[Rosetta@Home] hitparade van 16 mei

[KuuKe]

Iets met een ongeduldig schaapje, een afrastering en en open hek?
Ik weet het niet meer precies maar het heeft er enigszins van weg. FOKschaap is in ieder geval terug van weggeweest. Staat eerste en dat mag

MetalMike vond een positie in de top-30 niet voldoende. MetalMike is van mening dat er meer in zit. MetalMike wil door naar de top-20 en wel zo snel mogelijk. Een stap om dit doel te bereiken is verwezenlijkt: de achtentwintigste plaats is de zijne. Goeso Mike!

Negen vette mijlpalen, inhaalstats die leeg zijn maar wel twee nieuwe leden die daar wat aan kunnen gaan doen: Thomas De Hoog en PTR. Kom op mannen. Het is een zware klus maar met jullie hulp kunnen we 'm wellicht wel klaren.

[Rosetta@Home] hitparade van 16 mei 2006

Subteams Daily Top 30
pos		daily	user	total		procent
1.	( 581)	30.257,40	[DPC]FOKschaap	3.142.925,70	(2)	15,0 %
2.	( 1)	22.063,20	Cureseekers	3.469.043,47	(1)	10,9 %
3.	( 1)	16.374,20	Los Alcoholicos	2.698.169,88	(3)	8,1 %
4.	( 1)	14.967,10	Team_Elteor_Borislavj	1.873.283,81	(4)	7,4 %
5.	()	7.770,69	[DPC] Team ColdFusion	694.860,06	(8)	3,8 %
6.	()	7.563,31	Grutte Pier [Wa Oars]	1.689.898,07	(5)	3,7 %
7.	()	7.488,90	[DPC]TeamHC	73.562,05	(53)	3,7 %
8.	( 1)	6.861,14	MetalMike	150.287,26	(28)	3,4 %
9.	( 1)	4.991,21	borkescomputers	178.685,49	(23)	2,5 %
10.	( 2)	4.739,92	TeamBVD	414.964,54	(10)	2,3 %
11.	( 3)	3.812,77	Team_Gaol	696.230,84	(7)	1,9 %
12.	( 1)	3.270,45	Creative ID	38.543,70	(74)	1,6 %
13.	()	2.999,36	Tukkertje	316.485,73	(12)	1,5 %
14.	( 21)	2.770,75	[DPC] Puchelaar & TonioG	106.079,50	(35)	1,4 %
15.	( 1)	2.378,49	DPC_Schotse_Hooglanders	94.178,88	(39)	1,2 %
16.	( 2)	2.299,02	[DPC] Athmozz	35.181,00	(84)	1,1 %
17.	()	2.276,10	Patman	161.649,43	(26)	1,1 %
18.	( 6)	1.836,29	AJSL	285.053,19	(14)	0,9 %
19.	( 1)	1.805,27	Cosmic Cows	263.021,47	(17)	0,9 %
20.	( 1)	1.740,41	Basjes	38.982,39	(73)	0,9 %
21.	()	1.609,34	MadMarky	50.616,52	(62)	0,8 %
22.	( 3)	1.517,89	[DPC]Division_Brabant	223.804,27	(20)	0,8 %
23.	( 4)	1.382,18	Markosoft	27.297,81	(99)	0,7 %
24.	( 1)	1.369,96	MolAnO	138.198,08	(31)	0,7 %
25.	( 5)	1.231,66	trenza	147.713,72	(29)	0,6 %
26.	( 18)	1.216,86	Dutch Power Chicken	294.291,72	(13)	0,6 %
27.	( 5)	1.176,90	Mbc	230.941,89	(19)	0,6 %
28.	( 9)	1.075,41	Indy31	35.724,82	(81)	0,5 %
29.	( 1)	1.023,55	Chris	29.259,30	(94)	0,5 %
30.	( 3)	1.019,27	seridan	44.351,18	(69)	0,5 %
More...

