[gentoo] Portage kan geen files aanmaken?

[Rowdy.nl]

Afgelopen week heb ik geprobeerd om mysql te updaten. ik meen dat ik 4.0.23 ofzo geïnstalleerd had. Na een emerge --sync en het updaten van portage probeerde ik mysql te emergen. Dat wou ie doen naar de laatste 4.1.x versie. Dat ging nog wel, maar MySQL weigerde te starten. Allemaal erg vage foutmeldingen, leek erop dat hij nog oude stukken van 4.0.23 had. Dus de hele zooi gedeïnstalleerd en alle systeemmappen van MySQL weggegooid.

Daarna geprobeerd om MySQL geprobeerd opnieuw te installeren, maar ik krijg het op geen enkele manier voor elkaar. Eerst was emerge aan het zeuren dat ie niet in de sandbox mocht schrijven. Okey, dan maar Sandbox uitgezet (FEATURES="-sandbox") en daarna kreeg ik onderstaande foutmelding.

Toen geprobeerd de laatste 4.0.x te installeren. Zelfde probleem. Compleet gefrusteerd maar proberen een unstable, masked 5.0.x versie geprobeerd te installeren. Tuurlijk weer hetzelfde geintje. Nu met de sandbox geupdate te hebben en weer aangezet te hebben nog steeds hetzelfde probleem (krijg niet meer die sandbox melding?)

Tot nu toe geprobeerd:
- 4.0.x, 4.1.x, 5.0.x geprobeerd te installeren
- Portage updaten
- Sandbox geupdate
- env-update
- emerge --metadata
- regenworld

Iemand een idee wat ik vern**kt kan hebben, of gruwelijk fout doe?

code:

...
test -z "/usr/sbin" || mkdir -p -- "/var/tmp/portage/mysql-5.0.24-r1/image//usr/sbin"
  /bin/sh ../../libtool --preserve-dup-deps --mode=install /bin/install -c 'mysqlmanager' '/var/tmp/portage/mysql-5.0.24-r1/image//usr/sbin/mysqlmanager'
/bin/install -c mysqlmanager /var/tmp/portage/mysql-5.0.24-r1/image//usr/sbin/mysqlmanager
make[4]: Nothing to be done for `install-data-am'.
make[4]: Leaving directory `/var/tmp/portage/mysql-5.0.24-r1/work/mysql/server-tools/instance-manager'
make[3]: Leaving directory `/var/tmp/portage/mysql-5.0.24-r1/work/mysql/server-tools/instance-manager'
make[3]: Entering directory `/var/tmp/portage/mysql-5.0.24-r1/work/mysql/server-tools'
make[4]: Entering directory `/var/tmp/portage/mysql-5.0.24-r1/work/mysql/server-tools'
make[4]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
make[4]: Nothing to be done for `install-data-am'.
make[4]: Leaving directory `/var/tmp/portage/mysql-5.0.24-r1/work/mysql/server-tools'
make[3]: Leaving directory `/var/tmp/portage/mysql-5.0.24-r1/work/mysql/server-tools'
make[2]: Leaving directory `/var/tmp/portage/mysql-5.0.24-r1/work/mysql/server-tools'
make[1]: Leaving directory `/var/tmp/portage/mysql-5.0.24-r1/work/mysql'
install: cannot stat `/usr/include/mysql/my_config.h': No such file or directory
install: cannot stat `/usr/include/mysql/my_dir.h': No such file or directory
touch: cannot touch `/var/tmp/portage/mysql-5.0.24-r1/image// /var/lib/mysql/.keep_dev-db_mysql-0': No such file or directory

!!! ERROR: dev-db/mysql-5.0.24-r1 failed.
Call stack:
  ebuild.sh, line 1546:   Called dyn_install
  ebuild.sh, line 1020:   Called src_install
  ebuild.sh, line 1255:   Called mysql_src_install
  mysql.eclass, line 507:   Called keepdir ' /var/lib/mysql'
  ebuild.sh, line 337:   Called die

!!! Failed to create .keep in /var/tmp/portage/mysql-5.0.24-r1/image// /var/lib/mysql
!!! If you need support, post the topmost build error, and the call stack if relevant.

