[Stampede] Extra informatie

[Kristof]

Daar ik het begin van de stampede spijtig genoeg moet missen, wil ik nog even alle troepen mobiliseren, overschouwen en motiveren.
(Ik 'moet' voor een week naar SanFrancisco, en hoop op 3april terug te zijn.)

Eerst en vooral wil ik iedereen alvast bedanken die zijn project voor deze korte periode even wil inleveren om een boost op Rosetta te geven. Hopelijk doen zoveel mogelijk mensen dit om deze stampede tot een groot succes te maken.

Hierbij wil ik nog even enkele overtuigende redenen geven om full-speed er tegen aan te gaan:

• We hebben nog enkele eitjes te pellen met FreeDC (remember stampede FaD?) en XtremeSystems (D2OL,...)
• De andere concurrerende teams zullen ook power overschakelen, om onze stampede te minimaliseren.
  Zo ook bijvoorbeeld deze oproep: "I suggest that those that were running Rosetta and moved everything to DPAD, move just a few back then...".
  Ik neem aan dat we dat niet laten gebeuren...
• FreeDC er zeker van is, dat ze ons kunnen verslaan: "The main reason we're going so hard is because DPC is getting ready for a stampede starting the first, and we want them to have to chase us down for April, not the other way around. They've down a bit of trash talk on XS, and it's gotten a few us fired up. "
• Een belofte van Movieman: "No trash talk just facts: If the DPC is still #2 by the end of April, I'll buy you a nice new pair of wooden shoes to float back across the Atlantic on!"
  Vooral aan dit kunnen we niet weerstaan!!!
• Uiteraard ook het echte doel niet uit het oog verliezen: het medische aspect! Meer hierover onderaan deze post!

Als je je nog moet registreren en/of BOINC installeren, kan je in het stampede-topic nog alle info vinden, in de prachtige post van Elteor.
Ik wil enkel nog de aandacht vestigen op enkele praktische hints/tips:
- Vergeet zeker niet de geoptimaliseerde BOINC client te installeren!
- Een tooltje, dat overigens gemaakt is door een mede DPC'er Sloompie, om je client(s) te monitoren, vind je op http://www.xs4all.nl/~rpont/.
- Heb je meerdere machines die je wil omzetten, of wil je familie overhalen om mee te doen, maar zijn ze niet technisch genoeg hiervoor: Er is ook een 1-click installer beschikbaar.
- David Baker, de project developer/onderzoeker, houdt regelmatig (bijna dagelijks) een soort log bij. Je kan deze op het Rosetta-forum terugvinden.
- Denk eraan dat je voor de stampede niet mag sparen!! Dus eventuele buffers moeten op 31maart geledigd worden!


Als je de client draaiende hebt, en 1 resultaat ingeleverd hebt, kan je je toevoegen aan 1 van de stampede-teams, zijne:

• Bearhunters
• eXtreme Stampers
• Furious Dutch Cows
• Joint Forces
• Lucky Angel: Stampede Chicken
• The Fok! Flock
• Stampertjes

Dit via de link: http://tadah.mine.nu/stampede/signup.php


Als laatste wil ik iedereen uit naam van David Baker (voor wie het ondertussen nog niet weet: project developer/onderzoeker van Rosetta) nog bedanken voor het crunchwerk. Hij heeft mij ook laten weten dat het werk dat tijdens de stampede gedaan zal worden, zeker belangrijk is. Daarom heeft hij wat meer informatie gegeven over de jobs die we zullen draaien gedurende april:

The first part of the stampede will be testing our most recent
improvements to Rosetta on a large enough scale to draw general
conclusions about how close we are to solving the prediction problem
and to identify the critical problems which remain to be solved. These
tests will also indicate which of the improvements we have made have
the largest effects on prediction accuracy. We anticipate (and hope)
that these tests will demonstrate a significant step forward in protein
structure prediction. The second part will be on the first set of
CASP7 structure prediction targets.

Since we have found that prediction accuracy is largely limited by
available cpu power, we expect (hope) that the stampede will
demonstrate that new levels of prediction accuracy are possible given
sufficient computing power. this would be a very important point to
establish as it would suggest redirecting some of the resources
currently devoted to determining structures experimentally to
computation instead.

[ Voor 7% gewijzigd door Kristof op 24-03-2006 09:48 ]

[Cpt00kirk]

mooie OP ... met handige links en weetjes.!

[Bio1ogics]

tip voor eenieder: Kristof heeft altijd gelijk

[ Voor 82% gewijzigd door Bio1ogics op 24-03-2006 10:12 . Reden: Bio1ogics kan niet rekenen... ]

[Kristof]

NEEEEE niet doen!
De punten die je cruncht voor een bepaald team (ook naamloos team) blijven steeds bij dat team!

Dus als je eerst een aantal dagen teamloos cruncht, en dan naar DPC overschakeld, zullen de punten *niet* bij DPC geteld worden!

[Verwijderd]

Ik weet niet goed of dit er mee te maken heeft, maar ik las in de Stampede-FAQ:

Wat mag je niet

Het is niet toegestaan gespaarde buffers van voor de aanvang van de Stampede tijdens de Stampede te flushen. Dit kan enkel daarvoor of na afloop. Aangezien dit moeilijk te controleren is vertrouwen we op je sportiviteit. Verder is het ook handig niet tijdens de Stampede te gaan sparen voor een MF, omdat dit mogelijk wantrouwen in de hand werkt, en dat brengt de sfeer schade toe.

