[Folding@Home] New core

[SandStar]

Ik krijg zojuist een nieuwe core binnen. Sterker nog: hij was al een tijdje bezig en ik merk nu pas dat het een nieuwe core was.

code:

[11:12:24] + Downloading new core: FahCore_a0.exe

Hij heeft ook nog wat grappig dingen in zn log staan. Geen idee wat de bedoeling daar van is maar ziet er wel leuk uit:

code:

[12:30:03] Completed 50000 out of 50000 steps  (100%)
[12:30:03] Writing final coordinates.



        M E G A - F L O P S   A C C O U N T I N G

   RF=Reaction-Field  FE=Free Energy  SCFE=Soft-Core/Free Energy
   T=Tabulated        W3=SPC/TIP3p    W4=TIP4p (single or pairs)
   NF=No Forces

 Computing:                        M-Number         M-Flops  % of Flops
-----------------------------------------------------------------------
 VdW(T)                        38040.074249  2054164.009446    82.6
 Coul(T) + VdW(T)                275.715993    18748.687524     0.8
 Outer nonbonded loop           2272.853540    22728.535400     0.9
 NS-Pairs                      10262.782312   215518.428552     8.7
 Reset In Box                    127.730541     1149.574869     0.0
 Shift-X                         665.613312     3993.679872     0.2
 CG-CoM                          127.730541     3704.185689     0.1
 Bonds                           307.206144    13209.864192     0.5
 Angles                          230.404608    37555.951104     1.5
 Virial                         1278.425568    23011.660224     0.9
 Update                         1277.075541    39589.341771     1.6
 Stop-CM                        1277.050000    12770.500000     0.5
 P-Coupling                     1277.075541     7662.453246     0.3
 Calc-Ekin                      1277.101082    34481.729214     1.4
-----------------------------------------------------------------------
 Total                                       2488288.601103   100.0
-----------------------------------------------------------------------

               NODE (s)   Real (s)      (%)
       Time:   4635.920   4639.000     99.9
                       1h17:15
               (Mnbf/s)   (MFlops)   (ns/day)  (hour/ns)
Performance:      8.265    536.741     37.274      0.644
[12:30:04] Past main M.D. loop

Wat ik er tot nu toe van begrijp is dat deze core een verzameling is van alle 'vanilla' gromacs cores. Momenteel nog zonder de aanpassingen door Stanford zelf gemaakt.
Hij leek vrij rap te gaan. Linux only voorlopig.

code:

[11:12:38] *------------------------------*
[11:12:38] Folding@Home Gromacs 3.3 Core
[11:12:38] Version 1.70 (February 3, 2006)
[11:12:38]
[11:12:38] Preparing to commence simulation
[11:12:38] - Assembly optimizations manually forced on.
[11:12:38] - Not checking prior termination.
[11:12:38] - Expanded 707983 -> 3570033 (decompressed 504.2 percent)
[11:12:38] - Starting from initial work packet
[11:12:38]
[11:12:38] Project: 1491 (Run 0, Clone 2, Gen 3)
[11:12:38]
[11:12:38] Assembly optimizations on if available.
[11:12:38] Entering M.D.
      Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
       Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
             Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
            check out http://www.gromacs.org for more information.

        This inclusion of Gromacs code in the Folding@Home Core is under
        a special license (see http://folding.stanford.edu/gromacs.html)
         specially granted to Stanford by the copyright holders. If you
          are interested in using Gromacs, visit www.gromacs.org where
                you can download a free version of Gromacs under
         the terms of the GNU General Public License (GPL) as published
       by the Free Software Foundation; either version 2 of the License,
                     or (at your option) any later version.

No option -tpi
Note: tpx file_version 24, software version 40
Note: nLincsIter not in run input file, setting it to 1
No option -tablep
starting mdrun 'p1491_Membrane'
50000 steps,   2000.0 ps.

[11:12:45] Protein: p1491_Membrane
[11:12:45] Writing local files
[11:12:45] Extra SSE boost OK.

[ Voor 28% gewijzigd door SandStar op 08-03-2006 23:26 ]

[Verwijderd]

met of zonder -advmethods binnengekregen

[SandStar]

Verwijderd schreef op woensdag 08 maart 2006 @ 23:26:
met of zonder -advmethods binnengekregen

euh, ik doe met aan het beta testen van units.
Verder krijgt niemand em nog.

[smoking2000]

En nu de brandende vraag: hoeveel credits heb je ervoor gekregen?

Een deadline van 4 dagen is wel extraam kort...

[SandStar]

smoking2000 schreef op woensdag 08 maart 2006 @ 23:35:
En nu de brandende vraag: hoeveel credits heb je ervoor gekregen?

Een deadline van 4 dagen is wel extraam kort...

12 credits

[Megaflix]

is 12 niet wat weinig?

[Verwijderd]

voor ons niet voor zandster meeer dan genoeg

[SandStar]

9.6 punten per uur op een P4 2,53Ghz
Redelijk netjes dacht ik....