Voor de 4.x versies de gebruikte useflags:

code:

[ebuild  N    ] dev-db/mysql-4.0.27  USE="berkdb perl ssl -big-tables -debug -embedded -minimal -raid (-selinux) -srvdir -static" 0 kB

-en-

[ebuild  N    ] dev-db/mysql-4.1.21  USE="berkdb perl ssl -big-tables -cluster -debug -embedded -extraengine -latin1 -minimal -raid (-selinux) -srvdir -static" 0 kB

make.conf

code:

USE="gnome gtk -kde -qt alsa cdr msn xmms mysql cups doomaticdb ppds gd readline snmp icq imap flash samba ssl vhosts xml zlib apache2 pam kerberos php"

Package.use

code:

deb-db/mysql innodb berkdb

[Verwijderd]

Hoe deinstalleer jij?
En in principe blijven er na een update geen oude files over, aangezien portage die netjes allemaal verwijderd. Jammer dat je die originele foutmeldingen niet meer hebt, waarschijnlijk werden die gewoon veroorzaakt door een foute config. etc-update gedaan na de upgrade?

Haal alle rotzooi eens uit je package.unmask, package.keywords en doe eens:
"emerge -C mysql* && emerge mysql && etc-update"

[ Voor 18% gewijzigd door Verwijderd op 17-10-2006 19:36 ]

[Rowdy.nl]

been there, done that...

Ik heb dit gedaan toen, gewoon de lange versie van die van jou...

code:

#emerge --unmerge mysql

Nogmaals:

code:

# emerge -C mysql

--- Couldn't find 'mysql' to unmerge.

>>> No packages selected for removal by unmerge.

Emerge mysql runt nu, kan nog wel een uurtje of twee duren. daarna waarschijnlijk dezelfde foutmelding...


Ik zal ondertusse mijn logs es doorspitten... Zit vast nog wel wat in...

[Rowdy.nl]

Hmz, volgens mijn emerge.log heb ik de afgelopen 4 dagen aardig wat geprobeerd...

16x dev-db/mysql-4.1.21
2x dev-db/mysql-5.0.24-r1
2x dev-db/mysql-4.0.27

Verder staat er niet veel interessants in, het zegt alleen per keer proberen zoiets als:

code:

1161094696: Started emerge on: Oct 17, 2006 16:18:16
1161094696:  *** emerge -av mysql
1161094705:  >>> emerge (1 of 1) dev-db/mysql-4.1.21 to /
1161094705:  === (1 of 1) Cleaning (dev-db/mysql-4.1.21::/usr/portage/dev-db/mysql/mysql-4.1.21.ebuild)
1161094708:  === (1 of 1) Compiling/Merging (dev-db/mysql-4.1.21::/usr/portage/dev-db/mysql/mysql-4.1.21.ebuild)
1161103060:  *** terminating.

Er staat wel in dat ik mysql geupdate heb, en daarna php/apache... Daarna wou MySQL niet meer starten, zou het daar aan kunnen liggen?

/var/log/messages staat niets interessants in... (Behalve een ip van een of andere malloot die probeert via brute force me ssh binnen te komen... Lutser... )

[Verwijderd]

Rowdy.nl schreef op dinsdag 17 oktober 2006 @ 20:27:
Hmz, volgens mijn emerge.log heb ik de afgelopen 4 dagen aardig wat geprobeerd...

16x dev-db/mysql-4.1.21
2x dev-db/mysql-5.0.24-r1
2x dev-db/mysql-4.0.27

Verder staat er niet veel interessants in, het zegt alleen per keer proberen zoiets als:

code:

1161094696: Started emerge on: Oct 17, 2006 16:18:16
1161094696:  *** emerge -av mysql
1161094705:  >>> emerge (1 of 1) dev-db/mysql-4.1.21 to /
1161094705:  === (1 of 1) Cleaning (dev-db/mysql-4.1.21::/usr/portage/dev-db/mysql/mysql-4.1.21.ebuild)
1161094708:  === (1 of 1) Compiling/Merging (dev-db/mysql-4.1.21::/usr/portage/dev-db/mysql/mysql-4.1.21.ebuild)
1161103060:  *** terminating.

