[Distributed Folding] *Belangrijk aanpassing project CASP6*

[MarcyDarcy]

Distributed Folding doet mee aan CASP6 voorspellingswedstrijd

Welkom !

Schrik niet van de topictitel. Middels dit topic wil ik graag de aandacht voor een tijdelijke wijziging bij het DC project Distributed Folding. Gelieve het hele topic door te lezen als je meedoet aan het Distributed Folding project. Nieuwe informatie zal, buiten de Distributed Folding website en het bijbehorende forum ook zo snel mogelijk gepost worden in de Dagelijkse DF hitparades op GoT. Daarnaast zal mijn mijn .plan op WDO de belangrijkste informatie/wijzigingen bevatten. Als je niet weet waar dit over gaat dan heeft dit topic waarschijnlijk geen functie voor jou. Toch nieuwsgierig? Lees dan eens de Distributed Folding faq.

Waar gaat het over?

Distributed Folding heeft aangegeven mee te gaan doen aan de CASP6 voorspellings wedstrijd. Deze participatie heeft enkele consequenties voor alle deelnemers. CASP staat voor "Critical Assessment of techniques for protein Structure Prediction" Het project zal, naar verwachting, in de week van 5 juli overswitchen op de CASP6 targets (zoals 2 jaar geleden ook aan CASP5 is meegedaan). Dit houdt in dat er iedere week een nieuw target wordt uitgegeven en je moet updaten. Degenen die dit niet kunnen bijhouden, tot begin september wordt er 1x per week een nieuw target uitgegeven, wordt voorgesteld/aangeraden tijdelijk een ander DC project te draaien om zo geen verloren CPU time te creëren. Uiteraard hoef je niet continu mee te doen met DF aan het CASP6 gebeuren. Af en toe de client aanzetten blijft gewoon mogelijk De grootte van de targets zal ongeveer tussen de 50 en 150 residuen liggen. Dit resulteert in de ene keer in een hele snelle en de andere keer in een wat langzamere. Daarnaast zal generation 0 worden vergroot tot 30.000 structures, dit resulteert in langer uitrekenen voor gen 0. DF tracht hiermee betere resultaten te kunnen bereiken. Tijdens de CASP6 wedstrijd wordt er niet gesproken over 'proteins' maar over 'targets'. De gehanteerde strategie van Distributed Folding om aan deze voorspellingswedstrijd mee te doen valt hier in het engels te lezen. Onderstaande gegevens zijn bij elkaar geschraapt, dank voor het lenen van jullie intellectuele eigendom

Het doel van CASP6

De CASP6 wedstrijd heeft als hoofddoel een uitgebreide en objectieve weergave te geven van de mogelijkheden en imperfecties van protein structure voorspellingen. Om dit te bewerkstelligen zullen de deelnemers zo veel mogelijk voorspellingen geven voor nog nader uit te geven structuren. Het zullen geheel nieuwe voorspellingen zijn en geen basering op reeds bekende structuren welke er enigzins op lijken. Al met al gaat het erom om middels de wedstrijd diverse methoden van protein structure voorspellingen (protein folding) naast elkaar te leggen en te kijken hoe de manier waarop hedendaags proteinfolding wordt benaderd verbeterd kan worden. De doelstellingen van de wedstrijd zijn te herleiden tot 7 vragen. Omdat vertaling naar het Nederlands mogelijk de essentie kan verliezen zijn deze in het Engels overgenomen. 1) Are the models produced similar to the corresponding experimental structure? 2) Is the mapping of the target sequence onto the proposed structure (i.e. the alignment) correct? 3) Have similar structures that a model can be based on been identified? 4) Are the details of the models correct? 5) Has there been progress from the earlier CASPs? 6) What methods are most effective? 7) Where can future effort be most productively focused? In de zomer van 2002 heeft Distributed Folding meegedaan aan de CASP5 wedstrijd. Resultaten zijn hier te bezichtigen. Aan de hand van de uitslag waarbij DF constant presteerde op alle targets is het nieuwe algoritme ontwikkeld welke in de huidige client is verweven. Hiermee is destijds ook Fase2 van Distributed Folding begonnen.

