. Dan doet de GPU al het werk zélf? Kan niet. Een CPU moet toch de data aanvoeren die razendsnel door de GPU verwerkt wordt?

[Wiethoofd]

Jejking schreef op donderdag 11 december 2008 @ 23:22:
Wacht even. Die snap ik niet. Dan doet de GPU al het werk zélf? Kan niet. Een CPU moet toch de data aanvoeren die razendsnel door de GPU verwerkt wordt?

Met de nieuwe driver is dat niet/nauwelijks meer nodig, CUDA 2.1 volgens mij zorgt daar voor.

[Jejking]

Okee. In dat geval heb ik weinig gezegd. Iemand met screens? Ben wel nieuwsgierig of CUDA ook echt uitmaakt voor de scores.

[smoking2000]

Wiethoofd schreef op donderdag 11 december 2008 @ 22:44:
[...]

Fix dat dan eens even dat is namelijk het enige waarin ik m'n clients draai. 1 desktop waar ik ook nog gewoon op kan internetten tijdens het vouwen.

Ik verwacht niet snel de motivatie te hebben om random-folder naar Windows te porten. Perl op Windows is nog altijd niet zo natuurlijk, een .NET implementatie is dan meer op zijn plaatst. Maar om daar tijd in te steken zal ik meer motivatie nodig hebben. Ik gebruik zelf geen Windows, dus het eigen belang is erg laag.

[Wiethoofd]

smoking2000 schreef op donderdag 11 december 2008 @ 23:35:
Maar om daar tijd in te steken zal ik meer motivatie nodig hebben.

Als motivatie: works for you?

Ik gebruik zelf geen Windows, dus het eigen belang is erg laag.

Windows XP met SP3 valt 30 dagen gratis te installeren en te proberen zonder illegaal bezig te zijn, Vista idem; dus mocht je een partitie vrij kunnen maken en een dvd/cd'tje kunnen regelen

[smoking2000]

Wiethoofd schreef op donderdag 11 december 2008 @ 23:50:
[...]

Als motivatie: $$ works for you?

Als je mijn tijd voor de ontwikkeling van RandomFolder.NET wilt betalen wordt het natuurlijk een andere zaak.

Windows XP met SP3 valt 30 dagen gratis te installeren en te proberen zonder illegaal bezig te zijn, Vista idem; dus mocht je een partitie vrij kunnen maken en een dvd/cd'tje kunnen regelen

Ik heb helaas recentelijk een Windows XP Pro licentie moeten kopen nadat mijn VM onbruikbaar was geworden (was nog met de MSDN licentie van een oude werkgever geinstalleerd). Het probleem is niet dat ik niet over Windows beschik, ik heb XP en Vista onder VMware tot mijn beschikking. Ik vind ontwikkelen voor Windows niet echt bevredigend, omdat ik zelf de vruchten van mijn werk niet zal gebruiken. Daarom is ook de QD-GUI die ik in C#.NET 2.0 aan het ontwikkelen ben (sinds November 2006) nog steeds niet af.

[Wiethoofd]

smoking2000 schreef op vrijdag 12 december 2008 @ 00:03:
Als je mijn tijd voor de ontwikkeling van RandomFolder.NET wilt betalen wordt het natuurlijk een andere zaak.

Hangt er af wat je tarief is Mocht je het voor 50-100 euro voor elkaar krijgen en meer F@H'ers hebben er behoefte aan dan lijkt het me dat we met z'n allen wel wat op kunnen hoesten. Daar we Nederlanders blijven zou minder natuurlijk altijd beter zijn

[Anoniem: 63996]

simpele vraag. hoe laat ik 2 clients onder linux server draaien? ik doe het nu nog via 2 x een shell te openen maar de pc hier gaat straks weer sluiten tot het moment dat ik hier weer ben maar wil wel de server hier laten doordraaien.

[xahmol]

Wiethoofd schreef op donderdag 11 december 2008 @ 22:44:
Zal ook wel zo'n gevalletje worden, je bruutte bak staat te folden en jij speelt flashgames op je P4

Haha! Niet helemaal onjuist, al wil ik de PC ook gaan gebruiken voor Full HD AVCHD video editing, en dat kan ook wel een goede bak gebruiken.

[Grubeater]

Anoniem: 63996 schreef op vrijdag 12 december 2008 @ 06:04:
simpele vraag. hoe laat ik 2 clients onder linux server draaien? ik doe het nu nog via 2 x een shell te openen maar de pc hier gaat straks weer sluiten tot het moment dat ik hier weer ben maar wil wel de server hier laten doordraaien.

Ken je het programma screen? In een shell start je screen dat zorgt voor een shell die je kunt ontkoppelen, detachen en later weer kunt koppelen.
In je screen start je F@H, met CTRL+ a, d detach je de screen en log je uit op de server/sluit je de shell. Als je dan weer inlogt kun je met screen -r het ontkoppelde screen weer aankoppelen, F@H of het programma dat er in loopt werkt keurig door.
Heb je meerdere screen lopen op een pc dan moet je screen -r plus het nummer van het gewenste screen in typen, maar dat wijst zich vanzelf.
Meestal staat screen niet standaard geinstalleerd, maar dat is een kleine moeite.