Fold.it@Home

Foldit is a revolutionary new computer game enabling you to contribute to important scientific research. This page describes the science behind Foldit and how your playing can help.

De nieuwe rage van dit moment. In plaats van je CPU de eiwitten te laten vouwen mag je het nu zelf doen, in de vorm van een spelletje. Het programma / spelletje "Foldit" is gemaakt in het Baker lab, hetzelfde lab waar ook Rosetta@Home is ontwikkeld. Het doel van dit spel is te zien of met behulp van het menselijk brein nieuwe algoritmes kunnen worden ontwikkeld om zo de computer te leren beter eiwitten te vouwen. Ik weet dat het niet echt Distributed Computing is zoals we dat gewend zijn, maar ten eerste is het er wel direct aan gerelateerd, en ten tweede zou je kunnen zeggen dat, aangezien het menselijk brein wordt ingezet voor berekeningen, en er door een groot aantal mensen op verschillende locaties aan wordt gewerkt het eigenlijk Human Distributed Computing is

Anyways ik heb een groep aangemaakt op de website van fold.it, doe gezellig mee.

Mocht het niet op prijs worden gesteld kan ik de groep altijd nog verwijderen .

Screenshot:

Leuk idee! Wordt DPC ook nog een soort clan!

Hier liep al een (mini) draadje over in SGD Foldit: Solve Puzzles for Science! Ik heb er al beetje mee lopen spelen en ben ook gejoind. Erg duidelijk is het me allemaal nog niet, maar ik hoop dat dat nog komt.

Mja, moet het wel eerst fatsoenlijk werken
Eerst kan die niks wegens "excessive serverload", daarna een 404 op een of ander .csv bestand.
Kom ik eindelijk ingelogd, crasht het ding als ik de eerste puzzel probeer te laden

Probeer ik opnieuw, alleen maar excessive serverload geneuzel. Dan maar offline... weer een dikke crash bij het laden van de eerste puzzel

Edit:
En ook rebooten helpt niet...

Edit 2:
Op het forum zijn meer mensen met dezelfde problemen. Er wordt aangeraden videokaart drivers te updaten en als dat niet baat "streaming optimization" uit te zetten (zie deze post)

Pyrus wijzigde dit bericht 18-05-2008 12:34 (31%)

Misschien handig om de naam te wijzigen naar "Dutch Power Cows" ???

* Pskutte probeert zich momenteel ook aan te melden...

Helaas werkt die server wel heel erg traag.. het duurt meer dan een minuut om elke stap te laden

Volgens mij hebben ze een behoorlijk grote overload ofzo..

[edit]
Begrijp ik het goed dat, wanneer je offline speelt, je punten niet meetellen online? Je kunt dus niet een puzzel downloaden, vervolgens maken, en dan weer uploaden voor de punten?

Pskutte wijzigde dit bericht 18-05-2008 12:44 (29%)

Volgens mij het het gebruikelijk alle projecten aan te maken op het projects@d.o e-mail adres

Verder leuk idee

Het is inderdaad binnen zeer korte tijd zeer populair geworden, dus lange laadtijden zijn normaal. Daarbij verkeert het programma zelf nog in een beta stadium maar wordt er hard aan gewerkt. Problemen zoals Pyrus ondervindt heb ik nog niet gezien maar waar je wel mee te maken krijgt is:
1: Scores die niet worden geupdate tijdens drukke uren om de server te sparen
2: De IRC based chat die heel erg traag is (375ms / letter).

@Xaverius
Ik zal proberen de naam te wijzigen. Naam gewijzigd naar "Dutch Power Cows"

Ik zie dat ik ook admin status kan verlenen aan mensen in de groep, dus al DPC modjes admin willen worden hoor ik het wel.

Als iemand nog een betere beschijving heeft voor het team kan ik die er in zetten.

Pruts0r wijzigde dit bericht 18-05-2008 12:45 (21%)

quote:

Pim. schreef op zondag 18 mei 2008 @ 12:36:
Volgens mij het het gebruikelijk alle projecten aan te maken op het projects@d.o e-mail adres

Verder leuk idee

Sorry, wat bedoel je daar precies mee?

quote:

Pruts0r schreef op zondag 18 mei 2008 @ 12:46:
[...]


Sorry, wat bedoel je daar precies mee?

Alle projecten waar een DPC team aangemaakt word is het gebruikelijk om deze aan te melden op het projects@d.o mailadres.

Dit zorgt ervoor dat de contiuteit van het DPC team bij een project blijft gewaarborgt. Het is in het verleden wel gebeurd dat een founder van een DPC team bij een project er mee ophield en zijn mailadres verlopen was. Dat is erg lastig

quote:

iisschots schreef op zondag 18 mei 2008 @ 12:55:
[...]

Alle projecten waar een DPC team aangemaakt word is het gebruikelijk om deze aan te melden op het projects@d.o mailadres.

Dit zorgt ervoor dat de contiuteit van het DPC team bij een project blijft gewaarborgt. Het is in het verleden wel gebeurd dat een founder van een DPC team bij een project er mee ophield en zijn mailadres verlopen was. Dat is erg lastig

Ik lees op de website van fold.it "A site administrator can assign ownership to another user."
Geen probleem dus

Pruts0r wijzigde dit bericht 18-05-2008 18:34 (23%)

Volgens mij kom je uberhaupt niet aan online spelen toe ofzo... op een of andere manier geeft het programma al de hele avond de melding

quote:

A timeout was reached due to excessive server load. Sorry for the inconvenience, please try again later.

