[Rosetta@Home] hitparade van 31 mei

[Nakebod]

Het is weer lang geleden dat ik hier was, en nog langer geleden dat ik de stats gepost heb.
Ondanks mijn afwezigheid zie ik dat de stats er nog netjes uitzien, bijna 320k vandaag , mede mogelijk gemaakt door de flush van BurnHard. Hij blijft maar bezig

Vandaag 5 nieuwe koeien te verwelkomen:
Fake, Giel van Schijndel, Damien, Andrew, datraxzz.
Allen hartelijk welkom, en veel graasplezier!
Vandaag zijn er ook al lekker veel mijlpalen uit te delen, ze zijn vers gepoetst, en glimmen erg hard. Wees er zuinig op!

Hier een groot bericht van David Baker, ik zal hem niet helemaal posten, lees zelf maar verder.

quote: http://boinc.bakerlab.org..._thread.php?id=1177#11591

Many of you have suggested that I give more frequent feedback on what is happening with Rosetta@home. I'm very happy to do this, and
will try to make nightly posts here (I don't promise every day!). I'll also start a second thread where people can post comments/questions related to the journal which I can try to answer as well.

It has been an extremely exciting week for the project! Divya and I for the past two months have been improving the algorithms in rosetta based on tests on a set of ten proteins whose names you are probably quite familiar with by now. David Kim tested the improved method on an additional set of about 25 proteins. He has been so busy trying to fix the problems causing the WU errors that he hasn't had much time to analyze the results, but David and I took a quick look yesterday and the results are pretty amazing--for about half of them the lowest energy structure was quite close to the correct (native) structure. Since we hadn't used this set in improving the method, it suggests that the improvements we have made are pretty general, and that we are making significant progress towards solving the protein structure prediciton for small proteins.
...

[Rosetta@Home] hitparade van 31 mei 2006

Subteams Daily Top 30
pos		daily	user	total		procent
1.	( 20)	70.122,70	BurnHard	821.556,43	(7)	21,6 %
2.	( 1)	28.913,30	Cureseekers	3.860.600,72	(1)	8,9 %
3.	( 1)	22.813,60	[DPC]FOKschaap	3.358.571,08	(2)	7,0 %
4.	( 1)	18.790,80	Grutte Pier [Wa Oars]	1.845.426,46	(5)	5,8 %
5.	( 3)	18.498,60	Los Alcoholicos	2.962.186,88	(3)	5,7 %
6.	( 3)	15.231,50	[DPC] Team ColdFusion	865.139,52	(6)	4,7 %
7.	( 1)	10.786,40	[DPC]TeamHC	215.223,86	(23)	3,3 %
8.	( 1)	10.338,20	MetalMike	254.639,04	(20)	3,2 %
9.	( 1)	8.651,55	borkescomputers	296.468,71	(16)	2,7 %
10.	( 3)	7.384,48	Team_Elteor_Borislavj	2.035.925,20	(4)	2,3 %
11.	( 2)	5.104,63	Team_Gaol	748.551,06	(8)	1,6 %
12.	( 1)	4.964,45	TeamBVD	479.640,82	(10)	1,5 %
13.	()	4.917,18	Damien	4.917,18	(244)	1,5 %
14.	( 2)	3.572,90	Grimburgoth	38.629,25	(84)	1,1 %
15.	( 3)	3.507,32	Tukkertje	361.218,81	(12)	1,1 %
16.	( 8)	3.427,60	MolAnO	167.165,37	(30)	1,1 %
17.	( 11)	3.423,87	Dutch Power Chicken	327.231,41	(13)	1,1 %
18.	( 1)	2.998,23	Creative ID	73.321,32	(56)	0,9 %
19.	( 19)	2.837,52	DaapGerrit	10.369,98	(177)	0,9 %
20.	()	2.804,68	Mbc	259.947,54	(19)	0,9 %
21.	( 5)	2.780,39	AJSL	320.014,89	(14)	0,9 %
22.	( 3)	2.551,20	Cosmic Cows	297.284,67	(15)	0,8 %
23.	( 4)	2.408,19	[DPC]Division_Brabant	247.211,91	(22)	0,7 %
24.	( 213)	2.368,91	DPC Frederik	129.391,60	(36)	0,7 %
25.	( 3)	2.277,65	Basjes	73.117,49	(57)	0,7 %
26.	( 11)	2.266,93	DPC_Schotse_Hooglanders	144.064,25	(35)	0,7 %
27.	( 17)	2.203,19	[DPC] Puchelaar & TonioG	152.950,22	(32)	0,7 %
28.	( 5)	2.180,66	Patman	193.595,82	(25)	0,7 %
29.	( 4)	2.077,44	Markosoft	51.533,82	(67)	0,6 %
30.	( 3)	2.044,88	Searchy Internet Services V.O.F.	3.358,52	(277)	0,6 %
More...

