[XP/Cygwin] Opslaan text output van programma in DOS-scherm

[gambieter]

Disclaimer: als een Cygwin window anders is dan een gewone DOS-prompt, dan zal ik verplaatsing naar CSA of NOS aanvragen

Ik heb voor mijn werk een C-programma gekregen voor bepaalde vergelijkingen. Om het op Windows te laten werken heb ik Cygwin geinstalleerd, en via GCC het programma gecompileerd. Het programma maakt vergelijkingen met welke een verbose output geeft, welke er als volgt uitzien:

code:

xx0004 NP_111111.1; 1207 2357 R        score: 87       82      55      149125
RNA   : tgggctcagaagtta
TARGET: atttgaggtatttgt

(random data, als voorbeeld)

Nu is het probleem waar ik tegen aanloop dat ik ruim 1700 van deze vergelijkingen laat doen in 1 run van het programma, en dat de programmeur niet de optie heeft ingebouwd om de output op te slaan in een textfile. Ik heb de buffers verhoogd van het DOS-scherm, maar daarmee krijg ik nog steeds niet de volledige output terug om te knippen/plakken. De Cygwin window is een opdrachtprompt venster, maar heeft een (Bash?) shell runnend waarbinnen je Unix commando's geeft.

Vraag is: is er een utility waarmee je de textinhoud van het DOS-scherm vastlegt in een textfile, zonder dat je die utility in het DOS-scherm zelf moet runnen? Of kan ik iets dergelijks in de Cygwin batch file opnemen?

[TheBorg]

code:

something.exe > output.txt

[ Voor 24% gewijzigd door TheBorg op 20-11-2008 16:22 ]

[gambieter]

TheBorg schreef op donderdag 20 november 2008 @ 16:21:

code:

something.exe > output.txt

Helaas, dit toevoegen aan de batch file helpt niet, de verbose output wordt niet in de textfile opgeslagen. Alleen als je een "ls" commando geeft, dan zie je de filenames opgeslagen worden. Blijkbaar is een Cygwin window door de bash shell toch anders?

[TheBorg]

Staan er @ tekens in de batch file? Ik neem aan dat de batch file de opdracht regels genereerd om het programma te starten. Probeer anders aan elke opdracht regel die door de batch file wordt gegenereerd de > output.txt toe te voegen.

[gambieter]

TheBorg schreef op donderdag 20 november 2008 @ 16:33:
Staan er @ tekens in de batch file? Ik neem aan dat de batch file de opdracht regels genereerd om het programma te starten. Probeer anders aan elke opdracht regel die door de batch file wordt gegenereerd de > output.txt toe te voegen.

De batchfile is erg simpel :

code:

@echo off
C:
chdir C:\cygwin\bin
bash --login -i

Ik heb aan de laatste regel ">something.txt" toegevoegd, aan de rest lijkt het me niet zo zinvol aangezien het gewoon standaard commando's zijn.

Maar je hebt me wel op een idee gebracht! Ik ga eens zoeken naar mogelijkheden binnen het Bash-programma. Thanks

[TheBorg]

Met "bash --login -i" start je toch alleen Bash? Maar wat gebeurd er daarna?

[gambieter]

TheBorg schreef op donderdag 20 november 2008 @ 16:50:
Met "bash --login -i" start je toch alleen Bash? Maar wat gebeurd er daarna?

Daarna kom je in de Bash shell en emuleer je een Unix omgeving.

[DizzyWeb]

gambieter schreef op donderdag 20 november 2008 @ 16:52:
[...]

Daarna kom je in de Bash shell en emuleer je een Unix omgeving.

Waar voeg je dan "> something.txt" toe in die batch file? Als het programma dat je runt helemaal niet vanuit die batchfile gerund wordt?

[Mental]

als je in cygwin bent.. draai dan ./proggie > output.txt.
Mount dan ook even een lokale directory en zorg dat je daarnaar verwijst ( > /mnt/output/output.txt oid).

[TheBorg]

M.a.w. als je in Bash zit, dan moet je ergens die "> something.txt" toevoegen.

[Mental]

TheBorg schreef op donderdag 20 november 2008 @ 17:07:
M.a.w. als je in Bash zit, dan moet je ergens die "> something.txt" toevoegen.

En er ook voor zorgen dat "something.txt" niet in je cygwin omgeving wordt opgeslagen want anders heb je er nog weinig aan.

[gambieter]

L4m0r schreef op donderdag 20 november 2008 @ 17:07:
als je in cygwin bent.. draai dan ./proggie > output.txt.
Mount dan ook even een lokale directory en zorg dat je daarnaar verwijst ( > /mnt/output/output.txt oid).

Bingo! Ik was te ongeduldig , het wordt pas weggeschreven naar de lokale textfile als de hele analyse is afgewerkt. Met een minianalyse werkte het wel.

Dank allemaal