[Folding@Home] Announce: Client monitor voor Linux

[SandStar]

Een update van server lijkt niet helemaal te werken? Bonus Factor staat overal op 1.

Clean install lijkt bij iemand anders wel correct te werken

Edit:

ok, lijkt langzaam weg te trekken. 2 clients laten het nu wel correct zien.
Rest zal wel volgen

[Voor 27% gewijzigd door SandStar op 22-02-2010 00:57]

[smoking2000]

SandStar schreef op maandag 22 februari 2010 @ 00:30:
Een update van server lijkt niet helemaal te werken? Bonus Factor staat overal op 1.

Je wilt altijd de laatste functional revision van qd op je FCI clients gebruiken, zeker bij een nieuwe release van FCI server. Dus --update-qd is your friend

smoking2000 schreef op zondag 21 februari 2010 @ 21:13:
For the bonus points data to be available, you'll have to update qd on your FCI clients to at least fr 081. qd fr082 introduces an alternate PPD calculation which doesn't account for the progress, but asssumes the WU is completed at the expected date. This data is preferred for PPD values used in FCI, if the alternate PPD values are not availble, it will fallback to the points per hour and multiply by 24 as was done before.

So you'll want to run all your FCI clients at least once with --update-qd if you don't always do so already, to have the FCI client download the latest qd from your FCI server.

[SandStar]

smoking2000 schreef op maandag 22 februari 2010 @ 06:47:
[...]


Je wilt altijd de laatste functional revision van qd op je FCI clients gebruiken, zeker bij een nieuwe release van FCI server. Dus --update-qd is your friend


[...]

Dat was het eerste wat ik deed. Maar ik zie toch nog clients met een BF van 1.0 terwijl ze een A3 unit hebben en een qd versie van 20-2-2010 (fr 082)

Hoe debug ik dit?

[smoking2000]

Ik zag idd dat vrijwel al je clients de meest recente qd hadden, behalve c4mper. Die draait nog qd released 15 April 2009 (fr 073).

Om vast te stellen waarom geen bonus punten getoont worden (door qd), begin met de bonus checklist om te bepalen of de betreffende client voor zijn huidige WU ook daadwerkelijk in aanmerking komt voor de bonus:

quote: http://teammacosx.org/for...=63&t=3957&st=#entry55599

qd will only show bonus points if all the following conditions are met:
* Greater than zero points (pts)
* The final deadline is known (due: N days)
* The preferred deadline is known (preferred: N days)
* The project has greater than zero kfactor (kfactor)
* The approximate assignment time of the WU is known (issue or begin)
* The end or expect date of the WU is known (end or expect)
* A passkey is stored in the queue.dat for the WU (passkey)
* The WU is not deleted (status)
* WU completion is (expected) before the preferred deadline

Projects which have no kfactor (or 0.00) listed on the psummary won't have bonus pts displayed by qd. Nor will projects for which the expected time of completion cannot be calculated (e.g. because no progress was parsed). The most likely cause for no bonus pts being displayed is that the passkey is not stored in the queue.dat for that WU. This value gets written to the queue.dat when the FAH client unpacks the new WU it got assigned if the passkey is configured in the client.cfg.

There was a brief period in which the passkey was no longer written to the queue.dat sometime after the release of the v6 FAH client, but the recently it reappeared. I'm not sure where it's decided to store the passkey in the queue.dat or not, whether that is the FAH client (most likely) or the FahCore, or possibly some negotiation between them or between the FAH client and the Work Server. If it turns out that the passkey is not reliably written to the queue.dat despite it always being configured in the client.cfg, I'll remove this requirement and assume that you're liable for the bonus (and that a passkey is configured). I alreeady assume that you have met the 80% before deadline, and that you've already completed 10 A2 or A3 WUs. All Stanfords bonus requirements that qd cannot know will be assumed, since the bonus points is an indication anyway. Upload failures are not accounted for, for instance too.

Het topic op TeamMacOSX.org wat ik quote is van dit weekend waar geen bonus punten getoont werden voor een WU waarop dit wel van toepassing zou zijn. Dit werd veroorzaakt door het ontbreken van de passkey in de queue.dat voor die WU. Zie ook mijn iets uitgebreidere post

Om kort te stellen wat je moet doen, is de qd met de hand te draaien op de betreffende machine (~/.fci/qd -n ~/.fci/qdinfo.dat -iaf <path/naar/folding-dir>) en verifieren dat alle prerequisites uit de checklist aanwezig zijn. (-a is hierin een essentieel argument voor qd, zonder -a zal de passkey nooit getoont worden zelfs als deze aanwezig is).