Subteams Overall Top 30
pos		overall	user	daily		procent
1.	()	3.860.600,72	Cureseekers	28.913,30	(2)	12,9 %
2.	()	3.358.571,08	[DPC]FOKschaap	22.813,60	(3)	11,3 %
3.	()	2.962.186,88	Los Alcoholicos	18.498,60	(5)	9,9 %
4.	()	2.035.925,20	Team_Elteor_Borislavj	7.384,48	(10)	6,8 %
5.	()	1.845.426,46	Grutte Pier [Wa Oars]	18.790,80	(4)	6,2 %
6.	()	865.139,52	[DPC] Team ColdFusion	15.231,50	(6)	2,9 %
7.	()	821.556,43	BurnHard	70.122,70	(1)	2,8 %
8.	()	748.551,06	Team_Gaol	5.104,63	(11)	2,5 %
9.	()	720.466,51	[DPC]Team Switch	676,28	(53)	2,4 %
10.	()	479.640,82	TeamBVD	4.964,45	(12)	1,6 %
11.	()	421.257,38	NoizyCows	1.544,29	(34)	1,4 %
12.	()	361.218,81	Tukkertje	3.507,32	(15)	1,2 %
13.	()	327.231,41	Dutch Power Chicken	3.423,87	(17)	1,1 %
14.	()	320.014,89	AJSL	2.780,39	(21)	1,1 %
15.	()	297.284,67	Cosmic Cows	2.551,20	(22)	1,0 %
16.	( 1)	296.468,71	borkescomputers	8.651,55	(9)	1,0 %
17.	( 1)	295.021,12	JZ-power	1.386,67	(36)	1,0 %
18.	()	286.626,53	M_P_G	783,89	(50)	1,0 %
19.	()	259.947,54	Mbc	2.804,68	(20)	0,9 %
20.	( 2)	254.639,04	MetalMike	10.338,20	(8)	0,9 %
21.	( 1)	252.579,79	[DPC]NGS	0,00	(203)	0,8 %
22.	( 1)	247.211,91	[DPC]Division_Brabant	2.408,19	(23)	0,8 %
23.	()	215.223,86	[DPC]TeamHC	10.786,40	(7)	0,7 %
24.	()	197.525,52	Selwerd	0,00	(486)	0,7 %
25.	()	193.595,82	Patman	2.180,66	(28)	0,6 %
26.	()	189.904,69	[DPC]Happy Hour	44,78	(160)	0,6 %
27.	()	181.657,88	samgiraf	610,56	(55)	0,6 %
28.	()	172.635,04	[DPC] de7geitjes	936,75	(48)	0,6 %
29.	()	168.886,36	Louwrens	0,00	(287)	0,6 %
30.	()	167.165,37	MolAnO	3.427,60	(16)	0,6 %
More...

Teams Daily Top 15
pos		daily	team	total		procent
1.	()	553.189,00	XtremeSystems	34.280.518,45	(2)	21,3 %
2.	( 1)	319.637,00	Dutch Power Cows	29.919.978,53	(3)	12,3 %
3.	( 1)	310.083,00	Free-DC	34.614.414,37	(1)	11,9 %
4.	()	103.714,00	TeAm AnandTech	15.465.787,62	(4)	4,0 %
5.	()	57.955,80	Canada	5.342.584,75	(9)	2,2 %
6.	()	53.494,70	XPC	11.372.203,05	(5)	2,1 %
7.	()	53.088,50	SETI.USA	1.336.385,49	(25)	2,0 %
8.	( 1)	46.802,70	Ars Technica	5.618.885,52	(7)	1,8 %
9.	( 1)	37.697,60	Hardware Upgrade - Seti@home	2.513.958,35	(18)	1,4 %
10.	()	36.671,20	Lottery System	36.671,23	(325)	1,4 %
11.	( 1)	35.909,00	Team MacNN	2.704.499,66	(16)	1,4 %
12.	( 1)	32.393,60	Teddies	3.207.455,47	(14)	1,2 %
13.	( 1)	29.643,40	BOINC Synergy	4.361.459,24	(11)	1,1 %
14.	( 1)	29.121,40	Czech National Team	3.512.271,90	(12)	1,1 %
15.	()	25.466,70	L'Alliance Francophone	3.086.983,28	(15)	1,0 %
More...