Clientperikelen

Client updaten Er zijn 3 manieren om de client te laten updaten. De client komt zodra er een update is vanzelf met de melding dat er een update beschikbaar is, hierop kun je YES antwoorden of ALWAYS. Als je echter hebt aangeven dat de client in 'Quiet Mode' (geen screenoutput) (optie -qt) dan krijg je deze melding niet te zien. Kies dan voor een van de onderstaande oplossingen. Handmatig een bestandje aanmaken met bijv. notepad. Zet hierin alleen het cijfer 1 in en sla dit bestandje op onder de naam autoupdate.cfg in de Distributed Folding map. Hierdoor update de client zich vanzelf als het nieuwe protein er is. Nog makkelijker. Download hier (opslaan als) dit autoupdate.cfg bestandje en plaats het in je Distributed Folding directory. Hierdoor update de client zich vanzelf als het nieuwe protein er is. Nadat het bestandje autoupdate.cfg in de DF directory is geplaatst dient de client te worden afgesloten en opnieuw te worden opgestart om de instellingen mee te laten nemen. Voor de mensen die de DF client als service hebben draaien onder Windows geldt: Autoupdate werkt alleen als er in je directory het bovengenoemde bestandje autoupdate.cfg staat. Staat dit bestandje er niet, dan zal je de nieuwe client moeten downloaden en over de bestaande installatie heen uitpakken. Een start- en stop van de client is hierbij noodzakelijk. Autoupdate werkt niet altijd goed bij dual processor systemen. Tijdens de autoupdate zal de service automatisch worden gestopt en gestart. Dit gaat goed voor de 1e processor. Echter de 2e processor start niet altijd op. Let hierop tijdens de targetupdates. In het service.cfg bestand zijn de volgende instellingen van belang: connect=1 (1=online=standaard, 0=offline) useram=1 (1=snel en 128MB geheugen, 0=langzaam en 25MB geheugen) service=1 (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 naar gelang de processor #) Gebruik dfGui (zie hierboven) om de progress in de gaten te houden. Je hoeft niks in te stellen anders dan het vinkje "installed as service". Stel het aantal structures op 100 indien dit nog niet is ingesteld [# Structures per Generation" onder het tabblad "Points"] (onder voorbehoud: mogelijk dat het aantal structures veranderd) Om je hele park in de gaten te houden kan je de volgende tool gebruiken: dfmonitor Let op! Als je toch aan het sparen bent dan zal de client de melding dat er geupdate moet worden niet geven. Nogmaals er moet geupdate worden en wel binnen een bepaald tijdsbestek. Binnen 24 uur na de update uitgaven zal je voor oude gespaarde data nog 100% waardering krijgen. Na 24 en binnen 48 uur zal je nog maar 50% waardering krijgen voor oude punten. Na 48 uur zal er geen credit meer worden gegeven aan oude punten/data. Dus flush tijdig als je spaart en update de client om het nieuwe protein te krijgen. Nog beter: spaar zo min mogelijk tijdens de CASP6 wedstrijd daar er wekelijks een nieuwe target (update) wordt uitgegeven. Nog enkele tips Vergeet niet dat er snelheidsinstellingen zijn die voor aardig wat outputstijging zorgen. Dat zijn de opties 'Use Extra RAM' en 'Quiet Mode', uitleg van deze opties. Erg handig en overzichtelijk is de dfGUI waarin deze opties aan te vinken zijn. Om handmatig deze opties aan te zetten lees dit. Niet ongeduldig worden als jouw client nog niet geupdate is terwijl iemand anders al gepost heeft dat de zijne het wel is. Het komt wel, je hebt tenslotte 24 uur. Als je er niet zeker van bent of de client zichzelf update, of dat je sneller het nieuwe target wilt hebben kun je natuurlijk ook de client in z'n geheel downloaden. Om te controleren of je de juiste versie/ het nieuwe target hebt kun je naar de datum van het bestand protein.trj in de DF directory.

Samenvatting

Onderstaand in het kort waar het om draait: Vanaf de week van 5 juli 2004 t/m begin september 2004 zal er wekelijks een proteinupdate plaatsvinden Als je besluit mee te doen dan moet je updaten. Met een oude versie werken is nutteloos voor het project en levert ook geen punten op Gelieve niet te sparen tijdens deze CASP6 wedstrijd (hooguit een paar dagen i.v.m. de updates) Handig is de autoupdate functie van de client zodat er je normaal gesproken weinig omkijken naar hebt Je hoeft natuurlijk niet de gehele tijd (11/2 maand) mee te doen. Zolang je als je weer even DF draait ervoor zorgt dat je de laatste clientversie hebt. Controleer dit!

De voortgang van het CASP6 project

Dit onderdeel zal nog aangevuld worden na verstrekken van informatie. Voorlopig ga ik uit van 10 targets. Het actuele target zal middels de rode letters worden aangegeven. Iedere dinsdag zal rond 17:30 uur een nieuw target worden uitgeven, tenzij DF zelf anders aangeeft! 1e target Dit target heeft als naam SOR45 en bestaat uit 126 amino acids. Het target zal 'gevouwen' worden van dinsdag 6 juli vanaf 16:30 uur (+ kleine vertraging) t/m (geschat) dinsdag 13 juli 17:30 uur! 2e target Dit target heeft als naam 1167B en bestaat uit 94 amino acids. Het target zal 'gevouwen' worden van dinsdag 13 juli vanaf 17:30 t/m (geschat) dinsdag 20 juli 17:30 uur. 3e target Dit target heeft als naam TM0487 en bestaat uit 104 amino acids. Het target zal 'gevouwen' worden van dinsdag 20 juli vanaf 17:30 t/m (geschat) dinsdag 27 juli 17:30 uur. 4e target Dit target heeft als nummer T0213 en bestaat uit 103 amino acids. Het target zal 'gevouwen' worden van dinsdag 27 juli vanaf 17:30 (geschat) t/m woensdag 4 augustus 17:30 uur 5e target Dit target heeft als nummer T0214 en bestaat uit 110 amino acids. Het target zal 'gevouwen' worden van woensdag 4 augustus vanaf 17:30 (geschat) t/m dinsdag 10 augustus 17:30 uur 6e target Dit target heeft als naam PAE0736 en bestaat uit 98 amino acids. Het target zal 'gevouwen' worden van dinsdag 10 augustus vanaf 17:30 (geschat) t/m dinsdag 17 augustus 17:30 uur 7e target Dit target heeft als naam TTHB84 en bestaat uit 121 amino acids. Het target zal 'gevouwen' worden van dinsdag 17 augustus vanaf 17:30 uur (geschat) t/m dinsdag 24 augustus 17:30 uur * MarcyDarcy target * Dit target heeft als naam 1wj8 en bestaat uit 119 amino acids. Het target zal 'gevouwen' worden van dinsdag 24 augustus vanaf 17:30 uur (geschat) t/m dinsdag 31 augustus 17:30 uur. Dit 8e target is tevens de laatste in de CASP voorspellingswedstrijd, hierna zal het Distributed Folding project weer overstappen op de normale situatie waarbij proteins ongeveer 1x per maand worden uitgegeven.

