Is bekend welke RNA code welke eiwitten vormt?

[Verwijderd]

mijn vraag is: is er bekend welk RNA code welke eiwitten vormt.
eigenlijk dus:
als je een sliert DNA/RNA code weet als letters kun je daar dan van aflijden welk eiwit er in een cel gevormt word of is de wetenschap nog niet zo ver?

als ik op internet zoek vind ik er niets over dus toen dacht ik hier zijn vast wel mensen die het vast wel weten.

[Delerium]

Ja hoor, doodeenvoudig zelfs, maar ik weet niet meer precies de hoed van de rand.

Basis is dat DNA een code bevat (AGCT oid) en dat wordt afgelezen door RNA. allemaal heel simpel, dat afgelezen is de facto het openritsen van DNA en dan wordt dat DNA afgevuld door RNA... wat vervolgens weer losritst en zo heb je in prinicpe een 1 op 1 copy van het DNA. Voordeel van RNA, het kan de celkern uit. Iedere AGCT (oid) zal nooit kunnen coderen voor de veelheid, maar de natuur doet het per drie. Nu kan je dus bv AAA hebben of ACA oid enz, wel 64 combinaties. Er bestaat een tabel waar zich dat vertaalt naar het Aminozuur. Dus dat AAA glycine wordt en geen methione. OOk een hoop dubbelen (je hebt tenslotte maar 20 aminozuren) maar dat voorkomt leesfouten.

Ergo, heb je een stuk RNA, dan weet je ook de sequentie van je proteine. En mij maak je niet wijs dat je die tabel niet hebt gevonden.

[edit]
http://users.rcn.com/jkim...iologyPages/C/Codons.html
Hoppa. Met die aanmerking dat U een RNA-versie is van DNA's T (Thymine).
Damnit, die url zoeken kostte me minder tijd dan deze edit

[ Voor 11% gewijzigd door Delerium op 26-02-2005 21:13 ]

[Cpt.Morgan]

Dan ook maar gelijk een voorbeeldje erbij:

http://srs.ebi.ac.uk/srsb...EMBL-ProteinID:CAA23828*]

Op die pagina zie je zowel de RNA sequentie als de eiwit sequentie van het humane eiwit Insuline (bekend van suikerziekte, sommige patienten die daar aan lijden maken niet voldoende van dit eiwit aan).

RNA:

code:

atggccctgt ggatgcgcct cctgcccctg ctggcgctgc tggccctctg gggacctgac
ccagccgcag cctttgtgaa ccaacacctg tgcggctcac acctggtgga agctctctac
ctagtgtgcg gggaacgagg cttcttctac acacccaaga cccgccggga ggcagaggac
ctgcaggtgg ggcaggtgga gctgggcggg ggccctggtg caggcagcct gcagcccttg
gccctggagg ggtccctgca gaagcgtggc attgtggaac aatgctgtac cagcatctgc
tccctctacc agctggagaa ctactgcaac tag

eiwit:

code:

MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTR
REAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

[ Voor 3% gewijzigd door Cpt.Morgan op 26-02-2005 21:21 ]

[anandus]

Cpt.Morgan schreef op zaterdag 26 februari 2005 @ 21:19:
RNA:
augatggccctgt ggatgcgcct cctgcccctg ctggcgctgc tggccctctg gggacctgac
ccagccgcag cctttgtgaa ccaacacctg tgcggctcac acctggtgga agctctctac
ctagtgtgcg gggaacgagg cttcttctac acacccaaga cccgccggga ggcagaggac
ctgcaggtgg ggcaggtgga gctgggcggg ggccctggtg caggcagcct gcagcccttg
gccctggagg ggtccctgca gaagcgtggc attgtggaac aatgctgtac cagcatctgc
tccctctacc agctggagaa ctactgcaac taguga

eiwit:

code:

MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTR
REAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

Vergeet het start- en stop-codon niet

[ Voor 21% gewijzigd door anandus op 26-02-2005 21:29 ]

[Cpt.Morgan]

anandus schreef op zaterdag 26 februari 2005 @ 21:26:
[...]
Vergeet het start- en stop-codon niet

De RNA sequentie die ik gepost heb bevat al de start en stopcodons, alleen zijn er T (thymidine) ipv U (uracil) basen in de sequentie gebruikt...

