Staan alle DNA codes van de mens ook op internet?

[Verwijderd]

Staan alle DNA codes van de mens ook op internet?
En zouden al deze codec op een CD'tje passen?

[Verwijderd]

Zal wel joh... :?:?

[Bolk]

phoe.. zou ut niet weten...

[Verwijderd]

Vast niet. Het bedrijf dat ze als eerste zegt te hebben ontcijferd is een commercieel bedrijf en die gaat er vast patent op aanvragen of heeft het inmiddels al.

[Verwijderd]

ze staan erop. Ik weet ff de link niet meer, die heb ik een paar maanden geleden voor een introductievak nog eens moeten zoeken. We hadden hem binnen een half uurtje dus echt veel moeite mag het je niet kosten om hem te vinden...

[compie]

Tuurlijk staan ze d'r op: bij het Human Gnome Project

http://www.ornl.gov/hgmis/

[Gene]

Ik kan wel alle DMA codes van mijn pc op het net zetten.
Interesse ??

[Wildfire]

Jans, dat bedrijf mag dan misschien wel commerciëel zijn maar ze hadden bij voorbaat al toegezegd alle kennis vrijelijk beschikbaar te stellen zodat het uiteindelijk de gehele mensheid ten goede zou kunnen komen.

Daarnaast, ik dacht dat het wettelijk verboden is patent e.d. aan te vragen op dergelijke (biologische) zaken.

[Diadem]

Ik heb het niet echt gevolgt, maar ze hebben inderdaad voor zover ik weet gewoon de hele 'broncode' 'vrijgegeven'...

waar ze hun geld dan vandaan halen? Tsja...

iig is de mens nu officieel open-source :-)

[Diadem]

maaruh, waar staat die code nu dan?
want die pagina is groot, maar ik zie daar geen sequencie...

[-=Confuzer=-]

hhmm appart

[-=Confuzer=-]

eeuuhh... ik heb d'r vaak gezocht... was vooral geinteresseerd in telomeer eind seuqenties...

http://publication.celera.com/
is er 1, maar er zijn meerdere

Maar het is btw maar van 1 persoon hoor

[Jag]

Maaruh, wat heb je in godsnaam aan een miljard (zo iets) G,T,A en C's:?

Jag

[JvS]

Op donderdag 22 februari 2001 09:58 schreef illem het volgende:
Staan alle DNA codes van de mens ook op internet?
En zouden al deze codec op een CD'tje passen?

Ik neem aan dat je weet dat het met een C, G, T en een A wordt gecodeerd?
Dat is dus maar een twee bitjes per basepaar (bijvoorbeeld 00 voor C 01, voor G, 10 voor T en 11 voor A). Dus in een byte kan je al 4 van die dingen kwijt.


Het genoom heeft er +/- 3.000.000.000 (van die baseparen) dus dat kost 715 Mbyte. Met een beetje overburnen moet dat dus wel lukken .

Sterker nog, zo'n beetje 75% bestaat uit repeterende zooi zoals ACACACACACACACACACACAC, en dat dan 200.000 tekens lang... Dat moet wel te comprimeren zijn, met een simpel zipje...

Ik denk dat het wel tot 25Mb samengeperst kan worden.....

[JvS]

Maaruh, wat heb je in godsnaam aan een miljard (zo iets) G,T,A en C's

Je kan er zelf volgens mij helemaal niets mee, maar als je een computerprogramma hebt dat alle enzymen nabootst, kan je dus begrijpen welk gen waar ligt (en dus ook welk gen ook echt een gen is...).

Beetje lastig uit te leggen, maar ik denk dat www.hugo.com wel wat uitleg heeft (er van uitgaande dat het "human Genome Project" die domeinnaam heeft).

/edit: Ehrm nee, dat is dus Hugo Boss, die gebruik ik trouwens wel
Dit is een iets toffere link:
http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nature/journal/v409/n6822/full/409934a0_fs.html

[Verwijderd]

Werkte het maar zo, JvS... maar als je een stuk DNA hebt, kan je daar niet aan aflezen wat voor eiwit je precies krijgt.

Dat wordt nog heel veel werk om allemaal uit te zoeken...

[JvS]

Je kan toch wel zien welke aminozuren er gemaakt worden?

Ik bedoel, je hebt een startcodon, met daarachter een "kloppende zin", dus niet gelijk na 30 bases een stopcodon. Dan na een tijdje heb je wel een stopcodon. Dan heb je nog die stukken die er tussenuit gaan (intronen??), en dan heb je toch gewoon het Eiwit? Je weet alleen de ruimtelijke structuur niet, je kan wel zien dat dat een eiwit is...

Daaruit kan je toch zien wat voor eiwit het wordt?

De moeilijkheid ligt volgens mij in het stukje VOOR het startcodon... Dus wanneer welk eiwit en welke hoeveelheid gemaakt wordt. Dat kan je niet zien aan DNA, geloof ik... Ben nog niet _echt_ ontwikkeld op dat gebied, maar ik doe m'n best .

[Verwijderd]

neehoor, in principe heb je wel gelijk, je kan idd van een gen de aminozuursequentie zien [aangenomen dat je weet waar het gen begint, maar daar heb je speciale startcodons voor] maar dan komt het probleem:
je weet niet precies hoe de interacties zijn tussen de aminozuren, dus weet je niet hoe de streng aminozuren zich gaat vouwen. Sommige standaardvouwingen zijn al bekend, maar het is nog steeds heel veel werk om uit te vinden hoe het precies werkt. Leuk he

[Verwijderd]

Ik bedoel, je hebt een startcodon, met daarachter een "kloppende zin", dus niet gelijk na 30 bases een stopcodon. Dan na een tijdje heb je wel een stopcodon. Dan heb je nog die stukken die er tussenuit gaan (intronen??), en dan heb je toch gewoon het Eiwit? Je weet alleen de ruimtelijke structuur niet, je kan wel zien dat dat een eiwit is...

Daaruit kan je toch zien wat voor eiwit het wordt?

exons/introns is een van de problemen. Het is niet altijd zo gemakkelijk te zien wat een intron en wat een exon is... Daarnaast wordt het RNA soms ook nog gemodificeerd door enzymen, en het eiwit dat eruit komt rollen ook. Hier gaan nog stukken vanaf, het wordt doormidden geknipt waarna de 2 ketens op een andere manier (zwavelbruggen) weer aan elkaar gezet worden, enzovoorts. Tot slot wordt het eiwit dat je daarna krijgt gevouwen enz, waardoor er een ruimtelijke structuur ontstaat die weinig tot niets te maken heeft met de sequentie. Er zijn wel computerprogramma's die deze vouwing proberen te berekenen op basis van de sequentie maar erg goed werkt dit nog niet. Een van de problemen hiermee is de invloed van hulpeiwitten (chaperones) bij het vouwen.

[-=Confuzer=-]

hhmmm wordt de 3D structuur van DNA bepaald door de ACGT moleculen -> waterstofbruggen of door iets anders?
Anders kan je nog weinig simuleren...

oops, edit , zie boven voor antwoord