Tot slot

Distributed Folding heeft aangegeven dat de huidige wijze van waardering zal worden gehandhaafd (alles telt gewoon mee). Tijdelijk zal er uitgegaan worden van resultaten op basis van "Fitness score" in plaats van de "RMSD" waarde. Dit kan voor de statsbouwers een mogelijke consequentie hebben? Het bestand native.val in de clientdirectory zal niet worden gebruikt door de DF client, daar er geen vergelijking te maken valt met hoe het resultaat eruit moet komen te zien. Het is mogelijk dat dit bestand daarom ook tijdelijk zal ontbreken in de nieuwe downloads vanaf de DF website. Controleer of je de laatste versie van DF hebt draaien. Resultaten van de CASP6 webstrijd verwacht ikzelf, bij ontbreken van tot nu toe nadere informatie, rond december/januari. Hierna zal ook een evaluatie plaatsvinden van de gekozen strategie, de resultaten en een vergelijking met de overige deelnemers aan de CASP6 wedstrijd. Het DC project Predictor@home zal eveneens aan de CASP6 wedstrijd meedoen. Zij maken gebruik van het BOINC platform. Afblijven verder hoor! Wij supporten DF Als je toch (al dan niet om het even te testen/naast elkaar te draaien) wilt proberen, kies dan wel voor het Dutch Power Cows team. Enjoy deze CASP6 voorspellingswedstrijd en vouwze! Vraag aan jullie: is er behoefte voor de mensen die hier lieven niet aan mee willen doen (i.v.m. het niet rustig een weekje weg kunnen gaan) aan een overzicht met alle projecten waaraan DPC meedoet met omschrijving en clientmogelijkheden? Aanvullingen en/of opmerkingen? Post ze hier in het topic of mailtje naar [e-mail]

[ Voor 68% gewijzigd door MarcyDarcy op 25-08-2004 08:57 . Reden: Laatste CASP target ]

[Funcracker]

Woei!
Nette en duidelijke post! Thnx!

[Rollerjooster]

Handig, zo'n PV

[The-Freak]

Mooi stukje, het mij nu helemaal duidelijk wat de bedoeling is. Uiteraard vouw ik ook dan gewoon door.
Is het trouwens al zeker dat er 10 targets uit worden gegeven of kunnen het er ook meer/minder zijn?

[D2DM]

Goede post.

*Opmerkingen:* Dit onderdeel zal nog aangevuld worden na verstrekken

december/januari. Hierna zal ook een evaluatie

[MarcyDarcy]

kleine spelfoutjes eruitgehaald, thanks

De resultaten van de CASP6 wedstrijd worden in december besproken tijdens een conferentie. Dankzij het strenge duanebeleid in Amerika zal deze plaatsvinden in Italie.
Voel ik hier een DF meeting opkomen?

[MAher]

Yaha, duidelijk!
Het enige wat ik nu hoop is dat de autoupdate werkt... Heb namelijk geen zin om elke maandagochtend weer heen en weer te rennen om alles up te daten.

Of dit moet werken: Zag die DC monitor en dat leek me wel wat. Nu bedacht ik me ineens (hebben jullie allemaal allang bedacht maar goed niet iedereen is een genius) dat als ik nou alle verschillende clients i.p.v. locaal, op een netwerk dirretje zet wat voor alle machines bereikbaar is, dan kan ik dus gewoon veel makkelijker up daten, en ik kan mbv DCmonitor zien wat elke client doet en waar nodig ingrijpen

Maar: is dat even snel als locaal draaien? Of is de schrijf/leestijd de bottleneck?

Als het werkt, en even snel dan scheelt me dat een hoop geren om m'n parkje aan de gang te houden

[D2DM]

psst MarcyDarcy... evaluatie hoorde er ook nog bij

Dankzij het strenge douanebeleid in Amerika zal deze plaatsvinden in Italie.

Kunnen we Elena en Howard misschien persoonlijk aan de tand voelen over de 910 e.d.

[ Voor 63% gewijzigd door D2DM op 29-06-2004 12:44 ]

[MarcyDarcy]

The-Freak schreef op 29 juni 2004 @ 12:05:
Mooi stukje, het mij nu helemaal duidelijk wat de bedoeling is. Uiteraard vouw ik ook dan gewoon door.
Is het trouwens al zeker dat er 10 targets uit worden gegeven of kunnen het er ook meer/minder zijn?

Over het aantal is nog niet veel bekend. Bij de vorige versie (CASP5) waren er 13 stuks uitgegeven. Voor de makkelijkheid heb ik even 10 aangenomen. Zodra er meer bekend is zal ik de info aanpassen

D2DM: jij taalpurist
aangepast

Bleek dat het stukje over het doel van CASP6 was weggevallen. Dat krijg je ervan als je met meerdere documentenversies zit te werken. Het staat er nu weer tussen

[ Voor 4% gewijzigd door MarcyDarcy op 29-06-2004 12:39 ]

[Crack]

Kleine correctie: Predictor@home heeft (afgezien dat ze beide gebruik maken van BOINC) niks te maken met Seti@home.

