Extreem lang verhaal en erg duidelijk ben je niet. Wat zijn nu precies je vragen? Wat wil je nou precies?
Ik hoor je over de buffergrootte; is je vraag nou welke van de twee sneller is? Verder iets over partitieindeling. Kortom stel eens helder en puntgewijs je vragen dan kan ik ook doelgericht antwoorden.
Over je vraag of het beter is 24/7 te draaien: daarover verschillen de meningen. Het is wel bekend dat hardeschijffabrikanten een specificatie opgeven van het aantal start/stop cycles; je kunt er vanuit gaan dat deze de meeste slijtage geven. Aan de andere kant mogen veel 'consumentenschijven' niet 24/7 draaien; en bestaat er ook het gevaar van een te hoge temperatuur als je geen actieve koeling hebt. Ik denk dat je je schijven wel prima 24/7 kunt laten draaien mits je zorgt dat ze koel zijn (33 graden max; alhoewel andere mensen zullen stellen dat warmer ook in orde is).
Over je schijfconfiguratie: die promise controller zit waarschijnlijk via PCI; dat kan ook een limiterende factor zijn. Niet eens vanwege de bandbreedte (die je overigens deelt met USB; Audio; I/O poorten etc) maar evenals de latency. Afgezien van dat is het wel aannemelijk dat je SATA schijf een stuk sneller is. Als je een applicatie hebt die twee datastromen hanteert (1: lezen, 2: schrijven ofwel input + output), zorg dan dat beide op een andere fysieke disk terecht komen.
Als je nog meer vragen hebt moet je die maar gericht stellen.