Teams Overall Top 15
pos		overall	team	daily		procent
1.	()	34.614.414,37	Free-DC	310.083,00	(3)	13,0 %
2.	()	34.280.518,45	XtremeSystems	553.189,00	(1)	12,9 %
3.	()	29.919.978,53	Dutch Power Cows	319.637,00	(2)	11,2 %
4.	()	15.465.787,62	TeAm AnandTech	103.714,00	(4)	5,8 %
5.	()	11.372.203,05	XPC	53.494,70	(6)	4,3 %
6.	()	5.948.652,72	Phoenix Rising	16.486,30	(23)	2,2 %
7.	()	5.618.885,52	Ars Technica	46.802,70	(8)	2,1 %
8.	()	5.476.838,72	US-Distributed	22.569,80	(18)	2,1 %
9.	()	5.342.584,75	Canada	57.955,80	(5)	2,0 %
10.	()	4.979.279,18	Housing and Food Services	16.603,60	(22)	1,9 %
11.	()	4.361.459,24	BOINC Synergy	29.643,40	(13)	1,6 %
12.	()	3.512.271,90	Czech National Team	29.121,40	(14)	1,3 %
13.	()	3.293.299,15	Catalyst	615,54	(214)	1,2 %
14.	()	3.207.455,47	Teddies	32.393,60	(12)	1,2 %
15.	()	3.086.983,28	L'Alliance Francophone	25.466,70	(15)	1,2 %
More...

Mijlpalen
user	mijlpaal
MetalMike	250.000
Markosoft	50.000
[DPC] NightBird	25.000
paultje1966	10.000
DaapGerrit	10.000
Freeze_XJ	5.000
OmeJaap	5.000
Roel	5.000
Dint	2.000
Searchy Internet Services V.O.F.	2.000
Damien	2.000
Cad0	1.000
Damien	1.000

When do we reach the 30.000.000?
We will reach this goal in 0 days.

When do we get them...
nobody

When do they get us...
nobody

New members
Fake ([DPC]TeamHC)
Giel van Schijndel
Damien
Andrew
datraxzz

Rosetta@home Links
Rosetta@home Homepage
Officiële stats
DPC Rosetta FAQ
DPCH Suggestiepagina
Bron

[Kristof]

Heel goed van je dat je de rosetta-site op nieuws nakijkt Nakebod, maar je post nu wel een bericht van 3maart
Een beetje outdated dus

Er is wél recent nieuws, namelijk:

Here is a press release from the scientific journal Nature on an article of ours that is appearing in the June 1 issue. I'll explain a bit more about the applications of this new Rosetta methodology in future posts; these jobs should start running on rosetta@home after CASP is completed in early august.


Featured press release entry:

Protein engineering: OK Computer (pp 656-659)

One of the great remaining problems in computational protein design involves the redesign of a DNA-modifying protein so that it recognizes, and alters, a new DNA sequence. For example, changing the specificity of a nuclease Ñ a protein that cuts DNA at a specific site Ñ could be beneficial for a range of biotechnological and medical applications.
In this weekÕs Nature, David Baker and colleagues have shown that it is possible to modify the sequence specificity of a Ôhoming endonucleaseÕ called I-MsoI. They used a computational approach to screen a virtual library of mutant proteins and predicted which amino acids needed to be changed to re-engineer this enzyme so that it recognized, and cleaved, a new DNA sequence. The mutant protein was highly active and was able to cleave the new DNA sequence, but did not modify the original sequence. The authors hope to redesign this and other DNA-modifying enzymes to alter a range of DNA sequences, so that they could specifically target almost any sequence in the genome. These computationally designed proteins may be useful in a range of medical and biotechnological applications, including gene therapeutic and other targeted genomics applications.

[Verwijderd]

Je bent mijn mijlpaal vergeten

[Verwijderd]

EN EEN PAALTJE VOOR KNARFY

proficiat, weet hoe beu het is vergeten te worden

[MetalMike]

En wat dacht je van de mijne + 2 gestegen plaatsen

[Robinski]

Ja ja we staan bove Free-DC, als we deze trand nu door kunnen zetten kunnen we misschien ook XS nog eens inhalen

[batsma]

Wat mij opvalt en een beetje bang maakt, is dat ze dus bezig zijn met een proteïn dat DNA aan kan passen. De doelstellingen die de bakergroep daarvoor heeft zijn ongetwijfelt nobel. Maar het is op die manier wel ultra simpel om genetische modificaties uit te voeren die geen medische noodzaak hebben, of zelfs bedoelt zijn om mensen te laten sterven. WMD anyone?