Voorlopig ligt Predictor@home aan kop:

There is a brand new project that just came online... Predictor@Home. It is a project that is similar in nature to the Distributed Folding Project but it appears to produce better results. The Predictor@Home project came in #3 at the last CASP evaluation without using Distributed Computing methods, whereas the Distributed Folding project placed something like #300 out of about 600 entries. I may be off about the number on DF, if I am feel free to correct me about it. Nevertheless, it is impressive that a project placed that high without the aid of 1,000's of computers helping out. Will be nice to see if huge numbers of computers can aid in this project.

(bron: http://www.em-dc.com)

[Anoniem: 100042]

[b]MarcyDarcy schreef op 29 juni 2004 @ 12:15

De resultaten van de CASP6 wedstrijd worden in december besproken tijdens een conferentie. Dankzij het strenge duanebeleid in Amerika zal deze plaatsvinden in Italie.
Voel ik hier een DF meeting opkomen?

Ik vind dat er dan mensen naartoe moeten worden gestuurd die Italiaans spreken

[MarcyDarcy]

Crack schreef op 29 juni 2004 @ 13:17:
Kleine correctie: Predictor@home heeft (afgezien dat ze beide gebruik maken van BOINC) niks te maken met Seti@home.

Voorlopig ligt Predictor@home aan kop:

[...]
(bron: http://www.em-dc.com)

Ach ja, ik neem het met een flinke korrel zout. The WeatherMan heeft wel vaker wat ongenuanceerde uitspraken. Hoe kun je een vergelijking maken als je niet eens weet waar de ander precies stond? Daarnaast is de methode van participering in CASP5 totaal verschillend en daar gaat het nu juist om. DF deed het middels 'embarassingly parallel brute force algorithms' at random. Schijnbaar vond Predictor@home het wel boeiend anders proberen ze nu niet nagenoeg hetzelfde, ja toch?

In CASP4 behoorde de mensen achter DF tot de top, maar ook dat was zonder de Distributed Computing methode.
De intentie van DF is dat er over de gehele linie (bijv. homology modelling predictions & novel folds) een goed en 'stabiel' resultaat wordt gevonden. Andere methoden scoorden op 1 target erg goed om vervolgens bij een ander zeer slecht te presteren. DF was de enige die over alle targets genomen de meest constante voorspellingen/resultaten had.

[ Voor 30% gewijzigd door MarcyDarcy op 29-06-2004 14:07 ]

[Funcracker]

MarcyDarcy schreef op 29 juni 2004 @ 12:15:
kleine spelfoutjes eruitgehaald, thanks

De resultaten van de CASP6 wedstrijd worden in december besproken tijdens een conferentie. Dankzij het strenge duanebeleid in Amerika zal deze plaatsvinden in Italie.
Voel ik hier een DF meeting opkomen?

Voor!
* Funcracker is altijd in voor meetings
Nemen we dan wel een BBQ mee?

[Marcelloz]

Net stukje MD, duidelijk. Volgens mij geen wijzigingen wat betreft de DF stats.

[WoRsTjUh]

Voor de mensen met een lading boxjes door een groot pand heen (zoals ik) is het handig om dan foldtrajupdateproxy.exe te gebruiken (als je dat nog niet dee) in combinatie met een aanwezige webserver. Te downloaden van de distributed folding site.

Instruxie lezen, tijd lang laten downloaden (haalt eerst alle updates binnen enz... issie wel ff mee zoet) (tip gebruik de 'mirror true' optie in de updateproxy.cfg, zo krijg je de nieuwste updates als eerst)

In de client folder maak je een text bestandje foldtraj_fileserver.cfg genaamd. Hierin zet je de link naar de lokatie van de lokale update server. Voordeel is dat het op diemanier vele malen sneller updated (vorige proteine wissel had ik als eerste de update binnen van het project )

EDIT: Test het geheel wel eerst ff op een lose client ofzo, oude versie installen en kijken of hij updated, niets is vervelender dan een target achter lopen ofzo

[ Voor 11% gewijzigd door WoRsTjUh op 29-06-2004 15:34 ]

[ScSi]

code:

consequnetie
notapad

Verder mooie post, is me ineens heel wat duidelijker geworden allemaal! Uiteraard vouw ik gewoon door

[Jesse]

Anoniem: 100042 schreef op 29 juni 2004 @ 13:29:
[...]

Ik vind dat er dan mensen naartoe moeten worden gestuurd die Italiaans spreken

He Poesch, voor de conferentie in Italie in december zoeken we nog iemand die Italiaans spreekt, kan jij toevallig?

[ Voor 4% gewijzigd door Jesse op 29-06-2004 17:56 ]

[Crack]

Er zijn idd 10 targets, in grootte variërend van 94 t/m 382AA

[Anoniem: 69882]

Prima uitleg MarcyDarcy.


Vraagje: in hoeverre beinvloed dit onze run naar de eerste plaats, tov FreeDC ?

Punten zijn punten, ja? toch.

Afijn we gaan het zien.


Essent zal er blij mee zijn .