Startcodon is altijd ATG (en codeert tegelijk voor het eerste aminozuur Methionine, M)
Stopcodon kan zijn TAA, TAG of TGA (deze coderen niet voor een aminozuur)

Edit: en je opleiding is biologie?

[ Voor 19% gewijzigd door Cpt.Morgan op 26-02-2005 21:32 ]

[anandus]

Cpt.Morgan schreef op zaterdag 26 februari 2005 @ 21:29:
[...]

De RNA sequentie die ik gepost heb bevat al de start en stopcodons, alleen zijn er T (thymidine) ipv U (uracil) basen in de sequentie gebruikt...

Startcodon is altijd ATG (en codeert tegelijk voor het aminozuur Methionine, M)
Stopcodon kan zijn TAA, TAG of TGA (deze coderen niet voor een aminozuur)

Owja, je hebt gelijk

[MSalters]

Nee, je weet niet welk eiwit je krijgt. Wat boven gezegd wordt klopt wel (typo's voorbehouden enzo) maar eiwitten vouwen daarna. Het is nog niet mogelijk om voor elke sequence te bepalen hoe het eiwit daarna gevouwen wordt. Dat is belangrijk, omdat een anders gevouwen eiwit anders werkt (lees:niet werkt). Simpele eiwitten zijn een uitzondering, dan lukt wel. Die kunnen meestal ook maar op een manier vouwen.

[Delerium]

Vergeet je niet voor het gemak dat een specifieke sequentie ALTIJD op dezelfde manier opvouwt? Kijk, we hebben geen idee hoe dat opvouwen werkt, maar we weten wel van een 3D-structuur de 1D te bepalen (sequentie) en dat kan je terugrekenen in RNA (DNA). Dus als je die database hebt, dan weet je dan.
Dus ja, in het hypotetische geval dat je een volstrekt nieuw stuk RNA tegenkomt, dan weet je het niet, maar dat komt niet vaak meer voor.

[MSalters]

Nee toch? Als eenzelfde sequentie altijd op dezelfde manier zou opvouwen dan zou je geen asymmetrische eiwitten hebben; die kunnen op tenminste twee manieren opvouwen. (spiegelbeelden). Volgens mij kun je verder nog ingewikkeldere vouwen krijgen door de invloed van katalysatoren. Sommige aminozuren zijn hydrofoob, andere hydrofiel. Verder weet ik van prionen dat die ook verschillen in vorm, ondanks dezelfde sequence. Eerste hit op google, prion folding.

[Verwijderd]

Nee toch? Als eenzelfde sequentie altijd op dezelfde manier zou opvouwen dan zou je geen asymmetrische eiwitten hebben; die kunnen op tenminste twee manieren opvouwen. (spiegelbeelden). Volgens mij kun je verder nog ingewikkeldere vouwen krijgen door de invloed van katalysatoren. Sommige aminozuren zijn hydrofoob, andere hydrofiel. Verder weet ik van prionen dat die ook verschillen in vorm, ondanks dezelfde sequence. Eerste hit op google, prion folding.

Over het algemeen is er toch wel iets van modificatie van de eiwitketen nodig om een andere vouwing te bewerkstelligen. Er moet bijvoorbeeld een stuk afgesplitst worden, of bepaalde aminozuren moeten gemethyleerd/geacetyleerd/enzovoorts worden. Natuurlijk kan je dit soort dingen niet aan de sequence zien.

Toch moet je de vraag uit de titel met "meestal ja" beantwoorden. Als je een RNA sequentie hebt, kan je vervolgens de eiwitsequentie daaruit bepalen en die in een database gooien. Dan krijg je de naam van het eiwit terug, en die kan je vervolgens door een database met 3D-structuren heen halen. Daarin staan dan ook eventuele variaties in vouwing van het eiwit wel. "meestal" omdat die databases niet volledig zijn. 3D-structuur bepalen is een hoop werk (hoewel er nu wat fabrieken met chinezen en japanners zijn die er vrij goed in worden, nu gaat het hard).