[SandStar]

erwin@c4mper ~/.fci $ qd -v
qd released 20 February 2010 (fr 082); qd info 21 February 2010 (update-qd.pl)

lijkt de goede?

edit:

hmm hier gaat iets mis

~/.fci/qd -n ~/.fci/qdinfo.dat -iaf /home/erwin/folding/
qd released 15 April 2009 (fr 073); qd info 21 February 2010 (update-qd.pl)
** NOTICE: This version of "qd" is out of date (info file is fr 082). **
qd executed Mon Feb 22 14:12:11 CET 2010 (Mon Feb 22 13:12:11 UTC 2010)
Queue version 6.00

edit2:

Doh! gevonden...
2 qd installaties op die pc. als ik in directory ging staan en qd -v deed pakte hij de algemene en niet degene in mn .fci map.

[Voor 71% gewijzigd door SandStar op 22-02-2010 14:21]

[smoking2000]

Dat lijkt idd de goede, maar in je edit lijkt hij een andere qd te gebruiken.

Waarschijnlijk heb je in je current working directory ook nog een qd en/of qdinfo.dat staan, die FCI client om die reden gebruikt?

In de verbose FCI client output moet je kunnen zien waar hij qd binaries vind en welke hij kiest om te gebruiken.

[SandStar]

yup, fixed
zie edit

[smoking2000]

Last dat ook je probleem met bonus punten op?

Zo niet, dan ben jij waarschijnlijk de 2e gebruiker waarvoor de passkey niet structureel in de queue.dat wordt geschreven, en moet ik meer prio geven aan de update van qd hiervoor.

[SandStar]

yep, ziet er nu goed uit!

[SandStar]

Een paar linux installs van mij willen een nieuwe Date-Calc versie gaan installeren:

code:

[ebuild     U ] dev-perl/Date-Calc-6.3 [5.4] 166 kB

Nu kan ik mij ergens herinneren dat bepaalde versies niet helemaal lekker werkten. Iemand van TCF heeft ooit eens FCI op de laatste debian unstable/testing/alpha/whatever geinstaleerd en die trok allemaal perl libraries binnen die niet compatible waren.

Ben jij toevallig op de hoogte van versies waar we vanaf moeten blijven?

[smoking2000]

Nope, naar mijn weten werken alle versies.

Ik weet wel dat de Debian versie een pure perl implementatie van het Date::Calc backend gebruikt, terwijl de module op CPAN en in andere distros het XS (C) backend gebruikt.

Zolang de API niet is gewijzigd (wat zeldzaam is voor veel gebruikte modules als deze) zou het moeten werken.

[SandStar]

ah verhelderend
Meteen duidelijk waarom het op debian dus van die rare resultaten gaf. Thanks!

[smoking2000]

fci-1.6.2 released!

Uit de release announcement:

---

Most of the old changes for this release have been available in Subversion for some time already, this is the first official release in which these changes are included. For those of you wanting to stay current can track the changes in SVN which should always apply to the last offical release. All distruptive changes for the next release are done elsewhere.

This new release includes all the changes from SVN and some important bugfixes.

Bugfix: Support for Date::Manip 6.xx delta format

fci-update-xml-files.pl now handles the new delta format used in Date::Manip 6.xx when formatting its deltas.

Bugfix: Psummary parsing

fci-update-stanford-files.pl now handles the new project description URL containing ."overusingIPswillbebanned", and email addresses in the contact field.

Status changes for the project summary are now only displayed in verbose mode so you no longer get an email from cron with only project status changes.

Improved Functionality: Client state markers

fci-update-xml-files.pl is now able to detect core download errors for which the client state marker c is used, and upload failures for the current work unit indicated by u. Links to the lines in the FAHlog where these events were detected are displayed as a warning on the client page.

Improved Functionality: Client history RRD graphs

The average upload and download rates are now also plotted. the values are retrieved from the queue.dat by qd, not from the FAHlog.

Minor Changes

team-stats.plc Removed link to the XML file which is no longer used.

All show/hide inactive links in the web interface now use the rel='nofollow' attribute to prevent webcrawlers from following these links.

---

Meer informatie over deze release (en vorigen) in de ChangeLog op de FCI download pagina.

[smoking2000]

fci-1.6.3 released!

De vorige release was niet voldoende om alle issues met de nieuwe Date::Manip te fixen, op FF.org werden nogsteeds errors gerapporteerd. Zojuist heb ik deze issues kunnen reproduceren op mijn Ubuntu 10.04 VM wat deze release heeft getriggerd.

Uit de release announcement:

---

Bugfix: More support for Date::Manip 6.xx

Using 'now' instead of 'today' in time_format(). It also only accepts numeric values to prevent it choking on 'n/a' values, which causes problems for clients without TPF values.

fci-generate-queue-graphs.pl also had a time_format() subroutine but this was not used outside of some debug code that has since been removed. So this subroutine has been removed too.