[MarcyDarcy]

Crack schreef op 29 juni 2004 @ 18:51:
Er zijn idd 10 targets, in grootte variërend van 94 t/m 382AA

Als ik mijn telraam erbij pak en kijk naar de targetslist dan zijn het er meer dan 10
De deelnemers mogen, als ik het goed heb, zelf na voorbereidend research een selectie maken uit deze targets. Er zullen er meedoen aan de CASP6 wedstrijd met slechts 5 targets maar misschien ook sommigen die ze trachten allemaal in te leveren. Ik wacht nog even af op info van DF m.b.t. de selectie uit de targetslist.
Waar had jij die info vandaan?

Anoniem: 69882 schreef op 29 juni 2004 @ 19:34:
...
Vraagje: in hoeverre beinvloed dit onze run naar de eerste plaats, tov FreeDC ?

Punten zijn punten, ja? toch.
...

FreeDC loopt weer eens te roepen dat ze een gauntlet gaan houden tijdens deze CASP6 wedstrijd. Vooralsnog verwacht ik dat DPC hun toch wel de baas kunnen blijven. Het is koffiedik kijken. We kunnen er een poule over opzetten

------

Dank iedereen voor de waardering van het topic

[ Voor 33% gewijzigd door MarcyDarcy op 29-06-2004 19:42 ]

[Crack]

MarcyDarcy schreef op 29 juni 2004 @ 19:35:
[...]
Waar had jij die info vandaan?
[...]

Ik had een andere ingang waar maar 10 eiwitten genoemd worden en ik ging er vanuit, dat alle deelnemers hetzelfde werk moesten inleveren. Hier wordt zelfs 1 van 435AA genoemd.

[ Voor 16% gewijzigd door Crack op 29-06-2004 20:07 ]

[Anoniem: 100042]

Jesse schreef op 29 juni 2004 @ 17:56:
[...]


He Poesch, voor de conferentie in Italie in december zoeken we nog iemand die Italiaans spreekt, kan jij toevallig?

Nou Jesse, leuk dat je het vraagt...
Met mijn gebrekkige Italiaans wil ik best pizza met een lekker glaasje melk voor iedereen gaan bestellen aldaar (op kosten van Elena uiteraard)

[Anoniem: 100386]

Ik doe zeker mee, zal proberen de autoupdate ff goed te regelen en te monitoren (HT en 2 clienten werkt niet altijd even goed).

Voor de stat-bouwers e.d. lijkt mij het ook een redelijk opgave;
Een mega-flush hitparade per gen (zoals de not-for-snails) lijkt mij nou niet echt te handhaven.

In plaats daarvan zou er bijvoorbeeld een flush-hitparade kunnen komen voor de hele CASP periode. Daarin zou een rekenmethode kunnen worden toegepast zodat er een soort van objectieve "punten" voor elke flush gegeven kan worden. Kunnen we na de hele CASP kijken wie er het beste heeft kunnen flushen oid.

Bijvoorbeeld:

code:

behaalde-punten x lengte target
-------------------------------    =  flush punten
               1000

Op deze manier houd je rekening met het feit dat het makkelijker is met een 41 - er een flush te doen, terwijl het met een 382 - er (OMG ) een stuk moeilijker is.

Wellicht een idee- tje ?


_{Marcy: Een stijlfoutje in hoofdstuk "Welkom"
. . . gefixt . . . reeds}

[ Voor 34% gewijzigd door Anoniem: 100386 op 30-06-2004 08:09 ]

[Anoniem: 69882]

Crack, damn een 435AA, shit dan draait m'n 2600 als een pentium75.

[MarcyDarcy]

Anoniem: 100386 schreef op 29 juni 2004 @ 20:18:
...
Goed voorstel:

Bijvoorbeeld:

code:

behaalde-punten x lengte target
-------------------------------    =  flush punten
               1000

Ansich lijkt het me voor de statsbouwer niet zo lastig om wekelijks een nieuwe MFtop5 van het target te maken (gaat toch automatisch), maar als het niet zou kunnen is jouw voorstel best fair
Het kleinste target is 76 groot, de grootste is (zoals hierboven reeds genoemd) 435.
Het gemiddelde ligt op 224 (eentje van 78 groot is geannuleerd i.v.m. uitlekken naar buiten toe). Nu zegt de grootte niet alles over de snelheid, er zijn meer invloeden zoals de complexiteit ervan, maar een richtlijn geeft het wel

*zucht* hadden ze die van 435 maar gelekt

[ Voor 4% gewijzigd door MarcyDarcy op 29-06-2004 21:11 ]

[Marcelloz]

MarcyDarcy schreef op 29 juni 2004 @ 21:10:
[...]
Ansich lijkt het me voor de statsbouwer niet zo lastig om wekelijks een nieuwe MFtop5 van het target te maken (gaat toch automatisch), maar als het niet zou kunnen is jouw voorstel best fair ... etc

Gaat normaliter inderdaad automagisch, maar : Ik ben met vakantie van 10-7 t/m 24-7 Gedurende die periode gaan de machines uit. De DPCH wordt gedurende die periode verzorgt door DukeBox (al moet ik dit nog even kortsluiten met hem en de statsposters). Van Dukebox weet ik dat hij niet aan proteine MF Top5 doet, dit zal dus even met het handje moeten worden bijgehouden en erbij gepost.

[MarcyDarcy]

Marcelloz schreef op 29 juni 2004 @ 21:39:
[...]