[Delerium]

Ik vraag me af wat MSalters met 'spiegelbeelden' bedoeld qua opvouwen? Aangezien alle aminozuren linksdraaiend (Raadsel der natuuur:100.00000% linksdraaiend) zijn zal je nooit met deze bouwstenen een gespiegeld eiwit kunnen maken.

[Verwijderd]

Functies voorspellen in een hot topic in de patroon analyse. Voorspellen hoe het eiwit zal vouwen hoort hier ook bij. Wat tegenwoordig veel gedaan wordt is zoeken naar bekende stukjes in een eiwit, zogenaamde domeinen. Dit is bijvoorbeeld een korte signaalpeptide dat het eiwit naar een mitogondrion moet of de cel uit; een helix die door een membraan loopt; een stuk in een beta-sheat; ATP bindend domein enz enz. Zulke domeinen blijken evolutionair vrij sterk geconserveerd te zijn: ze zijn terug te vinden in heel veel eiwitten, waar ze steeds +/- hetzelfde vouwen.

[Verwijderd]

Toch moet je de vraag uit de titel met "meestal ja" beantwoorden. Als je een RNA sequentie hebt, kan je vervolgens de eiwitsequentie daaruit bepalen en die in een database gooien. Dan krijg je de naam van het eiwit terug, en die kan je vervolgens door een database met 3D-structuren heen halen. Daarin staan dan ook eventuele variaties in vouwing van het eiwit wel. "meestal" omdat die databases niet volledig zijn. 3D-structuur bepalen is een hoop werk (hoewel er nu wat fabrieken met chinezen en japanners zijn die er vrij goed in worden, nu gaat het hard).

Het hangt er maar net vanaf waar je mee werkt. Voor de standaard modelorganismen (Arabidobsis thaliana (plantje), C. elegans (worm), Drosophila melanogaster (fruitvlieg), bakkersgist, muis, mens) zijn een heleboel eiwitten bekend, en zelfs dan nog niet alles. Bij de minder standaard organismen is dat veel minder. De eerste twintig hits bij zoeken op "sterkiella" in Entrez protein van NCBI (ik wilde op de eencellige Sterkiella histriomuscorum zoeken, maar er zitten ook wat andere dingen bij)

code:

1:  histone H4 [Sterkiella histriomuscorum]
    gi|32307189|gb|AAP79048.1|[32307189]

2:  histone H4 [Sterkiella histriomuscorum]
    gi|32307187|gb|AAP79047.1|[32307187]

3:  DNA directed polymerase II subunit 9 [Sterkiella histriomuscorum]
    gi|57635274|emb|CAD36017.2|[57635274]

4:  c-myb like protein [Sterkiella histriomuscorum]
    gi|21615545|emb|CAD36016.1|[21615545]

5:  phosphatase 2C [Sterkiella histriomuscorum]
    gi|57545991|gb|AAG47769.2|[57545991]

6:  putative membrane protein [Sterkiella histriomuscorum]
    gi|57545152|gb|AAG45846.2|[57545152]

7:  putative membrane protein [Sterkiella histriomuscorum]
    gi|57545107|gb|AAF81671.2|AF231992_1[57545107]

8:  putative ABC transporter [Sterkiella histriomuscorum]
    gi|57472150|gb|AAK19598.2|AF334035_1[57472150]

9:  Ca++-ATPase [Sterkiella histriomuscorum]
    gi|40365365|gb|AAR85356.1|[40365365]

10: c-myb like protein [Sterkiella histriomuscorum]
    gi|21615548|emb|CAD36018.1|[21615548]

11: POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN [Mycobacterium tuberculosis H37Rv]
    gi|15610137|ref|NP_217516.1|[15610137]

12: POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN [Mycobacterium bovis AF2122/97]
    gi|31794177|ref|NP_856670.1|[31794177]

13: Histone H4
    gi|51317326|sp|P62790|H4_OXYNO[51317326]

