Rosetta@Home client update

[Kristof]

Als alles goed is, heeft jullie Rosetta@Home client vandaag een upgrade ondergaan.

Eerst even wat achtergrond informatie, om misverstanden te vermijden:
Bij de BOINC projecten heb je 2 delen:
* BOINC client
* Project client (in dit geval Rosetta@Home)

De BOINC client heb je zelf geinstalleerd, en "geupgrade" met de optimized versie.
De Rosetta@home client wordt de eerste keer gedownload, en automatisch geupgrade als er nieuwe versies van zijn (bij de eerstvolgende keer dat je WUs binnenhaalt en resultaten verstuurt)


Rosetta@Home heeft dus zopas een upgrade van hun client versturd naar iedereen (als je client niet op sparen staat, anders maakt hij geen connectie met de server).
Als je in je BOINCmanager bij het tabblad "werk" kijkt, zou de kolom "Programma" versie 4.81 moeten aangeven.

Op het Rosetta@Home forum is dit te lezen:

The new applications have modifications in the scientific code. The modifications were, again, made to allow increased diversity in the search. The app can now read in larger protein fragment libraries, and the number of score specific cycles can be increased. The screen saver was slightly modified to allow rotation of the native structure. Bin in our group was able to find a bug that may have caused an infinite loop in certain very infrequent circumstances.

[Wessie]

Klopt.
Dat is de versie die ik krijg
Ik vond fetchen en flushen ookal zolang duren, dit verklaard!

Bedankt Kristof!

[Sybr_E-N]

Ik moest BOINC in zijn geheel afsluiten en opnieuw opstarten. Nadat al mijn 4.80 jobs waren geupload werden er nieuwe 4.81 jobs gedownload en ook de 4.81 .exe file. Alleen na ongeveer 40 seconden kreeg ik weer een oude bekende error:

Sybr_E-N schreef op zaterdag 17 december 2005 @ 22:19:
Hebben jullie ook wel eens last van jobs die compleet vastlopen?

"17/12/2005 22:16:19|rosetta@home|Unrecoverable error for result 1ogw__topology_sample_95549_0 ( - exit code -1073741819 (0xc0000005))"

Dat betekent dat ik voor die job geen punten krijg? Zou wel jammer zijn heeft ie wel meer dan 3.5 uur over gedaan.

Na wat tips om dit op te lossen, Verwijderd in "[Rosetta@Home] hitparade van 16 december".

Nu is mijn vraag zijn ermeer die dit ook hebben gehad, nadat BOINC verder gaat met de nieuwe Rosetta core?? Mijn oplossing was BOINC opnieuw opstarten.

[Verwijderd]

Heb net wat job's ingeleverd en ook de nieuwe Rosetta 4.81 binnen. Hier is alles vlekkeloos verlopen .

[Megaflix]

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=726

Een paar van de nieuwe 4.81 units hebben wel problemen. Ze beginnen niet met 10 maar met 1000 verschillende structuren, waardoor je ze niet voor de deadline van 1 maand af kan hebben...

Zie de bovenstaande topic. Het probleem is al gefixt met de nieuwe wu's, maar de wu's die beginnen met de naam genoemd in het artikel doen er heel lang over.

[JustMe]

Verwijderd schreef op dinsdag 20 december 2005 @ 20:22:
Heb net wat job's ingeleverd en ook de nieuwe Rosetta 4.81 binnen. Hier is alles vlekkeloos verlopen .

hier ook, nergens last van gehad. hoop niet dat ik ergens van die grote wu's heb op een pc waar ik niet bij kan

[Black Piet]

Maar tot op heden is de sourcecode van de scienceapp nog niet vrijgegeven....want die gaat verschil uitmaken voor je punten in combinatie met je optimized boinc client!!!!

[Verwijderd]

JustMe_ schreef op dinsdag 20 december 2005 @ 21:09:
[...]

hier ook, nergens last van gehad. hoop niet dat ik ergens van die grote wu's heb op een pc waar ik niet bij kan

Dit is idd niet te hopen , heb ze zelf niet ontvangen. -203- , -204- , -207- , dat zie ik overal terug.

[Kristof]

Nog even een uitgebreidere update:

Last evening we released updated versions of the rosetta application for all three platforms. The updates include changes to, again, increase diversity in the searches. For those familiar with Rosetta, the protocol can now use larger protein fragment libraries and run more cycles. There were also minor changes to the graphics to allow rotation of the native structure.
Additionally, a bug was found and fixed by Bin, a post doc in our lab, that may have been causing the "1%" continual loop bug. This bug would occur very infrequently in specific circumstances. We do not know for sure yet if this is the only "1%" bug.

We also put our new work unit batch submission system into production. Unfortunately, a batch of work units using this system was not set up correctly. Work units from this batch have names starting with "DEFAULT_xxxxx_205_" where xxxxx are the protein code and chain id. 205 is the batch id.

IF YOU ARE RUNNING ONE OF THESE WORK UNITS, PLEASE ABORT IT. Batch 206 and greater are okay, and should not be aborted.

The work units in batch 205 were set up to predict 1000 structures instead of 10, so they will all reach the run time limit of 12-16 hours before finishing and will eventually error out. WE WILL GRANT CREDIT TO PEOPLE WHO HAVE RUN AND ABORTED THESE WORK UNITS.

Another problem has been identified with some new work units which is causing a 0xc0000005 UNHANDLED EXCEPTION error. This is a weird bug that appears to be dependent on the random number seed and we are currently looking into its cause. A short-term fix of using the computer clock to generate the seed (as has been done in previous runs) is in place.

In an effort to prevent errors like this in the future, we will set up a local test boinc server and do quality control after the holidays.

bron: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_technical_news.php

[Croga]

Ik krijg sinds vandaag helemaal geen WUs meer toegestuurd...
"No work from project" is het enige wat ie me verteld, en dat kan ik me eerlijk gezegd niet voorstellen....

[Nakebod]

De BOINC client heb je zelf geinstalleerd, en "geupgrade" met de optimized versie.
De Rosetta@home client wordt de eerste keer gedownload

Dus als ik het goed begrijp, hoef ik verder niets te doen aan mijn optimized client? Het gaat dus puur om de R@H client "IN" de boinc client.

[Kristof]

Nakebod schreef op woensdag 21 december 2005 @ 08:54:
Dus als ik het goed begrijp, hoef ik verder niets te doen aan mijn optimized client? Het gaat dus puur om de R@H client "IN" de boinc client.

klopt ja

[Dakoina]

ik veronderstel dat ze dit met die errors bedoelen?

22/12/2005 0:25:49|rosetta@home|Unrecoverable error for result 1ogw__abrelax_rand_len10_jit02_omega_sim_11944_1 (Incorrect function. (0x1) - exit code 1 (0x1))
22/12/2005 0:26:32|rosetta@home|Unrecoverable error for result 1ogw__topology_sample_207_11932_3 ( - exit code -1073741819 (0xc0000005))

heb ik al de hele dag last van (en ja, ben wel nieuw bij rosetta)

/edit: blijkbaar gaan er al een paar posts over in andere thread

[ Voor 8% gewijzigd door Dakoina op 22-12-2005 00:33 ]