Minor Changes

fci-update-jmol-projects.pl Added mapping for code abbreviation: OG => OPENMMGPU

---

Meer informatie over deze release (en vorigen) in de ChangeLog op de FCI download pagina.

[SandStar]

Ik heb voornamelijk nog 1.6.1 clients rondlopen. Moet ik die nog updaten?
Server net wel succesvol naar 1.6.3 gekregen

[smoking2000]

De client heeft nog geen changes gezien, dus die hoeven nog niet upgrade te worden.

[smoking2000]

fci-1.7 released!

Eindelijk tijd gehad om even te gaan zitten en een nare bug te pletten die deze nieuwe release als maar ophield. Ook het opzetten van Trac en op vakantie gaan hebben niet bij gedragen aan een vlotte release. Met de winter in het vooruitzicht zal dat vast beter worden.

Uit de release announcement:

---

The most important change in this release is that project image generation has moved from client upload time to XML processing time. Doing image generation during client upload processing broke in recent releases of Slackware and Arch Linux. This change also has the nice side-effect that client upload are handle much more quickly now which will allow for more concurrent uploads.

This is the first release to use the new URL for the project website in my own domain: http://fci.linuxminded.nl/.

Many thanks to my teammate BiLe for hosting the subdomain for the past 5 years. And with the move to my own domain I also set up rudimentary project management with Trac which gives us a bug tracker, a documentation wiki, and another SVN browser: http://fci.linuxminded.nl/trac/ The Wiki is a work in progress, and submitting new tickets requires registration.

This new release includes all the changes from SVN and some important bugfixes. The installer was enhanced to also generate fci-client & fci-server crontab files ready for copying to /etc/cron.d/ and the apache configuration is auto generated as well.

The FCI client has seen a minor improvement, it also reports the fan speed if nvidia-settings reports this on Linux. Upgrading your FCI clients to this version is only required if you want to use this feature.

---

Meer informatie over deze release (en vorigen) in de ChangeLog op de FCI download pagina.

[smoking2000]

fci-1.7.1 released!

Uit de release announcement:

---

Mostly a bugfix release, with some minor enhancements.

Bugfix: fci-update-xml-files.pl

Adds project number to the XML files again. The project number is already known through the filename, but it should also be included in the XML itself.

Bugfix: fci-update-stanford-files.pl

Now always uses the new URL for projects descriptions, which contains '.overusingIPswillbebanned', even if the project summary page still lists the old URL. This chnages should make it generate much less cron mails

Bugfix: fci-update-jmol-projects.pl

Also imports the kfactor from Jmol projects.

Bugfix: install.pl

Fixed FCI client installation op OpenBSD.

Minor Changes

clients.plc now shows the time it took to complete a WU in each Queue index.

fci-update-stanford-files.pl now downloads the bzip2 compressed daily user & team summary files instead of the plain text ones. You can change the new default to plain text in the Settings interface. This of course requires that the bzip2 package is installed, which it is by default on most of the supported operating systems, but not all (e.g. Debian).

---

Meer informatie over deze release (en vorigen) in de ChangeLog op de FCI download pagina.

[smoking2000]

fci-1.7.2 released!

Uit de release announcement:

---

Only 1 minor change to support the new progress format in the FAHlog by new GPU3 cores:

[10:56:06] Completed 87% ( 43499999 steps out of 50000000) 

---

Meer informatie over deze release (en vorigen) in de ChangeLog op de FCI download pagina.

[smoking2000]

fci-1.7.3 released!

Uit de release announcement:

---

It look likes the new progress format is in use now, I had to update the parser again because it's similar to the old format, but still differs too much:

[06:34:55] Completed  21000000 out of 50000000 steps (42%).

---

Meer informatie over deze release (en vorigen) in de ChangeLog op de FCI download pagina.

[smoking2000]

Drie dagen geleden zag ik dat er een nieuwe (stable) firmware voor m'n Fritz!Box 7340 was, onder andere met IPv6 support. Direct na het installeren van de firmware update heb ik dus een IPv6 prefix bij XS4ALL aangevraagd, waarna ik even later een mooie dual stack op m'n modem had draaien, en het mooi vooruitzicht om IPv6 op alle hosts in mijn netwerk te configureren. Dit is zojuist voltooid, en zodra de DNS change is overal gepropageerd is, heeft het ook nog de finishing touch.

Vanaf dan is de FCI project website ook beschikbaar via IPv6: http://fci.ipv6.linuxminded.nl/
De FCI server die ik voor Fatal Error Group draai via: http://fci-feg.ipv6.linuxminded.nl/
En mijn algemene website met FAH tools, qd-tools, e.d. via: http://ipv6.linuxminded.nl/

[Voor 6% gewijzigd door smoking2000 op 19-11-2010 23:42]

[smoking2000]

fci-1.7.4 released!