14: 40S ribosomal protein S26
    gi|31340417|sp|Q9BHU1|RS26_OXYNO[31340417]

15: Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1 (eRF1) (Eukaryotic release factor 1)
    gi|15213992|sp|Q9BMX3|ERF1_OXYTR[15213992]

16: Phosphoglycerate kinase
    gi|3122609|sp|O02609|PGK_OXYNO[3122609]

17: Telomere-binding protein alpha subunit (Telomere-binding protein 56 kDa subunit) (TEBP alpha)
    gi|267098|sp|P29549|TEBA_OXYNO[267098]

18: Telomere-binding protein beta subunit (Telomere-binding protein 41 kDa subunit) (TEBP beta)
    gi|135390|sp|P16458|TEBB_OXYNO[135390]

19: POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN [Mycobacterium tuberculosis H37Rv]
    gi|2791597|emb|CAA16085.1|[2791597]

20: POSSIBLE CONSERVED TRANSMEMBRANE PROTEIN [Mycobacterium bovis AF2122/97]
    gi|31619772|emb|CAD96712.1|[31619772]

Zoals je kunt zien is lang niet overal bekend waar het precies om gaat. De "possible", ".. like protein" en "putative" etc annotaties komen van vergelijkingen met bekende eiwitten en/of domeinen.

[MSalters]

Ecteinascidin schreef op zondag 27 februari 2005 @ 11:43:
Ik vraag me af wat MSalters met 'spiegelbeelden' bedoeld qua opvouwen? Aangezien alle aminozuren linksdraaiend (Raadsel der natuuur:100.00000% linksdraaiend) zijn zal je nooit met deze bouwstenen een gespiegeld eiwit kunnen maken.

Linksdraaiend is een lokale eigenschap. Alleen, een eiwit heeft heel veel aminozuren. Die vormen macrostructuren, bekend als een alpha-helix en een beta-plaat. De alphahelix zelf kan al twee kanten op draaien (bron) laat staan wat er gebeurt als zo'n hele helix verder gevouwen wordt.

[Cpt.Morgan]

MSalters schreef op maandag 28 februari 2005 @ 00:21:
[...]Linksdraaiend is een lokale eigenschap. Alleen, een eiwit heeft heel veel aminozuren. Die vormen macrostructuren, bekend als een alpha-helix en een beta-plaat. De alphahelix zelf kan al twee kanten op draaien (bron) laat staan wat er gebeurt als zo'n hele helix verder gevouwen wordt.

Met andere woorden: sommige eiwitten kunnen op meerdere manieren gevouwen worden, wat klopt en bij heel veel eiwitten voorkomt. Veel eiwitten veranderen namelijk van vorm als ze aan andere eiwitten of moleculen binden. Maar een eiwit dat als 2 exacte spiegelbeelden van zichzelf voorkomt, bestaat niet en kan ook niet, om de reden die door Ecteinascidin genoemd werd.

[Verwijderd]

Cpt.Morgan schreef op zaterdag 26 februari 2005 @ 21:29:
[...]

De RNA sequentie die ik gepost heb bevat al de start en stopcodons, alleen zijn er T (thymidine) ipv U (uracil) basen in de sequentie gebruikt...

Startcodon is altijd ATG (en codeert tegelijk voor het eerste aminozuur Methionine, M)
Stopcodon kan zijn TAA, TAG of TGA (deze coderen niet voor een aminozuur)

Edit: en je opleiding is biologie?

Houd er nog even rekening mee dat de "taal" niet universeel is. Als je een stuk RNA vertaalt levert dat bij insekten iets heel anders op dan bij, bijvoorbeeld, zoogdieren. (Ik ben er aardig mee de mist ingegaan, toen ik dat vergat en dacht dat ik al mijn werk aan slakkenDNA maar over moest doen, uiteraard met hetzelfde resultaat...)

[MaDLiVe]

Is dat zo? Dit is de eerste keer dat ik dat hoor. Een aminozuur is een aminozuur en 3 bases blijven coderen voor 1 aminozuur (uitzonderingen daargelaten).

Vertel daar es wat meer over? Misschien intepreteer ik je stukje namelijk verkeerd.