Er staat wel in dat ik mysql geupdate heb, en daarna php/apache... Daarna wou MySQL niet meer starten, zou het daar aan kunnen liggen?

/var/log/messages staat niets interessants in... (Behalve een ip van een of andere malloot die probeert via brute force me ssh binnen te komen... Lutser... )

Ik had het over je handmatig verwijderen van mappen.
Want ik vroeg me af wat je dan wel niet weggehaald hebt.

En je leest niet goed wat ik zeg.
Kijk nog eens goed naar het emerge -C command wat ik je gaf.
Ik deed "emerge -C mysql*".
De * zorgt ervoor dat hij ALLE versies van MySQL deinstalleerd.
Vervolgens 1 emerge om de stable x86 MySQL te installeren, en vervolgens een etc-update om te controleren of al je config files zijn wat ze moeten zijn.

In je emerge.log ga je sowieso niks vinden over waarom mysqld niet wilde starten, dat staat afhankelijk van je syslog in /var/log/everything of /var/log/messages. Of misschien in een aparte /var/log/mysql. Daar kan ik alleen maar naar gokken. De errors moeten ergens heengegaan zijn, desnoods je console.

[ Voor 9% gewijzigd door Verwijderd op 18-10-2006 01:26 ]

[Hagar]

Welke DATADIR gebruikt portage, dit zegt ie aan het begin.

En graag de output van de volgende cmd's

emerge --info --verbose | grep ROOT

"my_print_defaults" mysqld 2>/dev/null | sed -ne '/datadir/s|^--datadir=||p' | tail -n1

grep ^datadir "/etc/mysql/my.cnf" | sed -e 's/.*=\s*//'

Het lijkt er namelijk op dat er ergens een spatie voor de DATADIR komt.

[ Voor 80% gewijzigd door Hagar op 18-10-2006 01:57 ]

[Rowdy.nl]

@fabio, met of zonder ster, er is niets geïnstalleerd.

code:

#emerge -C mysql*

-- Couldn't find 'mysql*' to unmerge.

>>> No packages selected for removal by unmerge.

In /var/log/messages staat niets raars, alleen een keer iets dat ik mysql probeer te stoppen terwijl ie niet runt, en verder een hoop zooi van volk dat probeert in mijn mysql server te komen...?

code:

Oct 17 14:54:28 tcit rc-scripts: ERROR:  "mysql" has not yet been started.
Oct 18 07:44:19 tcit sshd[5554]: error: Could not get shadow information for mysql
Oct 18 07:44:19 tcit sshd[5554]: Failed password for mysql from 193.93.30.40 port 44824 ssh2

Verder geen echt interessante logs (lastlog kan ik niet lezen, is binary?) In de map sandbox staat alleen een log van php en een lege .keep_*.

code:

log # ls -al
total 77344
drwxr-xr-x    9 root     root         4096 Oct 13 16:47 .
drwxr-xr-x   19 root     root         4096 Jul 5 14:35 ..
-rw-r--r--    1 root     root        13051 Jan 12  2006 XFree86.0.log
-rw-r--r--    1 root     root        12976 Jan 12  2006 XFree86.0.log.old
drwxr-xr-x    2 root     root         4096 Oct 12 16:52 apache2
drwxr-xr-x    2 root     root         4096 Dec 21  2005 cups
-rw-rw----    1 portage  portage    354143 Oct 18 10:17 emerge.log
drwxr-xr-x    2 root     root         4096 Feb 15  2006 games
-rw-r--r--    1 root     root       294044 Oct 18 09:49 lastlog
-rw-r--r--    1 root     root        40788 Nov 28  2004 log.nmbd
-rw-r--r--    1 root     root         7124 Nov 28  2004 log.smbd
-rw-------    1 root     root     59845197 Oct 18 10:26 messages
-rw-r--r--    1 root     root           25 Oct 12 17:12 net-snmpd.log
drwxr-xr-x    2 root     root         4096 Feb 19  2004 news
-rw-r--r--    1 root     root         1886 Oct 12 17:16 ntp.log
drwxr-xr-x    2 root     root        16384 Sep 27 23:31 samba
drwxrwx---    2 root     portage      4096 Oct 16 13:56 sandbox
-rw-r--r--    1 root     root       117894 Apr 21  2004 scrollkeeper.log
drwxr-xr-x    2 root     root         4096 Jul 19  2005 webmin
-rw-rw-r--    1 root     utmp      5467008 Oct 18 10:15 wtmp
-rw-r--r--    1 root     root        18276 Apr 15  2004 xdm.log
-rw-r--r--    1 root     root     13104752 Oct 11 23:56 xferlog