Subteams Overall Top 30
pos		overall	user	daily		procent
1.	()	3.469.043,47	Cureseekers	22.063,20	(2)	13,1 %
2.	()	3.142.925,70	[DPC]FOKschaap	30.257,40	(1)	11,8 %
3.	()	2.698.169,88	Los Alcoholicos	16.374,20	(3)	10,2 %
4.	()	1.873.283,81	Team_Elteor_Borislavj	14.967,10	(4)	7,1 %
5.	()	1.689.898,07	Grutte Pier [Wa Oars]	7.563,31	(6)	6,4 %
6.	()	712.406,97	[DPC]Team Switch	484,17	(61)	2,7 %
7.	()	696.230,84	Team_Gaol	3.812,77	(11)	2,6 %
8.	()	694.860,06	[DPC] Team ColdFusion	7.770,69	(5)	2,6 %
9.	()	664.825,41	BurnHard	0,00	(401)	2,5 %
10.	()	414.964,54	TeamBVD	4.739,92	(10)	1,6 %
11.	()	384.298,91	NoizyCows	185,84	(108)	1,4 %
12.	()	316.485,73	Tukkertje	2.999,36	(13)	1,2 %
13.	()	294.291,72	Dutch Power Chicken	1.216,86	(26)	1,1 %
14.	()	285.053,19	AJSL	1.836,29	(18)	1,1 %
15.	()	281.146,59	JZ-power	566,17	(53)	1,1 %
16.	()	278.449,29	M_P_G	691,40	(39)	1,0 %
17.	()	263.021,47	Cosmic Cows	1.805,27	(19)	1,0 %
18.	()	248.033,22	[DPC]NGS	0,00	(281)	0,9 %
19.	()	230.941,89	Mbc	1.176,90	(27)	0,9 %
20.	()	223.804,27	[DPC]Division_Brabant	1.517,89	(22)	0,8 %
21.	()	197.525,52	Selwerd	0,00	(234)	0,7 %
22.	()	187.635,55	[DPC]Happy Hour	31,72	(171)	0,7 %
23.	()	178.685,49	borkescomputers	4.991,21	(9)	0,7 %
24.	()	174.121,69	samgiraf	624,22	(48)	0,7 %
25.	()	168.886,36	Louwrens	0,00	(483)	0,6 %
26.	()	161.649,43	Patman	2.276,10	(17)	0,6 %
27.	()	156.417,60	[DPC] De7geitjes	809,94	(36)	0,6 %
28.	( 1)	150.287,26	MetalMike	6.861,14	(8)	0,6 %
29.	( 1)	147.713,72	trenza	1.231,66	(25)	0,6 %
30.	()	139.568,38	Radiation_lan	633,58	(46)	0,5 %
More...

Teams Daily Top 15
pos		daily	team	total		procent
1.	()	309.590,00	XtremeSystems	27.790.007,82	(2)	16,4 %
2.	()	269.676,00	Free-DC	30.119.277,88	(1)	14,2 %
3.	()	182.073,00	Dutch Power Cows	26.657.879,97	(3)	9,6 %
4.	()	100.646,00	TeAm AnandTech	13.937.605,21	(4)	5,3 %
5.	()	59.332,20	Phoenix Rising	5.423.925,70	(6)	3,1 %
6.	( 2)	48.251,10	XPC	10.619.222,18	(5)	2,5 %
7.	()	43.759,50	Canada	4.633.491,15	(10)	2,3 %
8.	( 2)	43.043,20	Hardware Upgrade - Seti@home	1.708.695,83	(23)	2,3 %
9.	()	28.198,10	Ars Technica	5.151.888,67	(8)	1,5 %
10.	( 5)	24.753,20	SETI.USA	683.195,52	(43)	1,3 %
11.	( 2)	22.663,90	Team MacNN	2.347.617,56	(17)	1,2 %
12.	( 2)	21.906,90	Teddies	2.816.793,56	(14)	1,2 %
13.	( 2)	21.723,90	BOINC Synergy	4.015.080,97	(11)	1,1 %
14.	( 2)	21.241,20	US-Distributed	5.156.989,67	(7)	1,1 %
15.	( 5)	20.783,10	L'Alliance Francophone	2.733.562,96	(15)	1,1 %
More...