[Osiris]

Hm, da's ook nieuw voor mij Sowieso leer ik eigenlijk alleen maar over de mens enzo, maar ik weet wel dat bijv varkens-insuline maar weinig scheelt met dat van de mens en het lijkt me dan ook logisch dat er aan de basis van die amino-zuur-sequentie dezelfde DNA/RNA-code ligt?

[Delerium]

Ik meende ook dat bijna alles wat met DNA te maken had universeel was. Hoe weet DNA nu of het in een hond of in een insect zit. Het principe zou hetzelfde moeten zijn.......

[anandus]

Misschien doelt hij op HOX-genen?
Maar zelfs die regelen vaak dezelfde dingen...

[Verwijderd]

Ik was inderdaad niet helemaal netjes. Het gaat er met name om of je nucleair of plastide DNA bekijkt. Dat was ik alweer vergeten.
Overigens zit er wel een aardige variatie in de verschillende start en stopcodons
GUG, UUG, AUA, UUA en CUG zijn allemaal startcodons bijvoorbeeld, maar ze werken niet in iedere groep zo.
Als je bijvoorbeeld een gen sequenced, en je neemt de verkeerde omrekentabel, zie je dat je nogal wat start en stopcodons te zien krijgt. Dat is niet wat je verwacht te zien, binnen een gen...

[Verwijderd]

Ecteinascidin schreef op donderdag 03 maart 2005 @ 16:04:
Ik meende ook dat bijna alles wat met DNA te maken had universeel was. Hoe weet DNA nu of het in een hond of in een insect zit. Het principe zou hetzelfde moeten zijn.......

Dat laatste hoeft in ieder geval niet waar te zijn. DNA hoeft niet te weten of het in een vlieg of een hond zit, het moet werken.

[MaDLiVe]

Verwijderd schreef op donderdag 03 maart 2005 @ 16:36:
[...]

Dat laatste hoeft in ieder geval niet waar te zijn. DNA hoeft niet te weten of het in een vlieg of een hond zit, het moet werken.

Dat snapt hij ook wel

Ik neem met alle respect je verhaal met een korreltje zout. Heb van de week nog sequence van het gen bekeken dat codeert voor RbsS1 en daar heb ik de normale start en stopcodons voor gebruikt. Bovendien codeerde na het start codon alle 3 de bases netjes voor aminozuur (nadat de introns verwijderd waren natuurlijk). RbsS1 is een gen dat codeerd voor de kleine subunit van Rubisco een enzym dat vrijwel in alle planten voorkomt.
Maargoed het feit dat je ouderejaars bioloog bent, doet me dan twijfelen al dan niet onterecht toch vreemd dat ik er dan nog nooit van heb gehoord.
Misschien doel je op isoenzymen? Enzymen die anders zijn opgebouwd uit andere aminozuren maar toch hetzelfde substraat kunnen omzetten en hetzelfde product kunnen vormen?

En wat is het verschil tussen nucleair en plastide DNA of bedoel je plasmide DNA? Het DNA zoals het voorkomt bij prokaryoten.

Staat mijn wereld op z'n kop

[anandus]

MaDLiVe schreef op donderdag 03 maart 2005 @ 17:21:
[...]

En wat is het verschil tussen nucleair en plastide DNA of bedoel je plasmide DNA? Het DNA zoals het voorkomt bij eukaryoten.

Staat mijn wereld op z'n kop

/me slap

Je weet toch wel wat plastiden zijn.. mitochondriëen, chloroplasten, etc
En waar wil je plasmides in eukaryoten zoeken, dan?

[ Voor 13% gewijzigd door anandus op 03-03-2005 17:35 ]

[MaDLiVe]

Ow ja

Ik bedoelde prokaryoten natuurlijk

[Cpt.Morgan]

Een volledige overzicht van de verschillen tussen de genetische codes van diverse organismen en organellen is hier te vinden:

http://216.239.59.104/sea...+genetic+codes+ncbi&hl=nl

Dan zie je ook dat het vooral om organellen en zeer exotische prokaryoten gaat die niet de standaard code gebruiken.

