Mee eens. Het probleem is echter wel dat tussenstappen met een klein nadeel de neiging zullen hebben weer te verdwijnen. Als dat gebeurt voordat de volgende stap gezet wordt, dan kan dit het nagenoeg onmogelijk maken, dat wil zeggen zeer onwaarschijnlijk, voor evolutie om bepaalde ontwikkelings barierres te overkomen.
Dat hoeft niet per se. Vaak treden "nadelen" (deleterische mutaties) op die uitsluitend in homozygoot recessieve toestand een echt nadeel vormen. Heterozygoten hebben dan een verwaarloosbaar nadeel, omdat het functionele gen voor zijn slecht functionerende collega kan compenseren. In dat geval is het mogelijk dat een klein percentage (typisch zo in de orde van grootte van 0.1-1%) heterozygoten in de populatie blijft, omdat de selectie pas optreedt bij homozygoten, waarop de kans (simpel gesteld) het kwadraat is van de allelfrequentie van de bewuste mutatie. Het kwadraat van 0.1% is een kans van 1 op de miljoen, en op die schaal spelen nieuwe mutaties ook een rol. Aangezien het allel voortdurend door nieuwe mutaties bijgemaakt wordt, ontstaat er dus een evenwicht waarbij er door de selectiekracht op homozygoot recessieven evenveel allelen verdwijnen als er door mutatie bijgeproduceerd worden. Dit is de reden dat dodelijke ziekten als bijvoorbeeld Duchenne niet uit de menselijke populatie verdwijnen, ondanks dat elke homozygoot recessieve een fitness van 0 heeft. Verder is het een belangrijk mechanisme voor behoud van genetische diversiteit in het algemeen.
Evolutie is in een bepaalde zin te zien als een random walk in de configuratie ruimte van mogelijke organisme met een zekere bias voor fitte configuraties. Dus misschien is het beter om het vergelijking met een deeltje dat random door een potentiaal loopt, dit levert echter een beeld op dat voor veel forum bezoekers te abstract zal zijn. Vandaar knikkers op een berg.
Dan moet je er wel bij zeggen dat het fitness landschap in kwestie een zeer onregelmatig landschap van pieken en dalen is, en dat bovendien dit landschap onderhevig is aan externe (milieu) factoren, die zomaar ineens een piek in een dal kunnen veranderen. Ook dit is een manier waarop organismen uit een lokaal maximum weg kunnen komen.
2) Ik ben het zeker met je oneens, dat het geen zin heeft om de kans te bepalen dat evolutie op een planeet als aarde leid tot leven zoals wij dat kennen. Hierbij kan je of evolutie leidt tot intelligent leven beter buiten beschouwing laten, omdat in onze geschiedenis ook maar een keer gebeurt is en dus toeval kan zijn. Maar als een bepaalde theorie (bv. evolutie) een zeer kleine kans voorspelt voor het ontstaan van een genetische diversiteit zo groot als die op aarde tast dat de plausabiliteit van de theorie aan. (Om gekeerd als een theorie juist met grote zekerheid dergelijke diversiteit voorspelt is dat uiteraard een teken dat er mogelijk iets goed is aan de theorie.)
Evolutietheorie is momenteel een sterk qualitatief praatje. Maar wat het momenteel nog echt mist is het vermogen om dergelijke kwantitatieve voorspellingen te doen, zodat er hard getest kan worden. Wat dat betreft is het erg jammer dat de gemiddelde biologie student in paniek raakt bij alleen het horen van het woord differentiaal vergelijking en dat theoretische biologie een maar weinig beoefent vakgebied is.
Gesproken als een echt fysicus... Waarbij het antwoord van diezelfde bioloog een schampere verwijzing zal zijn naar wat bizarre conclusies die sommige fysici gepubliceerd hebben op basis van aannames zoals bolvormige koeien
Feit is dat diverse hindernissen een meer modelgedreven benadering van de biologie in de weg staan. Ten eerste kunnen we met de huidige modelleringstechnieken slechts de simpelste systemen met enige nauwkeurigheid beschrijven, en niet toevallig zijn dat die systemen waar al 30 jaar onderzoek aan gedaan is, zodat er in ieder geval enige data beschikbaar is. Ten tweede blijkt bij die systemen dat de gemeten parameterwaarden van onderzoek tot onderzoek varieren, ook tussen verschillende pogingen van eenzelfde groep ondanks pogingen om alle omstandigheden constant te houden. Kennelijk zijn er interacties die zelfs na 30 jaar onderzoek nog niet opgehelderd zijn. Hoe lossen we dit probleem op met de beperkte onderzoeksmiddelen die er nu zijn? Dit alles maakt de fysische aanpak van de biologie weliswaar veelbelovend, maar ook onuitvoerbaar.
Overigens is juist de evolutiebiologie van oudsher het speelterrein van theoretisch biologen, en zou ik zeggen dat je kritiek juist voor die vakgebied minder geldt. Aan de andere kant, historische evolutie opnieuw creeeren in een simulatie of in het lab kan je ook vergeten: vitale informatie is daarvoor verloren gegaan, zoals de geografische distributie van individuen en genen, en lokale milieuomstandigheden en veranderingen. Bovendien is er altijd een invloed van kans in de evolutie.
Wat betreft de discussie over wat is precies macro-evolutie. Ik denk niet dat er daar een eenduidige definitie voor is. De term refereert simpelweg aan het feit, dat in sommige systemen niet alle punten bereikbaar zijn door alleen maar kleine stapjes te zetten. Denk aan niet samenhangende varieteiten in de wiskunde of aan ruimtes die niet geodetisch volledig zijn in de ART.
Eigenlijk verwijst precies legt het precies de vinger op het zwakke punt van de redenering van de TS: het feit dat een heleboel microevoltuties samen een macroevolutie op zouden leveren, zegt niet dat ook alle macroevolutie gevormd kunnen worden door een serie microevoluties.
De stelling van de meer serieus te nemen IDers is dat er systemen bestaan waar geen enkel pad heen is of ooit heen is geweest door middel van kleine mutaties en selectie daarop. Helaas is het niemand gelukt om zelfs maar enigzins hard te maken dat die systemen bestaan. Het blijft altijd bij beschouwingen over "hoe mooi" een bepaald systeem in elkaar zit en "hoe onwaarschijnlijk" het is dat dat door evolutie kan ontstaan, eventueel gevolgd door en beschrijving van het effect van 1 specifieke mutatie - wat uiteraard niets zegt over andere mutaties. Dit is nog een stap algemener dan een kwalitatieve beschrijving, dit is pure intuitie. En we weten allemaal hoe moeilijk intuitie het heeft met getallen met meer dan 2 nullen...