Als eerste moet je in deze discussie begrippen genetische manipulatie/modificatie en genetische transformatie uit elkaar zien te houden. Genetische transformatie is het introduceren van een nieuw stukje DNA in het genoom van een organisme. Genetische modificatie is het wijzigen van de genen in het huidige genoom. Bijvoorbeeld door genen die uit staan weer aan te zetten.
Het is belangrijk om hier verschil in te maken. In het ene geval introduceer je een nieuw stuk genoom in het organisme. Dit kan als niet natuurlijk worden beschouwd. In het andere geval introduceer je niets nieuws in het organisme, maar ga je het huidige materiaal zodanig bewerken dat het voor jou/de mensheid nuttig kan zijn.
Je noemt het overdragen van een gen van organisme A naar organisme B niet natuurlijk. Hoewel horizontale genoverdracht relatief zeldzaam is, is het absoluut geen uitzondering in de genetica, en heeft het plaatsgevonden in de geschiedenis van elke planten- of diersoort. Weliswaar vaak ergens ver terug in de evolutie, maar ook recente voorbeelden zijn bekend. Nu is de kans dat er zomaar horizontale genoverdracht plaatsvindt van, bijvoorbeeld, een schorpioen naar een of andere groente ontzettend klein, maar tussen soorten die in nauwe verwandschap leven is deze kans zeker aanwezig. Soortgrenzen zijn geen onneembare barrieres voor genen. En dus kan je het nieuw introduceren van genen niet onnatuurlijk noemen en dat als argument gebruiken tegen genetische manipulatie.
In dit dilemma is er niet een goed of fout. Je kunt heel makkelijk roepen dat het allemaal goed of fout is, omdat jouw intuitie dat jou vertelt. Maar dat intuitie is vaak een eerste ingeving. Je moet kijken welke partijen betrokken zijn bij dit dilemma. Je hebt natuurlijk de mensheid die baat heeft bij de uitkomsten van de nieuwe technieken. Al dan niet ten behoeve van de geneeskunde of de arme mensen in Afrika die graag tomaten willen kweken.
Nu ja, je
moet 
Ik ben nog geen enkel voorbeeld tegen gekomen waarin toegepaste ethiek tot betere inzichten leidde dan intuitie, behalve dan misschien dat mensen die het niet eens waren met elkaar wat meer begrip kregen voor elkaars opvattingen. En zelfs dat hoeft niet het geval te zijn... Alle waarden die je in je overweging betrekt zijn zo relatief, dat het enige waar je in slaagt het maskeren van tegenstellingen in veel wollige beschrijvingen is.
Je moet echter ook rekening houden met de intrinsieke waardes van de dieren en de natuur. Hier zijn verschillende opvattingen over. Je hebt mensen die vinden dat alleen mensen pijnlijdende wezens zijn (antropocentristen). Je hebt een groep die zegt dat ook dieren pijnlijdende wezens zijn (zoocentristen). Je hebt groepen die zeggen dat organismen pijnlijdende wezens zijn (biocentristen). En mensen die zeggen dat de natuur ook pijn kan lijden (holisten). Als je jezelf in kan delen in een van deze groepen snap je misschien ook dat er andere standpunten kunnen zijn.
Ik vind het merkwaardig om het al dan niet voelen van pijn als maatstaf te hanteren voor de intrinsieke waarde van een organisme. Heeft een organisme dat geen pijn kan lijden, nul intrinsieke waarde? Mag ik daarom bijvoorbeeld de zonnedauw uitroeien (even aannemend dat wij het erover eens zijn dat planten geen pijn lijden)?
Pas als je deze dingen in je achterhoofd hebt kun je je mening vormen. Zo kun je zeggen dat genetische manipulatie niet goed is, want de integriteit van de organismen wordt aangetast. Zij kunnen zich niet natuurlijk ontwikkelen. Bovendien kunnen dieren ook niet protesteren. Vandaar dat Nederland als enig land in de wereld een Nee, tenzij... beleid heeft wat betreft dierproeven. (Met proeven bij mensen is het een Ja, tenzij...)
Aan de andere kant heb je ook het belang van de mensen. Je moet je afvragen of het dierenleed opweegt tegen het belang wat bijv. de geneeskunde erbij kan hebben. Per jaar worden er toch wel een paar honderd duizend dieren gebruikt in Nederland alleen al. Dit zijn voornamelijk muizen. Het genetisch modificeren (laat staan transformeren) is niet in een tel gedaan. Schaap Dolly was ook niet meteen bij de 1e poging gelukt. Daar zijn honderden schapen aan vooraf gegaan. Ook voor het maken van transgene cellijnen heb je een paarhonderd muizen nodig. Voor elke cellijn wel tientallen (er zullen vast wel wat nauwkeurigere getallen beschikbaar zijn).
Dan hebben we het nog niet gehad over de dieren die speciaal worden gekweekt om bijvoorbeeld een ziekte te hebben zodat je de genetische achtergrond kan achterhalen. Ooit muizen met reuma en alzheimer gezien? Je moet je afvragen of dit dierenleed opweegt tegen het belang van patienten met die ziektes. Is het misschien niet natuurlijk om deze mensen te laten overlijden? Krijgen we geen last van overbevolking als we proberen iedere individu te redden? Het klinkt misschien hard, maar het is ook een standpunt.
Als je het gaat hebben over genetische modificatie bij planten, kom je uit op een iets andere discussie. Dit is echt een loterij. Waar ik studeer staan een heleboel kassen met tomatenplantjes die allemaal op de een of andere manier gemodificeerd zijn. Kassen vol met plantjes en niet een die goed is. Deze plantjes worden natuurlijk vernietigd als ze niet nodig zijn. Maar stel je het effect op de natuur eens voor als deze plantjes vrij zouden rondwaren. Is het natuurlijk om tomatenplantjes in zoutwater gebieden te kweken? Is het niet alleen een economisch belang?
Allemaal heel leuk, maar als je op een of andere manier zoveel factoren in je besluit mee wil nemen zal je op een of andere manier het relatieve belang van deze factoren moeten bepalen, ze daarmee wegen, en tot een eindoordeel moeten komen. Het is onmogelijk dit op een objectieve manier te doen, laat staan op een manier waar iedereen het over eens is. Om die reden heb ik, ondanks dat ik een opleiding gevolgd heb waarin de biologische en technische kant ervan uitgebreid aan bod gekomen zijn, helemaal geen moreel oordeel over genetische manipulatie: Er zijn teveel factoren die er een rol bij spelen, waardoor het absoluut niet mogelijk is tot een eenduidig oordeel te komen. Het enige moment waarop ik een oordeel wil vellen is wanneer ik moet beslissen of ik een bepaald experiment of onderzoek wil doen.
Persoonlijk ben ik voor het experimenteren met genetische modificatie. Maar alleen als het belang voor de mensheid opweegt tegen het dierenleed. Wat betreft genetische modificatie van planten ben ik veel voorzichtiger. Dit omdat de natuur sterk varieert. Als je een plant hebt die tegen insecticides en pesticides kan en niet gevaarlijk is voor de mens, reageert de natuur met insekten die weer tegen insecticides kunnen. De effecten op de natuur zijn niet meetbaar, omdat er zoveel variabelen zijn.
De vraag is niet zozeer of er een effect is, maar wat dat effect is en of het iets uitmaakt dat dat effect er is. De natuur zal veranderen onder invloed van genetische manipulatie, maar zowiezo is wat voor natuur doorgaat in Nederland en de rest van de westerse wereld zo onderhevig aan invloed van de mens dat het me weinig uitmaakt als de natuur tot op zekere hoogte verandert.