Lijkt mij een duidelijk probleem van: shit... we hebben geen rekening gehouden met enthousiaste gebruikers en de bijbehorende load... Beetje vage shit zo...

Na een paar keer proberen werkt hij bij mij gewoon hoor...
Alleen heb ik weer geen idee hoe je je scores submit

Blah.NET wijzigde dit bericht 19-05-2008 14:22 (32%)

Ik vindt het ook wel een beetje een vaag progsel.. het is me niet direct duidelijk wat je moet doen, en als je het doet, is het meer gokken dan met precisie zeggen dat het zo moet

Ik snap er eerlijk gezegd ook geen snars van

quote:

Pskutte schreef op zondag 18 mei 2008 @ 22:45:
Lijkt mij een duidelijk probleem van: shit... we hebben geen rekening gehouden met enthousiaste gebruikers en de bijbehorende load... Beetje vage shit zo...

Dat klopt daar hadden ze inderdaad niet op gerekend, duidelijk de kracht van blogs en social bookmarking sites onderschat, maar ze zijn hard aan het werk om hun hardware zo snel mogelijk te upgraden.

quote:

Alleen heb ik weer geen idee hoe je je scores submit

Dat gaat automatisch - en als de server load niet te hoog is wordt ook onmiddelijk je ranking geupdate (en krijg je Rank Up te zien als je in de top 50-100 komt ofzo), als iemand anders je passeert zie je "Rank Down". Op het moment draaien deze script niet altijd door excessieve server load.

quote:

Ik vindt het ook wel een beetje een vaag progsel.. het is me niet direct duidelijk wat je moet doen, en als je het doet, is het meer gokken dan met precisie zeggen dat het zo moet

Ok dat kan ik begrijpen, het idee er achter is niet meteen duidelijk. Laat mij het kort uitleggen:

Ik neem aan dat iedereen hier het beland van eitwitten vouwen kent, anders kijk je even op de Folding@Home site. Echter wat hier gebeurt is kijken of in plaats van alleen op de Brute force rekenkracht van computer de rekenkracht van het menselijk brein kan worden ingezet om eitwitten slimmer te vouwen. Een computer probeert gewoon iedere willekeurige combinatie van mogelijkheden en kan niet voorspellen of het een beter is dan het andere, een mens daarentegen zal veel 'verkeerde' oplossingen overslaan omdat wij nu eenmaal beter zijn in visualisatie. Door duizenden mensen te observeren met dit spelletje kunnen ze misschien algoritmes ontwikkelen zodat eitwitten voortaan veel sneller door mensen kunnen worden gevouwen.

quote:

Ik snap er eerlijk gezegd ook geen snars van

Het idee van het spel zelf is redelijk simpel. Probeer het eitwit zo compact mogelijk op te vouwen en tegelijkrteid zo min mogelijk sidechains met elkaar te laten botsen. Daarbij geldt dat hydrofobe sidechains (bruin) graag in het eitwit zitten en hydrofiele sidechains graag aan de buitenkant zitten (waar normaal het water zit). Des te groener je eitwit des te beter je score. De tutorials zijn erg goed, volg ze en je bent binnen no time een expert folder


Trouwens misschien leuk om te weten, de beste menselijke folders zijn nu al beter dan de beste computer oplossingen (dat weten ze omdat ze het hebben uitgetest met eiwitten waarvan de structuur al bekend is mbv rontgen diffractie).

Wat een leuk initiatief, zowel van Baker als van Pruts0r, cool.

quote:

Ik snap er eerlijk gezegd ook geen snars van

Niet iedereen hoeft het eerlijk gezegd te snappen, ze willen eigenlijk voornamelijk kijken of mensen de patronen kunnen ontdekken en/of leren waarmee de eiwitten gevouwen worden.
Waardoor de mensen van Bakerlabs hun eigen software kunnen aanpassen op het perceptie en aanpassings vermogen van de menselijke geest, met name het herkennen van patronen dan, jeetje.

Maar alles staat mooi beschreven op http://fold.it/portal/info/science

Om maar wat extra info hieraan toe te voegen. In het Chemisch 2 weekblad stond er ook een artikel over fold.it.

Toch leuk om zoiets te lezen.

offtopic:
Bron: C2W Life Sciences | jrg 104 | #11 | 31 mei 2008 | blz 9

woolysheep wijzigde dit bericht 03-06-2008 17:06 (42%)

Flinke kick!

Toevallig zag ik op c2w.nl weer een berichtje hierover, met wat zoeken heb ik dit topic gevonden. Zijn er nog mensen actief met fold.it?

Nieuwsbericht: http://www.c2w.nl/gamers-...tdeskundigen.229257.lynkx
DPC op fold.it: http://fold.it/portal/node/242976/show_players

Je moet het installeren en dan puzzels oplossen? Que?

Heb het geïnstalleerd, en de eerste paar proefpuzzles gedaan, maar zodra ik de online puzzles probeer te doen loopt die vast.