Uit de release announcement:

---

Mostly a bugfix release, with some minor enhancements.

Bugfix: fci-update-xml-files.pl

Don't overwrite the qd supplied client type with the one listed in the client.cfg, Required for correctly detecting -bigadv when type=3 (-advmethods) is set in the client.cfg.

Minor Changes

clients.plc now shows the time expected to complete a WU. This was already present for completed WUs, now also for WUs not yet completed but have an expected date available.

The installation instructions for various OSes were updated to reflect current versions.

---

Meer informatie over deze release (en vorigen) in de ChangeLog op de FCI download pagina.

[smoking2000]

fci-1.7.5 released!

Uit de release announcement:

---

Mostly a bugfix release, with some minor enhancements.

Bugfix: fci-update-xml-files.pl

Checking for a day changes was broken if the times from the FAHlog were within skipped the daylight saving time hour, the FAHlog dates are in UTC which doesn't use daylight savings.

Minor Changes

fci-update-jmol-projects.pl Updated mapping for new FahCore abbreviations.

clients.plc If only points per hour data is available, convert it to points per day.

---

Meer informatie over deze release (en vorigen) in de ChangeLog op de FCI download pagina.

[smoking2000]

fci-1.8 released!

Uit de release announcement:

---

I've long sought an interactive molecule viewer for web browser that doesn't use Java, and now I've finally found one: ChemDoodle Web Components by iChemLabs. A really cool chemical toolkit in Javascript using jQuery. It has build in support for PDB files, which FCI already uses for RasMol to generate project images. An interactive project image is now also available for project how provide a current.xyz, which sadly are rare these days. But my FCI server has collected quite some over the years, so it's not as useless as it may seem. See for example: Project 10900 Abeta40_mono_s

Rendering some of the larger molecules such as p2672 IBX in water & p2669 IBX in water will put a bit of a strain on your system, but the smaller molecules such as p3907 & p1584 A7pp2_298K_03 are rendered in a breeze. I think it's worth it for such cool tools.

I'll expect a future release of FCI to use this to render the project images for the v7 client using its protein command, when my FAHClient Remote Interface Perl Implementation is ready. The FCI server can then act as a caching proxy between the web browser and FAHClient, also converting the PyON data to proper JSON to have a realtime feed or cached view of the last protein state that you can interact with. So you wont have to allow direct connections from the Internet to your FAHClient.

My overall development has slowed down quite a bit in pas months, due to busyness at work and elsewhere. But after the new v.7.1.33 and v7.1.38 open beta releases I've picked up development of the remote interface implementation again, but development is still slow.

---

Meer informatie over deze release (en vorigen) in de ChangeLog op de FCI download pagina.

[smoking2000]

fci-1.8.1 released!

Helaas een bugfix release omdat de recent geintroduceerde ChemDoodle Web Components de jQuery Flot TPF graphs had gesloopt. Hierbij is Flot geupgrade van v0.5 naar v0.7.

Meer informatie over deze release (en vorigen) in de ChangeLog op de FCI download pagina.

[smoking2000]

fci-1.8.2 released!

Slechts wat kleine changes:

fci-update-eoc-stats.pl gefixed om te stoppen na 5x geen XML stats opgehaald te hebben. Dit werd voorheen alleen gedaan voor requests met een non 200 OK status code. Zo gedraagd het script zich beter wat de recente load issues bij EOC betreft. Bij hoge load krijg je een waarschuwing in HTML ipv de XML stats, maar deze word wel geserveerd met een 200 OK status code.

ChemDoodle Web Components geupdate naar v4.4.1, voornamelijk voor de bugfixes in gl-matrix v1.0.1.

Installatie instructies geupdate voor FreeBSD 8.2, OpenBSD 5.0, OpenSUSE 12.1 & Arch Linux 2011.08.19.

Meer informatie over deze release (en vorigen) in de ChangeLog op de FCI download pagina.

[smoking2000]

fci-1.8.3 released!

Als kerst cadeau proxy support aan FCI client toegevoegd, wat eigenlijk vanaf dag 1 er al in had moeten zitten.

Beter laat dan nooit zullen we maar denken

Meer informatie over deze release (en vorigen) in de ChangeLog op de FCI download pagina.

[smoking2000]

fci-1.8.4 released!

In deze release zijn Stats boxes onder de Username & Team lists toegevoegd, na vriendelijk verzoek van een long time user.

Meer informatie over deze release (en vorigen) in de ChangeLog op de FCI download pagina.