[Bio1ogics]

Kristof schreef op vrijdag 24 maart 2006 @ 09:37:
NEEEEE niet doen!
De punten die je cruncht voor een bepaald team (ook naamloos team) blijven steeds bij dat team!

Dus als je eerst een aantal dagen teamloos cruncht, en dan naar DPC overschakeld, zullen de punten *niet* bij DPC geteld worden!

Uhm, heb vanaf eind vorig jaar jaar rosetta gedraaid en pas 15 januari bij dpc aangemeld. Al mijn puntjes die ik tot dan toe gecrunched had, kwamen op 16 jan bij DPC
zie biggest flush

[Bio1ogics]

Verwijderd schreef op vrijdag 24 maart 2006 @ 09:46:
Ik weet niet goed of dit er mee te maken heeft, maar ik las in de Stampede-FAQ:

[...]

Dat is zo als je bij een stampede-team zit.

[Kristof]

Bio1ogics schreef op vrijdag 24 maart 2006 @ 09:59:
Uhm, heb vanaf eind vorig jaar jaar rosetta gedraaid en pas 15 januari bij dpc aangemeld. Al mijn puntjes die ik tot dan toe gecrunched had, kwamen op 16 jan bij DPC
zie biggest flush

Dit komt inderdaad bij de userstats bij, omdat die niet kan zien onder welk team je welke punten gecruncht hebt.
Echter bij het teamtotaal van DPC komen deze punten niet bij
Als je al deze scores optelt, kom je op een ander totaal dan het teamtotaal van DPC.
Dit systeem heeft natuurlijk zijn voor en nadelen:
* Teamhoppen is mogelijk, maar je neemt nooit de punten mee die je ooit voor je vorig team gecruncht hebt (cfr de teamhops bij fad en andere projecten), dus imho eerlijker
* Megaflushen (door eerst teamloos te crunchen, en daarna toe te voegen) is daarentegen ook niet mogelijk

[Bio1ogics]

Kristof schreef op vrijdag 24 maart 2006 @ 10:07:
[...]


Dit komt inderdaad bij de userstats bij, omdat die niet kan zien onder welk team je welke punten gecruncht hebt.
Echter bij het teamtotaal van DPC komen deze punten niet bij
Als je al deze scores optelt, kom je op een ander totaal dan het teamtotaal van DPC.
Dit systeem heeft natuurlijk zijn voor en nadelen:
* Teamhoppen is mogelijk, maar je neemt nooit de punten mee die je ooit voor je vorig team gecruncht hebt (cfr de teamhops bij fad en andere projecten), dus imho eerlijker
* Megaflushen (door eerst teamloos te crunchen, en daarna toe te voegen) is daarentegen ook niet mogelijk

I stand corrected. Met dank Kristof Ik zal mijn eerste post editten.

[Kristof]

Nog even wat grafieken:

De daily output van DPC is ietsje gestegen de laatste dagen, terwijl de andere 2 teams een klein beetje inzakten. Wat gaan ze doen tijdens onze stampede?
FreeDC
DPC
XS

Hier zie je het aantal gebruikers en de totale output. (Let op, de grafiek begint niet bij 0, dus daarom een iets vertekend beeld. Uiteraard zou ik ook graag zien dat de gele blok in minstens dezelfde mate stijgt als de rode lijn!
DPC

[Verwijderd]

Kristof schreef op vrijdag 24 maart 2006 @ 09:04:
• Een belofte van Movieman: "No trash talk just facts: If the DPC is still #2 by the end of April, I'll buy you a nice new pair of wooden shoes to float back across the Atlantic on!"

Heeft 'ie geluk dat het weer op d'oceaan dan relatief prettig is. Misschien kan 'ie nog een eindje achter de Volvo ocean-racers aan dobberen. En we weten onder welke vlag de winaar daar vaart..... Als across echter van Europa naar Amerika is: sterkte!

[ Voor 8% gewijzigd door Verwijderd op 24-03-2006 15:49 . Reden: Die knopjes zitten ook zo dicht op elkaar op vrijdagmiddag ]

[Kristof]

Daar ik, zoals gezegd morgen heel vroeg vertrek, kan er (minstens 1 iemand) iets doen?
Als DPC op 1 april 0u00 nog boven XS staat, die movieman effe aan zijn belofte herinneren?

[Verwijderd]

Kristof schreef op vrijdag 24 maart 2006 @ 20:03:
Daar ik, zoals gezegd morgen heel vroeg vertrek, kan er (minstens 1 iemand) iets doen?
Als DPC op 1 april 0u00 nog boven XS staat, die movieman effe aan zijn belofte herinneren?

Ehm dat moet dan 30 april 23.59 zijn ...

"No trash talk just facts: If the DPC is still #2 by the end of April, I'll buy you a nice new pair of wooden shoes to float back across the Atlantic on!"

[Verwijderd]

Kristof schreef op vrijdag 24 maart 2006 @ 20:03:
Daar ik, zoals gezegd morgen heel vroeg vertrek, kan er (minstens 1 iemand) iets doen?
Als DPC op 1 april 0u00 nog boven XS staat, die movieman effe aan zijn belofte herinneren?

haha, we will, we will.

Succes daar in de USA.

PS: wat steekt die 31 dec 2005 er mooi uit he in die grafiek van DPC