[iH8]

batsma schreef op donderdag 01 juni 2006 @ 09:41:
Wat mij opvalt en een beetje bang maakt, is dat ze dus bezig zijn met een proteïn dat DNA aan kan passen. De doelstellingen die de bakergroep daarvoor heeft zijn ongetwijfelt nobel. Maar het is op die manier wel ultra simpel om genetische modificaties uit te voeren die geen medische noodzaak hebben, of zelfs bedoelt zijn om mensen te laten sterven. WMD anyone?

paranoia anyone?

[Verwijderd]

Verwijderd schreef op donderdag 01 juni 2006 @ 09:34:
EN EEN PAALTJE VOOR KNARFY

proficiat, weet hoe beu het is vergeten te worden

Dankje, Dankje, ik doe mijn best .

[ColdFusion]

Mooie flush weer Burnhard, gelukkig lopen we nu genoeg voor om je voor te blijven

[Robinski]

iH8 schreef op donderdag 01 juni 2006 @ 09:43:
[...]


paranoia anyone?

er is wel meer uitgevonden dat goede en kwade kanten heeft...

Kernsplijting bijvoorbeeld

[Bio1ogics]

batsma schreef op donderdag 01 juni 2006 @ 09:41:
Wat mij opvalt en een beetje bang maakt, is dat ze dus bezig zijn met een proteïn dat DNA aan kan passen. De doelstellingen die de bakergroep daarvoor heeft zijn ongetwijfelt nobel. Maar het is op die manier wel ultra simpel om genetische modificaties uit te voeren die geen medische noodzaak hebben, of zelfs bedoelt zijn om mensen te laten sterven. WMD anyone?

Er zijn vele proteines die DNA kunnen aanpassen: enzymen die DNA kunnen knippen, ontwinden, stukjes DNA aan elkaar plakken, eiwitten die op DNA gaan zitten zodat een bepaald gen uberhaupt gaat werken, eiwitten die methyl of fosfaat groepen aan DNA hangen etc etc. Gebeurt op elk moment, of je nu ziek bent of gezond.

En nee, het is niet ultra simpel om genetische modificaties uit te voeren, er is een enorm systeem van eiwit-complexen bij de regulering betrokken (feedback loops etc).

In de woorden van Douglas Adams: Don't Panic!!

[BurnHard]

ColdFusion schreef op donderdag 01 juni 2006 @ 10:01:
Mooie flush weer Burnhard, gelukkig lopen we nu genoeg voor om je voor te blijven

Dat van jullie kan ik niet meer bijhouden, maar weer andere competitie opzoeken

[mind_]

woww, ik heb even een tijdje niet meer de scores gecheckt (doe nog wel mee) maar hoe komt XS aan zoveel punten?

[Robinski]

mind_ schreef op donderdag 01 juni 2006 @ 10:35:
woww, ik heb even een tijdje niet meer de scores gecheckt (doe nog wel mee) maar hoe komt XS aan zoveel punten?

Er is een strijd gaande tussen XS en Free-DC

lees ook "Titanen" Strijd @ Rosetta

[Nakebod]

Kristof schreef op donderdag 01 juni 2006 @ 09:03:
Heel goed van je dat je de rosetta-site op nieuws nakijkt Nakebod, maar je post nu wel een bericht van 3maart
Een beetje outdated dus

Er is wél recent nieuws, namelijk:

[...]

Grrr, k*t Cookies waren op (Mede door verse instal ) dus staan de berichten weer in irritante volgorde.
In de forum list zag ik nog dat de laatste post 1 hour oud was, dus ik dacht: Moet goed zijn
Dus, jou bericht had ik nodig, die nu dus bovenaan dat topic stond...
* Nakebod kruipt stilletjes weg.

[Witlof]

MetalMike schreef op donderdag 01 juni 2006 @ 09:36:
En wat dacht je van de mijne + 2 gestegen plaatsen

Congrats Jammer dat het ten koste gaat van onze plek maar dan moeten we die maar bij de NGS terug gaan claimen

[Cpt00kirk]

DUS ........ NGS is daar niet happy over (we will return for a fight)

[Kristof]

Zal je wel vlug mogen wezen, want een ander niet nadergenoemd team komt met grote snelheid ook op jullie af. Als je niet vlug bent, zak je even 3 plaatsen

[archetta]

Zo halen we BurnHard natuurlijk nooit in

Maargoed als we daarmee Free-DC voorblijven hoor je me niet klagen

[ColdFusion]

BurnHard schreef op donderdag 01 juni 2006 @ 10:14:
Dat van jullie kan ik niet meer bijhouden, maar weer andere competitie opzoeken

Ja stijging naar boven zit er ook voor ons ff niet meer in. Zelfs als we samen zouden gaan komen we nog te kort