Gaat normaliter inderdaad automagisch, maar : Ik ben met vakantie van 10-7 t/m 24-7 Gedurende die periode gaan de machines uit. De DPCH wordt gedurende die periode verzorgt door DukeBox (al moet ik dit nog even kortsluiten met hem en de statsposters). Van Dukebox weet ik dat hij niet aan proteine MF Top5 doet, dit zal dus even met het handje moeten worden bijgehouden en erbij gepost.

Dan hopen we het beste, maar het zal vast wel goed komen
Ikzelf ben vanaf 14 juli gedurende 2,5 week op vakantie zonder internetaansluiting.
Denk dat we dit beter onderling nog even goed moeten kortsluiten over hoe&wat

[Anoniem: 100386]

MarcyDarcy schreef op 29 juni 2004 @ 21:42:
[...]
Dan hopen we het beste, maar het zal vast wel goed komen
Ikzelf ben vanaf 14 juli gedurende 2,5 week op vakantie zonder internetaansluiting.
Denk dat we dit beter onderling nog even goed moeten kortsluiten over hoe&wat

Vandaar dat ik dit voorstelde; als zoiets kan worden geimplementeerd cq. uitgerold (netwerkbeheerderstaal voor gemaakt ) zou je er in principe geen omkijken naar hebben, je hoeft nl. niet per structuur alles weer te "resetten" e.d.

zeg maar het maakt het een beetje "vakantie-proof".

* Anoniem: 100386 Gaat niet op vakantie dit jaar . Ter compensatie wèl naar Werchter 2004 en Lowlands 2004

<sub>Schreef je daar 435 . . . . . . hoeveel GEHEUGEN gaat dat kosten. Wat levert het op ??? 10 gens per dag op een P4 3.0 ???

Veel meetbare resultaten komen er niet met zo'n structure.
Na 3 weken 145 - er hebben we met alle teams net 3.5 melard.
Kan je nagaan hoe weinig er met een 435 - er in één week zullen zijn.</sub>

[ Voor 41% gewijzigd door Anoniem: 100386 op 29-06-2004 22:22 ]

[bigfoot1942]

MarcyDarcy schreef op 29 juni 2004 @ 21:10:
[...]
Ansich lijkt het me voor de statsbouwer niet zo lastig om wekelijks een nieuwe MFtop5 van het target te maken (gaat toch automatisch), maar als het niet zou kunnen is jouw voorstel best fair
Het kleinste target is 76 groot, de grootste is (zoals hierboven reeds genoemd) 435.
Het gemiddelde ligt op 224 (eentje van 78 groot is geannuleerd i.v.m. uitlekken naar buiten toe). Nu zegt de grootte niet alles over de snelheid, er zijn meer invloeden zoals de complexiteit ervan, maar een richtlijn geeft het wel

*zucht* hadden ze die van 435 maar gelekt

DAMN!
* bigfoot1942 checkt project
* bigfoot1942 ckeckt huidige proteine gootte: 145 - check
* bigfoot1942 checkt zojuist genoemde getallen:
gemiddeld 224 - check
kleinste 76 - check
grootste 435 - check

DAMN vorgens mij doe ik het verkeerde project ofzo. Die 435 doe dan hopeleijk een generatie in minder dan 3 uur op mijn Athlon XP @ 2.3 Ghz.
En ik vond de 145 al zo traag, uitschieters tot 30 minuten per generatie.

[CowArt]

Mooi verhaal MarcyDarcy! Ik ga voorlopig toch niet met vakantie, dus regelmatig updaten mag geen probleem zijn, zie alleen een beetje op tegen een proteine van 435. Mijn koetje is zo jong niet meer, dus dat gaat lang duren voordat er weer een gen gevouwen is. Toch maar eens gaan kijken of ik nog ergens een koetje kan bijschakelen .

[ Voor 47% gewijzigd door CowArt op 30-06-2004 00:53 ]

[Crack]

De extreem grote eiwitten zullen waarschijnlijk minder vaak doorgerekend worden per wu. Ik kan me niet voorstellen dat die ook 100x doorgerekend moeten worden, want dan zullen veel deelnemers de deadline niet eens halen.

Wel zal het geheugengebruik behoorlijk zijn. Ik denk dat je machine dan toch wel 512Mb intern moet hebben.

[MarcyDarcy]

Het 1e CASP target is aangekondigd, zie tevens openingspost. Dinsdag 6 juli vanaf ongeveer 16:30 uur (onze tijd) gaat DF beginnen

[MarcyDarcy]

* Schopje *

Vandaag is de grote dag. Laat maar komen

[Anoniem: 10747]

We mogen iig al beginnen met een 126 er. Laten we hopen dat er daarna wat kleinere worden gekozen.

[Anoniem: 43875]

Gisteravond had ik al het genoegen om de nieuwe casp windowsclient te gebruiken, maar dat was van korte duur..
Ik kreeg de volgende foutmelding:

========================[ Jul 6, 2004 12:38 AM ]========================
Starting foldtrajlite built Jul 5 2004
Tue Jul 06 00:38:45 2004 FATAL ERROR: [000.000] {foldtrajlite2.c, line 3347} Unable to find file j22s32kh_0_protein_0000000.val; cannot continue - replace file and start again, or manually delete filelist.txt

En ja ik heb de restanten van de vorige proteine verwijderdt.
De windowsclient van de updateproxy´s begint al weer met een bug.