Teams Overall Top 15
pos		overall	team	daily		procent
1.	()	30.119.277,88	Free-DC	269.676,00	(2)	12,9 %
2.	()	27.790.007,82	XtremeSystems	309.590,00	(1)	11,9 %
3.	()	26.657.879,97	Dutch Power Cows	182.073,00	(3)	11,4 %
4.	()	13.937.605,21	TeAm AnandTech	100.646,00	(4)	6,0 %
5.	()	10.619.222,18	XPC	48.251,10	(6)	4,5 %
6.	()	5.423.925,70	Phoenix Rising	59.332,20	(5)	2,3 %
7.	()	5.156.989,67	US-Distributed	21.241,20	(14)	2,2 %
8.	()	5.151.888,67	Ars Technica	28.198,10	(9)	2,2 %
9.	()	4.740.674,69	Housing and Food Services	15.441,50	(18)	2,0 %
10.	()	4.633.491,15	Canada	43.759,50	(7)	2,0 %
11.	()	4.015.080,97	BOINC Synergy	21.723,90	(13)	1,7 %
12.	()	3.284.111,00	Catalyst	725,01	(174)	1,4 %
13.	()	3.173.222,14	Czech National Team	17.615,90	(16)	1,4 %
14.	()	2.816.793,56	Teddies	21.906,90	(12)	1,2 %
15.	()	2.733.562,96	L'Alliance Francophone	20.783,10	(15)	1,2 %
More...

Mijlpalen
user	mijlpaal
MetalMike	150.000
MadMarky	50.000
Hendriku	25.000
Astennu	25.000
[DPC] NightBird	20.000
Panastra	15.000
MieZ	15.000
ZUID-CHEMIE	15.000
Tiuri	5.000

When do we reach the 27.000.000?
We will reach this goal in 2 days.

When do we get them...
nobody

When do they get us...
nobody

New members
Thomas de Hoog
Ongeduldige ([DPC]FOKschaap)
PTR

Rosetta@home Links
Rosetta@home Homepage
Officiële stats
DPC Rosetta FAQ
DPCH Suggestiepagina
Bron

[Kristof]

En weeral een nieuwe versie van de client

May 16, 2006
Rosetta@home has been updated to 5.16. In addition to matching the date, the new app has slightly lower memory requirements and includes some improvements that will allow us to test different science protocols. More info here:

Rosetta 5.16:

(1) We're continuing our efforts to reduce memory usage by typical workunits by rosetta@home. You can expect an even further reduction in memory footprint in our next update.

(2) We're testing a new science mode which uses the sequence and structural information from homologous proteins in an early phase of the simulation, but then returns to the target protein sequence in the final refinement phase. This mode appears to have a larger memory footprint than typical workunits, so we will only send out these jobs to computers that have >1Gb RAM.

(3) Also, we're trying a new feature where at the end of a simulation, Rosetta compares its fold to the predictions made by a dozen other algorithms. (Those predictions are sent to the clients in a compressed format.) Seeing consensus between different algorithms is usually a good sign that a prediction is right.

toon volledige bericht

en nog wat ander projectnieuws

Rhiju and I had fun looking at the lowest energy structures returned for T283 thus far. They are very similar in the first two thirds of the protein, but for the last third we see several distinct solutions. Based on our experience with the test problems over the past three months, we expect that with more sampling one of the solutions will clearly win out, and this should be (we hope!) the correct structure.
Thus far we have about 100,000 structures returned; we hope to have 10x more sampling before submitting predictions.