log # ls -al sandbox/
total 12
drwxrwx---    2 root     portage      4096 Oct 16 13:56 .
drwxr-xr-x    9 root     root         4096 Oct 13 16:47 ..
-rw-r--r--    1 root     root            0 Oct 17 14:38 .keep_sys-apps_sandbox-0
-rw-r--r--    1 root     root           13 Oct 12 14:08 sandbox-dev-lang_-_php-5.1.6-r4-13830.log

@Hagar: Datadir is /var/tmp/portage. Ik denk trouwens niet dat dat het probleem is, ik kan andere packages wel gewoon emergen.

code:

# emerge --info --verbose | grep ROOT
PORTAGE_CONFIGROOT="/"
ROOT="/"
ROOTPATH="/usr/local/bin:/opt/bin:/usr/i686-pc-linux-gnu/gcc-bin/3.3:/usr/X11R6/bin:/usr/qt/3/bin:/usr/kde/3.2/sbin:/usr/kde/3.2/bin"

# "my_print_defaults" mysqld 2>/dev/null | sed -ne '/datadir/s|^--datadir=||p' | tail -n1

# grep ^datadir "/etc/mysql/my.cnf" | sed -e 's/.*=\s*//'
 /var/lib/mysql

Alhoewel ik niet begrijp wat die kde in dat eerste command doet...? In mijn use flags staat "-kde"

[ Voor 59% gewijzigd door Rowdy.nl op 18-10-2006 10:36 ]

[Hagar]

Rowdy.nl schreef op woensdag 18 oktober 2006 @ 10:11:
@Hagar: Datadir is /var/tmp/portage.

/var/tmp/portage ???
Weet je dat heel zeker?
Dat is een tijdelijke directory, zeker geen plaats om een mysql database te plaatsen.

Ik denk trouwens niet dat dat het probleem is, ik kan andere packages wel gewoon emergen.

DATADIR is specifiek voor mysql, dus dit is het probleem juist wel.

code:

# grep ^datadir "/etc/mysql/my.cnf" | sed -e 's/.*=\s*//'
 /var/lib/mysql

Er hoort geen whitespace voor /var/lib/mysql te staan.
Dit zou door sed moeten worden opgevangen maar blijkbaar doet deze dat niet.
Maak eens een backup van je my.cnf en emerge mysql dan nog eens.

mv /etc/mysql/my.cnf /etc/mysql/my.cnf.old && emerge mysql

Alhoewel ik niet begrijp wat die kde in dat eerste command doet...? In mijn use flags staat "-kde"

-kde betekend niet dat je geen kde packages geinstalleerd kan hebben.

equery belongs /etc/env.d/*kde*

Edit: equery zit in app-portage/gentoolkit

[ Voor 14% gewijzigd door Hagar op 18-10-2006 16:20 . Reden: cleanup ]

[Rowdy.nl]

Ik meende dat je de datadir van portage bedoelde, deze laat portage nl zien aan het begin van emerge.