[NLSchutP]

Ik zit nog op de oude client.. nix geen autoupdate.... waar kan ik de nieuwe versies downloaden, want op www.distributedfolding.org wordt alleen maar vermeld dat de server zaterdag offline is geweest, en niets over het eerste casp6 target, en waar je deze kunt downloaden...

edit:
srry... ik leefde al in de grootheidswaan dat het vandaag woensdag was, en dat we vandaag FDC eruit konden flushen.... naja komt vanavond wel

[ Voor 24% gewijzigd door NLSchutP op 06-07-2004 09:55 ]

[Rollerjooster]

Pskutte schreef op 06 juli 2004 @ 09:45:
Ik zit nog op de oude client.. nix geen autoupdate.... waar kan ik de nieuwe versies downloaden, want op www.distributedfolding.org wordt alleen maar vermeld dat de server zaterdag offline is geweest, en niets over het eerste casp6 target, en waar je deze kunt downloaden...

Rond 16.30 gaat de server offline voor de update. Even geduld nog

[Anoniem: 43875]

Ik heb de df update proxy draaien.
Daarom heb ik al de nieuwe client, alleen die werkt niet.
Ik ben dus maar weer overgestapt naar de huidige client.

en idd geduld hebben tot vanmiddag/vanavond.

[ Voor 15% gewijzigd door Anoniem: 43875 op 06-07-2004 10:02 ]

[Anoniem: 10747]

* 1e target *

Dit target heeft als naam T0212 en bestaat uit 126 amino acids.
Het target zal 'gevouwen' worden van dinsdag 6 juli vanaf 16:30 uur t/m (geschat) dinsdag 17 juli 16:30 uur!

tot 2007 ???

[loial]

Ik mis iets

[Anoniem: 41582]

Hmm, voor de zekerheid gaat alles in de spaarstand, ik wacht eerst af of de changeover zonder allerlei problemen gepaard gaat en ik op alle bakken alles handmatig opnieuw moet installeren
Het is vandaag terrasweer en geen "op iedere bak handmatige reinstall-weer"

[ Voor 5% gewijzigd door Anoniem: 41582 op 06-07-2004 13:21 ]

[Anoniem: 59448]

Anoniem: 10747 schreef op 06 juli 2004 @ 12:45:
[...]


tot 2007 ???

Loial schreef op 06 juli 2004 @ 13:05:
Ik mis iets

Je mist idd iets
17 juli valt dit jaar op een zaterdag!

[Anoniem: 10747]

Anoniem: 41582 schreef op 06 juli 2004 @ 13:20:
Hmm, voor de zekerheid gaat alles in de spaarstand, ik wacht eerst af of de changeover zonder allerlei problemen gepaard gaat en ik op alle bakken alles handmatig opnieuw moet installeren
Het is vandaag terrasweer en geen "op iedere bak handmatige reinstall-weer"

Ik doe gezellig met je mee al was het omdat 2 clients tegen de nacht op gen 250 zullen komen. update de boel morgen wel weer met een clean install.

[Marcelloz]

Ik ga de autoupdate eens testen

[Anoniem: 41582]

http://www.free-dc.org/fo...read.php?s=&threadid=6995

[Ingmar]

pfb@FDC now on Gen 1 (that 50,000 gen 0 is a killer - took 150 mins on my AMD 64 3400+) and still no probs with the client....

Man.... als een amd64 3400+ al zolang over doet.... kunnen mensen die op wat mindere pc's draaien misschien nog wel eens problemen hebben met het afkrijgen van gen 0 binnen een week (een p2-400 zal er al problemen mee hebben, ik heb ooit 1tje gedraaid op het witje van de stampede (was dat een 131-er?), die deed al 2 dagen over gen 0)

[Anoniem: 104358]

Wel, daar ga ik dan met m'n G4/350MHz ...
Even ruwweg ingeschat: over 40 uur zal de nulde generatie wel klaar zijn... Da's vrijdag of zo (computer draait helaas niet 24/7)

Grappig overigens, dat gen 0 nu uit 30000 structures blijkt te bestaan - hoewel ze 50000 hadden aangekondigd...

Ik heb nog eens dat verhaaltje over CASP6 gelezen op de DF-site, maar daaruit meen ik op te maken dat de client toch wel aangepast is, en dat een 435er niet zo lang zou draaien als deze gewoonlijk zou doen (als niet onder CASP6). Maar corrigeer mij als ik fout zit.
_{desalniettemin blijft het een moloch}

[Anoniem: 41582]

Wellicht dat die AMD64 "crappy" geconfigureerd is of dat er CPU-cycles op andere wijze werden afgesnoept Mijn XP3200+ @ 2200 MHz @ CAS 2-2-2-5 zat op gen 21, nadat ik dit checkte toen ik 3 uur later uit de kroeg kwam

OS Mandrake 10.0

2.6.3-7mdk kernel

[ Voor 11% gewijzigd door Anoniem: 41582 op 07-07-2004 02:16 ]

[Anoniem: 41582]

Vaag, m'n "best scoring structure" is 2.37 , maar ik kom niet voor in de top 10, terwijl de nummer 10 2.87 heeft

[Anoniem: 47200]

UBERGROTE MEGASCHOP

Marcy, ga eens ff je SP updaten

het huidige target loopt tot 20 julie volgens jou

[Pazzi]

Als je even gelezen had, had je gezien dat MarcyDarcy tot de 30ste op vakantie is