We made another step forward today in reducing the rosetta memory footprint. For a 175 amino acid residue protein, the standard ab relax protocol we are using for CASP took 222MB of virtual memory three weeks ago, and is now down to 108MB! Now a computer with only 256MB of memory should be able to comfortable process rosetta@home jobs even for larger proteins. The major memory hog now is the boinc graphics which can add on another 100MB or more--any experts out there who might be able to help with this? In any event, you should be able to run rosetta@home on low memory machines as long as you turn the graphics off.

A side benefit to some of the memory use reductions is that it should be relatively easy to reduce the sizes of some of the input files we send out with each work unit. Would a 30% reduction make a significant difference to dialup users?

Seven targets have been released thus far in CASP7. The list, which is updated daily, is at
http://predictioncenter.g...ioncenter.org;page=casp7/

toon volledige bericht

[ Voor 43% gewijzigd door Kristof op 17-05-2006 07:35 ]

[mind_]

goed nieuws van dat lagere geheugen gebruik

[Zinzinneke]

Het kon zeker geen kwaad dat ze dat geheugengebruik aanpakten

Op zich niet zo erg, maar als je dan iets anders draait dat ook flink wat geheugen nodig heeft, merk je het wel. (Oblivion bvb )
Ondanks dat ik het enkel draai op 2 systemen met 1 GB ram, merk je af en toe toch wel dat R@H bezig is

[squeez]

This mode appears to have a larger memory footprint than typical workunits, so we will only send out these jobs to computers that have >1Gb RAM.

Dus als ik een machine heb met meer dan 1GB geheugen (laten we er maar van uitgaan dat hij gigabyte bedoelt ), dan gaat hij ook meer geheugen gebruiken? Leuk is dat, koop je extra geheugen omdat je veel geheugen gebruikt, gaat rosetta dat een beetje lopen afpakken... Misschien was het wat vriendelijker geweest als ze een optie bij de instellingen hadden gemaakt van "stuur mij WU's die extra geheugen nodig hebben".
Niet dat ik dan iets te vrezen heb hoor, ik heb niet de luxe van het hebben van meer dan 1GB geheugen, 1GB is nog net genoeg genoeg.

[Zinzinneke]

Zelfs zonder R@H vind ik 1GB geheugen minder en minder een luxe.
Laatst samengestelde systeem heeft dan ook 2GB

[Anoniem: 99022]

Lo, 5.16 is uit en ik draai nog steeds 5.07 WU's

[Kristof]

Anoniem: 99022 schreef op woensdag 17 mei 2006 @ 10:05:
Lo, 5.16 is uit en ik draai nog steeds 5.07 WU's

Misschien toch beter je buffer dan wat verkleinen...

[Kristof]

Nog even een waarschuwing, om mogelijke vragen/problemen te voorkomen.
Je zal het misschien zelf ook al wel gemerkt hebben?
Dat je een job hebt, die op 1.04% blijft steken voor lange tijd. Dan plots schiet deze sterk naar boven, en 10min later is het gedaan. De verklaring hiervan vind je hier:

This is normal Rosetta behavior. The work unit reaches 1.4% complete during the initialization process. It then will stay there until it completes the first model. Depending on your time setting and the size of the protein being examined, the percent complete can do a variety of different things.

If the first model takes longer then you time setting, It will jump from 1.4% to 100% complete in one leap.
If the first model takes only half of your time setting, the percent will jump to 50%.

It progresses in that way. There is a lot more detail in the FAQs linked in my signature.

But what you are seeing is completely normal. You may not have notice that the time to completion, rises as the CPU time rises. When the Percent complete jumps forward, the time remaining falls back to a more accurate number as well. This is also normal.

Door de (inmiddels enkele versies geleden) geïmplementeerde watchdog functie, zou het normaalgezien niet meer kunnen voorkomen dat een job vastloopt. Druk dus niet té snel op de abort functie als je merkt dat er een job lange tijd op hetzelfde percentage blijft hangen!

