[CASP7] Rosetta@home en andere folding projecten

[Kristof]

Vanaf april/mei tot juli/augustus start CASP7.
CASP staat voor "Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction".
Bij deze 2 jaarlijkse contest draait alles rond het voorspellen welke structuur de proteïnes zullen hebben na het vouwen.

Uiteraard zal ook Rosetta dit jaar weer vertegenwoordigd zijn. Rosetta werd herhaaldelijk genoemd als één van de beste methodes om de driedimensionele structuren van proteïnen te voorspellen.

Een hoogtepunt van CASP6 was de eerste 'blind ab initio structure prediction' die de high-resolution verbeteringsmethodologie gebruikte en dichtbij de high-resolution nauwkeurigheid kwam.




Voor diegene die geïnteresseerd zijn, wie er allemaal meegedaan heeft, en wat de details van de resultaten waren, kunnen terecht op de website van CASP.
Bekenden zijn:
- Rosetta (vind je onder 'Baker group')
- Predictor (vind je onder 'CLB3 group')
Een afwezige was Folding@home... Gaan ze dit jaar wél meedoen?
In deze reactie wordt het 1 en ander wat in menselijkere taal uitgelegd


In een reactie op het forum gaf David Baker al aan:

Yes--CASP7 is starting soon, and yes, rosetta@home will be focused on casp once it starts. our current tests are aimed at improving the protocol we will use in casp. (we also want to resolve all the current problems/errors before casp starts). I'll keep you posted as the time gets closer.

Dankzij het werk dat gedaan is door de crunchers (onderandere DPC dus) heeft Rosetta in tussentijd zijn algoritmes nog kunnen verfijnen. We kijken dus uit hoe Rosetta dit jaar uit de strijd gaat komen. Hoe zijn ze erop vooruitgegaan ten opzichte van de andere onderzoekers?
Vanaf het moment dat er een opdracht gegeven wordt, hebben ze 3 maand de tijd om het nodige werk te doen. Uiteraard komen wij hier dan weer te zien! Hiervoor is uiteraard een hoop CPU-power voor nodig.
Dus daarom koetjes: GRAZEN MAAR...

[MarcyDarcy]

Misschien heb je hier nog iets aan, het topic over de vorige voorspellingswedstrijd CASP6 (destijds voornamelijk voor het gestopte project Distributed Folding).

Ter info: het project Predictor@home (eveneens gebruikmakend van het BOINC platform) zal vermoedelijk ook aan CASP7 meedoen.

[ Voor 28% gewijzigd door MarcyDarcy op 27-02-2006 13:58 ]

[Crack]

Natuurlijk doet Predictor@home weer mee. Waarom denk je dat de officiële site van CASP http://predictioncenter.org/ is?

[Kristof]

Iemand van Folding@home die al iets opgevangen heeft op hun forum?

[Verwijderd]

enige wat ik net heb opgevangen is een sneeuwbal

[MarcyDarcy]

Seventh round of the experiment (CASP7) will be held in 2006. Registration will start in March. Prediction season is scheduled to run April/May through July/August.

Het valt precies gelijk met de Stampede. Het kan van invloed zijn op de medische projecten die hieraan mee gaan doen. Is daar al wat meer duidelijkheid over en wat het bijvoorbeeld voor Rosetta uitmaakt deze CASP7 wedstrijd?

[Megaflix]

MarcyDarcy schreef op woensdag 08 maart 2006 @ 18:38:
Het valt precies gelijk met de Stampede. Het kan van invloed zijn op de medische projecten die hieraan mee gaan doen. Is daar al wat meer duidelijkheid over en wat het bijvoorbeeld voor Rosetta uitmaakt deze CASP7 wedstrijd?

Het zou voor DPC natuurlijk geweldig zijn om het voortouw in een échte wedstrijd te nemen Dr Baker en Rosetta helpen aan de 'overwinning'.

[BasieP]

Megaflix schreef op woensdag 08 maart 2006 @ 18:40:
[...]


Het zou voor DPC natuurlijk geweldig zijn om het voortouw in een échte wedstrijd te nemen Dr Baker en Rosetta helpen aan de 'overwinning'.

eensch
nog meer naamsbekendheid is altijd goed, * BasieP ziet alweer berichten op de frontpage en veel nieuwe leden

[Kristof]

Uiteraard zal Rosetta meedoen aan deze wedstrijd, daar ze een plaats te verdedigen hebben.
Vorige keer (2jaar geleden dus) hadden ze een zeer mooie plaats behaald. Na de optimalisaties van afgelopen tijd, moet dat zeker verbeterd worden!

[Kristof]

Het is officieel nu:
CASP7 zal vanaf maandag 8mei starten.
http://predictioncenter.org/casp7/

Om even kort te herhalen:
CASP7 is een soort wedstrijd waaraan verschillende organisaties/projecten/etc meedoen. Het doel is om met bepaalde gegevens zo goed mogelijke voorspellingen te maken, over hou eiwitten gevouwen worden.
Zoals je weet doet DPC mee met enkele van deze projecten (denken we aan Rosetta@home, folding@home, Predictor@home, ...)
Deze wedstrijd is een extra stimulans, en de verschillende projecten kunnen zo kijken hoe ze er voor staan.

Rosetta@home doet zeker mee aan deze CASP7. Als iemand weet of andere projecten er ook aan meedoen, gelieve hier een berichtje bij te plaatsen...
Dan kunnen we alle nieuws van die projecten, tussenresults, uitslagen etc hier verzamelen.

[SandStar]

Folding@home doet niet mee aangezien dit project een andere benadering heeft met haar onderzoek

[MarcyDarcy]

Deze pagina lijkt mij redelijk interessant. Mogelijk dat er targets worden uitgegeven welke al redelijk snel ingeleverd moeten worden, ofwel sparen is dat niet te raden

_{Een 'oude' techniek was het langer doorrekenen met een snel target en kort doorrekenen met een traag target}

[ Voor 30% gewijzigd door MarcyDarcy op 10-05-2006 21:27 ]