[Anoniem: 47200]

Pazzi schreef op 28 juli 2004 @ 16:22:
Als je even gelezen had, had je gezien dat MarcyDarcy tot de 30ste op vakantie is

Jaja dat weet ik, ff niet aangedacht
het was duidelijk de warmte

[Mobster]

Staat zelfs op ons eigen forum

[Anoniem: 47200]

Mobster schreef op 28 juli 2004 @ 16:48:
Staat zelfs op ons eigen forum

JAJA ik weet het onderhand

had net marcelloz ff gevraagd die zei het ook al, alleen dat duurde te lang om mijn post nog te editten

BTW:

Uit startpost
Vanaf 15 t/m 30 juli is jullie PV'er (ik dus) op vakantie en gedurende die tijd zal Mobster tijdelijk de taak overnemen. Voor vragen e.d. kun en mag je bij hem terecht. Het bovenstaande emailadres is tijdelijk naar hem doorgeschakeld. Bedankt Mobster

SCHOP ga de SP aanpassen joh

en toen was het NK kippenschieten afgelopen

[ Voor 46% gewijzigd door Anoniem: 47200 op 28-07-2004 17:06 ]

[sweetdude]

Anoniem: 41582 schreef op 07 juli 2004 @ 02:13:
Wellicht dat die AMD64 "crappy" geconfigureerd is of dat er CPU-cycles op andere wijze werden afgesnoept Mijn XP3200+ @ 2200 MHz @ CAS 2-2-2-5 zat op gen 21, nadat ik dit checkte toen ik 3 uur later uit de kroeg kwam

OS Mandrake 10.0

2.6.3-7mdk kernel

Dat heeft niets met crappy configuratie te maken. Dit project draait niet lekker op AMD 64bit processors. In ons subteam werd dat ook al opgemerkt dat een athlon XP veel sneller is dan een athlon 64. Waar dit precies aan ligt beats me. Misschien dat de client wel geoptimaliseerd is voor de athlon XP en (nog) niet voor de athlon 64.

[Anoniem: 47200]

Anoniem: 47200 schreef op 28 juli 2004 @ 16:20:
UBERGROTE MEGASCHOP

Marcy, ga eens ff je SP updaten

het huidige target loopt tot 20 julie volgens jou

SCHOP

updaten marcy je hebt nou wel weer lang genoeg uit kunnen rusten

[MarcyDarcy]

Anoniem: 47200 schreef op 03 augustus 2004 @ 11:38:
[...]

SCHOP

updaten marcy je hebt nou wel weer lang genoeg uit kunnen rusten

Ongeduldige. Maareh 20 julie? Ik ken wel 1 Julie en dat is best een schatje
Het is inmiddels bijgewerkt

[Mobster]

*kick* Nog niet bijgewerkt En de volgende is ook al weer bijna bekend

[Anoniem: 100386]

/me Aanloopje neemt . . . . . kick

Even omhoog schoppen, want vandaag is het laatste CASP-target in gebruik genomen. Dit wil dus zeggen dat we vanaf volgende week weer gewoon gaan vouwen.

Iedereen die wegens CASP en zijn vele updates ff de boel hebben geswitched kan evt weer lekker terugkomen.

bron

[ Voor 14% gewijzigd door Anoniem: 100386 op 24-08-2004 22:53 ]

[MarcyDarcy]

Momenteel is DF begonnen aan het 8e en tevens laatste target in de CASP voorspellingswedstrijd. Hierna zal er weer zoals gebruikelijk ongeveer maandelijks een nieuw protein worden uitgegeven.

DF'ers die CASP te intensief vonden kunnen nu, indien gewenst natuurlijk, weer terugkeren

----------
edit: crap...MarcyDarcy eerst laatste reacties lezen en daarna een post maken. Doh!

[ Voor 18% gewijzigd door MarcyDarcy op 25-08-2004 09:00 ]

[Anoniem: 100386]

/me Aanloopje neemt . . . . . kick

Even omhoog schoppen, want met de proteine-update van vandaag is er een einde gekomen aan CASP 6, met zijn wekelijkse updates en speciale client.

Vanaf vandaag is het allemaal weer bij het oude. De client doet weer 10.000 "begin-generaties" ipv 30.000 en de RMSD-functie is weer terug. En we gaan weer tot de 10 melard, gemiddeld een maand werk tussen updates.

En het mooie is dat het eerste "gewone target" meteen een kleintje is, namelijk een 88-er. Daarmee valt, als vanouds, weer lekker mee te scoren

Misschien dat eenieder die wegens CASP de boel heeft geswitched weer terug komt na het lezen van deze fijne mededeling.

_{Jippie een kleintje}

bron

[MarcyDarcy]

mooie sluitingspost G_M_C
Het is wachten tot eind november/ begin december tot de resultaten bekend worden. Hartelijk dank iedereen voor de inzet en moeite welke met CASP6 gemoeid waren.

Graze on!

[Anoniem: 100386]

MarcyDarcy schreef op 01 september 2004 @ 01:31:
mooie sluitingspost G_M_C
Het is wachten tot eind november/ begin december tot de resultaten bekend worden. Hartelijk dank iedereen voor de inzet en moeite welke met CASP6 gemoeid waren.

Graze on!

offtopic:
Thnx

Je had het zo druk met je site .... ik denk laat ik maar wat schrijven