[Anoniem: 152769]

Zinzinneke schreef op woensdag 17 mei 2006 @ 09:56:
Zelfs zonder R@H vind ik 1GB geheugen minder en minder een luxe.
Laatst samengestelde systeem heeft dan ook 2GB

Dat merk ik de laatste tijd ook. draai nu enkel rosetta, windows en mijn browser (en wat driver meuk en deamon), en ik zit al met een verbruik van 910mb ram. Staan wel 2 CASP modules aan die wat meer vragen, maar toch...

[Robinski]

Nu er betere Rosetta clients zijn, is het enigste wat we nog nodig hebben een Optimised Boinc 5.4.x en optimised Rosetta Builds

[Nakebod]

Draai hier nog 5.2.13 van BOINC, wist stiekem niet eens dat er een nieuwe versie van BOINC was.
R@h is wel helemaal bij de tijd

[hereweare67893]

Nakebod schreef op woensdag 17 mei 2006 @ 11:03:
Draai hier nog 5.2.13 van BOINC, wist stiekem niet eens dat er een nieuwe versie van BOINC was.
R@h is wel helemaal bij de tijd

Mjah dat had ik ook Maar even 5.4.9 installeren

[Anoniem: 152769]

en nog een gebruiker van 5.4.9 erbij...

[Sybr_E-N]

Anoniem: 152769 schreef op woensdag 17 mei 2006 @ 13:18:
en nog een gebruiker van 5.4.9 erbij...

Alleen ben ik daar nog geen optimised versie van tegen gekomen ?

[ScSi]

En nog een, maar de boinc optimized client geeft errors.. De standaard-score suckt bigtime, dus ik weet niet of ik nu terug naar 5.2.13 moet of?

[hereweare67893]

Sybr_E-N schreef op woensdag 17 mei 2006 @ 13:22:
[...]

Alleen ben ik daar nog geen optimised versie van tegen gekomen ?

Hmm, betekent dat dat 5.4.9 ondanks de verbeteringen slechter is dan de combinatie van 5.2.13 + optimiser?

[ColdFusion]

Team Gaol

[Anoniem: 152769]

JvH schreef op woensdag 17 mei 2006 @ 13:25:
[...]

Hmm, betekent dat dat 5.4.9 ondanks de verbeteringen slechter is dan de combinatie van 5.2.13 + optimiser?

blijkbaar.
Mijn bakje is van een kleine 27000mips naar een goeje 10000 mips gegaan...
terug de oude versie erop dan maar

[Robinski]

JvH schreef op woensdag 17 mei 2006 @ 13:25:
[...]

Hmm, betekent dat dat 5.4.9 ondanks de verbeteringen slechter is dan de combinatie van 5.2.13 + optimiser?

alleen een 5.4.9 Optimised zou de zelfde of betere resultaten kunnen geven dan 5.2.13 Optimised

[hereweare67893]

Robinski schreef op woensdag 17 mei 2006 @ 13:40:
[...]


alleen een 5.4.9 Optimised zou de zelfde of betere resultaten kunnen geven dan 5.2.13 Optimised

Nou hoppa, maar weer terug naar 5.2.13+optimiser dan

[emphasis]

Team Goal

En nu gelijk die Switchers maar even binnen hengelen. Kan nooit lang duren met met het ouput verschil van nu

[naftebakje]

Waarom zit er eigenlijk geen automagische update functie in? Ik wil gerust dat koetje laten grazen, en nu en dan eens een klikje geven op de "update" knop. Nu moet ik telkens gaan zoeken waar die update staat, kijken of het de goeie versie is, downloaden, service stoppen, installeren, service starten, en kijken of het gelukt is. Daar kappen mensen ongetwijfeld op af, of ze daten niet up.

[Kristof]

Je hoeft ook niet telkens BOINC up-te-daten.
Het meest belangrijke is de Rosetta-client, en die wordt wél automatisch geupdate wanneer er een nieuwe versie is.