Het lijkt erop dat je inderdaad gelijk hebt...

code:

# emerge mysql
Calculating dependencies... done!

>>> Emerging (1 of 1) dev-db/mysql-4.1.21 to /
 * mysql-4.1.21.tar.gz MD5 ;-) ...                                      [ ok ]
 * mysql-4.1.21.tar.gz RMD160 ;-) ...                                   [ ok ]
 * mysql-4.1.21.tar.gz SHA1 ;-) ...                                     [ ok ]
 * mysql-4.1.21.tar.gz SHA256 ;-) ...                                   [ ok ]
 * mysql-4.1.21.tar.gz size ;-) ...                                     [ ok ]
 * mysql-patchset-4.1.21-r1.tar.bz2 MD5 ;-) ...                         [ ok ]
 * mysql-patchset-4.1.21-r1.tar.bz2 RMD160 ;-) ...                      [ ok ]
 * mysql-patchset-4.1.21-r1.tar.bz2 SHA1 ;-) ...                        [ ok ]
 * mysql-patchset-4.1.21-r1.tar.bz2 SHA256 ;-) ...                      [ ok ]
 * mysql-patchset-4.1.21-r1.tar.bz2 size ;-) ...                        [ ok ]
 * checking ebuild checksums ;-) ...                                    [ ok ]
 * checking auxfile checksums ;-) ...                                   [ ok ]
 * checking miscfile checksums ;-) ...                                  [ ok ]
 * checking mysql-4.1.21.tar.gz ;-) ...                                 [ ok ]
 * checking mysql-patchset-4.1.21-r1.tar.bz2 ;-) ...                    [ ok ]
>>> Unpacking source...
 * MySQL DATADIR is  /var/lib/mysql

Twee spaties...

En na je suggestie:

code:

# mv /etc/mysql/my.cnf /etc/mysql/my.cnf.old && emerge mysql
Calculating dependencies... done!

>>> Emerging (1 of 1) dev-db/mysql-4.1.21 to /
 * mysql-4.1.21.tar.gz MD5 ;-) ...                                      [ ok ]
 * mysql-4.1.21.tar.gz RMD160 ;-) ...                                   [ ok ]
 * mysql-4.1.21.tar.gz SHA1 ;-) ...                                     [ ok ]
 * mysql-4.1.21.tar.gz SHA256 ;-) ...                                   [ ok ]
 * mysql-4.1.21.tar.gz size ;-) ...                                     [ ok ]
 * mysql-patchset-4.1.21-r1.tar.bz2 MD5 ;-) ...                         [ ok ]
 * mysql-patchset-4.1.21-r1.tar.bz2 RMD160 ;-) ...                      [ ok ]
 * mysql-patchset-4.1.21-r1.tar.bz2 SHA1 ;-) ...                        [ ok ]
 * mysql-patchset-4.1.21-r1.tar.bz2 SHA256 ;-) ...                      [ ok ]
 * mysql-patchset-4.1.21-r1.tar.bz2 size ;-) ...                        [ ok ]
 * checking ebuild checksums ;-) ...                                    [ ok ]
 * checking auxfile checksums ;-) ...                                   [ ok ]
 * checking miscfile checksums ;-) ...                                  [ ok ]
 * checking mysql-4.1.21.tar.gz ;-) ...                                 [ ok ]
 * checking mysql-patchset-4.1.21-r1.tar.bz2 ;-) ...                    [ ok ]
>>> Unpacking source...
 * Using default DATADIR
 * MySQL DATADIR is /var/lib/mysql
>>> Unpacking mysql-4.1.21.tar.gz to /var/tmp/portage/mysql-4.1.21/work

Wel vaag, in de my.cnf staat overal waar een directory ingevuld is "dir = /var/...", dus met een spatie tussen de '=' en de directory.

Ik zal em straks even compleet door laten compileren (ben nu gcc aan het updaten)..

In ieder geval alvast bedankt, en ik zal vanavond even laten weten of het gelukt is...

[ Voor 64% gewijzigd door Rowdy.nl op 18-10-2006 16:43 ]

[Rowdy.nl]

Ja dus, hij is nu goed gecompileerd...

Hagar, thanks voor je hulp...