[Cpt.Morgan]

Osiris schreef op donderdag 03 maart 2005 @ 16:02:
Hm, da's ook nieuw voor mij Sowieso leer ik eigenlijk alleen maar over de mens enzo, maar ik weet wel dat bijv varkens-insuline maar weinig scheelt met dat van de mens en het lijkt me dan ook logisch dat er aan de basis van die amino-zuur-sequentie dezelfde DNA/RNA-code ligt?

Om een idee te geven van de verschillen tussen mens en varken op eiwit en DNA niveau, staan hieronder 2 vergelijkinging (zogenaamde 'alignments') van de eiwit en DNA sequentie van menselijke insuline en varkensinsuline. Je kunt dan duidelijk zien dat ze zowel op eiwit als DNA niveau erg op elkaar lijken.

Er zijn natuurlijk ook verschillen, zo heb ik met X-jes onder de sequenties aangegeven waar een mutatie in het DNA zit (codon ATG in de mens wordt ACG in het varken) die ook leidt tot een verandering van aminozuur (M, Methionine in de mens en T, Tyrosine in het varken).

Met Y-tjes heb ik een mutatie in het DNA aangegeven die niet tot een ander aminozuur leidt, omdat het codon in de mens (GCC) en het codon in het varken (GCG) voor hetzelfde aminozuur (A, Alanine) coderen. Dit worden zogenaamde 'stille mutaties' genoemd en om die reden vind je normaal gesproken meer verschillende op DNA niveau tussen organismen dan op eiwitniveau. Er zitten natuurlijk veel meer van dit soort gevallen in de onderstaande sequentie, maar dit is even ter voorbeeld.

Vergelijking eiwit sequentie insuline van mens en varken:

code:

homo_sapie     1 MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAED
sus_scrofa     1 MALWTRLLPLLALLALWAPAPAQAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKARREAEN
                     X 

homo_sapie    61 LQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
sus_scrofa    61 PQAGAVELGGG--LGGLQALALEGPPQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
                                     Y

Vergelijking DNA sequentie insuline van mens en varken:

code:

homo_sapie atggccctgtggatgcgcctcctgcccctgctggcgctgctggccctctggggacctgac
           ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  || | |
sus_scrofa atggccctgtggacgcgcctcctgcccctgctggccctgctggcgctctgggcgcccgcc
                       XXX
                                                                       
homo_sapie ccagccgcagcctttgtgaaccaacacctgtgcggctcacacctggtggaagctctctac
           || |||   ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |||
sus_scrofa ccggcccaggccttcgtgaaccagcacctgtgcggctcccacctggtggaggcgctgtac

homo_sapie ctagtgtgcggggaacgaggcttcttctacacacccaagacccgccgggaggcagaggac
           || ||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||| ||
sus_scrofa ctggtgtgcggggagcgcggcttcttctacacgcccaaggcccgtcgggaggcggagaac

homo_sapie ctgcaggtggggcaggtggagctgggcgggggccctggtgcaggcagcctgcagcccttg
           |  ||||  ||    |||||||||||||| || ||||     ||| |||||||| || ||
sus_scrofa cctcaggcaggtgccgtggagctgggcggagg-cctg-----ggcggcctgcaggccctg

homo_sapie gccctggaggggtccctgcagaagcgtggcattgtggaacaatgctgtaccagcatctgc
           || ||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| 
sus_scrofa gcgctggaggggcccccgcagaagcgtggcatcgtggagcagtgctgcaccagcatctgt
           YYY
                                            
homo_sapie tccctctaccagctggagaactactgcaactag 333
           |||||||||||||||||||||||||||||||||
sus_scrofa tccctctaccagctggagaactactgcaactag 386

[Gir]

Dan zie je ook dat het vooral om organellen en zeer exotische prokaryoten gaat die niet de standaard code gebruiken.

Inderdaad, bijvoorbeeld mitochondrien hebben ook eigen DNA, dat door eigen ribosomen moet worden afgelezen.

