[grafen] XGML, graphXML, GXL

[Tjeerd]

Ik wil graag grafen gebruiken welke in XML-formaat zijn opgeslagen, dit voor de uitwisselbaarheid tussen verschillende applicaties. Nu heb ik al twee applicaties (cytoscape en yed) die grafen kunnen tekenen en importeren. Dit kan in verschillende formaten, waaronder GML en XGML. Leuk dat er verschillende formaten bestaan, nou ben ik er achter gekomen dat o.a. het verschil is dat ze allemaal voor een ander doel zijn ontworpen (geografisch formaat, 3d enz.).

Vraag: ik wil puur werken met grafen opgeslagen in XML, mij lijkt dan graphXML de beste manier (zie CWI in A'dam). Maar ik word er zo gauw niet wijs uit wat nou zo'n beetje een standaard is om in XML grafen op te slaan. Iemand die hier ervaring mee heeft en/of mij meer op weg kan helpen?

(en deze site over GXL, Graph eXchange Language kwam ik ook nog tegen, maar dat is meer om verschillende formaten uit te wisselen)

[ Voor 15% gewijzigd door Tjeerd op 14-03-2006 14:29 ]

[MTWZZ]

Is het niet handiger om te kijken welk type XML formaat jouw applicaties beide snappen?
Mocht dat niet zo zijn dan kun je denk ik beter met XSLT aan de slag gaan om eea te converteren.

[Tjeerd]

Nou beide applicaties die er gebruik van maken en grafen opslaan doen dat in GML, dat is een soort van tab-delimited formaat ben ik achter gekomen. Dat leek me niet zo fijn om te gebruiken, ik wil juist met Java gebruik maken van het XML-formaat. Ik ben eigenlijk meer benieuwd of mensen enig idee hebben wat zo'n beetje algemeen geaccepteerd is om grafen in op te slaan in XML. graphXML komt volgens mij nog het meest in de buurt (en dat ondersteunt in ieder geval één applicatie). De andere applicatie zou ik dan de graphXML moeten omzetten in dat GML (tab-delimited achtig) zodat die applicatie het ook kan lezen. Maarja, dan moet er dus weer een converter komen, alhoewel ik weet dat je inderdaad XML mbv XSLT kunt omzetten naar bijv. een CSV-formaat.

Nouja, als er weinig mensen verder ervaring hebben met grafen en opslag in XML moet ik toch zelf maar een beslissing zien te maken. Maar nogmaals is alle informatie welkom

offtopic:
vrienden van hertog jan? spijkenisse, deels bekende gezichten op die site, de wereld is klein

[mbravenboer]

Die graaf taaltjes zijn nogal een zootje. Er waren in het verleden wat goede bedoelingen om een XML formaat te gaan standaardiseren, maar vanuit de research is dat in ieder geval geflopt (GraphXML en GXL). Ik denk dat onderzoekers hier ook niet bepaald geschikt voor zijn, aangezien zo'n taal pas aantrekkelijk wordt om op te standaardiseren als er ook serieuze applicaties voor bestaan.

Helaas kan je uit dit aanbod dus eigenlijk geen echt goede keuze maken.

De enige grafen taal waar zo'n beetje iedereen het mee eens is, is dot. Heel veel mensen gebruikt dot om grafen te visualiseren (graphviz). Dot is geen XML, maar misschien is het toch aardig om dit te ondersteunen in je applicatie.

Er is de laatste tijd wel wat ontwikkeling in graaf transformatie tools (met name tbv MDA), dus je zou misschien eens kunnen kijken welke formaten die tools ondersteunen. Een van de bekendste tools (en ook nog goed onderhouden) is AGG: http://tfs.cs.tu-berlin.de/agg/

Tom Mens ( http://staff.umh.ac.be/Mens.Tom/ ) heeft wat papers schreven die graaf tools gebruiken en vergelijken. Misschien dat je daar nog wat nuttigs kan vinden.

[PhoneTech]

In ons project moest het ook mogelijk zijn om grafen te exporteren en te importeren. Hiervoor hebben we een eigen taal gemaakt (PDTML)

Om de graaf te exporteren exporteren we eerst alle verticles in de graaf als een soort lookup list, en daarna per verticle alle edges.

Bij het importeren doen we het zelfde maar dan weer anders om en je hebt weer een graaf...