Zie, http://users.rcn.com/jkim...iologyPages/C/Codons.html, mitochondrien interpreteren de code iets anders dan de 'standaard', de belangrijkste aanpassing is dat UGA codeert voor tryptophan in plaats van een stopcodon.

[ Voor 76% gewijzigd door Gir op 04-03-2005 12:47 . Reden: Reactie was een beetje dubbelop ]

[Osiris]

Cpt.Morgan schreef op vrijdag 04 maart 2005 @ 10:09:
[...]
*knip*

Ja, dat bedoelde ik ook met "weinig schelen". Maar afgezien van de elkaar-overlappende-codons (meerdere codons die coderen voor hetzelfde aminozuur) is het basissyteem bij 't varken en de mens hetzelfde.

[Verwijderd]

Osiris schreef op vrijdag 04 maart 2005 @ 10:15:
[...]

Ja, dat bedoelde ik ook met "weinig schelen". Maar afgezien van de elkaar-overlappende-codons (meerdere codons die coderen voor hetzelfde aminozuur) is het basissyteem bij 't varken en de mens hetzelfde.

Ook niet gek natuurlijk, gezien het feit dat het beide zoogdieren zijn.

Ik realiseer me nu overigens pas dat het voor de meeste biologen niet uit zal maken, omdat die zich houden bij kernDNA, terwijl het in de moleculaire systematiek juist gebruikelijk is naar mitochondriaal DNA te kijken. Voor mij speelt het probleem dus gewoon altijd. Bovendien heb ik (op mezelf een keertje na dan, en dat was per ongeluk) nooit een vertebraat gesequenced, en ik moet, als ik mijn sequence test, altijd kiezen uit een van wel twintig verschillende tabellen.

[ Voor 42% gewijzigd door Verwijderd op 04-03-2005 12:34 ]

[silentsnow]

Om maar even terug te komen op de TS:

Het is op twee manieren mogelijk om te achterhalen wat voor een eiwit structuur uit een bepaalde RNA sequentie zal voortvloeien.

De eerste methode is de computationele methode. Met het gebruik van algoritmen en behoorlijk veel rekenkracht is het tot op een bepaalde hoogte mogelijk de één-, twee- en drie-dimensionale eiwit structuur van een RNA sequentie te voorspellen/berekenen. Het vouwen van een eiwit is gebonden aan een aantal regels, en die regels heeft men voor een klein deel weten te kraken. Deze regels kan men gebruiken om het vouwen van een eiwit te simuleren met computer programma's. Echter, dit kost meestal erg veel tijd aangezien een groot deel van de berekeningen tot de groep NP-complete behoren. Een simpel eiwit van enkele tientallen aminozuren is vaak te doen, maar je komt al snel in de problemen als het eiwit uit meerdere peptiden of uit een groot aantal aminozuren bestaat. Een andere methode is het "threaden" van de RNA sequentie. Het berekenen van de één-dimensionale structuur van het eiwit is vrijwel altijd snel en efficient, en met behulp hiervan kan gezocht worden naar eiwitten in een database (BLAST-search) met eenzelfde één-dimensionale structuur, of eiwitten met een een deels overeen komende structuur. Aan de hand hiervan kan men de twee- en drie-dimensionale structuur van het eiwit voorspellen.

De andere manier is grofweg laboratorium werk. De RNA sequentie in een organisme injecteren, en dan het resulterende eiwit isoleren en met behulp van NMR of X-Ray de structuur analyseren. Ook kan men met behulp van een (geautomatiseerde) Edman Degradation de aminozuur sequentie detecteren en verifieren.

Er zijn echter een aantal factoren de meespelen in het vouwen van een eiwit die de eerste methode kwetsbaar maken. Zo heeft het organisme waarin het eiwit zich vouwt effect of het process, aangezien niet alle organismen dezelfde "splice-sites" herkennen. Ook niet alle organismen hebben dezelfde "RNA processing" regels. De resulterende RNA sequentie hangt dus af van het organisme. Daarnaast moet men rekening houden met factoren als reading frames (RNA translatie) en pH (eiwit vouwen).

[ Voor 4% gewijzigd door silentsnow op 05-03-2005 07:31 ]

[JvS]

Je verhaal klopt wel, maar naar mijn mening noem je een aantal zeken niet zoals ze horen. Het vouwen van eiwitten heeft heel veel 'regels'. Hydrofobe einden zullen altijd bij elkaar willen gaan zitten en worden door chaparones begeleid. Eiwitten hebben uiteindelijk maar één optimale vouwing, en met EXTREEM veel rekenwerk komen modellen vaak wel een beetje in de goede richting, maar nooit spot on (vergeleken met het resultaat van een kristalstrucutuuranalyse). Met een Edman degradatie kan je helemaal niets zeggen over de structuur van het eiwit, dan kan je beter gewoon naar je DNA/RNA kijken (tenzij je een eiwit isoleert en wil weten welke het is). Dit rekenwerk wordt met "folding" overigens ook door distributed computing (DPC) gedaan .

Een eiwit wordt ook nooit opgebouwd uit meerdere peptiden, altijd uit losse aminozuren. Een peptide krijg je als je een eiwit in stukken hakt en dan stukjes van 2 ~ 25 aminozuren overhoud, die stukken zelf worden nooit hergebruikt om eiwitten te maken.

Als laatste heb je wel gelijk, vouwen van eiwitten gebeurt in verschillende organismen verschillend, maar het verschil zit dan met name in vouwing van prokaryote organismen (bacterien) en eukaryote organismen (schimmels en 'hoger').

Overigens is de structuur van eiwitten met Crystalstructuur analyse ook niet echt makkelijk en kan dit alleen maar met oplosbare eiwitten gedaan worden. Heel veel eiwitten liggen verankerd in een membraam (receptor of translocon of porie eiwit ofzo) en bij zulke eiwitten is het bijna onmogelijk om netjes de structuur van te bepalen (al is het wel te doen, omdat je duidelijke hydrofobe sequenties hebt die verankerd zijn in de membraan).

[Verwijderd]

Overigens is de structuur van eiwitten met Crystalstructuur analyse ook niet echt makkelijk en kan dit alleen maar met oplosbare eiwitten gedaan worden. Heel veel eiwitten liggen verankerd in een membraam (receptor of translocon of porie eiwit ofzo) en bij zulke eiwitten is het bijna onmogelijk om netjes de structuur van te bepalen (al is het wel te doen, omdat je duidelijke hydrofobe sequenties hebt die verankerd zijn in de membraan).

Zowiezo, je weet nooit of de structuur van een eiwit in een kristal goed overeenkomt met een structuur van een eiwit in oplossing. Dan is NMR als techniek betrouwbaarder, met als nadeel dat het alleen toepasbaar is op relatief kleine eiwitten. Maar die grens wordt wel verder en verder opgerekt.

Wat betreft Edman degradatie: Wordt dit nog toegepast? Ik heb het idee dat die techniek een eind vervangen is door massaspectrometrie.

[Verwijderd]

Hoe ver kun je tegenwoordig komen met Edman degradatie en massaspectrometrie? Ik meen me te herinneren dat Edman degradatie niet verder kwam dan een aminozuur of 50, omdat daarna de scheiding niet nauwkeurig genoeg meer is.

[Verwijderd]

Hoe ver kun je tegenwoordig komen met Edman degradatie en massaspectrometrie? Ik meen me te herinneren dat Edman degradatie niet verder kwam dan een aminozuur of 50, omdat daarna de scheiding niet nauwkeurig genoeg meer is.

Voor Edman degradatie moet je je eiwit eerst op verschillende manieren in peptiden knippen, die sequencen, scheiden, en het geheel weer aan elkaar passen. Op die manier moet je volgens mij in principe heel ver kunnen komen.

In een massaspectrometer gebeurt uiteindelijk hetzelfde, een massaspectrometer heeft zelfs nog kleinere peptiden nodig dan een Edman degradatie. Maar daar staat tegenover dat de detectiegrens ervan zo laag is dat dat geen enkel probleem is. MS is een stuk sneller dan Edman degradatie, en is bovendien in staat eiwitmengsels van tientallen eiwitten te sequencen.